<div dir="ltr"><div dir="ltr"><br></div><br><div class="gmail_quote gmail_quote_container"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Il giorno gio 1 mag 2025 alle ore 11:38 Klaij, Christiaan <<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl">C.Klaij@marin.nl</a>> ha scritto:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">The checks seem to be in place: I do get a PETSC ERROR when I add a log event on rank 0 as you suggested.<br>
<br></blockquote><div><br></div><div>Ok, the broken logic may be in LogView then. You can try deactivating some logging by classes and see how the error evolves, maybe using PetscLogClassSetActiveAll. Or, if feasible, commenting out some part of the simulation code</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
Another thought: in between the log events pairs, I also have calls to PetscLogFlops, perhaps that plays a role somehow.<br>
<br></blockquote><div>It shouldn't</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
Chris<br>
<br>
________________________________________<br>
From: Klaij, Christiaan <<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>><br>
Sent: Thursday, May 1, 2025 10:23 AM<br>
To: Stefano Zampini<br>
Cc: Randall Mackie; PETSc users list; Isaac, Toby<br>
Subject: Re: [petsc-users] problem with nested logging<br>
<br>
Was the rewritting by Toby done somewhere between petsc 3.19.4 (no problem) and 3.23.4 (problem)?<br>
<br>
Chris<br>
<br>
________________________________________<br>
From: Stefano Zampini <<a href="mailto:stefano.zampini@gmail.com" target="_blank">stefano.zampini@gmail.com</a>><br>
Sent: Thursday, May 1, 2025 9:12 AM<br>
To: Klaij, Christiaan<br>
Cc: Randall Mackie; PETSc users list; Isaac, Toby<br>
Subject: Re: [petsc-users] problem with nested logging<br>
<br>
If I look at the code for PetscLogHandlerEventBegin_Default, there are checks in place to see if the event is collectively called (see below)<br>
Can you make sure the Nested logging system has the same checks?<br>
It should, but double check since the code has been largely rewritten by Toby some time ago; to check it should be as easy as writing a code that calls a collective event on a single process and a debug version of petsc should complain<br>
<br>
if (rank ==0)<br>
  LogEventBegin() <-this should call MPIU_Allreduce, but other processes will not, thus hang<br>
<br>
<br>
If it does not complain, then the error must come from how the logic in LogView works, and from how it traverses the various events (my guess: processed in a different order from different processes). Without a reproducer, it is hard to understand what's going on<br>
<br>
static PetscErrorCode PetscLogHandlerEventBegin_Default(PetscLogHandler h, PetscLogEvent event, PetscObject o1, PetscObject o2, PetscObject o3, PetscObject o4)<br>
{<br>
  PetscLogHandler_Default def             = (PetscLogHandler_Default)h->data;<br>
  PetscEventPerfInfo     *event_perf_info = NULL;<br>
  PetscLogEventInfo       event_info;<br>
  PetscLogDouble          time;<br>
  PetscLogState           state;<br>
  PetscLogStage           stage;<br>
<br>
  PetscFunctionBegin;<br>
  PetscCall(PetscLogHandlerGetState(h, &state));<br>
