This looks like the same bug I encountered in 0.92.1: <br><a href="https://bugzilla.mcs.anl.gov/swift/show_bug.cgi?id=569">https://bugzilla.mcs.anl.gov/swift/show_bug.cgi?id=569</a><br><br>This affects SwiftR so I'm trying to work out what my options are to resolve it.  Is it possible to backport the fix to the 0.92 release?  I can do this myself, or simply patch my own version of the source if you let me know the svn revision.<br>
<br>I'm also not sure what the overall best approach for bundling Swift with SwiftR is.  My current approach is to simply include the most recent stable Swift release, but I seem to be missing out on relevant bugfixes from trunk.  I'm looking in the near future to start distributed SwiftR more widely as a downloadable R package so pushing out bugfixes may become more of a pain.  Any thoughts on which version of Swift I should bundle with SwiftR in order to maximise stability?  <br>
<br>- Tim<br><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Aug 17, 2011 at 2:53 PM, David Kelly <span dir="ltr"><<a href="mailto:davidk@ci.uchicago.edu">davidk@ci.uchicago.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
Thanks Mihael, that fixed it.<br>
<font color="#888888"><br>
David<br>
</font><div class="im"><br>
----- Original Message -----<br>
> From: "Mihael Hategan" <<a href="mailto:hategan@mcs.anl.gov">hategan@mcs.anl.gov</a>><br>
> To: "David Kelly" <<a href="mailto:davidk@ci.uchicago.edu">davidk@ci.uchicago.edu</a>><br>
> Cc: <a href="mailto:swift-devel@ci.uchicago.edu">swift-devel@ci.uchicago.edu</a><br>
</div><div class="im">> Sent: Wednesday, August 17, 2011 2:47:38 PM<br>
> Subject: Re: [Swift-devel] Swift 0.93 exception on Fusion<br>
</div><div><div></div><div class="h5">> Fixed in svn.<br>
><br>
> On Wed, 2011-08-17 at 11:34 -0500, David Kelly wrote:<br>
> > Hello,<br>
> ><br>
> > When testing 0.93 on Fusion, Swift throws an exception. I am running<br>
> > with the catsn script. It runs, creates the output, but then gives<br>
> > this error when cleaning up:<br>
> ><br>
> > Final status: time: Wed, 17 Aug 2011 11:17:38 -0500 Finished<br>
> > successfully:10<br>
> > org.globus.cog.abstraction.impl.common.task.TaskSubmissionException:<br>
> > Cannot submit job<br>
> >     at<br>
> >     org.globus.cog.abstraction.impl.scheduler.common.AbstractJobSubmissionTaskHandler.submit(AbstractJobSubmissionTaskHandler.java:67)<br>
> >     at<br>
> >     org.globus.cog.abstraction.impl.common.AbstractTaskHandler.submit(AbstractTaskHandler.java:45)<br>
> >     at<br>
> >     org.globus.cog.abstraction.impl.common.task.ExecutionTaskHandler.submit(ExecutionTaskHandler.java:57)<br>
> >     at<br>
> >     org.globus.cog.abstraction.coaster.service.job.manager.LocalQueueProcessor.run(LocalQueueProcessor.java:40)<br>
> > Caused by: java.lang.NullPointerException<br>
> >     at<br>
> >     org.globus.cog.abstraction.impl.scheduler.pbs.PBSExecutor.makeName(PBSExecutor.java:304)<br>
> >     at<br>
> >     org.globus.cog.abstraction.impl.scheduler.pbs.PBSExecutor.writeScript(PBSExecutor.java:205)<br>
> >     at<br>
> >     org.globus.cog.abstraction.impl.scheduler.common.AbstractExecutor.buildCommandLine(AbstractExecutor.java:169)<br>
> >     at<br>
> >     org.globus.cog.abstraction.impl.scheduler.common.AbstractExecutor.start(AbstractExecutor.java:89)<br>
> >     at<br>
> >     org.globus.cog.abstraction.impl.scheduler.common.AbstractJobSubmissionTaskHandler.submit(AbstractJobSubmissionTaskHandler.java:53)<br>
> >     ... 3 more<br>
> ><br>
> > The config and log files are attached. They can also be found on<br>
> > fusion in ~davidk/temp. This is filed in bugzilla as bug #515.<br>
> ><br>
> > David<br>
> > _______________________________________________ Swift-devel mailing<br>
> > list <a href="mailto:Swift-devel@ci.uchicago.edu">Swift-devel@ci.uchicago.edu</a><br>
> > <a href="https://lists.ci.uchicago.edu/cgi-bin/mailman/listinfo/swift-devel" target="_blank">https://lists.ci.uchicago.edu/cgi-bin/mailman/listinfo/swift-devel</a><br>
_______________________________________________<br>
Swift-devel mailing list<br>
<a href="mailto:Swift-devel@ci.uchicago.edu">Swift-devel@ci.uchicago.edu</a><br>
<a href="https://lists.ci.uchicago.edu/cgi-bin/mailman/listinfo/swift-devel" target="_blank">https://lists.ci.uchicago.edu/cgi-bin/mailman/listinfo/swift-devel</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>