[petsc-users] Can not understand why convert matrix type from MPIAIJ to MATIS failed.
Junchao Zhang
junchao.zhang at gmail.com
Fri Apr 15 10:25:28 CDT 2022
Hi, Xu Hui,
I ran a test with your matrix but met
$ mpirun -n 4 ./ex0 -f test.mat
[0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message
--------------------------------------------------------------
[0]PETSC ERROR: Unexpected data in file
[0]PETSC ERROR: Not a matrix object in file
...
[0]PETSC ERROR: #4 main() at ex0.c:18
[0]PETSC ERROR: PETSc Option Table entries:
[0]PETSC ERROR: -f test.mat
[0]PETSC ERROR: -matload_block_size 2
I attach my test ex0.c. You can run at your side to make sure the matrix
is OK. Then, could just put the test and matrix files in a tarball and
send it back?
I feel the problem might be related to -matload_block_size 2. But let's
see.
Thanks.
--Junchao Zhang
On Fri, Apr 15, 2022 at 2:43 AM 459543524 <459543524 at qq.com> wrote:
> Sir, I already dump the matrix into binary file and attached in the mail,
> and please have a look.
> Thanks for your time.
>
> The follow code can be used to reproduce problem.
> ---------------------------------------------------------------
> std::string path = "......";
> PetscViewer viewer;
> PetscViewerBinaryOpen(comm, path.c_str(), FILE_MODE_READ, &viewer);
> Mat A;
> MatCreate(comm,&A);
> MatSetType(A,MATMPIAIJ);
> MatLoad(A,viewer);
> PetscViewerDestroy(&viewer);
> MatView(A, PETSC_VIEWER_STDOUT_(MPI_COMM_WORLD));
> Mat J;
> MatConvert(A, MATIS, MAT_INITIAL_MATRIX, &J);
> ---------------------------------------------------------------
> The result shown as follows:
> ---------------------------------------------------------------
> Mat Object: 4 MPI processes
> type: mpiaij
> row 0: (0, 168.75) (1, 0.) (2, 0.) (3, 0.) (4, 0.) (5, 0.) (6, 0.)
> (7, 0.)
> row 1: (0, 0.) (1, 168.75) (2, 0.) (3, 0.) (4, 0.) (5, 0.) (6, 0.)
> (7, 0.)
> row 2: (0, 0.) (1, 0.) (2, 168.75) (3, 0.) (6, 0.) (7, 0.) (8, 0.)
> (9, 0.) (12, 0.) (13, 0.)
> row 3: (0, 0.) (1, 0.) (2, 0.) (3, 168.75) (6, 0.) (7, 0.) (8, 0.)
> (9, 0.) (12, 0.) (13, 0.)
> row 4: (0, 0.) (1, 0.) (4, 150.) (5, -25.) (6, -100.) (7, 25.) (16,
> -25.) (17, 25.) (18, 0.) (19, -25.)
> row 5: (0, 0.) (1, 0.) (4, -25.) (5, 150.) (6, 25.) (7, -50.) (16,
> 0.) (17, -50.) (18, -25.) (19, 0.)
> row 6: (0, 0.) (1, 0.) (2, 0.) (3, 0.) (4, -100.) (5, 25.) (6,
> 300.) (7, -50.) (12, -100.) (13, 25.) (18, -50.) (19, 25.) (24, 0.)
> (25, -25.)
> row 7: (0, 0.) (1, 0.) (2, 0.) (3, 0.) (4, 25.) (5, -50.) (6, -50.)
> (7, 300.) (12, 25.) (13, -50.) (18, 25.) (19, -100.) (24, -25.) (25,
> 0.)
> row 8: (2, 0.) (3, 0.) (8, 150.) (9, 0.) (10, 0.) (11, 0.) (12, 0.)
> (13, 0.) (14, 0.) (15, 0.)
> row 9: (2, 0.) (3, 0.) (8, 0.) (9, 150.) (10, 0.) (11, 0.) (12, 0.)
> (13, 0.) (14, 0.) (15, 0.)
> row 10: (8, 0.) (9, 0.) (10, 150.) (11, 0.) (14, 0.) (15, 0.)
> row 11: (8, 0.) (9, 0.) (10, 0.) (11, 150.) (14, 0.) (15, 0.)
