[petsc-users] MatZeroRows changes my sparsity pattern

[Fande Kong]

"if (a->keepnonzeropattern)" branch does not change ilen so that
A->ops->assemblyend will be fine. It would help if you made sure that
elements have been inserted for these rows before you call MatZeroRows.

However, I am not sure it is necessary to call  A->ops->assemblyend if we
already require a->keepnonzeropattern. That being said, we might have
something like this


*diff --git a/src/mat/impls/aij/seq/aij.c b/src/mat/impls/aij/seq/aij.c*

*index 42c93a82b1..3f20a599d6 100644*

*--- a/src/mat/impls/aij/seq/aij.c*

*+++ b/src/mat/impls/aij/seq/aij.c*

@@ -2203,7 +2203,9 @@ PetscErrorCode MatZeroRows_SeqAIJ(Mat A,PetscInt
N,const PetscInt rows[],PetscSc

 #if defined(PETSC_HAVE_DEVICE)

   if (A->offloadmask != PETSC_OFFLOAD_UNALLOCATED) A->offloadmask =
PETSC_OFFLOAD_CPU;

 #endif

-  ierr = (*A->ops->assemblyend)(A,MAT_FINAL_ASSEMBLY);CHKERRQ(ierr);

+  if (!a->keepnonzeropattern) {

+    ierr = (*A->ops->assemblyend)(A,MAT_FINAL_ASSEMBLY);CHKERRQ(ierr);

+  }

   PetscFunctionReturn(0);

 }


Fande

On Thu, Jul 15, 2021 at 9:30 AM Stefano Zampini <stefano.zampini at gmail.com>
wrote:

> Alexander
>
> Do you have a small code to reproduce the issue?
>
> Below is the output using a PETSc example (src/mat/tests/ex11). The
> pattern is kept.
>
> kl-18448:tests szampini$ ./ex11
> Mat Object: 1 MPI processes
>   type: seqaij
> row 0: (0, 5.)
> row 1: (0, -1.)  (1, 4.)  (2, -1.)  (6, -1.)
> row 2: (2, 5.)
> row 3: (2, -1.)  (3, 4.)  (4, -1.)  (8, -1.)
> row 4: (4, 5.)
> row 5: (0, -1.)  (5, 4.)  (6, -1.)  (10, -1.)
> row 6: (6, 5.)
> row 7: (2, -1.)  (6, -1.)  (7, 4.)  (8, -1.)  (12, -1.)
> row 8: (8, 5.)
> row 9: (4, -1.)  (8, -1.)  (9, 4.)  (14, -1.)
> row 10: (10, 5.)
> row 11: (6, -1.)  (10, -1.)  (11, 4.)  (12, -1.)  (16, -1.)
> row 12: (12, 5.)
> row 13: (8, -1.)  (12, -1.)  (13, 4.)  (14, -1.)  (18, -1.)
> row 14: (14, 5.)
> row 15: (10, -1.)  (15, 4.)  (16, -1.)  (20, -1.)
> row 16: (16, 5.)
> row 17: (12, -1.)  (16, -1.)  (17, 4.)  (18, -1.)  (22, -1.)
> row 18: (18, 5.)
> row 19: (14, -1.)  (18, -1.)  (19, 4.)  (24, -1.)
> row 20: (20, 5.)
> row 21: (16, -1.)  (20, -1.)  (21, 4.)  (22, -1.)
> row 22: (22, 5.)
> row 23: (18, -1.)  (22, -1.)  (23, 4.)  (24, -1.)
> row 24: (19, -1.)  (23, -1.)  (24, 4.)
> kl-18448:tests szampini$ ./ex11 -keep_nonzero_pattern
> Mat Object: 1 MPI processes
>   type: seqaij
> row 0: (0, 5.)  (1, 0.)  (5, 0.)
> row 1: (0, -1.)  (1, 4.)  (2, -1.)  (6, -1.)
> row 2: (1, 0.)  (2, 5.)  (3, 0.)  (7, 0.)
> row 3: (2, -1.)  (3, 4.)  (4, -1.)  (8, -1.)
> row 4: (3, 0.)  (4, 5.)  (9, 0.)
> row 5: (0, -1.)  (5, 4.)  (6, -1.)  (10, -1.)
> row 6: (1, 0.)  (5, 0.)  (6, 5.)  (7, 0.)  (11, 0.)
> row 7: (2, -1.)  (6, -1.)  (7, 4.)  (8, -1.)  (12, -1.)
> row 8: (3, 0.)  (7, 0.)  (8, 5.)  (9, 0.)  (13, 0.)
> row 9: (4, -1.)  (8, -1.)  (9, 4.)  (14, -1.)
> row 10: (5, 0.)  (10, 5.)  (11, 0.)  (15, 0.)
> row 11: (6, -1.)  (10, -1.)  (11, 4.)  (12, -1.)  (16, -1.)
> row 12: (7, 0.)  (11, 0.)  (12, 5.)  (13, 0.)  (17, 0.)
> row 13: (8, -1.)  (12, -1.)  (13, 4.)  (14, -1.)  (18, -1.)
> row 14: (9, 0.)  (13, 0.)  (14, 5.)  (19, 0.)
> row 15: (10, -1.)  (15, 4.)  (16, -1.)  (20, -1.)
> row 16: (11, 0.)  (15, 0.)  (16, 5.)  (17, 0.)  (21, 0.)
> row 17: (12, -1.)  (16, -1.)  (17, 4.)  (18, -1.)  (22, -1.)
> row 18: (13, 0.)  (17, 0.)  (18, 5.)  (19, 0.)  (23, 0.)
> row 19: (14, -1.)  (18, -1.)  (19, 4.)  (24, -1.)
> row 20: (15, 0.)  (20, 5.)  (21, 0.)
> row 21: (16, -1.)  (20, -1.)  (21, 4.)  (22, -1.)
> row 22: (17, 0.)  (21, 0.)  (22, 5.)  (23, 0.)
> row 23: (18, -1.)  (22, -1.)  (23, 4.)  (24, -1.)
> row 24: (19, -1.)  (23, -1.)  (24, 4.)
>
> On Jul 15, 2021, at 4:41 PM, Alexander Lindsay <alexlindsay239 at gmail.com>
> wrote:
>
> My interpretation of the documentation page of MatZeroRows is that if I've
> set MAT_KEEP_NONZERO_PATTERN to true, then my sparsity pattern shouldn't be
> changed by a call to it, e.g. a->imax should not change. However, at least
> for sequential matrices, MatAssemblyEnd is called with MAT_FINAL_ASSEMBLY
> at the end of MatZeroRows_SeqAIJ and that does indeed change my sparsity
> pattern. Is my interpretation of the documentation page wrong?
>
> Alex
>
>
>
-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: <http://lists.mcs.anl.gov/pipermail/petsc-users/attachments/20210715/fc1f4cbf/attachment-0001.html>