
<html class="apple-mail-supports-explicit-dark-mode">


<head>


<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">


</head>


<body dir="auto">


<div><br>


</div>


<div>


<p style="-webkit-text-size-adjust: auto; margin: 0px 0px 12px; font-width: normal; font-size: 19px; line-height: normal; font-family: "Times New Roman"; font-size-adjust: none; font-kerning: auto; font-variant-alternates: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-numeric: normal; font-variant-east-asian: normal; font-variant-position: normal; font-feature-settings: normal; font-optical-sizing: auto; font-variation-settings: normal; -webkit-text-stroke-color: rgb(0, 0, 0);">


Dear all, </p>


<p style="-webkit-text-size-adjust: auto; margin: 0px 0px 12px; font-width: normal; font-size: 19px; line-height: normal; font-family: "Times New Roman"; font-size-adjust: none; font-kerning: auto; font-variant-alternates: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-numeric: normal; font-variant-east-asian: normal; font-variant-position: normal; font-feature-settings: normal; font-optical-sizing: auto; font-variation-settings: normal; -webkit-text-stroke-color: rgb(0, 0, 0);">


I am working with a large nonlinear system solved with SNES, where a significant fraction of the unknowns are temporarily inactive due to a physical parameter being zero (e.g. zero occupancy / zero weight).</p>


<p style="-webkit-text-size-adjust: auto; margin: 0px 0px 12px; font-width: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: "Times New Roman"; font-size-adjust: none; font-kerning: auto; font-variant-alternates: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-numeric: normal; font-variant-east-asian: normal; font-variant-position: normal; font-feature-settings: normal; font-optical-sizing: auto; font-variation-settings: normal; -webkit-text-stroke-color: rgb(0, 0, 0); min-height: 13.8px;">


<br>


<span style="font-kerning: none;"></span></p>


<p style="-webkit-text-size-adjust: auto; margin: 0px 0px 12px; font-width: normal; font-size: 19px; line-height: normal; font-family: "Times New Roman"; font-size-adjust: none; font-kerning: auto; font-variant-alternates: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-numeric: normal; font-variant-east-asian: normal; font-variant-position: normal; font-feature-settings: normal; font-optical-sizing: auto; font-variation-settings: normal; -webkit-text-stroke-color: rgb(0, 0, 0);">


<span style="font-kerning: none;">For those DOF </span>the corresponding equilibrium equation is physically inactive, but the unknown still appears in the global vector and in couplings of neighboring particles (Im using dmswarm).</p>


<p style="-webkit-text-size-adjust: auto; margin: 0px 0px 12px; font-width: normal; font-size: 19px; line-height: normal; font-family: "Times New Roman"; font-size-adjust: none; font-kerning: auto; font-variant-alternates: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-numeric: normal; font-variant-east-asian: normal; font-variant-position: normal; font-feature-settings: normal; font-optical-sizing: auto; font-variation-settings: normal; -webkit-text-stroke-color: rgb(0, 0, 0);">


At the moment, these inactive equations contribute with a zero residual (F_i=0), which (I think) leads to poor conditioning and convergence issues for large problems.</p>


<p style="-webkit-text-size-adjust: auto; margin: 0px 0px 12px; font-width: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: "Times New Roman"; font-size-adjust: none; font-kerning: auto; font-variant-alternates: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-numeric: normal; font-variant-east-asian: normal; font-variant-position: normal; font-feature-settings: normal; font-optical-sizing: auto; font-variation-settings: normal; -webkit-text-stroke-color: rgb(0, 0, 0); min-height: 13.8px;">


<span style="font-kerning: none;"></span><br>


</p>


<p style="-webkit-text-size-adjust: auto; margin: 0px 0px 12px; font-width: normal; font-size: 19px; line-height: normal; font-family: "Times New Roman"; font-size-adjust: none; font-kerning: auto; font-variant-alternates: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-numeric: normal; font-variant-east-asian: normal; font-variant-position: normal; font-feature-settings: normal; font-optical-sizing: auto; font-variation-settings: normal; -webkit-text-stroke-color: rgb(0, 0, 0);">


<span style="font-kerning: none;">My question is about best numerical practice in this situation. For the position field, should I do something like F_i = q_i - q_(i,n)? Where </span>q_(i,n) is the position of the particle at the previous configuration.</p>


<p style="-webkit-text-size-adjust: auto; margin: 0px 0px 12px; font-width: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: "Times New Roman"; font-size-adjust: none; font-kerning: auto; font-variant-alternates: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-numeric: normal; font-variant-east-asian: normal; font-variant-position: normal; font-feature-settings: normal; font-optical-sizing: auto; font-variation-settings: normal; -webkit-text-stroke-color: rgb(0, 0, 0); min-height: 13.8px;">


<span style="font-kerning: none;"></span><br>


</p>


<p style="-webkit-text-size-adjust: auto; margin: 0px 0px 12px; font-width: normal; font-size: 19px; line-height: normal; font-family: "Times New Roman"; font-size-adjust: none; font-kerning: auto; font-variant-alternates: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-numeric: normal; font-variant-east-asian: normal; font-variant-position: normal; font-feature-settings: normal; font-optical-sizing: auto; font-variation-settings: normal; -webkit-text-stroke-color: rgb(0, 0, 0);">


Best regards,</p>


<p style="-webkit-text-size-adjust: auto; margin: 0px 0px 12px; font-width: normal; font-size: 19px; line-height: normal; font-family: "Times New Roman"; font-size-adjust: none; font-kerning: auto; font-variant-alternates: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-numeric: normal; font-variant-east-asian: normal; font-variant-position: normal; font-feature-settings: normal; font-optical-sizing: auto; font-variation-settings: normal; -webkit-text-stroke-color: rgb(0, 0, 0);">


Miguel</p>


</div>


</body>


</html>