> row 12: (2, 0.) (3, 0.) (6, -100.) (7, 25.) (8, 0.) (9, 0.) (12,
> 300.) (13, -50.) (14, -100.) (15, 25.) (24, -50.) (25, 25.) (26, 0.)
> (27, -25.)
> row 13: (2, 0.) (3, 0.) (6, 25.) (7, -50.) (8, 0.) (9, 0.) (12,
> -50.) (13, 300.) (14, 25.) (15, -50.) (24, 25.) (25, -100.) (26,
> -25.) (27, 0.)
> row 14: (8, 0.) (9, 0.) (10, 0.) (11, 0.) (12, -100.) (13, 25.) (14,
> 150.) (15, -25.) (26, -25.) (27, 0.)
> row 15: (8, 0.) (9, 0.) (10, 0.) (11, 0.) (12, 25.) (13, -50.) (14,
> -25.) (15, 150.) (26, 25.) (27, -50.)
> row 16: (4, -25.) (5, 0.) (16, 150.) (17, -25.) (18, -100.) (19,
> 25.) (20, -25.) (21, 25.) (22, 0.) (23, -25.)
> row 17: (4, 25.) (5, -50.) (16, -25.) (17, 150.) (18, 25.) (19,
> -50.) (20, 0.) (21, -50.) (22, -25.) (23, 0.)
> row 18: (4, 0.) (5, -25.) (6, -50.) (7, 25.) (16, -100.) (17, 25.)
> (18, 300.) (19, -50.) (22, -50.) (23, 25.) (24, -100.) (25, 25.) (28,
> 0.) (29, -25.)
> row 19: (4, -25.) (5, 0.) (6, 25.) (7, -100.) (16, 25.) (17, -50.)
> (18, -50.) (19, 300.) (22, 25.) (23, -100.) (24, 25.) (25, -50.) (28,
> -25.) (29, 0.)
> row 20: (16, -25.) (17, 0.) (20, 75.) (21, -25.) (22, -50.) (23, 25.)
> row 21: (16, 25.) (17, -50.) (20, -25.) (21, 75.) (22, 0.) (23, -25.)
> row 22: (16, 0.) (17, -25.) (18, -50.) (19, 25.) (20, -50.) (21, 0.)
> (22, 150.) (23, -25.) (28, -50.) (29, 25.)
> row 23: (16, -25.) (17, 0.) (18, 25.) (19, -100.) (20, 25.) (21,
> -25.) (22, -25.) (23, 150.) (28, 0.) (29, -25.)
> row 24: (6, 0.) (7, -25.) (12, -50.) (13, 25.) (18, -100.) (19, 25.)
> (24, 300.) (25, -50.) (26, -100.) (27, 25.) (28, -50.) (29, 25.) (30,
> 0.) (31, -25.)
> row 25: (6, -25.) (7, 0.) (12, 25.) (13, -100.) (18, 25.) (19, -50.)
> (24, -50.) (25, 300.) (26, 25.) (27, -50.) (28, 25.) (29, -100.) (30,
> -25.) (31, 0.)
> row 26: (12, 0.) (13, -25.) (14, -25.) (15, 25.) (24, -100.) (25,
> 25.) (26, 150.) (27, -25.) (30, -25.) (31, 0.)
> row 27: (12, -25.) (13, 0.) (14, 0.) (15, -50.) (24, 25.) (25, -50.)
> (26, -25.) (27, 150.) (30, 25.) (31, -50.)
> row 28: (18, 0.) (19, -25.) (22, -50.) (23, 0.) (24, -50.) (25, 25.)
> (28, 150.) (29, -25.) (30, -50.) (31, 25.)
> row 29: (18, -25.) (19, 0.) (22, 25.) (23, -25.) (24, 25.) (25,
> -100.) (28, -25.) (29, 150.) (30, 0.) (31, -25.)
> row 30: (24, 0.) (25, -25.) (26, -25.) (27, 25.) (28, -50.) (29, 0.)
> (30, 75.) (31, 0.)
> row 31: (24, -25.) (25, 0.) (26, 0.) (27, -50.) (28, 25.) (29, -25.)
> (30, 0.) (31, 75.)
