<div dir="ltr">BG/Q accepts job-desc in the form of qsub command only. This is why no script gets generated. I updated the provider from the old cqsub and related options to the new qsub and options. However, I am not sure why the script mode is not working.<div><br></div><div>--Ketan </div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Mar 2, 2015 at 4:27 PM, Hategan-Marandiuc, Philip M. <span dir="ltr"><<a href="mailto:hategan@mcs.anl.gov" target="_blank">hategan@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">I looked at the Cobalt script in the run directory you sent and it was<br>
empty. When I look at the trunk code for the Cobalt provider, I don't<br>
see anything that would generate a script, so I'm not sure what's<br>
happening there. I vaguely remember that somebody wrote a patch for the<br>
Cobalt provider to use script mode, but I'm not sure where that ended<br>
up.<br>
<br>
Mihael<br>
<div><div class="h5"><br>
On Mon, 2015-03-02 at 16:14 -0600, Ketan Maheshwari wrote:<br>
> This is the first time I am trying with 0.96.<br>
><br>
> The generated qsub command indeed does not have "--mode script" which seems<br>
> to be causing the issue.<br>
><br>
> Thanks,<br>
> Ketan<br>
><br>
> On Mon, Mar 2, 2015 at 4:02 PM, Michael Wilde <<a href="mailto:wilde@anl.gov">wilde@anl.gov</a>> wrote:<br>
><br>
> >  Is this the first time you've tried running 0.96 on the BG/Q in subjob<br>
> > mode?<br>
> > (I.e., has this ever worked before?)<br>
> ><br>
> > Did you get a submission script in the run directory (or a log of the<br>
> > cobalt qsub or cqsub command) which you could test manually?<br>
> ><br>
> > If 0.96 is rejecting the "script" property, it seems possible that 0.96 is<br>
> > generating an invalid qsub command and/or submission script.<br>
> ><br>
> > - Mike<br>
> ><br>
> ><br>
> ><br>
> > On 3/2/15 3:47 PM, Ketan Maheshwari wrote:<br>
> ><br>
> > I trying to run on BG/Q with local:cobalt with trunk but Swift crashes<br>
> > with the following error:<br>
> ><br>
> >  Caused by: Exception in bgsh:<br>
> >     Arguments: [/home/ketan/SwiftApps/subjobs/mpicatsnsleep/mpicatnap,<br>
> > /gpfs/mira-home/ketan/SwiftApps/subjobs/mpicatsnsleep/./data.txt,<br>
> > /gpfs/mira-home/ketan/SwiftApps/subjobs/mpicatsnsleep/./outdir/f.0002.out,<br>
> > 1]<br>
> >     Host: cluster<br>
> >     Directory: catsnsleepmpi-run001/jobs/b/bgsh-3nq3uc5m<br>
> >  exception @ swift-int-staging.k, line: 165<br>
> > Caused by:<br>
> >  exception @ swift-int-staging.k, line: 160<br>
> > Caused by: Block task failed: 0302-2109420-000000 Block task ended<br>
> > prematurely<br>
> ><br>
> >  In the log, I see the qsub call being made and a jobid is returned.<br>
> > However, I could not figure what is the cause for the task to fail.<br>
> ><br>
> >  One more thing I noticed when translating from old sites conf to new is<br>
> > that the new conf did not accept the property "globus:mode = script".<br>
> ><br>
> >  A full run log is attached. Thanks for any suggestions.<br>
> ><br>
> >  Thanks,<br>
> > Ketan<br>
> ><br>
> ><br>
> > _______________________________________________<br>
</div></div>> > Swift-user mailing listSwift-user@ci.uchicago.eduhttps://<a href="http://lists.ci.uchicago.edu/cgi-bin/mailman/listinfo/swift-user" target="_blank">lists.ci.uchicago.edu/cgi-bin/mailman/listinfo/swift-user</a><br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5">> ><br>
> ><br>
> > --<br>
> > Michael Wilde<br>
> > Mathematics and Computer Science          Computation Institute<br>
> > Argonne National Laboratory               The University of Chicago<br>
> ><br>
> ><br>
> > _______________________________________________<br>
> > Swift-user mailing list<br>
> > <a href="mailto:Swift-user@ci.uchicago.edu">Swift-user@ci.uchicago.edu</a><br>
> > <a href="https://lists.ci.uchicago.edu/cgi-bin/mailman/listinfo/swift-user" target="_blank">https://lists.ci.uchicago.edu/cgi-bin/mailman/listinfo/swift-user</a><br>
> ><br>
> _______________________________________________<br>
> Swift-user mailing list<br>
> <a href="mailto:Swift-user@ci.uchicago.edu">Swift-user@ci.uchicago.edu</a><br>
> <a href="https://lists.ci.uchicago.edu/cgi-bin/mailman/listinfo/swift-user" target="_blank">https://lists.ci.uchicago.edu/cgi-bin/mailman/listinfo/swift-user</a><br>
<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>