[petsc-users] Undestanding how to increase the overlap

[TARDIEU Nicolas]

Arrghhh ! Shame on me !
Sorry for that and thank you for the help Matt.
I works like a charm now.
________________________________
De : knepley at gmail.com <knepley at gmail.com>
Envoyé : jeudi 18 janvier 2024 15:49
À : TARDIEU Nicolas <nicolas.tardieu at edf.fr>
Cc : petsc-users at mcs.anl.gov <petsc-users at mcs.anl.gov>
Objet : Re: [petsc-users] Undestanding how to increase the overlap

On Thu, Jan 18, 2024 at 9:46 AM TARDIEU Nicolas <nicolas.tardieu at edf.fr<mailto:nicolas.tardieu at edf.fr>> wrote:
Hi Matt,
The isovl is in global numbering. I am pasting the output of the script  :

I see. Is your matrix diagonal? If so, there is no overlap. You need connections to the other rows in order to have overlapping submatrices.

  Thanks,

     Matt

#--------------------------------------------------------------------------------
# The matrix
# -----------
[1,0]<stdout>:Mat Object: 2 MPI processes
[1,0]<stdout>:  type: mpiaij
[1,0]<stdout>:row 0: (0, 0.)
[1,0]<stdout>:row 1: (1, 1.)
[1,0]<stdout>:row 2: (2, 2.)
[1,0]<stdout>:row 3: (3, 3.)
[1,0]<stdout>:row 4: (4, 4.)
[1,0]<stdout>:row 5: (5, 5.)
#--------------------------------------------------------------------------------
# The IS isovl before the call to increaseOverlap
# -----------
[1,0]<stdout>:locSize before = 3
[1,0]<stdout>:IS Object: 1 MPI processes
[1,0]<stdout>:  type: stride
[1,0]<stdout>:Number of indices in (stride) set 3
[1,0]<stdout>:0 0
[1,0]<stdout>:1 1
[1,0]<stdout>:2 2
[1,1]<stdout>:locSize before = 3
[1,1]<stdout>:IS Object: 1 MPI processes
[1,1]<stdout>:  type: stride
[1,1]<stdout>:Number of indices in (stride) set 3
[1,1]<stdout>:0 3
[1,1]<stdout>:1 4
[1,1]<stdout>:2 5
#--------------------------------------------------------------------------------
# The IS isovl after the call to increaseOverlap
# -----------
[1,0]<stdout>:locSize after = 3
[1,0]<stdout>:IS Object: 1 MPI processes
[1,0]<stdout>:  type: general
[1,0]<stdout>:Number of indices in set 3
[1,0]<stdout>:0 0
[1,0]<stdout>:1 1
[1,0]<stdout>:2 2
[1,1]<stdout>:locSize after = 3
[1,1]<stdout>:IS Object: 1 MPI processes
[1,1]<stdout>:  type: general
[1,1]<stdout>:Number of indices in set 3
[1,1]<stdout>:0 3
[1,1]<stdout>:1 4
[1,1]<stdout>:2 5
#--------------------------------------------------------------------------------

Regards,
Nicolas
--
Nicolas Tardieu
Ing PhD Computational Mechanics
EDF - R&D Dpt ERMES
PARIS-SACLAY, FRANCE
________________________________
De : knepley at gmail.com<mailto:knepley at gmail.com> <knepley at gmail.com<mailto:knepley at gmail.com>>
Envoyé : jeudi 18 janvier 2024 15:29
À : TARDIEU Nicolas <nicolas.tardieu at edf.fr<mailto:nicolas.tardieu at edf.fr>>
Cc : petsc-users at mcs.anl.gov<mailto:petsc-users at mcs.anl.gov> <petsc-users at mcs.anl.gov<mailto:petsc-users at mcs.anl.gov>>
Objet : Re: [petsc-users] Undestanding how to increase the overlap

On Thu, Jan 18, 2024 at 9:24 AM TARDIEU Nicolas via petsc-users <petsc-users at mcs.anl.gov<mailto:petsc-users at mcs.anl.gov>> wrote:
Dear PETSc Team,

I am trying to understand how to increase the overlap of a matrix.
I wrote the attached petsc4py script where I build a simple matrix and play with the increaseOverlap method. Unfortunately, before and after the call, nothing changes in the index set. FYI, I have tried to mimic src/ksp/ksp/tutorials/ex82.c<https://petsc.org/main/src/ksp/ksp/tutorials/ex82.c.html> line 72:76.
Here is how I run the script : "mpiexec -n 2 python test_overlap.py"

Could you please indicate what I am missing ?