  if (PetscDefined(USE_DEBUG)) {<br>
    PetscCall(PetscLogStateEventGetInfo(state, event, &event_info));<br>
    if (PetscUnlikely(o1)) PetscValidHeader(o1, 3);<br>
    if (PetscUnlikely(o2)) PetscValidHeader(o2, 4);<br>
    if (PetscUnlikely(o3)) PetscValidHeader(o3, 5);<br>
    if (PetscUnlikely(o4)) PetscValidHeader(o4, 6);<br>
    if (event_info.collective && o1) {<br>
      PetscInt64 b1[2], b2[2];<br>
<br>
      b1[0] = -o1->cidx;<br>
      b1[1] = o1->cidx;<br>
      PetscCallMPI(MPIU_Allreduce(b1, b2, 2, MPIU_INT64, MPI_MAX, PetscObjectComm(o1)));<br>
      PetscCheck(-b2[0] == b2[1], PETSC_COMM_SELF, PETSC_ERR_PLIB, "Collective event %s not called collectively %" PetscInt64_FMT " != %" PetscInt64_FMT, <a href="https://urldefense.us/v3/__http://event_info.name__;!!G_uCfscf7eWS!crCM5sjjbiW2UA3oXM3tEMAALyn_2tPaKI8PGqZHWnSyRxkWGSkyxCXMSOOX4ahR0lDueyvZM3jiyD8WwsnM8kQGIzRjQos$" rel="noreferrer" target="_blank">event_info.name</a><<a href="https://urldefense.us/v3/__http://event_info.name__;!!G_uCfscf7eWS!crCM5sjjbiW2UA3oXM3tEMAALyn_2tPaKI8PGqZHWnSyRxkWGSkyxCXMSOOX4ahR0lDueyvZM3jiyD8WwsnM8kQGIzRjQos$" rel="noreferrer" target="_blank">http://event_info.name</a>>, -b2[0], b2[1]);<br>
    }<br>
  }<br>
  /* Synchronization */<br>
  PetscCall(PetscLogHandlerEventSync_Default(h, event, PetscObjectComm(o1)));<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
Il giorno gio 1 mag 2025 alle ore 09:56 Klaij, Christiaan <<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>>> ha scritto:<br>
I've tried with -log_sync, no complaints whatsoever, but the error is still there...<br>
<br>
Chris<br>
<br>
________________________________________<br>
From: Stefano Zampini <<a href="mailto:stefano.zampini@gmail.com" target="_blank">stefano.zampini@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:stefano.zampini@gmail.com" target="_blank">stefano.zampini@gmail.com</a>>><br>
Sent: Tuesday, April 29, 2025 6:12 PM<br>
To: Randall Mackie<br>
Cc: Klaij, Christiaan; PETSc users list; Isaac, Toby<br>
Subject: Re: [petsc-users] problem with nested logging<br>
<br>
Can you try using -log_sync ? This should check every entry/exit points of logged Events and complain if something is not collectively called<br>
<br>
Stefano<br>
<br>
On Tue, Apr 29, 2025, 18:21 Randall Mackie <<a href="mailto:rlmackie862@gmail.com" target="_blank">rlmackie862@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:rlmackie862@gmail.com" target="_blank">rlmackie862@gmail.com</a>><mailto:<a href="mailto:rlmackie862@gmail.com" target="_blank">rlmackie862@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:rlmackie862@gmail.com" target="_blank">rlmackie862@gmail.com</a>>>> wrote:<br>
ah okay, I missed that this was found using openmpi.<br>
<br>
then it’s probably not the same issue we had.<br>
<br>
I can’t remember in which version it was fixed (I’m away from my work computer)….I do know in our case openmpi and the latest Intel One API work fine.<br>
<br>
Randy<br>
<br>
On Apr 29, 2025, at 8:58 AM, Klaij, Christiaan <<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>>>> wrote:<br>
<br>
