[petsc-users] Can not understand why convert matrix type from MPIAIJ to MATIS failed.
Junchao Zhang
junchao.zhang at gmail.com
Mon Apr 18 16:33:05 CDT 2022
Hi, Xiu Hui,
It should be fixed in https://gitlab.com/petsc/petsc/-/merge_requests/5140.
Once the tests pass, it will be merged to petsc/release and petsc/main
Thanks for reporting.
--Junchao Zhang
On Sun, Apr 17, 2022 at 10:29 PM Junchao Zhang <junchao.zhang at gmail.com>
wrote:
> Hi, Xiu Hui,
> I can reproduce the error. I need to read the code to understand why.
> I'll report back once I have a fix.
> Thanks.
> --Junchao Zhang
>
>
> On Sat, Apr 16, 2022 at 12:02 AM 459543524 <459543524 at qq.com> wrote:
>
>> Sir, I rewrite the code.
>> The code do not include any domain concept.
>> The code is simple allocate space, insert value, compress, set attribute,
>> then convert the matrix type.
>> It can help to reproduce the problem.
>> Please take a look.
>> As you suggested, I found that the problem comes from the line
>> ```
>> MatSetBlockSize(....);
>> ```
>> If this line is not used, every thing will be ok.
>> Thanks for your time sir.
>>
>> ------------------------------
>> 徐辉，Xu Hui
>> 清华大学航天航空学院博士研究生
>> PhD Candidate, School of Aerospace Engineering
>> Tsinghua University
>> Tel： 188-1152-7137
>> Mail：459543524 at qq.com
>>
>>
>>
>>
>> ------------------ 原始邮件 ------------------
>> *发件人:* "Junchao Zhang" <junchao.zhang at gmail.com>;
>> *发送时间:* 2022年4月15日(星期五) 晚上11:25
>> *收件人:* "459543524"<459543524 at qq.com>;
>> *抄送:* "petsc-users"<petsc-users at mcs.anl.gov>;
>> *主题:* Re: [petsc-users] Can not understand why convert matrix type from
>> MPIAIJ to MATIS failed.
>>
>> Hi, Xu Hui,
>> I ran a test with your matrix but met
>> $ mpirun -n 4 ./ex0 -f test.mat
>> [0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message
>> --------------------------------------------------------------
>> [0]PETSC ERROR: Unexpected data in file
>> [0]PETSC ERROR: Not a matrix object in file
>> ...
>> [0]PETSC ERROR: #4 main() at ex0.c:18
>> [0]PETSC ERROR: PETSc Option Table entries:
>> [0]PETSC ERROR: -f test.mat
>> [0]PETSC ERROR: -matload_block_size 2
>>
>> I attach my test ex0.c. You can run at your side to make sure the matrix
>> is OK. Then, could just put the test and matrix files in a tarball and
>> send it back?
>> I feel the problem might be related to -matload_block_size 2. But let's
>> see.
>>
>> Thanks.
>> --Junchao Zhang
>>
>>
>> On Fri, Apr 15, 2022 at 2:43 AM 459543524 <459543524 at qq.com> wrote:
>>
>>> Sir, I already dump the matrix into binary file and attached in the
>>> mail, and please have a look.
>>> Thanks for your time.
>>>
>>> The follow code can be used to reproduce problem.
>>> ---------------------------------------------------------------
>>> std::string path = "......";
>>> PetscViewer viewer;
>>> PetscViewerBinaryOpen(comm, path.c_str(), FILE_MODE_READ, &viewer);
>>> Mat A;
>>> MatCreate(comm,&A);
>>> MatSetType(A,MATMPIAIJ);
>>> MatLoad(A,viewer);
>>> PetscViewerDestroy(&viewer);
>>> MatView(A, PETSC_VIEWER_STDOUT_(MPI_COMM_WORLD));
>>> Mat J;
>>> MatConvert(A, MATIS, MAT_INITIAL_MATRIX, &J);
>>> ---------------------------------------------------------------
>>> The result shown as follows:
>>> ---------------------------------------------------------------
>>> Mat Object: 4 MPI processes
>>> type: mpiaij
>>> row 0: (0, 168.75) (1, 0.) (2, 0.) (3, 0.) (4, 0.) (5, 0.) (6,
>>> 0.) (7, 0.)
