<div dir="ltr"><div dir="ltr">On Mon, Dec 1, 2025 at 8:22 AM Aldo Bonfiglioli <<a href="mailto:aldo.bonfiglioli@unibas.it">aldo.bonfiglioli@unibas.it</a>> wrote:</div><div class="gmail_quote gmail_quote_container"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Dear developers,<br>
<br>
I wrote a code that extracts subDMs corresponding to the various strata <br>
in the Face Sets.<br>
<br>
I run into troubles when I view a subDM or a Vec attached to the subDM <br>
using the VTK format.<br>
<br>
More precisely, the problem only occurs on more than one processor when <br>
the rank=0 processor has no points on a given subDM.<br>
<br>
For instance, when the attached reproducer is run on 2 procs, the <br>
u_01.vtu file (global u Vec mapped to the subDM corresponding to stratum=1)<br>
<br>
only includes the header, but no data. All other u_0?.vtu files can <br>
successfully be loaded and viewed in paraview.<br>
<br>
The problem does NOT arise when I view the same objects in HDF5 format.<br>
<br>
However, my problem in using the HDF5 lies in the fact that:<br>
<br>
while the hdf5 file obtained with DMView can be post-processed with <br>
"petsc/lib/petsc/bin/petsc_gen_xdmf.py" to create a xmf file readable by <br>
paraview<br></blockquote><div><br></div><div>Hi Aldo,</div><div><br></div><div>Sorry about this, I would like to make it more intuitive. First, the solution (I think)</div><div><br></div><div>  -dm_plex_view_hdf5_storage_version 1.1.0</div><div><br></div><div>will write the Viz field by default, so that PAraview will see it. Can you try this?</div><div><br></div><div>Why do we need this? I have now made version-controlled output formats. There is something about</div><div>this in the manual, but not enough. Paraview only supports vertex-based fields and cell-based fields</div><div>(at least that I understand), so we need to write a separate copy of the field (since Plex supports any</div><div>layout). Lots of people do not want a separate copy, since they are checkpointing, so we control this</div><div>with a format (PETSC_VIEWER_HDF5_VIZ). You can pass this for specific output, or use the format</div><div>version that does it automatically.</div><div><br></div><div>Let me know if this works.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
I do not know how to view the field(s) associated with the DM when the <br>
hdf5 file is obtained from VecView.<br>
<br>
The reproducer compiles with the latest petsc release.<br>
<br>
Thanks,<br>
<br>
Aldo<br>
<br>
-- <br>
Dr. Aldo Bonfiglioli<br>
Associate professor of Fluid Mechanics<br>
Dipartimento di Ingegneria<br>
Universita' della Basilicata<br>
V.le dell'Ateneo Lucano, 10 85100 Potenza ITALY<br>
tel:+39.0971.205203 fax:+39.0971.205215<br>
web: <a href="https://urldefense.us/v3/__http://docenti.unibas.it/site/home/docente.html?m=002423__;!!G_uCfscf7eWS!eXE2csxUb1J5bnRosf9LIGxLs17TdstMxQcGs0mbXFroRjzLN81jVmeAWfMr41X8JGEuVm286lVTmDgmi5s1zfsfegJNuWVVWTM$" rel="noreferrer" target="_blank">https://urldefense.us/v3/__http://docenti.unibas.it/site/home/docente.html?m=002423__;!!G_uCfscf7eWS!eXE2csxUb1J5bnRosf9LIGxLs17TdstMxQcGs0mbXFroRjzLN81jVmeAWfMr41X8JGEuVm286lVTmDgmi5s1zfsfegJNuWVVWTM$</a> <br>
</blockquote></div><div><br clear="all"></div><div><br></div><span class="gmail_signature_prefix">-- </span><br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="https://urldefense.us/v3/__http://www.cse.buffalo.edu/*knepley/__;fg!!G_uCfscf7eWS!f1RvXE2KMeUsh5sgUBZzIIBhluwlYswPKT9rJ68dK6QgBnEwc3sSJnMK0IaiZzswk8NZNJjy-jh0mdAuSKFQ$" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>