Well, the error below only shows-up thanks to openmpi and gnu compilers.<br>
With the intel mpi and compilers it just hangs (tried oneapi 2023.1.0). In which version was that bug fixed?<br>
<br>
Chris<br>
<br>
________________________________________<br>
<image374583.png><br>
dr. ir.     Christiaan       Klaij<br>
 |      senior researcher        |      Research & Development   |      CFD Development<br>
T +31 317 49 33 44<tel:+31%20317%2049%2033%2044>         |       <a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>>>      | <a href="https://urldefense.us/v3/__http://www.marin.nl__;!!G_uCfscf7eWS!crCM5sjjbiW2UA3oXM3tEMAALyn_2tPaKI8PGqZHWnSyRxkWGSkyxCXMSOOX4ahR0lDueyvZM3jiyD8WwsnM8kQGA8tjmMQ$" rel="noreferrer" target="_blank">www.marin.nl</a><<a href="https://urldefense.us/v3/__http://www.marin.nl__;!!G_uCfscf7eWS!crCM5sjjbiW2UA3oXM3tEMAALyn_2tPaKI8PGqZHWnSyRxkWGSkyxCXMSOOX4ahR0lDueyvZM3jiyD8WwsnM8kQGA8tjmMQ$" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.marin.nl</a>><<a href="https://urldefense.us/v3/__https://www.marin.nl/__;!!G_uCfscf7eWS!bW2X4VgowGOLrAASgbFOR_Mh6HW4HtWqrdtpsvpnpiFrIwki34JOGyih-h-1bvgb-Bh4EdWRUoVqQW7s6Cx-ci9iNg$" rel="noreferrer" target="_blank">https://urldefense.us/v3/__https://www.marin.nl/__;!!G_uCfscf7eWS!bW2X4VgowGOLrAASgbFOR_Mh6HW4HtWqrdtpsvpnpiFrIwki34JOGyih-h-1bvgb-Bh4EdWRUoVqQW7s6Cx-ci9iNg$</a>><br>
<image322757.png><<a href="https://urldefense.us/v3/__https://www.facebook.com/marin.wageningen__;!!G_uCfscf7eWS!bW2X4VgowGOLrAASgbFOR_Mh6HW4HtWqrdtpsvpnpiFrIwki34JOGyih-h-1bvgb-Bh4EdWRUoVqQW7s6Cxl-rBbfA$" rel="noreferrer" target="_blank">https://urldefense.us/v3/__https://www.facebook.com/marin.wageningen__;!!G_uCfscf7eWS!bW2X4VgowGOLrAASgbFOR_Mh6HW4HtWqrdtpsvpnpiFrIwki34JOGyih-h-1bvgb-Bh4EdWRUoVqQW7s6Cxl-rBbfA$</a>><br>
<image512282.png><<a href="https://urldefense.us/v3/__https://www.linkedin.com/company/marin__;!!G_uCfscf7eWS!bW2X4VgowGOLrAASgbFOR_Mh6HW4HtWqrdtpsvpnpiFrIwki34JOGyih-h-1bvgb-Bh4EdWRUoVqQW7s6Cw7FNelIQ$" rel="noreferrer" target="_blank">https://urldefense.us/v3/__https://www.linkedin.com/company/marin__;!!G_uCfscf7eWS!bW2X4VgowGOLrAASgbFOR_Mh6HW4HtWqrdtpsvpnpiFrIwki34JOGyih-h-1bvgb-Bh4EdWRUoVqQW7s6Cw7FNelIQ$</a>><br>
<image090879.png><<a href="https://urldefense.us/v3/__https://www.youtube.com/marinmultimedia__;!!G_uCfscf7eWS!bW2X4VgowGOLrAASgbFOR_Mh6HW4HtWqrdtpsvpnpiFrIwki34JOGyih-h-1bvgb-Bh4EdWRUoVqQW7s6CwmfHQRog$" rel="noreferrer" target="_blank">https://urldefense.us/v3/__https://www.youtube.com/marinmultimedia__;!!G_uCfscf7eWS!bW2X4VgowGOLrAASgbFOR_Mh6HW4HtWqrdtpsvpnpiFrIwki34JOGyih-h-1bvgb-Bh4EdWRUoVqQW7s6CwmfHQRog$</a>><br>
<br>
From: Randall Mackie <<a href="mailto:rlmackie862@gmail.com" target="_blank">rlmackie862@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:rlmackie862@gmail.com" target="_blank">rlmackie862@gmail.com</a>><mailto:<a href="mailto:rlmackie862@gmail.com" target="_blank">rlmackie862@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:rlmackie862@gmail.com" target="_blank">rlmackie862@gmail.com</a>>>><br>
Sent: Tuesday, April 29, 2025 3:33 PM<br>
To: Klaij, Christiaan<br>
Cc: Matthew Knepley; <a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>>; Isaac, Toby<br>