>>> row 1: (0, 0.) (1, 168.75) (2, 0.) (3, 0.) (4, 0.) (5, 0.) (6,
>>> 0.) (7, 0.)
>>> row 2: (0, 0.) (1, 0.) (2, 168.75) (3, 0.) (6, 0.) (7, 0.) (8,
>>> 0.) (9, 0.) (12, 0.) (13, 0.)
>>> row 3: (0, 0.) (1, 0.) (2, 0.) (3, 168.75) (6, 0.) (7, 0.) (8,
>>> 0.) (9, 0.) (12, 0.) (13, 0.)
>>> row 4: (0, 0.) (1, 0.) (4, 150.) (5, -25.) (6, -100.) (7, 25.)
>>> (16, -25.) (17, 25.) (18, 0.) (19, -25.)
>>> row 5: (0, 0.) (1, 0.) (4, -25.) (5, 150.) (6, 25.) (7, -50.) (16,
>>> 0.) (17, -50.) (18, -25.) (19, 0.)
>>> row 6: (0, 0.) (1, 0.) (2, 0.) (3, 0.) (4, -100.) (5, 25.) (6,
>>> 300.) (7, -50.) (12, -100.) (13, 25.) (18, -50.) (19, 25.) (24, 0.)
>>> (25, -25.)
>>> row 7: (0, 0.) (1, 0.) (2, 0.) (3, 0.) (4, 25.) (5, -50.) (6,
>>> -50.) (7, 300.) (12, 25.) (13, -50.) (18, 25.) (19, -100.) (24,
>>> -25.) (25, 0.)
>>> row 8: (2, 0.) (3, 0.) (8, 150.) (9, 0.) (10, 0.) (11, 0.) (12,
>>> 0.) (13, 0.) (14, 0.) (15, 0.)
>>> row 9: (2, 0.) (3, 0.) (8, 0.) (9, 150.) (10, 0.) (11, 0.) (12,
>>> 0.) (13, 0.) (14, 0.) (15, 0.)
>>> row 10: (8, 0.) (9, 0.) (10, 150.) (11, 0.) (14, 0.) (15, 0.)
>>> row 11: (8, 0.) (9, 0.) (10, 0.) (11, 150.) (14, 0.) (15, 0.)
>>> row 12: (2, 0.) (3, 0.) (6, -100.) (7, 25.) (8, 0.) (9, 0.) (12,
>>> 300.) (13, -50.) (14, -100.) (15, 25.) (24, -50.) (25, 25.) (26, 0.)
>>> (27, -25.)
>>> row 13: (2, 0.) (3, 0.) (6, 25.) (7, -50.) (8, 0.) (9, 0.) (12,
>>> -50.) (13, 300.) (14, 25.) (15, -50.) (24, 25.) (25, -100.) (26,
>>> -25.) (27, 0.)
>>> row 14: (8, 0.) (9, 0.) (10, 0.) (11, 0.) (12, -100.) (13, 25.)
>>> (14, 150.) (15, -25.) (26, -25.) (27, 0.)
>>> row 15: (8, 0.) (9, 0.) (10, 0.) (11, 0.) (12, 25.) (13, -50.)
>>> (14, -25.) (15, 150.) (26, 25.) (27, -50.)
>>> row 16: (4, -25.) (5, 0.) (16, 150.) (17, -25.) (18, -100.) (19,
>>> 25.) (20, -25.) (21, 25.) (22, 0.) (23, -25.)
>>> row 17: (4, 25.) (5, -50.) (16, -25.) (17, 150.) (18, 25.) (19,
>>> -50.) (20, 0.) (21, -50.) (22, -25.) (23, 0.)
>>> row 18: (4, 0.) (5, -25.) (6, -50.) (7, 25.) (16, -100.) (17, 25.)
