[petsc-users] 回复： Can not understand why convert matrix type from MPIAIJ to MATIS failed.
459543524
459543524 at qq.com
Fri Apr 15 02:43:49 CDT 2022
Sir, I already dump the matrix into binary file and attached in the mail, and please have a look.
Thanks for your time.
The follow code can be used to reproduce problem.
---------------------------------------------------------------
std::string path = "......";
PetscViewer viewer;
PetscViewerBinaryOpen(comm, path.c_str(), FILE_MODE_READ, &viewer);
Mat A;
MatCreate(comm,&A);
MatSetType(A,MATMPIAIJ);
MatLoad(A,viewer);
PetscViewerDestroy(&viewer);
MatView(A, PETSC_VIEWER_STDOUT_(MPI_COMM_WORLD));
Mat J;
MatConvert(A, MATIS, MAT_INITIAL_MATRIX, &J);
---------------------------------------------------------------
The result shown as follows:
---------------------------------------------------------------
Mat Object: 4 MPI processes
type: mpiaij
row 0: (0, 168.75) (1, 0.) (2, 0.) (3, 0.) (4, 0.) (5, 0.) (6, 0.) (7, 0.)
row 1: (0, 0.) (1, 168.75) (2, 0.) (3, 0.) (4, 0.) (5, 0.) (6, 0.) (7, 0.)
row 2: (0, 0.) (1, 0.) (2, 168.75) (3, 0.) (6, 0.) (7, 0.) (8, 0.) (9, 0.) (12, 0.) (13, 0.)
row 3: (0, 0.) (1, 0.) (2, 0.) (3, 168.75) (6, 0.) (7, 0.) (8, 0.) (9, 0.) (12, 0.) (13, 0.)
row 4: (0, 0.) (1, 0.) (4, 150.) (5, -25.) (6, -100.) (7, 25.) (16, -25.) (17, 25.) (18, 0.) (19, -25.)
row 5: (0, 0.) (1, 0.) (4, -25.) (5, 150.) (6, 25.) (7, -50.) (16, 0.) (17, -50.) (18, -25.) (19, 0.)
row 6: (0, 0.) (1, 0.) (2, 0.) (3, 0.) (4, -100.) (5, 25.) (6, 300.) (7, -50.) (12, -100.) (13, 25.) (18, -50.) (19, 25.) (24, 0.) (25, -25.)
row 7: (0, 0.) (1, 0.) (2, 0.) (3, 0.) (4, 25.) (5, -50.) (6, -50.) (7, 300.) (12, 25.) (13, -50.) (18, 25.) (19, -100.) (24, -25.) (25, 0.)
row 8: (2, 0.) (3, 0.) (8, 150.) (9, 0.) (10, 0.) (11, 0.) (12, 0.) (13, 0.) (14, 0.) (15, 0.)
row 9: (2, 0.) (3, 0.) (8, 0.) (9, 150.) (10, 0.) (11, 0.) (12, 0.) (13, 0.) (14, 0.) (15, 0.)
row 10: (8, 0.) (9, 0.) (10, 150.) (11, 0.) (14, 0.) (15, 0.)
row 11: (8, 0.) (9, 0.) (10, 0.) (11, 150.) (14, 0.) (15, 0.)
row 12: (2, 0.) (3, 0.) (6, -100.) (7, 25.) (8, 0.) (9, 0.) (12, 300.) (13, -50.) (14, -100.) (15, 25.) (24, -50.) (25, 25.) (26, 0.) (27, -25.)
row 13: (2, 0.) (3, 0.) (6, 25.) (7, -50.) (8, 0.) (9, 0.) (12, -50.) (13, 300.) (14, 25.) (15, -50.) (24, 25.) (25, -100.) (26, -25.) (27, 0.)
row 14: (8, 0.) (9, 0.) (10, 0.) (11, 0.) (12, -100.) (13, 25.) (14, 150.) (15, -25.) (26, -25.) (27, 0.)
row 15: (8, 0.) (9, 0.) (10, 0.) (11, 0.) (12, 25.) (13, -50.) (14, -25.) (15, 150.) (26, 25.) (27, -50.)
row 16: (4, -25.) (5, 0.) (16, 150.) (17, -25.) (18, -100.) (19, 25.) (20, -25.) (21, 25.) (22, 0.) (23, -25.)
row 17: (4, 25.) (5, -50.) (16, -25.) (17, 150.) (18, 25.) (19, -50.) (20, 0.) (21, -50.) (22, -25.) (23, 0.)
row 18: (4, 0.) (5, -25.) (6, -50.) (7, 25.) (16, -100.) (17, 25.) (18, 300.) (19, -50.) (22, -50.) (23, 25.) (24, -100.) (25, 25.) (28, 0.) (29, -25.)