Subject: Re: [petsc-users] problem with nested logging<br>
<br>
You don't often get email from <a href="mailto:rlmackie862@gmail.com" target="_blank">rlmackie862@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:rlmackie862@gmail.com" target="_blank">rlmackie862@gmail.com</a>><mailto:<a href="mailto:rlmackie862@gmail.com" target="_blank">rlmackie862@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:rlmackie862@gmail.com" target="_blank">rlmackie862@gmail.com</a>>>. Learn why this is important<<a href="https://urldefense.us/v3/__https://aka.ms/LearnAboutSenderIdentification__;!!G_uCfscf7eWS!crCM5sjjbiW2UA3oXM3tEMAALyn_2tPaKI8PGqZHWnSyRxkWGSkyxCXMSOOX4ahR0lDueyvZM3jiyD8WwsnM8kQG_JZIR7c$" rel="noreferrer" target="_blank">https://aka.ms/LearnAboutSenderIdentification</a><<a href="https://urldefense.us/v3/__https://aka.ms/LearnAboutSenderIdentification__;!!G_uCfscf7eWS!bW2X4VgowGOLrAASgbFOR_Mh6HW4HtWqrdtpsvpnpiFrIwki34JOGyih-h-1bvgb-Bh4EdWRUoVqQW7s6CwgJDUS5w$" rel="noreferrer" target="_blank">https://urldefense.us/v3/__https://aka.ms/LearnAboutSenderIdentification__;!!G_uCfscf7eWS!bW2X4VgowGOLrAASgbFOR_Mh6HW4HtWqrdtpsvpnpiFrIwki34JOGyih-h-1bvgb-Bh4EdWRUoVqQW7s6CwgJDUS5w$</a>>><br>
We had a similar issue last year that we eventually tracked down to a bug in Intel MPI AllReduce, which was around the same version you are using.<br>
<br>
Can you try a different MPI or the latest Intel One API and see if your error clears?<br>
<br>
Randy<br>
<br>
On Tue, Apr 29, 2025 at 8:17 AM Klaij, Christiaan via petsc-users <<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>>>> wrote:<br>
I don't think so, we have tracing in place to detect mismatches. But as soon as I switch the tracing on, the error disappears... Same if I add a counter or print statements before and after EventBegin/End. Looks like a memory corruption problem, maybe nothing to do with petsc despite the error message.<br>
<br>
Chris<br>
<br>
________________________________________<br>
From: Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>><mailto:<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>>><mailto:<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>><mailto:<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>>>>><br>
Sent: Tuesday, April 29, 2025 1:50 PM<br>
To: Klaij, Christiaan<br>
Cc: Junchao Zhang; <a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>>>; Isaac, Toby<br>
Subject: Re: [petsc-users] problem with nested logging<br>
<br>
On Tue, Apr 29, 2025 at 6:50 AM Klaij, Christiaan <<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>>>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>>>>>> wrote:<br>
Here's a slightly better error message, obtained --with-debugging=1<br>
<br>
Is it possible that you have a mismatched EventBegin()/EventEnd() in your code? That could be why we cannot reproduce it here.<br>
<br>
Thanks,<br>
<br>
Matt<br>
<br>
[0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------<br>
[0]PETSC ERROR: Petsc has generated inconsistent data<br>
[0]PETSC ERROR: MPIU_Allreduce() called in different locations (code lines) on different processors<br>