>>> (18, 300.) (19, -50.) (22, -50.) (23, 25.) (24, -100.) (25, 25.) (28,
>>> 0.) (29, -25.)
>>> row 19: (4, -25.) (5, 0.) (6, 25.) (7, -100.) (16, 25.) (17, -50.)
>>> (18, -50.) (19, 300.) (22, 25.) (23, -100.) (24, 25.) (25, -50.) (28,
>>> -25.) (29, 0.)
>>> row 20: (16, -25.) (17, 0.) (20, 75.) (21, -25.) (22, -50.) (23,
>>> 25.)
>>> row 21: (16, 25.) (17, -50.) (20, -25.) (21, 75.) (22, 0.) (23,
>>> -25.)
>>> row 22: (16, 0.) (17, -25.) (18, -50.) (19, 25.) (20, -50.) (21,
>>> 0.) (22, 150.) (23, -25.) (28, -50.) (29, 25.)
>>> row 23: (16, -25.) (17, 0.) (18, 25.) (19, -100.) (20, 25.) (21,
>>> -25.) (22, -25.) (23, 150.) (28, 0.) (29, -25.)
>>> row 24: (6, 0.) (7, -25.) (12, -50.) (13, 25.) (18, -100.) (19,
>>> 25.) (24, 300.) (25, -50.) (26, -100.) (27, 25.) (28, -50.) (29,
>>> 25.) (30, 0.) (31, -25.)
>>> row 25: (6, -25.) (7, 0.) (12, 25.) (13, -100.) (18, 25.) (19,
>>> -50.) (24, -50.) (25, 300.) (26, 25.) (27, -50.) (28, 25.) (29,
>>> -100.) (30, -25.) (31, 0.)
>>> row 26: (12, 0.) (13, -25.) (14, -25.) (15, 25.) (24, -100.) (25,
>>> 25.) (26, 150.) (27, -25.) (30, -25.) (31, 0.)
>>> row 27: (12, -25.) (13, 0.) (14, 0.) (15, -50.) (24, 25.) (25,
>>> -50.) (26, -25.) (27, 150.) (30, 25.) (31, -50.)
>>> row 28: (18, 0.) (19, -25.) (22, -50.) (23, 0.) (24, -50.) (25,
>>> 25.) (28, 150.) (29, -25.) (30, -50.) (31, 25.)
>>> row 29: (18, -25.) (19, 0.) (22, 25.) (23, -25.) (24, 25.) (25,
>>> -100.) (28, -25.) (29, 150.) (30, 0.) (31, -25.)
>>> row 30: (24, 0.) (25, -25.) (26, -25.) (27, 25.) (28, -50.) (29,
>>> 0.) (30, 75.) (31, 0.)
>>> row 31: (24, -25.) (25, 0.) (26, 0.) (27, -50.) (28, 25.) (29,
>>> -25.) (30, 0.) (31, 75.)
>>> [0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message
>>> --------------------------------------------------------------
>>> [0]PETSC ERROR: Argument out of range
>>> [0]PETSC ERROR: Scatter indices in ix are out of range
>>> [0]PETSC ERROR: See https://petsc.org/release/faq/ for trouble shooting.
