<div dir="ltr"><div dir="ltr">On Wed, May 14, 2025 at 6:19 AM Mark Adams <<a href="mailto:mfadams@lbl.gov">mfadams@lbl.gov</a>> wrote:</div><div class="gmail_quote gmail_quote_container"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">There are examples listed at the end of the <strong style="font-size:14px"><a href="https://urldefense.us/v3/__https://petsc.org/release/manualpages/DMPlex/DMPlexCreateFromFile/__;!!G_uCfscf7eWS!b8tabJOQMBPGdL853VyP1yu-DrBuHaOQDcvf368RW41TmzhfdTRagLyrwBnZBeZ6OM3g6neOJBuBS2RCNnBwe35XChWNH5S3bg$" style="color:rgb(0,0,0)" target="_blank">DMPlexCreateFromFile</a>,</strong>and the first two are designed for parallel file load-store.<div>Matt may have a better idea but I would test that you can run these tests (there are test arguments in a comment at the end of the source file), to get your installation working, and then clone that code.</div></div></blockquote><div><br></div><div>On the machine on which you created the GMsh file there is definitely enough memory. Thus I would load it there and save it as HDF5 or NetCDF, so that you could load it in parallel elsewhere. For HDF5, I would use the latest formet</div><div><br></div><div>  -dm_plex_view_hdf5_storage_version 3.1.0</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Mark</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, May 13, 2025 at 10:40 AM 程奔 <<a href="mailto:ctchengben@mail.scut.edu.cn" target="_blank">ctchengben@mail.scut.edu.cn</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div>
<div style="font-size:14px">

        <div style="font-size:14px">
                <span style="font-size:14px">Hello,</span>
        </div>
        <div style="font-size:14px">
                <span><br>
</span> <span style="font-size:14px">Recently I create unstructure mesh from Gmsh and its mesh format is msh file. However the mesh file contain around <span>100 million</span> nodes, so when I use <span style="font-size:14px;color:rgb(0,0,0)"><strong><a href="https://urldefense.us/v3/__https://petsc.org/release/manualpages/DMPlex/DMPlexCreateFromFile/__;!!G_uCfscf7eWS!b8tabJOQMBPGdL853VyP1yu-DrBuHaOQDcvf368RW41TmzhfdTRagLyrwBnZBeZ6OM3g6neOJBuBS2RCNnBwe35XChWNH5S3bg$" style="color:rgb(0,0,0)" target="_blank">DMPlexCreateFromFile</a> </strong></span></span> 
        </div>
        <div style="font-size:14px">
                <span>it only perform on a single CPU process thus out of memory. </span>
        </div>
        <div style="font-size:14px">
                <span><br>
</span>
        </div>
        <div style="font-size:14px">
                I ask GPT and it said PETSc may parallel perform <strong><a href="https://urldefense.us/v3/__https://petsc.org/release/manualpages/DMPlex/DMPlexCreateFromFile/__;!!G_uCfscf7eWS!b8tabJOQMBPGdL853VyP1yu-DrBuHaOQDcvf368RW41TmzhfdTRagLyrwBnZBeZ6OM3g6neOJBuBS2RCNnBwe35XChWNH5S3bg$" style="color:rgb(0,0,0)" target="_blank">DMPlexCreateFromFile</a> </strong>when the mesh file is HDF5/Exodus II/XDMF, so it will decrease the <span>Memory pressure</span> for each CPU process.
        </div>
        <div style="font-size:14px">
                <br>
        </div>
        <div style="font-size:14px">
                So I sent this email for asking help that how can I load such large-scale mesh to create DMPLEX.
        </div>
        <div style="font-size:14px">
                <p style="font-size:14px">
                        <br>
                </p>
<span style="font-size:14px">Looking forward to your reply!</span><br>
<span style="font-size:14px"><br>
</span><br>
<span style="font-size:14px">sinserely,</span><br>
<span style="font-size:14px">Cheng.</span><br>
<span style="font-size:16px"></span> 
        </div>
</div></div></blockquote></div>
</blockquote></div><div><br clear="all"></div><div><br></div><span class="gmail_signature_prefix">-- </span><br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="https://urldefense.us/v3/__http://www.cse.buffalo.edu/*knepley/__;fg!!G_uCfscf7eWS!ZZx-2RTs8T5ThExGXILH1XXU3-8Ko9JD4p9a85zHm9D1bn8xxrag2HfMb0zD5jAYQJWiL6CyI62KgWPfWduy$" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>