[0]PETSC ERROR: See <a href="https://urldefense.us/v3/__https://petsc.org/release/faq/__;!!G_uCfscf7eWS!fFq1daAFFpKhBA_NWU3sd2QJe_S44rklqeRi0TB57XI0nQsh9jgy8iw3JNGpBbd21zqvO3QlGTLa7kjggvQAzPU$" rel="noreferrer" target="_blank">https://urldefense.us/v3/__https://petsc.org/release/faq/__;!!G_uCfscf7eWS!fFq1daAFFpKhBA_NWU3sd2QJe_S44rklqeRi0TB57XI0nQsh9jgy8iw3JNGpBbd21zqvO3QlGTLa7kjggvQAzPU$</a> for trouble shooting.<br>
[0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.22.4, Mar 01, 2025<br>
[0]PETSC ERROR: ./refresco with 2 MPI process(es) and PETSC_ARCH on marclus3login2 by cklaij Tue Apr 29 12:43:54 2025<br>
[0]PETSC ERROR: Configure options: --prefix=/home/cklaij/ReFRESCO/trunk/install/extLibs --with-mpi-dir=/cm/shared/apps/openmpi/gcc/4.0.2 --with-x=0 --with-mpe=0 --with-debugging=1 --download-superlu_dist=<a href="https://urldefense.us/v3/__https://updates.marin.nl/refresco/libs/superlu_dist-8.1.2.tar.gz__;!!G_uCfscf7eWS!fFq1daAFFpKhBA_NWU3sd2QJe_S44rklqeRi0TB57XI0nQsh9jgy8iw3JNGpBbd21zqvO3QlGTLa7kjgVgVAJPM$" rel="noreferrer" target="_blank">https://urldefense.us/v3/__https://updates.marin.nl/refresco/libs/superlu_dist-8.1.2.tar.gz__;!!G_uCfscf7eWS!fFq1daAFFpKhBA_NWU3sd2QJe_S44rklqeRi0TB57XI0nQsh9jgy8iw3JNGpBbd21zqvO3QlGTLa7kjgVgVAJPM$</a> --with-blaslapack-dir=/cm/shared/apps/intel/oneapi/mkl/2021.4.0 --download-parmetis=<a href="https://urldefense.us/v3/__https://updates.marin.nl/refresco/libs/parmetis-4.0.3-p9.tar.gz__;!!G_uCfscf7eWS!fFq1daAFFpKhBA_NWU3sd2QJe_S44rklqeRi0TB57XI0nQsh9jgy8iw3JNGpBbd21zqvO3QlGTLa7kjgo2JWTO4$" rel="noreferrer" target="_blank">https://urldefense.us/v3/__https://updates.marin.nl/refresco/libs/parmetis-4.0.3-p9.tar.gz__;!!G_uCfscf7eWS!fFq1daAFFpKhBA_NWU3sd2QJe_S44rklqeRi0TB57XI0nQsh9jgy8iw3JNGpBbd21zqvO3QlGTLa7kjgo2JWTO4$</a> --download-metis=<a href="https://urldefense.us/v3/__https://updates.marin.nl/refresco/libs/metis-5.1.0-p11.tar.gz__;!!G_uCfscf7eWS!fFq1daAFFpKhBA_NWU3sd2QJe_S44rklqeRi0TB57XI0nQsh9jgy8iw3JNGpBbd21zqvO3QlGTLa7kjgX9ZMYJA$" rel="noreferrer" target="_blank">https://urldefense.us/v3/__https://updates.marin.nl/refresco/libs/metis-5.1.0-p11.tar.gz__;!!G_uCfscf7eWS!fFq1daAFFpKhBA_NWU3sd2QJe_S44rklqeRi0TB57XI0nQsh9jgy8iw3JNGpBbd21zqvO3QlGTLa7kjgX9ZMYJA$</a> --with-packages-build-dir=/home/cklaij/ReFRESCO/trunk/build-libs/superbuild --with-ssl=0 --with-shared-libraries=1<br>
[0]PETSC ERROR: #1 PetscLogNestedTreePrintLine() at /home/cklaij/ReFRESCO/trunk/build-libs/superbuild/petsc/src/src/sys/logging/handler/impls/nested/xmlviewer.c:289<br>
[0]PETSC ERROR: #2 PetscLogNestedTreePrint() at /home/cklaij/ReFRESCO/trunk/build-libs/superbuild/petsc/src/src/sys/logging/handler/impls/nested/xmlviewer.c:379<br>
[0]PETSC ERROR: #3 PetscLogNestedTreePrint() at /home/cklaij/ReFRESCO/trunk/build-libs/superbuild/petsc/src/src/sys/logging/handler/impls/nested/xmlviewer.c:384<br>
[0]PETSC ERROR: #4 PetscLogNestedTreePrint() at /home/cklaij/ReFRESCO/trunk/build-libs/superbuild/petsc/src/src/sys/logging/handler/impls/nested/xmlviewer.c:384<br>
[0]PETSC ERROR: #5 PetscLogNestedTreePrintTop() at /home/cklaij/ReFRESCO/trunk/build-libs/superbuild/petsc/src/src/sys/logging/handler/impls/nested/xmlviewer.c:420<br>