> [0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message
> --------------------------------------------------------------
> [0]PETSC ERROR: Argument out of range
> [0]PETSC ERROR: Scatter indices in ix are out of range
> [0]PETSC ERROR: See https://petsc.org/release/faq/ for trouble shooting.
> [0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.15.4, Sep 01, 2021
> [0]PETSC ERROR: Unknown Name on a named xuhui-Office by xuhui Fri Apr 15
> 15:40:00 2022
> [0]PETSC ERROR: Configure options --prefix=/opt/petsc/debug_int64
> --download-mumps --download-scalapack --download-superlu_dist
> --download-parmetis --download-metis --with-64-bit-indices=1
> [0]PETSC ERROR: #1 VecScatterCreate() at
> /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/vec/is/sf/interface/vscat.c:767
> [0]PETSC ERROR: #2 MatISSetUpScatters_Private() at
> /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/impls/is/matis.c:2403
> [0]PETSC ERROR: #3 MatSetLocalToGlobalMapping_IS() at
> /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/impls/is/matis.c:2501
> [0]PETSC ERROR: #4 MatSetLocalToGlobalMapping() at
> /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/interface/matrix.c:2093
> [0]PETSC ERROR: #5 MatConvert_XAIJ_IS() at
> /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/impls/is/matis.c:651
> [0]PETSC ERROR: #6 MatConvert() at
> /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/interface/matrix.c:4439
> ^C[mpiexec at xuhui-Office] Sending Ctrl-C to processes as requested
>
> ---------------------------------------------------------------
> ------------------------------
> 徐辉，Xu Hui
> 清华大学航天航空学院博士研究生
> PhD Candidate, School of Aerospace Engineering
> Tsinghua University
> Tel： 188-1152-7137
> Mail：459543524 at qq.com
>
>
>
>
> ------------------ 原始邮件 ------------------
> *发件人:* "Junchao Zhang" <junchao.zhang at gmail.com>;
> *发送时间:* 2022年4月15日(星期五) 上午6:31
> *收件人:* "459543524"<459543524 at qq.com>;
> *抄送:* "petsc-users"<petsc-users at mcs.anl.gov>;
> *主题:* Re: [petsc-users] Can not understand why convert matrix type from
> MPIAIJ to MATIS failed.
>
> Since you already have the test matrix, could you add "-mat_view binary"
> to dump the matrix and send us the binaryoutput.* files for reproduce?
>
> --Junchao Zhang
>
>
> On Thu, Apr 14, 2022 at 10:09 AM 459543524 via petsc-users <
> petsc-users at mcs.anl.gov> wrote:
>
>> Sir, I can not understand why my convert from MPIAIJ to MATIS failed.
>>
>> I already have a matrix A, create by follow commands
>> ---------------------------------------------------------------------
>> Mat A;
>> MatCreateAIJ(...)
>> MatSetValues(...)
>> MatAssemblyBegin(A, MAT_FINAL_ASSEMBLY);
>> MatAssemblyEnd(A, MAT_FINAL_ASSEMBLY);
>> ---------------------------------------------------------------------
>> I want convert the matrix A to MATIS type for future BDDC operation, as
>> advised by ex 72.
>> ---------------------------------------------------------------------
>> Mat J;
>> MatConvert(A, MATIS, MAT_INITIAL_MATRIX, &J);
>> ---------------------------------------------------------------------
>>
>> The command failed with the stacktrace
>> [0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message
>> --------------------------------------------------------------
>> [0]PETSC ERROR: Argument out of range
>> [0]PETSC ERROR: Scatter indices in ix are out of range
>> [0]PETSC ERROR: See https://petsc.org/release/faq/ for trouble shooting.
