<pool handle="teraport" ><br>  <profile namespace="globus" key="queue">fast</profile><br>  <profile namespace="globus" key="maxwalltime">01:00:00</profile><br>
  <gridftp url="local://localhost" /><br>  <execution provider="pbs" url="none" jobmanager="local:pbs" /><br>  <workdirectory>/home/hockyg/swiftwork</workdirectory><br>
</pool><br><br>change swiftwork dir<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jun 22, 2009 at 1:10 PM, Alex Moore <span dir="ltr"><<a href="mailto:amoore2@uchicago.edu">amoore2@uchicago.edu</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Thanks, that got it running. I get a different error message now though:<br>
<br>
Execution failed:<br>
Exception in wormanalysis<br>
Arguments: [home/amoore2/Work/Data/070326.tif,<br>
home/amoore2/Work/Save/Ang-Def.0006.dat,<br>
home/amoore2/Work/Save/Props.0006.dat]<br>
Host: localhost<br>
Directory: wormanalysis-20090622-1303-7z3h1d62/jobs/0/wormanalysis-0mumlmcj<br>
stderr.txt<br>
<br>
stdout.txt<br>
<br>
----<br>
Caused by:<br>
Cannot submit job: java.io.IOException: qsub: not found<br>
<br>
The program loads an image file from my CI account as input and<br>
outputs two .dat files to a directory on my CI account as well- I<br>
don't know if it might be something in my code that is causing this.<br>
Thanks.<br>
<font color="#888888">-Alex<br>
</font><div><div></div><div class="h5"><br>
On Mon, Jun 22, 2009 at 12:54 PM, Zhao Zhang<<a href="mailto:zhaozhang@uchicago.edu">zhaozhang@uchicago.edu</a>> wrote:<br>
> Hi, Alex<br>
><br>
> # sitename   transformation   path   INSTALLED    platform    profiles<br>
> pbs     wormanalysis    /home/amoore2/work/run_wormanalysis.sh<br>
> INSTALLED    INTEL32::LINUX null<br>
><br>
> change the "pbs" above to localhost.<br>
> That "sitename" field should be the same as the <pool handle> in sites.xml<br>
><br>
> best<br>
> zhao<br>
><br>
><br>
> Alex Moore wrote:<br>
>><br>
>> Trying to run a job on Teraport. Logged into <a href="http://tp-login.ci.uchicago.edu" target="_blank">tp-login.ci.uchicago.edu</a>.<br>
>> Use the following entries for sites.xml and tc.dat:<br>
>> ------<br>
>>  <pool handle="localhost"><br>
>>    <gridftp  url="local://localhost" /><br>
>>    <execution provider="pbs" url="none" /><br>
>>    <workdirectory >/var/tmp</workdirectory><br>
>>    <profile namespace="karajan" key="jobThrottle">0</profile><br>
>>  </pool><br>
>> ----------<br>
>> # sitename   transformation   path   INSTALLED    platform    profiles<br>
>> pbs     wormanalysis    /home/amoore2/work/run_wormanalysis.sh<br>
>> INSTALLED    INTEL32::LINUX null<br>
>> ----------<br>
>><br>
>> My swift program call an app named wormanalysis that is on my ci<br>
>> account. Runs fine locally. Mike Wilde said that changing the<br>
>> "<execution provider="  to pbs instead of localhost should work. Got<br>
>> the following error message:<br>
>><br>
>> Execution failed:<br>
>> Could no find any valid host for the task "Task( type=UNKNOWN,<br>
>> identity=urn:cog-1245692325277)" with constraints {filenames=<br>
>> [Ljava.lang.Sting;@15f98bd, trfqn=wormanalysis,<br>
>> filecache=0rg.griphyn.vdl.karajan.lib.cache.CacheMapAdapter@15f98f9,<br>
>> tr=wormanalysis}<br>
>><br>
>> Any help would be appreciated. Thanks.<br>
>> -Alex<br>
>> _______________________________________________<br>
>> Swift-user mailing list<br>
>> <a href="mailto:Swift-user@ci.uchicago.edu">Swift-user@ci.uchicago.edu</a><br>
>> <a href="http://mail.ci.uchicago.edu/mailman/listinfo/swift-user" target="_blank">http://mail.ci.uchicago.edu/mailman/listinfo/swift-user</a><br>
>><br>
>><br>
><br>
_______________________________________________<br>
Swift-user mailing list<br>
<a href="mailto:Swift-user@ci.uchicago.edu">Swift-user@ci.uchicago.edu</a><br>
<a href="http://mail.ci.uchicago.edu/mailman/listinfo/swift-user" target="_blank">http://mail.ci.uchicago.edu/mailman/listinfo/swift-user</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>