[petsc-users] coloring algorithms
Barry Smith
bsmith at mcs.anl.gov
Thu Mar 23 17:51:41 CDT 2017
> On Mar 23, 2017, at 5:35 PM, Kong, Fande <fande.kong at inl.gov> wrote:
>
> Thanks, Barry,
>
> On Thu, Mar 23, 2017 at 4:02 PM, Barry Smith <bsmith at mcs.anl.gov> wrote:
>
> Please send the matrix as a binary file.
>
> Are you computing a distance one coloring or distance 2. 2 is needed for Jacobians.
>
> The matrix does not come from PDE, and it is from a grain-tracking thing. Distance 1 did magic work. We have 8 colors now using JP, power,..
What are you going to use the coloring for?
Barry
>
> Thanks.
>
> Fande,
>
>
>
>
> > On Mar 23, 2017, at 4:57 PM, Kong, Fande <fande.kong at inl.gov> wrote:
> >
> > Thanks, Hong,
> >
> > I did some tests with a matrix (40x40):
> >
> > row 0: (0, 1.) (2, 1.) (3, 1.) (11, 1.) (14, 1.) (15, 1.) (19, 1.) (22, 1.) (23, 1.) (24, 1.) (27, 1.) (28, 1.)
> > row 1: (1, 1.) (2, 1.) (3, 1.) (6, 1.) (16, 1.) (17, 1.) (18, 1.) (21, 1.) (33, 1.)
> > row 2: (0, 1.) (1, 1.) (2, 1.) (3, 1.) (6, 1.) (7, 1.) (9, 1.) (10, 1.) (16, 1.) (19, 1.) (20, 1.)
> > row 3: (0, 1.) (1, 1.) (2, 1.) (3, 1.) (5, 1.) (11, 1.) (18, 1.) (19, 1.) (21, 1.) (22, 1.) (31, 1.) (33, 1.)
> > row 4: (4, 1.) (14, 1.) (15, 1.) (19, 1.) (24, 1.) (25, 1.) (28, 1.) (30, 1.) (37, 1.) (38, 1.)
> > row 5: (3, 1.) (5, 1.) (11, 1.) (17, 1.) (22, 1.) (26, 1.) (31, 1.) (32, 1.) (33, 1.) (34, 1.)
> > row 6: (1, 1.) (2, 1.) (6, 1.) (7, 1.) (9, 1.) (10, 1.) (16, 1.) (20, 1.) (25, 1.) (30, 1.)
> > row 7: (2, 1.) (6, 1.) (7, 1.) (9, 1.) (10, 1.) (13, 1.) (17, 1.) (20, 1.) (32, 1.) (34, 1.)
> > row 8: (8, 1.) (9, 1.) (12, 1.) (13, 1.) (26, 1.) (29, 1.) (30, 1.) (36, 1.) (38, 1.) (39, 1.)
> > row 9: (2, 1.) (6, 1.) (7, 1.) (8, 1.) (9, 1.) (10, 1.) (13, 1.) (16, 1.) (17, 1.) (20, 1.) (25, 1.) (30, 1.) (34, 1.)
> > row 10: (2, 1.) (6, 1.) (7, 1.) (9, 1.) (10, 1.) (19, 1.) (20, 1.) (29, 1.) (32, 1.) (34, 1.)
> > row 11: (0, 1.) (3, 1.) (5, 1.) (11, 1.) (12, 1.) (14, 1.) (15, 1.) (19, 1.) (22, 1.) (23, 1.) (26, 1.) (27, 1.) (31, 1.)
> > row 12: (8, 1.) (11, 1.) (12, 1.) (13, 1.) (15, 1.) (22, 1.) (23, 1.) (26, 1.) (27, 1.) (35, 1.) (36, 1.) (39, 1.)
> > row 13: (7, 1.) (8, 1.) (9, 1.) (12, 1.) (13, 1.) (17, 1.) (23, 1.) (26, 1.) (30, 1.) (34, 1.) (35, 1.) (36, 1.)
> > row 14: (0, 1.) (4, 1.) (11, 1.) (14, 1.) (15, 1.) (19, 1.) (21, 1.) (23, 1.) (24, 1.) (25, 1.) (28, 1.) (38, 1.)
> > row 15: (0, 1.) (4, 1.) (11, 1.) (12, 1.) (14, 1.) (15, 1.) (18, 1.) (21, 1.) (23, 1.) (25, 1.) (27, 1.) (28, 1.) (35, 1.) (36, 1.)
> > row 16: (1, 1.) (2, 1.) (6, 1.) (9, 1.) (16, 1.) (18, 1.) (21, 1.) (25, 1.) (30, 1.)
> > row 17: (1, 1.) (5, 1.) (7, 1.) (9, 1.) (13, 1.) (17, 1.) (18, 1.) (21, 1.) (31, 1.) (33, 1.) (34, 1.) (35, 1.) (36, 1.)
> > row 18: (1, 1.) (3, 1.) (15, 1.) (16, 1.) (17, 1.) (18, 1.) (21, 1.) (23, 1.) (31, 1.) (33, 1.) (35, 1.) (36, 1.)
> > row 19: (0, 1.) (2, 1.) (3, 1.) (4, 1.) (10, 1.) (11, 1.) (14, 1.) (19, 1.) (20, 1.) (24, 1.) (29, 1.) (32, 1.) (38, 1.)