row 19: (4, -25.) (5, 0.) (6, 25.) (7, -100.) (16, 25.) (17, -50.) (18, -50.) (19, 300.) (22, 25.) (23, -100.) (24, 25.) (25, -50.) (28, -25.) (29, 0.)
row 20: (16, -25.) (17, 0.) (20, 75.) (21, -25.) (22, -50.) (23, 25.)
row 21: (16, 25.) (17, -50.) (20, -25.) (21, 75.) (22, 0.) (23, -25.)
row 22: (16, 0.) (17, -25.) (18, -50.) (19, 25.) (20, -50.) (21, 0.) (22, 150.) (23, -25.) (28, -50.) (29, 25.)
row 23: (16, -25.) (17, 0.) (18, 25.) (19, -100.) (20, 25.) (21, -25.) (22, -25.) (23, 150.) (28, 0.) (29, -25.)
row 24: (6, 0.) (7, -25.) (12, -50.) (13, 25.) (18, -100.) (19, 25.) (24, 300.) (25, -50.) (26, -100.) (27, 25.) (28, -50.) (29, 25.) (30, 0.) (31, -25.)
row 25: (6, -25.) (7, 0.) (12, 25.) (13, -100.) (18, 25.) (19, -50.) (24, -50.) (25, 300.) (26, 25.) (27, -50.) (28, 25.) (29, -100.) (30, -25.) (31, 0.)
row 26: (12, 0.) (13, -25.) (14, -25.) (15, 25.) (24, -100.) (25, 25.) (26, 150.) (27, -25.) (30, -25.) (31, 0.)
row 27: (12, -25.) (13, 0.) (14, 0.) (15, -50.) (24, 25.) (25, -50.) (26, -25.) (27, 150.) (30, 25.) (31, -50.)
row 28: (18, 0.) (19, -25.) (22, -50.) (23, 0.) (24, -50.) (25, 25.) (28, 150.) (29, -25.) (30, -50.) (31, 25.)
row 29: (18, -25.) (19, 0.) (22, 25.) (23, -25.) (24, 25.) (25, -100.) (28, -25.) (29, 150.) (30, 0.) (31, -25.)
row 30: (24, 0.) (25, -25.) (26, -25.) (27, 25.) (28, -50.) (29, 0.) (30, 75.) (31, 0.)
row 31: (24, -25.) (25, 0.) (26, 0.) (27, -50.) (28, 25.) (29, -25.) (30, 0.) (31, 75.)
[0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------
[0]PETSC ERROR: Argument out of range
[0]PETSC ERROR: Scatter indices in ix are out of range
[0]PETSC ERROR: See https://petsc.org/release/faq/ for trouble shooting.
[0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.15.4, Sep 01, 2021
[0]PETSC ERROR: Unknown Name on a named xuhui-Office by xuhui Fri Apr 15 15:40:00 2022
[0]PETSC ERROR: Configure options --prefix=/opt/petsc/debug_int64 --download-mumps --download-scalapack --download-superlu_dist --download-parmetis --download-metis --with-64-bit-indices=1
[0]PETSC ERROR: #1 VecScatterCreate() at /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/vec/is/sf/interface/vscat.c:767
[0]PETSC ERROR: #2 MatISSetUpScatters_Private() at /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/impls/is/matis.c:2403
[0]PETSC ERROR: #3 MatSetLocalToGlobalMapping_IS() at /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/impls/is/matis.c:2501
[0]PETSC ERROR: #4 MatSetLocalToGlobalMapping() at /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/interface/matrix.c:2093
[0]PETSC ERROR: #5 MatConvert_XAIJ_IS() at /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/impls/is/matis.c:651
[0]PETSC ERROR: #6 MatConvert() at /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/interface/matrix.c:4439
^C[mpiexec at xuhui-Office] Sending Ctrl-C to processes as requested
---------------------------------------------------------------
徐辉，Xu Hui
清华大学航天航空学院博士研究生
PhD Candidate, School of Aerospace Engineering
Tsinghua University
Tel： 188-1152-7137
Mail：459543524 at qq.com
------------------ 原始邮件 ------------------
发件人: "Junchao Zhang" <junchao.zhang at gmail.com>;
发送时间: 2022年4月15日(星期五) 上午6:31
收件人: "459543524"<459543524 at qq.com>;
抄送: "petsc-users"<petsc-users at mcs.anl.gov>;
主题: Re: [petsc-users] Can not understand why convert matrix type from MPIAIJ to MATIS failed.
Since you already have the test matrix, could you add "-mat_view binary" to dump the matrix and send us the binaryoutput.* files for reproduce?
