<div style="font-family: Arial, sans-serif; font-size: 14px;">Hello,</div><div style="font-family: Arial, sans-serif; font-size: 14px;"><br></div><div style="font-family: Arial, sans-serif; font-size: 14px;">In the mesh attached, a 1x1x1 cube with 8 nodes, physical groups are defined for the 6 bounding faces only. According to the GUI, and looking at the MSH file in $Entities, there are no physical groups for nodes.</div><div style="font-family: Arial, sans-serif; font-size: 14px;"><br></div><div style="font-family: Arial, sans-serif; font-size: 14px;">Using the following code:</div><div style="font-family: Arial, sans-serif; font-size: 14px;"><br></div><div style="font-family: Arial, sans-serif; font-size: 14px;">---<br></div><div style="font-family: Arial, sans-serif; font-size: 14px;"><span>#include <stdio.h></span><div><span>#include <petscdmplex.h></span></div><div><br></div><div><span>int main(int argc, char *argv[]) {</span></div><div><br></div><div><span>    DM dm;</span></div><div><span>    PetscInt v;</span></div><div><br></div><div><span>    PetscCall(PetscInitialize(&argc, &argv, NULL, NULL));</span></div><div><br></div><div><span>    PetscCall(PetscOptionsInsertString(NULL, " -dm_plex_gmsh_mark_vertices "));</span></div><div><span>    PetscCall(DMPlexCreateFromFile(PETSC_COMM_WORLD, "mesh.msh", "test", PETSC_TRUE, &dm));</span></div><div><span>    PetscCall(DMGetLabelSize(dm, "Vertex Sets", &v));</span></div><div><span>    printf("\nVertex set size %d\n", v);</span></div><div><br></div><div><span>    PetscCall(PetscFinalize());</span></div><div><span>}</span></div><span></span></div><div style="font-family: Arial, sans-serif; font-size: 14px;">---<br></div><div style="font-family: Arial, sans-serif; font-size: 14px;">it says "Vertex Sets" has size 6, with IS [1, 2, 3, 4, 5, 6]. Is that intended behavior? Up until now I relied on having an empty set whenever physical tags where not explicitly defined, but this one mesh seems to be an exception.</div><div style="font-family: Arial, sans-serif; font-size: 14px;"><br></div><div style="font-family: Arial, sans-serif; font-size: 14px;">Thanks.</div><div style="font-family: Arial, sans-serif; font-size: 14px;"><br></div><div style="font-family: Arial, sans-serif; font-size: 14px;">Noam<br></div><div style="font-family: Arial, sans-serif; font-size: 14px;"><br></div><div style="font-family: Arial, sans-serif; font-size: 14px;">PS:  The size is v = 0 when removing the flag "<span>-dm_plex_gmsh_mark_vertices".</span><br></div>