[petsc-users] MatZeroRows changes my sparsity pattern

[Stefano Zampini]

Alexander

Do you have a small code to reproduce the issue?

Below is the output using a PETSc example (src/mat/tests/ex11). The pattern is kept. 

kl-18448:tests szampini$ ./ex11 
Mat Object: 1 MPI processes
  type: seqaij
row 0: (0, 5.) 
row 1: (0, -1.)  (1, 4.)  (2, -1.)  (6, -1.) 
row 2: (2, 5.) 
row 3: (2, -1.)  (3, 4.)  (4, -1.)  (8, -1.) 
row 4: (4, 5.) 
row 5: (0, -1.)  (5, 4.)  (6, -1.)  (10, -1.) 
row 6: (6, 5.) 
row 7: (2, -1.)  (6, -1.)  (7, 4.)  (8, -1.)  (12, -1.) 
row 8: (8, 5.) 
row 9: (4, -1.)  (8, -1.)  (9, 4.)  (14, -1.) 
row 10: (10, 5.) 
row 11: (6, -1.)  (10, -1.)  (11, 4.)  (12, -1.)  (16, -1.) 
row 12: (12, 5.) 
row 13: (8, -1.)  (12, -1.)  (13, 4.)  (14, -1.)  (18, -1.) 
row 14: (14, 5.) 
row 15: (10, -1.)  (15, 4.)  (16, -1.)  (20, -1.) 
row 16: (16, 5.) 
row 17: (12, -1.)  (16, -1.)  (17, 4.)  (18, -1.)  (22, -1.) 
row 18: (18, 5.) 
row 19: (14, -1.)  (18, -1.)  (19, 4.)  (24, -1.) 
row 20: (20, 5.) 
row 21: (16, -1.)  (20, -1.)  (21, 4.)  (22, -1.) 
row 22: (22, 5.) 
row 23: (18, -1.)  (22, -1.)  (23, 4.)  (24, -1.) 
row 24: (19, -1.)  (23, -1.)  (24, 4.) 
kl-18448:tests szampini$ ./ex11 -keep_nonzero_pattern
Mat Object: 1 MPI processes
  type: seqaij
row 0: (0, 5.)  (1, 0.)  (5, 0.) 
row 1: (0, -1.)  (1, 4.)  (2, -1.)  (6, -1.) 
row 2: (1, 0.)  (2, 5.)  (3, 0.)  (7, 0.) 
row 3: (2, -1.)  (3, 4.)  (4, -1.)  (8, -1.) 
row 4: (3, 0.)  (4, 5.)  (9, 0.) 
row 5: (0, -1.)  (5, 4.)  (6, -1.)  (10, -1.) 
row 6: (1, 0.)  (5, 0.)  (6, 5.)  (7, 0.)  (11, 0.) 
row 7: (2, -1.)  (6, -1.)  (7, 4.)  (8, -1.)  (12, -1.) 
row 8: (3, 0.)  (7, 0.)  (8, 5.)  (9, 0.)  (13, 0.) 
row 9: (4, -1.)  (8, -1.)  (9, 4.)  (14, -1.) 
row 10: (5, 0.)  (10, 5.)  (11, 0.)  (15, 0.) 
row 11: (6, -1.)  (10, -1.)  (11, 4.)  (12, -1.)  (16, -1.) 
row 12: (7, 0.)  (11, 0.)  (12, 5.)  (13, 0.)  (17, 0.) 
row 13: (8, -1.)  (12, -1.)  (13, 4.)  (14, -1.)  (18, -1.) 
row 14: (9, 0.)  (13, 0.)  (14, 5.)  (19, 0.) 
row 15: (10, -1.)  (15, 4.)  (16, -1.)  (20, -1.) 
row 16: (11, 0.)  (15, 0.)  (16, 5.)  (17, 0.)  (21, 0.) 
row 17: (12, -1.)  (16, -1.)  (17, 4.)  (18, -1.)  (22, -1.) 
row 18: (13, 0.)  (17, 0.)  (18, 5.)  (19, 0.)  (23, 0.) 
row 19: (14, -1.)  (18, -1.)  (19, 4.)  (24, -1.) 
row 20: (15, 0.)  (20, 5.)  (21, 0.) 
row 21: (16, -1.)  (20, -1.)  (21, 4.)  (22, -1.) 
row 22: (17, 0.)  (21, 0.)  (22, 5.)  (23, 0.) 
row 23: (18, -1.)  (22, -1.)  (23, 4.)  (24, -1.) 
row 24: (19, -1.)  (23, -1.)  (24, 4.)

> On Jul 15, 2021, at 4:41 PM, Alexander Lindsay <alexlindsay239 at gmail.com> wrote:
> 
> My interpretation of the documentation page of MatZeroRows is that if I've set MAT_KEEP_NONZERO_PATTERN to true, then my sparsity pattern shouldn't be changed by a call to it, e.g. a->imax should not change. However, at least for sequential matrices, MatAssemblyEnd is called with MAT_FINAL_ASSEMBLY at the end of MatZeroRows_SeqAIJ and that does indeed change my sparsity pattern. Is my interpretation of the documentation page wrong?
> 
> Alex

-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: <http://lists.mcs.anl.gov/pipermail/petsc-users/attachments/20210715/3151c171/attachment-0001.html>