>>> [0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.15.4, Sep 01, 2021
>>> [0]PETSC ERROR: Unknown Name on a named xuhui-Office by xuhui Fri Apr
>>> 15 15:40:00 2022
>>> [0]PETSC ERROR: Configure options --prefix=/opt/petsc/debug_int64
>>> --download-mumps --download-scalapack --download-superlu_dist
>>> --download-parmetis --download-metis --with-64-bit-indices=1
>>> [0]PETSC ERROR: #1 VecScatterCreate() at
>>> /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/vec/is/sf/interface/vscat.c:767
>>> [0]PETSC ERROR: #2 MatISSetUpScatters_Private() at
>>> /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/impls/is/matis.c:2403
>>> [0]PETSC ERROR: #3 MatSetLocalToGlobalMapping_IS() at
>>> /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/impls/is/matis.c:2501
>>> [0]PETSC ERROR: #4 MatSetLocalToGlobalMapping() at
>>> /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/interface/matrix.c:2093
>>> [0]PETSC ERROR: #5 MatConvert_XAIJ_IS() at
>>> /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/impls/is/matis.c:651
>>> [0]PETSC ERROR: #6 MatConvert() at
>>> /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/interface/matrix.c:4439
>>> ^C[mpiexec at xuhui-Office] Sending Ctrl-C to processes as requested
>>>
>>> ---------------------------------------------------------------
>>> ------------------------------
>>> 徐辉，Xu Hui
>>> 清华大学航天航空学院博士研究生
>>> PhD Candidate, School of Aerospace Engineering
>>> Tsinghua University
>>> Tel： 188-1152-7137
>>> Mail：459543524 at qq.com
>>>
>>>
>>>
>>>
>>> ------------------ 原始邮件 ------------------
>>> *发件人:* "Junchao Zhang" <junchao.zhang at gmail.com>;
>>> *发送时间:* 2022年4月15日(星期五) 上午6:31
>>> *收件人:* "459543524"<459543524 at qq.com>;
>>> *抄送:* "petsc-users"<petsc-users at mcs.anl.gov>;
>>> *主题:* Re: [petsc-users] Can not understand why convert matrix type from
>>> MPIAIJ to MATIS failed.
>>>
>>> Since you already have the test matrix, could you add "-mat_view binary"
>>> to dump the matrix and send us the binaryoutput.* files for reproduce?
>>>
>>> --Junchao Zhang
>>>
>>>
>>> On Thu, Apr 14, 2022 at 10:09 AM 459543524 via petsc-users <
>>> petsc-users at mcs.anl.gov> wrote:
>>>
>>>> Sir, I can not understand why my convert from MPIAIJ to MATIS failed.
>>>>
>>>> I already have a matrix A, create by follow commands
>>>> ---------------------------------------------------------------------
>>>> Mat A;
>>>> MatCreateAIJ(...)
>>>> MatSetValues(...)
>>>> MatAssemblyBegin(A, MAT_FINAL_ASSEMBLY);
>>>> MatAssemblyEnd(A, MAT_FINAL_ASSEMBLY);
>>>> ---------------------------------------------------------------------
>>>> I want convert the matrix A to MATIS type for future BDDC operation, as
>>>> advised by ex 72.
>>>> ---------------------------------------------------------------------
>>>> Mat J;
>>>> MatConvert(A, MATIS, MAT_INITIAL_MATRIX, &J);
>>>> ---------------------------------------------------------------------
>>>>
>>>> The command failed with the stacktrace
>>>> [0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message
>>>> --------------------------------------------------------------
>>>> [0]PETSC ERROR: Argument out of range
>>>> [0]PETSC ERROR: Scatter indices in ix are out of range
>>>> [0]PETSC ERROR: See https://petsc.org/release/faq/ for trouble
>>>> shooting.
>>>> [0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.15.4, Sep 01, 2021
>>>> [0]PETSC ERROR: Unknown Name on a named xuhui-Office by xuhui Thu Apr
>>>> 14 23:06:08 2022
>>>> [0]PETSC ERROR: Configure options --prefix=/opt/petsc/debug_int64
>>>> --download-mumps --download-scalapack --download-superlu_dist
>>>> --download-parmetis --download-metis --with-64-bit-indices=1
>>>> [0]PETSC ERROR: #1 VecScatterCreate() at
>>>> /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/vec/is/sf/interface/vscat.c:767
>>>> [0]PETSC ERROR: #2 MatISSetUpScatters_Private() at
>>>> /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/impls/is/matis.c:2403
>>>> [0]PETSC ERROR: #3 MatSetLocalToGlobalMapping_IS() at
>>>> /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/impls/is/matis.c:2501
>>>> [0]PETSC ERROR: #4 MatSetLocalToGlobalMapping() at
>>>> /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/interface/matrix.c:2093
>>>> [0]PETSC ERROR: #5 MatConvert_XAIJ_IS() at
>>>> /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/impls/is/matis.c:651
>>>> [0]PETSC ERROR: #6 MatConvert() at
>>>> /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/interface/matrix.c:4439
>>>> ^C[mpiexec at xuhui-Office] Sending Ctrl-C to processes as requested
>>>>
>>>>
>>>> I have no idea why this happen. Thanks for your time.