[0]PETSC ERROR: #6 PetscLogHandlerView_Nested_XML() at /home/cklaij/ReFRESCO/trunk/build-libs/superbuild/petsc/src/src/sys/logging/handler/impls/nested/xmlviewer.c:443<br>
[0]PETSC ERROR: #7 PetscLogHandlerView_Nested() at /home/cklaij/ReFRESCO/trunk/build-libs/superbuild/petsc/src/src/sys/logging/handler/impls/nested/lognested.c:405<br>
[0]PETSC ERROR: #8 PetscLogHandlerView() at /home/cklaij/ReFRESCO/trunk/build-libs/superbuild/petsc/src/src/sys/logging/handler/interface/loghandler.c:342<br>
[0]PETSC ERROR: #9 PetscLogView() at /home/cklaij/ReFRESCO/trunk/build-libs/superbuild/petsc/src/src/sys/logging/plog.c:2040<br>
[0]PETSC ERROR: #10 /home/cklaij/ReFRESCO/trunk/Code/src/petsc_include_impl.F90:130<br>
<br>
________________________________________<br>
[cid:ii_19681617e7812ff9cfc1]<br>
dr. ir. Christiaan Klaij<br>
| senior researcher | Research & Development | CFD Development<br>
T +31 317 49 33 44<tel:+31%20317%2049%2033%2044> | <a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>>>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>>>>> | <a href="https://urldefense.us/v3/__http://www.marin.nl__;!!G_uCfscf7eWS!fFq1daAFFpKhBA_NWU3sd2QJe_S44rklqeRi0TB57XI0nQsh9jgy8iw3JNGpBbd21zqvO3QlGTLa7kjgJooxJhg$" rel="noreferrer" target="_blank">https://urldefense.us/v3/__http://www.marin.nl__;!!G_uCfscf7eWS!fFq1daAFFpKhBA_NWU3sd2QJe_S44rklqeRi0TB57XI0nQsh9jgy8iw3JNGpBbd21zqvO3QlGTLa7kjgJooxJhg$</a> <<a href="https://urldefense.us/v3/__https://www.marin.nl/__;!!G_uCfscf7eWS!fFq1daAFFpKhBA_NWU3sd2QJe_S44rklqeRi0TB57XI0nQsh9jgy8iw3JNGpBbd21zqvO3QlGTLa7kjgpOXjQSM$" rel="noreferrer" target="_blank">https://urldefense.us/v3/__https://www.marin.nl/__;!!G_uCfscf7eWS!fFq1daAFFpKhBA_NWU3sd2QJe_S44rklqeRi0TB57XI0nQsh9jgy8iw3JNGpBbd21zqvO3QlGTLa7kjgpOXjQSM$</a> ><br>
[Facebook]<<a href="https://urldefense.us/v3/__https://www.facebook.com/marin.wageningen__;!!G_uCfscf7eWS!fFq1daAFFpKhBA_NWU3sd2QJe_S44rklqeRi0TB57XI0nQsh9jgy8iw3JNGpBbd21zqvO3QlGTLa7kjg_3Zt0Pw$" rel="noreferrer" target="_blank">https://urldefense.us/v3/__https://www.facebook.com/marin.wageningen__;!!G_uCfscf7eWS!fFq1daAFFpKhBA_NWU3sd2QJe_S44rklqeRi0TB57XI0nQsh9jgy8iw3JNGpBbd21zqvO3QlGTLa7kjg_3Zt0Pw$</a> ><br>
[LinkedIn]<<a href="https://urldefense.us/v3/__https://www.linkedin.com/company/marin__;!!G_uCfscf7eWS!fFq1daAFFpKhBA_NWU3sd2QJe_S44rklqeRi0TB57XI0nQsh9jgy8iw3JNGpBbd21zqvO3QlGTLa7kjgcpgQdSE$" rel="noreferrer" target="_blank">https://urldefense.us/v3/__https://www.linkedin.com/company/marin__;!!G_uCfscf7eWS!fFq1daAFFpKhBA_NWU3sd2QJe_S44rklqeRi0TB57XI0nQsh9jgy8iw3JNGpBbd21zqvO3QlGTLa7kjgcpgQdSE$</a> ><br>
[YouTube]<<a href="https://urldefense.us/v3/__https://www.youtube.com/marinmultimedia__;!!G_uCfscf7eWS!fFq1daAFFpKhBA_NWU3sd2QJe_S44rklqeRi0TB57XI0nQsh9jgy8iw3JNGpBbd21zqvO3QlGTLa7kjgn8qP6_I$" rel="noreferrer" target="_blank">https://urldefense.us/v3/__https://www.youtube.com/marinmultimedia__;!!G_uCfscf7eWS!fFq1daAFFpKhBA_NWU3sd2QJe_S44rklqeRi0TB57XI0nQsh9jgy8iw3JNGpBbd21zqvO3QlGTLa7kjgn8qP6_I$</a> ><br>
<br>
From: Klaij, Christiaan <<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>>>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>>>>>><br>
