David,<div><br></div><div>Yes, I see this happening everytime more than one task is active. I looked up the web about this and this page seems to be relavant:</div><div><br></div><div><a href="http://www.danielschneller.com/2008/01/saxparseexception-1-1-premature-end-of.html">http://www.danielschneller.com/2008/01/saxparseexception-1-1-premature-end-of.html</a></div>
<div><br></div><div>It seems that while reusing the xml stream for probing the job status, the error occurs. The above article suggests to make a copy of each task-status stream and read from it.<br><br>If you are around today, let's look into it together.</div>
<div><br></div><div>Regards,</div><div>Ketan</div><div><br></div><div><div class="gmail_quote">On Sun, Nov 20, 2011 at 4:05 PM, David Kelly <span dir="ltr"><<a href="mailto:davidk@ci.uchicago.edu">davidk@ci.uchicago.edu</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><br>
I haven't run into this one yet, but I will take a look at this and the other SGE issues tomorrow. Does this happen every time?<br>
<br>
David<br>
<div><div></div><div class="h5"><br>
----- Original Message -----<br>
> From: "Ketan Maheshwari" <<a href="mailto:ketancmaheshwari@gmail.com">ketancmaheshwari@gmail.com</a>><br>
> To: "Swift Devel" <<a href="mailto:swift-devel@ci.uchicago.edu">swift-devel@ci.uchicago.edu</a>><br>
> Sent: Sunday, November 20, 2011 11:02:02 AM<br>
> Subject: [Swift-devel] Error while parsing XML<br>
> I am seeing this error message at runtime on the SCEC workflow:<br>
><br>
><br>
><br>
> Progress: time: Sun, 20 Nov 2011 10:20:51 -0600 Active:2 Finished<br>
> successfully:4<br>
> [Fatal Error] :-1:-1: Premature end of file.<br>
> org.xml.sax.SAXParseException: Premature end of file.<br>
> at org.apache.xerces.parsers.DOMParser.parse(Unknown Source)<br>
> at org.apache.xerces.jaxp.DocumentBuilderImpl.parse(Unknown Source)<br>
> at javax.xml.parsers.DocumentBuilder.parse(DocumentBuilder.java:124)<br>
> at<br>
> org.globus.cog.abstraction.impl.scheduler.sge.QueuePoller.processStdout(QueuePoller.java:191)<br>
> at<br>
> org.globus.cog.abstraction.impl.scheduler.common.AbstractQueuePoller.pollQueue(AbstractQueuePoller.java:170)<br>
> at<br>
> org.globus.cog.abstraction.impl.scheduler.common.AbstractQueuePoller.run(AbstractQueuePoller.java:82)<br>
> at java.lang.Thread.run(Thread.java:619)<br>
> Progress: time: Sun, 20 Nov 2011 10:21:02 -0600 Active:1 Finished<br>
> successfully:4 Failed but can retry:1<br>
> Exception in simsgt:<br>
> Arguments: [TEST, processed/gridout_TEST, processed/TEST.modelbox,<br>
> processed/TEST.fdloc, processed/TEST.cordfile, x]<br>
> Host: SGE<br>
> Directory: presgt-20111120-0852-n6cze3l8/jobs/d/simsgt-dlogn1jk<br>
> stderr.txt:<br>
> stdout.txt:<br>
><br>
><br>
> ----<br>
><br>
><br>
> Caused by: java.io.IOException: Error while parsing XML<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> Exception in simsgt:<br>
> Arguments: [TEST, processed/gridout_TEST, processed/TEST.modelbox,<br>
> processed/TEST.fdloc, processed/TEST.cordfile, y]<br>
> Host: SGE<br>
> Directory: presgt-20111120-0852-n6cze3l8/jobs/e/simsgt-elogn1jk<br>
> stderr.txt:<br>
> stdout.txt:<br>
><br>
><br>
> ----<br>
><br>
><br>
> Caused by: java.io.IOException: Error while parsing XML<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> Final status: time: Sun, 20 Nov 2011 10:21:02 -0600 Failed:2 Finished<br>
> successfully:4<br>
> The following errors have occurred:<br>
> 1. java.io.IOException: Error while parsing XML (2 times)<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> The log is:<br>
> <a href="http://www.mcs.anl.gov/~ketan/presgt-20111120-0852-n6cze3l8.log" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/~ketan/presgt-20111120-0852-n6cze3l8.log</a><br>
><br>
><br>
> It shows the same error message at the end of the log. Does anyone<br>
> else see this?<br>
><br>
><br>
><br>
> --<br>
> Ketan<br>
><br>
><br>
><br>
</div></div>> _______________________________________________<br>
> Swift-devel mailing list<br>
> <a href="mailto:Swift-devel@ci.uchicago.edu">Swift-devel@ci.uchicago.edu</a><br>
> <a href="https://lists.ci.uchicago.edu/cgi-bin/mailman/listinfo/swift-devel" target="_blank">https://lists.ci.uchicago.edu/cgi-bin/mailman/listinfo/swift-devel</a><br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Ketan<br><br><br>
</div>