> > row 20: (2, 1.) (6, 1.) (7, 1.) (9, 1.) (10, 1.) (19, 1.) (20, 1.)
> > row 21: (1, 1.) (3, 1.) (14, 1.) (15, 1.) (16, 1.) (17, 1.) (18, 1.) (21, 1.) (23, 1.) (25, 1.) (28, 1.) (30, 1.) (33, 1.) (35, 1.)
> > row 22: (0, 1.) (3, 1.) (5, 1.) (11, 1.) (12, 1.) (22, 1.) (26, 1.) (27, 1.) (31, 1.) (32, 1.) (33, 1.) (34, 1.)
> > row 23: (0, 1.) (11, 1.) (12, 1.) (13, 1.) (14, 1.) (15, 1.) (18, 1.) (21, 1.) (23, 1.) (27, 1.) (35, 1.) (36, 1.)
> > row 24: (0, 1.) (4, 1.) (14, 1.) (19, 1.) (24, 1.) (25, 1.) (28, 1.) (29, 1.) (30, 1.) (37, 1.) (38, 1.)
> > row 25: (4, 1.) (6, 1.) (9, 1.) (14, 1.) (15, 1.) (16, 1.) (21, 1.) (24, 1.) (25, 1.) (28, 1.) (30, 1.) (37, 1.)
> > row 26: (5, 1.) (8, 1.) (11, 1.) (12, 1.) (13, 1.) (22, 1.) (26, 1.) (27, 1.) (29, 1.) (32, 1.) (39, 1.)
> > row 27: (0, 1.) (11, 1.) (12, 1.) (15, 1.) (22, 1.) (23, 1.) (26, 1.) (27, 1.) (35, 1.) (36, 1.)
> > row 28: (0, 1.) (4, 1.) (14, 1.) (15, 1.) (21, 1.) (24, 1.) (25, 1.) (28, 1.) (30, 1.) (37, 1.)
> > row 29: (8, 1.) (10, 1.) (19, 1.) (24, 1.) (26, 1.) (29, 1.) (32, 1.) (34, 1.) (38, 1.) (39, 1.)
> > row 30: (4, 1.) (6, 1.) (8, 1.) (9, 1.) (13, 1.) (16, 1.) (21, 1.) (24, 1.) (25, 1.) (28, 1.) (30, 1.) (37, 1.) (38, 1.)
> > row 31: (3, 1.) (5, 1.) (11, 1.) (17, 1.) (18, 1.) (22, 1.) (31, 1.) (33, 1.) (34, 1.)
> > row 32: (5, 1.) (7, 1.) (10, 1.) (19, 1.) (22, 1.) (26, 1.) (29, 1.) (32, 1.) (34, 1.) (39, 1.)
> > row 33: (1, 1.) (3, 1.) (5, 1.) (17, 1.) (18, 1.) (21, 1.) (22, 1.) (31, 1.) (33, 1.) (34, 1.) (35, 1.)
> > row 34: (5, 1.) (7, 1.) (9, 1.) (10, 1.) (13, 1.) (17, 1.) (22, 1.) (29, 1.) (31, 1.) (32, 1.) (33, 1.) (34, 1.)
> > row 35: (12, 1.) (13, 1.) (15, 1.) (17, 1.) (18, 1.) (21, 1.) (23, 1.) (27, 1.) (33, 1.) (35, 1.) (36, 1.)
> > row 36: (8, 1.) (12, 1.) (13, 1.) (15, 1.) (17, 1.) (18, 1.) (23, 1.) (27, 1.) (35, 1.) (36, 1.)
> > row 37: (4, 1.) (24, 1.) (25, 1.) (28, 1.) (30, 1.) (37, 1.) (38, 1.)
> > row 38: (4, 1.) (8, 1.) (14, 1.) (19, 1.) (24, 1.) (29, 1.) (30, 1.) (37, 1.) (38, 1.) (39, 1.)
> > row 39: (8, 1.) (12, 1.) (26, 1.) (29, 1.) (32, 1.) (38, 1.) (39, 1.)
> >
> >
> > A native back-tracking gives 8 colors, but all the algorithms in PETSc give 20 colors. Is it supposed to be like this?
> >
> > Fande,
> >
> >
> > On Thu, Mar 23, 2017 at 10:50 AM, Hong <hzhang at mcs.anl.gov> wrote:
> > Fande,
> >
> > I was wondering if the coloring approaches listed online are working? Which ones are in parallel, and which ones are in sequential?
> >
> > https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__www.mcs.anl.gov_petsc_petsc-2Dcurrent_docs_manualpages_Mat_MatColoringType.html-23MatColoringType&d=DwIFAg&c=54IZrppPQZKX9mLzcGdPfFD1hxrcB__aEkJFOKJFd00&r=DUUt3SRGI0_JgtNaS3udV68GRkgV4ts7XKfj2opmiCY&m=VM8Mcai7YBTCMhYbGyMpwJvGX9atqPIWinrgSFeqUgM&s=iUNa3SvixuSDyCXSXyjpn0kFV6u6kMspf5e0Uhqrssw&e=
> >
> > JP and Greedy are parallel.
> >
> > If the coloring is in parallel, can it be used with the finite difference to compute the Jacobian? Any limitations?
> >
> > Yes, they work quite well. Git it a try. Let us know if you encounter any problem.
> >
> > Hong
> >
> >
>
>
More information about the petsc-users
mailing list