>>>>
>>>>
>>>> Further information:
>>>> The matrix A is distributed on 4 processes.
>>>> We can view the matrix as follows:
>>>>
>>>> Mat Object: 4 MPI processes
>>>> type: mpiaij
>>>> row 0: (0, 168.75) (1, 0.) (2, 0.) (3, 0.) (4, 0.) (5, 0.) (6,
>>>> 0.) (7, 0.)
>>>> row 1: (0, 0.) (1, 168.75) (2, 0.) (3, 0.) (4, 0.) (5, 0.) (6,
>>>> 0.) (7, 0.)
>>>> row 2: (0, 0.) (1, 0.) (2, 168.75) (3, 0.) (6, 0.) (7, 0.) (8,
>>>> 0.) (9, 0.) (12, 0.) (13, 0.)
>>>> row 3: (0, 0.) (1, 0.) (2, 0.) (3, 168.75) (6, 0.) (7, 0.) (8,
>>>> 0.) (9, 0.) (12, 0.) (13, 0.)
>>>> row 4: (0, 0.) (1, 0.) (4, 150.) (5, -25.) (6, -100.) (7, 25.)
>>>> (16, -25.) (17, 25.) (18, 0.) (19, -25.)
>>>> row 5: (0, 0.) (1, 0.) (4, -25.) (5, 150.) (6, 25.) (7, -50.)
>>>> (16, 0.) (17, -50.) (18, -25.) (19, 0.)
>>>> row 6: (0, 0.) (1, 0.) (2, 0.) (3, 0.) (4, -100.) (5, 25.) (6,
>>>> 300.) (7, -50.) (12, -100.) (13, 25.) (18, -50.) (19, 25.) (24, 0.)
>>>> (25, -25.)
>>>> row 7: (0, 0.) (1, 0.) (2, 0.) (3, 0.) (4, 25.) (5, -50.) (6,
>>>> -50.) (7, 300.) (12, 25.) (13, -50.) (18, 25.) (19, -100.) (24,
>>>> -25.) (25, 0.)
>>>> row 8: (2, 0.) (3, 0.) (8, 150.) (9, 0.) (10, 0.) (11, 0.) (12,
>>>> 0.) (13, 0.) (14, 0.) (15, 0.)
>>>> row 9: (2, 0.) (3, 0.) (8, 0.) (9, 150.) (10, 0.) (11, 0.) (12,
>>>> 0.) (13, 0.) (14, 0.) (15, 0.)
>>>> row 10: (8, 0.) (9, 0.) (10, 150.) (11, 0.) (14, 0.) (15, 0.)
>>>> row 11: (8, 0.) (9, 0.) (10, 0.) (11, 150.) (14, 0.) (15, 0.)
>>>> row 12: (2, 0.) (3, 0.) (6, -100.) (7, 25.) (8, 0.) (9, 0.) (12,
>>>> 300.) (13, -50.) (14, -100.) (15, 25.) (24, -50.) (25, 25.) (26, 0.)
>>>> (27, -25.)
>>>> row 13: (2, 0.) (3, 0.) (6, 25.) (7, -50.) (8, 0.) (9, 0.) (12,
>>>> -50.) (13, 300.) (14, 25.) (15, -50.) (24, 25.) (25, -100.) (26,
>>>> -25.) (27, 0.)
>>>> row 14: (8, 0.) (9, 0.) (10, 0.) (11, 0.) (12, -100.) (13, 25.)
>>>> (14, 150.) (15, -25.) (26, -25.) (27, 0.)
>>>> row 15: (8, 0.) (9, 0.) (10, 0.) (11, 0.) (12, 25.) (13, -50.)
>>>> (14, -25.) (15, 150.) (26, 25.) (27, -50.)