--Junchao Zhang
On Thu, Apr 14, 2022 at 10:09 AM 459543524 via petsc-users <petsc-users at mcs.anl.gov> wrote:
Sir, I can not understand why my convert from MPIAIJ to MATIS failed.
I already have a matrix A, create by follow commands
---------------------------------------------------------------------
Mat A;
MatCreateAIJ(...)
MatSetValues(...)
MatAssemblyBegin(A, MAT_FINAL_ASSEMBLY);
MatAssemblyEnd(A, MAT_FINAL_ASSEMBLY);
---------------------------------------------------------------------
I want convert the matrix A to MATIS type for future BDDC operation, as advised by ex 72.
---------------------------------------------------------------------
Mat J;
MatConvert(A, MATIS, MAT_INITIAL_MATRIX, &J);
---------------------------------------------------------------------
The command failed with the stacktrace
[0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------
[0]PETSC ERROR: Argument out of range
[0]PETSC ERROR: Scatter indices in ix are out of range
[0]PETSC ERROR: See https://petsc.org/release/faq/ for trouble shooting.
[0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.15.4, Sep 01, 2021
[0]PETSC ERROR: Unknown Name on a named xuhui-Office by xuhui Thu Apr 14 23:06:08 2022
[0]PETSC ERROR: Configure options --prefix=/opt/petsc/debug_int64 --download-mumps --download-scalapack --download-superlu_dist --download-parmetis --download-metis --with-64-bit-indices=1
[0]PETSC ERROR: #1 VecScatterCreate() at /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/vec/is/sf/interface/vscat.c:767
[0]PETSC ERROR: #2 MatISSetUpScatters_Private() at /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/impls/is/matis.c:2403
[0]PETSC ERROR: #3 MatSetLocalToGlobalMapping_IS() at /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/impls/is/matis.c:2501
[0]PETSC ERROR: #4 MatSetLocalToGlobalMapping() at /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/interface/matrix.c:2093
[0]PETSC ERROR: #5 MatConvert_XAIJ_IS() at /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/impls/is/matis.c:651
[0]PETSC ERROR: #6 MatConvert() at /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/interface/matrix.c:4439
^C[mpiexec at xuhui-Office] Sending Ctrl-C to processes as requested
I have no idea why this happen. Thanks for your time.
Further information:
The matrix A is distributed on 4 processes.
We can view the matrix as follows:
Mat Object: 4 MPI processes
type: mpiaij
row 0: (0, 168.75) (1, 0.) (2, 0.) (3, 0.) (4, 0.) (5, 0.) (6, 0.) (7, 0.)
row 1: (0, 0.) (1, 168.75) (2, 0.) (3, 0.) (4, 0.) (5, 0.) (6, 0.) (7, 0.)
row 2: (0, 0.) (1, 0.) (2, 168.75) (3, 0.) (6, 0.) (7, 0.) (8, 0.) (9, 0.) (12, 0.) (13, 0.)
row 3: (0, 0.) (1, 0.) (2, 0.) (3, 168.75) (6, 0.) (7, 0.) (8, 0.) (9, 0.) (12, 0.) (13, 0.)
row 4: (0, 0.) (1, 0.) (4, 150.) (5, -25.) (6, -100.) (7, 25.) (16, -25.) (17, 25.) (18, 0.) (19, -25.)
row 5: (0, 0.) (1, 0.) (4, -25.) (5, 150.) (6, 25.) (7, -50.) (16, 0.) (17, -50.) (18, -25.) (19, 0.)
row 6: (0, 0.) (1, 0.) (2, 0.) (3, 0.) (4, -100.) (5, 25.) (6, 300.) (7, -50.) (12, -100.) (13, 25.) (18, -50.) (19, 25.) (24, 0.) (25, -25.)
row 7: (0, 0.) (1, 0.) (2, 0.) (3, 0.) (4, 25.) (5, -50.) (6, -50.) (7, 300.) (12, 25.) (13, -50.) (18, 25.) (19, -100.) (24, -25.) (25, 0.)
row 8: (2, 0.) (3, 0.) (8, 150.) (9, 0.) (10, 0.) (11, 0.) (12, 0.) (13, 0.) (14, 0.) (15, 0.)
row 9: (2, 0.) (3, 0.) (8, 0.) (9, 150.) (10, 0.) (11, 0.) (12, 0.) (13, 0.) (14, 0.) (15, 0.)
row 10: (8, 0.) (9, 0.) (10, 150.) (11, 0.) (14, 0.) (15, 0.)
row 11: (8, 0.) (9, 0.) (10, 0.) (11, 150.) (14, 0.) (15, 0.)
row 12: (2, 0.) (3, 0.) (6, -100.) (7, 25.) (8, 0.) (9, 0.) (12, 300.) (13, -50.) (14, -100.) (15, 25.) (24, -50.) (25, 25.) (26, 0.) (27, -25.)