Usually matrix functions like this take input in global indices. It looks like your isovl is in local indices. Am I reading that correctly?

  Thanks,

     Matt

Regards,
Nicolas
--
Nicolas Tardieu
Ing PhD Computational Mechanics
EDF - R&D Dpt ERMES
PARIS-SACLAY, FRANCE

Ce message et toutes les pièces jointes (ci-après le 'Message') sont établis à l'intention exclusive des destinataires et les informations qui y figurent sont strictement confidentielles. Toute utilisation de ce Message non conforme à sa destination, toute diffusion ou toute publication totale ou partielle, est interdite sauf autorisation expresse.

Si vous n'êtes pas le destinataire de ce Message, il vous est interdit de le copier, de le faire suivre, de le divulguer ou d'en utiliser tout ou partie. Si vous avez reçu ce Message par erreur, merci de le supprimer de votre système, ainsi que toutes ses copies, et de n'en garder aucune trace sur quelque support que ce soit. Nous vous remercions également d'en avertir immédiatement l'expéditeur par retour du message.

Il est impossible de garantir que les communications par messagerie électronique arrivent en temps utile, sont sécurisées ou dénuées de toute erreur ou virus.
____________________________________________________

This message and any attachments (the 'Message') are intended solely for the addressees. The information contained in this Message is confidential. Any use of information contained in this Message not in accord with its purpose, any dissemination or disclosure, either whole or partial, is prohibited except formal approval.

If you are not the addressee, you may not copy, forward, disclose or use any part of it. If you have received this message in error, please delete it and all copies from your system and notify the sender immediately by return message.

E-mail communication cannot be guaranteed to be timely secure, error or virus-free.


--
What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.
-- Norbert Wiener

https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/<http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/>

Ce message et toutes les pièces jointes (ci-après le 'Message') sont établis à l'intention exclusive des destinataires et les informations qui y figurent sont strictement confidentielles. Toute utilisation de ce Message non conforme à sa destination, toute diffusion ou toute publication totale ou partielle, est interdite sauf autorisation expresse.

Si vous n'êtes pas le destinataire de ce Message, il vous est interdit de le copier, de le faire suivre, de le divulguer ou d'en utiliser tout ou partie. Si vous avez reçu ce Message par erreur, merci de le supprimer de votre système, ainsi que toutes ses copies, et de n'en garder aucune trace sur quelque support que ce soit. Nous vous remercions également d'en avertir immédiatement l'expéditeur par retour du message.

Il est impossible de garantir que les communications par messagerie électronique arrivent en temps utile, sont sécurisées ou dénuées de toute erreur ou virus.
____________________________________________________

This message and any attachments (the 'Message') are intended solely for the addressees. The information contained in this Message is confidential. Any use of information contained in this Message not in accord with its purpose, any dissemination or disclosure, either whole or partial, is prohibited except formal approval.

If you are not the addressee, you may not copy, forward, disclose or use any part of it. If you have received this message in error, please delete it and all copies from your system and notify the sender immediately by return message.

E-mail communication cannot be guaranteed to be timely secure, error or virus-free.


--
What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.
-- Norbert Wiener

https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/<http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/>



Ce message et toutes les pièces jointes (ci-après le 'Message') sont établis à l'intention exclusive des destinataires et les informations qui y figurent sont strictement confidentielles. Toute utilisation de ce Message non conforme à sa destination, toute diffusion ou toute publication totale ou partielle, est interdite sauf autorisation expresse.

Si vous n'êtes pas le destinataire de ce Message, il vous est interdit de le copier, de le faire suivre, de le divulguer ou d'en utiliser tout ou partie. Si vous avez reçu ce Message par erreur, merci de le supprimer de votre système, ainsi que toutes ses copies, et de n'en garder aucune trace sur quelque support que ce soit. Nous vous remercions également d'en avertir immédiatement l'expéditeur par retour du message.

Il est impossible de garantir que les communications par messagerie électronique arrivent en temps utile, sont sécurisées ou dénuées de toute erreur ou virus.
____________________________________________________

This message and any attachments (the 'Message') are intended solely for the addressees. The information contained in this Message is confidential. Any use of information contained in this Message not in accord with its purpose, any dissemination or disclosure, either whole or partial, is prohibited except formal approval.

If you are not the addressee, you may not copy, forward, disclose or use any part of it. If you have received this message in error, please delete it and all copies from your system and notify the sender immediately by return message.

E-mail communication cannot be guaranteed to be timely secure, error or virus-free.
-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: <http://lists.mcs.anl.gov/pipermail/petsc-users/attachments/20240118/e6cb1d4d/attachment-0001.html>