>>>> row 16: (4, -25.) (5, 0.) (16, 150.) (17, -25.) (18, -100.) (19,
>>>> 25.) (20, -25.) (21, 25.) (22, 0.) (23, -25.)
>>>> row 17: (4, 25.) (5, -50.) (16, -25.) (17, 150.) (18, 25.) (19,
>>>> -50.) (20, 0.) (21, -50.) (22, -25.) (23, 0.)
>>>> row 18: (4, 0.) (5, -25.) (6, -50.) (7, 25.) (16, -100.) (17,
>>>> 25.) (18, 300.) (19, -50.) (22, -50.) (23, 25.) (24, -100.) (25,
>>>> 25.) (28, 0.) (29, -25.)
>>>> row 19: (4, -25.) (5, 0.) (6, 25.) (7, -100.) (16, 25.) (17,
>>>> -50.) (18, -50.) (19, 300.) (22, 25.) (23, -100.) (24, 25.) (25,
>>>> -50.) (28, -25.) (29, 0.)
>>>> row 20: (16, -25.) (17, 0.) (20, 75.) (21, -25.) (22, -50.) (23,
>>>> 25.)
>>>> row 21: (16, 25.) (17, -50.) (20, -25.) (21, 75.) (22, 0.) (23,
>>>> -25.)
>>>> row 22: (16, 0.) (17, -25.) (18, -50.) (19, 25.) (20, -50.) (21,
>>>> 0.) (22, 150.) (23, -25.) (28, -50.) (29, 25.)
>>>> row 23: (16, -25.) (17, 0.) (18, 25.) (19, -100.) (20, 25.) (21,
>>>> -25.) (22, -25.) (23, 150.) (28, 0.) (29, -25.)
>>>> row 24: (6, 0.) (7, -25.) (12, -50.) (13, 25.) (18, -100.) (19,
>>>> 25.) (24, 300.) (25, -50.) (26, -100.) (27, 25.) (28, -50.) (29,
>>>> 25.) (30, 0.) (31, -25.)
>>>> row 25: (6, -25.) (7, 0.) (12, 25.) (13, -100.) (18, 25.) (19,
>>>> -50.) (24, -50.) (25, 300.) (26, 25.) (27, -50.) (28, 25.) (29,
>>>> -100.) (30, -25.) (31, 0.)
>>>> row 26: (12, 0.) (13, -25.) (14, -25.) (15, 25.) (24, -100.) (25,
>>>> 25.) (26, 150.) (27, -25.) (30, -25.) (31, 0.)
>>>> row 27: (12, -25.) (13, 0.) (14, 0.) (15, -50.) (24, 25.) (25,
>>>> -50.) (26, -25.) (27, 150.) (30, 25.) (31, -50.)
>>>> row 28: (18, 0.) (19, -25.) (22, -50.) (23, 0.) (24, -50.) (25,
>>>> 25.) (28, 150.) (29, -25.) (30, -50.) (31, 25.)
>>>> row 29: (18, -25.) (19, 0.) (22, 25.) (23, -25.) (24, 25.) (25,
>>>> -100.) (28, -25.) (29, 150.) (30, 0.) (31, -25.)
>>>> row 30: (24, 0.) (25, -25.) (26, -25.) (27, 25.) (28, -50.) (29,
>>>> 0.) (30, 75.) (31, 0.)
>>>> row 31: (24, -25.) (25, 0.) (26, 0.) (27, -50.) (28, 25.) (29,
>>>> -25.) (30, 0.) (31, 75.)
>>>>
>>>>
>>>> ------------------------------
>>>> 徐辉，Xu Hui
>>>> 清华大学航天航空学院博士研究生
>>>> PhD Candidate, School of Aerospace Engineering
>>>> Tsinghua University
>>>> Tel： 188-1152-7137
>>>> Mail：459543524 at qq.com
>>>>
>>>>
>>>>
>>>
-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: <http://lists.mcs.anl.gov/pipermail/petsc-users/attachments/20220418/c66088bc/attachment-0001.html>
More information about the petsc-users
mailing list