>> [0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.15.4, Sep 01, 2021
>> [0]PETSC ERROR: Unknown Name on a named xuhui-Office by xuhui Thu Apr 14
>> 23:06:08 2022
>> [0]PETSC ERROR: Configure options --prefix=/opt/petsc/debug_int64
>> --download-mumps --download-scalapack --download-superlu_dist
>> --download-parmetis --download-metis --with-64-bit-indices=1
>> [0]PETSC ERROR: #1 VecScatterCreate() at
>> /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/vec/is/sf/interface/vscat.c:767
>> [0]PETSC ERROR: #2 MatISSetUpScatters_Private() at
>> /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/impls/is/matis.c:2403
>> [0]PETSC ERROR: #3 MatSetLocalToGlobalMapping_IS() at
>> /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/impls/is/matis.c:2501
>> [0]PETSC ERROR: #4 MatSetLocalToGlobalMapping() at
>> /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/interface/matrix.c:2093
>> [0]PETSC ERROR: #5 MatConvert_XAIJ_IS() at
>> /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/impls/is/matis.c:651
>> [0]PETSC ERROR: #6 MatConvert() at
>> /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/interface/matrix.c:4439
>> ^C[mpiexec at xuhui-Office] Sending Ctrl-C to processes as requested
>>
>>
>> I have no idea why this happen. Thanks for your time.
>>
>>
>> Further information:
>> The matrix A is distributed on 4 processes.
>> We can view the matrix as follows:
>>
>> Mat Object: 4 MPI processes
>> type: mpiaij
>> row 0: (0, 168.75) (1, 0.) (2, 0.) (3, 0.) (4, 0.) (5, 0.) (6, 0.)
>> (7, 0.)
>> row 1: (0, 0.) (1, 168.75) (2, 0.) (3, 0.) (4, 0.) (5, 0.) (6, 0.)
>> (7, 0.)
>> row 2: (0, 0.) (1, 0.) (2, 168.75) (3, 0.) (6, 0.) (7, 0.) (8, 0.)
>> (9, 0.) (12, 0.) (13, 0.)
>> row 3: (0, 0.) (1, 0.) (2, 0.) (3, 168.75) (6, 0.) (7, 0.) (8, 0.)
>> (9, 0.) (12, 0.) (13, 0.)
>> row 4: (0, 0.) (1, 0.) (4, 150.) (5, -25.) (6, -100.) (7, 25.) (16,
>> -25.) (17, 25.) (18, 0.) (19, -25.)
>> row 5: (0, 0.) (1, 0.) (4, -25.) (5, 150.) (6, 25.) (7, -50.) (16,
>> 0.) (17, -50.) (18, -25.) (19, 0.)
>> row 6: (0, 0.) (1, 0.) (2, 0.) (3, 0.) (4, -100.) (5, 25.) (6,
>> 300.) (7, -50.) (12, -100.) (13, 25.) (18, -50.) (19, 25.) (24, 0.)
>> (25, -25.)
>> row 7: (0, 0.) (1, 0.) (2, 0.) (3, 0.) (4, 25.) (5, -50.) (6,
>> -50.) (7, 300.) (12, 25.) (13, -50.) (18, 25.) (19, -100.) (24,
>> -25.) (25, 0.)
>> row 8: (2, 0.) (3, 0.) (8, 150.) (9, 0.) (10, 0.) (11, 0.) (12,
>> 0.) (13, 0.) (14, 0.) (15, 0.)
>> row 9: (2, 0.) (3, 0.) (8, 0.) (9, 150.) (10, 0.) (11, 0.) (12,
>> 0.) (13, 0.) (14, 0.) (15, 0.)
>> row 10: (8, 0.) (9, 0.) (10, 150.) (11, 0.) (14, 0.) (15, 0.)
>> row 11: (8, 0.) (9, 0.) (10, 0.) (11, 150.) (14, 0.) (15, 0.)
>> row 12: (2, 0.) (3, 0.) (6, -100.) (7, 25.) (8, 0.) (9, 0.) (12,
>> 300.) (13, -50.) (14, -100.) (15, 25.) (24, -50.) (25, 25.) (26, 0.)
>> (27, -25.)
>> row 13: (2, 0.) (3, 0.) (6, 25.) (7, -50.) (8, 0.) (9, 0.) (12,
>> -50.) (13, 300.) (14, 25.) (15, -50.) (24, 25.) (25, -100.) (26,
>> -25.) (27, 0.)
>> row 14: (8, 0.) (9, 0.) (10, 0.) (11, 0.) (12, -100.) (13, 25.)
>> (14, 150.) (15, -25.) (26, -25.) (27, 0.)