row 13: (2, 0.) (3, 0.) (6, 25.) (7, -50.) (8, 0.) (9, 0.) (12, -50.) (13, 300.) (14, 25.) (15, -50.) (24, 25.) (25, -100.) (26, -25.) (27, 0.)
row 14: (8, 0.) (9, 0.) (10, 0.) (11, 0.) (12, -100.) (13, 25.) (14, 150.) (15, -25.) (26, -25.) (27, 0.)
row 15: (8, 0.) (9, 0.) (10, 0.) (11, 0.) (12, 25.) (13, -50.) (14, -25.) (15, 150.) (26, 25.) (27, -50.)
row 16: (4, -25.) (5, 0.) (16, 150.) (17, -25.) (18, -100.) (19, 25.) (20, -25.) (21, 25.) (22, 0.) (23, -25.)
row 17: (4, 25.) (5, -50.) (16, -25.) (17, 150.) (18, 25.) (19, -50.) (20, 0.) (21, -50.) (22, -25.) (23, 0.)
row 18: (4, 0.) (5, -25.) (6, -50.) (7, 25.) (16, -100.) (17, 25.) (18, 300.) (19, -50.) (22, -50.) (23, 25.) (24, -100.) (25, 25.) (28, 0.) (29, -25.)
row 19: (4, -25.) (5, 0.) (6, 25.) (7, -100.) (16, 25.) (17, -50.) (18, -50.) (19, 300.) (22, 25.) (23, -100.) (24, 25.) (25, -50.) (28, -25.) (29, 0.)
row 20: (16, -25.) (17, 0.) (20, 75.) (21, -25.) (22, -50.) (23, 25.)
row 21: (16, 25.) (17, -50.) (20, -25.) (21, 75.) (22, 0.) (23, -25.)
row 22: (16, 0.) (17, -25.) (18, -50.) (19, 25.) (20, -50.) (21, 0.) (22, 150.) (23, -25.) (28, -50.) (29, 25.)
row 23: (16, -25.) (17, 0.) (18, 25.) (19, -100.) (20, 25.) (21, -25.) (22, -25.) (23, 150.) (28, 0.) (29, -25.)
row 24: (6, 0.) (7, -25.) (12, -50.) (13, 25.) (18, -100.) (19, 25.) (24, 300.) (25, -50.) (26, -100.) (27, 25.) (28, -50.) (29, 25.) (30, 0.) (31, -25.)
row 25: (6, -25.) (7, 0.) (12, 25.) (13, -100.) (18, 25.) (19, -50.) (24, -50.) (25, 300.) (26, 25.) (27, -50.) (28, 25.) (29, -100.) (30, -25.) (31, 0.)
row 26: (12, 0.) (13, -25.) (14, -25.) (15, 25.) (24, -100.) (25, 25.) (26, 150.) (27, -25.) (30, -25.) (31, 0.)
row 27: (12, -25.) (13, 0.) (14, 0.) (15, -50.) (24, 25.) (25, -50.) (26, -25.) (27, 150.) (30, 25.) (31, -50.)
row 28: (18, 0.) (19, -25.) (22, -50.) (23, 0.) (24, -50.) (25, 25.) (28, 150.) (29, -25.) (30, -50.) (31, 25.)
row 29: (18, -25.) (19, 0.) (22, 25.) (23, -25.) (24, 25.) (25, -100.) (28, -25.) (29, 150.) (30, 0.) (31, -25.)
row 30: (24, 0.) (25, -25.) (26, -25.) (27, 25.) (28, -50.) (29, 0.) (30, 75.) (31, 0.)
row 31: (24, -25.) (25, 0.) (26, 0.) (27, -50.) (28, 25.) (29, -25.) (30, 0.) (31, 75.)
徐辉，Xu Hui
清华大学航天航空学院博士研究生
PhD Candidate, School of Aerospace Engineering
Tsinghua University
Tel： 188-1152-7137
Mail：459543524 at qq.com
-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: <http://lists.mcs.anl.gov/pipermail/petsc-users/attachments/20220415/a983cd57/attachment-0001.html>
-------------- next part --------------
A non-text attachment was scrubbed...
Name: test.mat
Type: application/octet-stream
Size: 5536 bytes
Desc: not available
URL: <http://lists.mcs.anl.gov/pipermail/petsc-users/attachments/20220415/a983cd57/attachment-0002.obj>
-------------- next part --------------
A non-text attachment was scrubbed...
Name: test.mat.info
Type: application/octet-stream
Size: 22 bytes
Desc: not available
URL: <http://lists.mcs.anl.gov/pipermail/petsc-users/attachments/20220415/a983cd57/attachment-0003.obj>
More information about the petsc-users
mailing list