>> row 15: (8, 0.) (9, 0.) (10, 0.) (11, 0.) (12, 25.) (13, -50.) (14,
>> -25.) (15, 150.) (26, 25.) (27, -50.)
>> row 16: (4, -25.) (5, 0.) (16, 150.) (17, -25.) (18, -100.) (19,
>> 25.) (20, -25.) (21, 25.) (22, 0.) (23, -25.)
>> row 17: (4, 25.) (5, -50.) (16, -25.) (17, 150.) (18, 25.) (19,
>> -50.) (20, 0.) (21, -50.) (22, -25.) (23, 0.)
>> row 18: (4, 0.) (5, -25.) (6, -50.) (7, 25.) (16, -100.) (17, 25.)
>> (18, 300.) (19, -50.) (22, -50.) (23, 25.) (24, -100.) (25, 25.) (28,
>> 0.) (29, -25.)
>> row 19: (4, -25.) (5, 0.) (6, 25.) (7, -100.) (16, 25.) (17, -50.)
>> (18, -50.) (19, 300.) (22, 25.) (23, -100.) (24, 25.) (25, -50.) (28,
>> -25.) (29, 0.)
>> row 20: (16, -25.) (17, 0.) (20, 75.) (21, -25.) (22, -50.) (23,
>> 25.)
>> row 21: (16, 25.) (17, -50.) (20, -25.) (21, 75.) (22, 0.) (23,
>> -25.)
>> row 22: (16, 0.) (17, -25.) (18, -50.) (19, 25.) (20, -50.) (21,
>> 0.) (22, 150.) (23, -25.) (28, -50.) (29, 25.)
>> row 23: (16, -25.) (17, 0.) (18, 25.) (19, -100.) (20, 25.) (21,
>> -25.) (22, -25.) (23, 150.) (28, 0.) (29, -25.)
>> row 24: (6, 0.) (7, -25.) (12, -50.) (13, 25.) (18, -100.) (19,
>> 25.) (24, 300.) (25, -50.) (26, -100.) (27, 25.) (28, -50.) (29,
>> 25.) (30, 0.) (31, -25.)
>> row 25: (6, -25.) (7, 0.) (12, 25.) (13, -100.) (18, 25.) (19,
>> -50.) (24, -50.) (25, 300.) (26, 25.) (27, -50.) (28, 25.) (29,
>> -100.) (30, -25.) (31, 0.)
>> row 26: (12, 0.) (13, -25.) (14, -25.) (15, 25.) (24, -100.) (25,
>> 25.) (26, 150.) (27, -25.) (30, -25.) (31, 0.)
>> row 27: (12, -25.) (13, 0.) (14, 0.) (15, -50.) (24, 25.) (25,
>> -50.) (26, -25.) (27, 150.) (30, 25.) (31, -50.)
>> row 28: (18, 0.) (19, -25.) (22, -50.) (23, 0.) (24, -50.) (25,
>> 25.) (28, 150.) (29, -25.) (30, -50.) (31, 25.)
>> row 29: (18, -25.) (19, 0.) (22, 25.) (23, -25.) (24, 25.) (25,
>> -100.) (28, -25.) (29, 150.) (30, 0.) (31, -25.)
>> row 30: (24, 0.) (25, -25.) (26, -25.) (27, 25.) (28, -50.) (29,
>> 0.) (30, 75.) (31, 0.)
>> row 31: (24, -25.) (25, 0.) (26, 0.) (27, -50.) (28, 25.) (29,
>> -25.) (30, 0.) (31, 75.)
>>
>>
>> ------------------------------
>> 徐辉，Xu Hui
>> 清华大学航天航空学院博士研究生
>> PhD Candidate, School of Aerospace Engineering
>> Tsinghua University
>> Tel： 188-1152-7137
>> Mail：459543524 at qq.com
>>
>>
>>
>
-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: <http://lists.mcs.anl.gov/pipermail/petsc-users/attachments/20220415/32a659c6/attachment-0001.html>
-------------- next part --------------
A non-text attachment was scrubbed...
Name: ex0.c
Type: application/octet-stream
Size: 809 bytes
Desc: not available
URL: <http://lists.mcs.anl.gov/pipermail/petsc-users/attachments/20220415/32a659c6/attachment-0001.obj>
More information about the petsc-users
mailing list