Sent: Monday, April 28, 2025 3:53 PM<br>
To: Matthew Knepley<br>
Cc: Junchao Zhang; <a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>>>>; Isaac, Toby<br>
Subject: Re: [petsc-users] problem with nested logging<br>
<br>
Bisecting would be quite hard, it's not just the petsc version that changed, also other libs, compilers, even os components.<br>
<br>
Chris<br>
<br>
________________________________________<br>
From: Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>><mailto:<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>>><mailto:<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>><mailto:<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>>>><mailto:<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>><mailto:<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>>><mailto:<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>><mailto:<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>>>>>><br>
Sent: Monday, April 28, 2025 3:06 PM<br>
To: Klaij, Christiaan<br>
Cc: Junchao Zhang; <a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>>>>; Isaac, Toby<br>
Subject: Re: [petsc-users] problem with nested logging<br>
<br>
You don't often get email from <a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>><mailto:<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>>><mailto:<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>><mailto:<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>>>><mailto:<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>><mailto:<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>>><mailto:<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>><mailto:<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>>>>>. Learn why this is important<<a href="https://urldefense.us/v3/__https://aka.ms/LearnAboutSenderIdentification__;!!G_uCfscf7eWS!fFq1daAFFpKhBA_NWU3sd2QJe_S44rklqeRi0TB57XI0nQsh9jgy8iw3JNGpBbd21zqvO3QlGTLa7kjgcKEJXRA$" rel="noreferrer" target="_blank">https://urldefense.us/v3/__https://aka.ms/LearnAboutSenderIdentification__;!!G_uCfscf7eWS!fFq1daAFFpKhBA_NWU3sd2QJe_S44rklqeRi0TB57XI0nQsh9jgy8iw3JNGpBbd21zqvO3QlGTLa7kjgcKEJXRA$</a> ><br>
On Mon, Apr 28, 2025 at 8:45 AM Klaij, Christiaan via petsc-users <<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>>>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>>>>>> wrote:<br>
I've tried adding a nested log viewer to src/snes/tutorials/ex70.c,<br>
but it does not replicate the problem and works fine.<br>
<br>
Perhaps it is related to fortran, since the manualpage of<br>
PetscLogNestedBegin says "No fortran support" (why? we've been<br>
using it in fortran ever since).<br>
<br>
Therefore I've tried adding it to src/snes/ex5f90.F90 and that<br>
also works fine. It seems I cannot replicate the problem in a<br>
small example, unfortunately.<br>
<br>
We cannot replicate it here. Is there a chance you could bisect to see what change is responsible?<br>
<br>
Thanks,<br>
<br>
Matt<br>
<br>
Chris<br>
<br>
________________________________________<br>
From: Junchao Zhang <<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a>><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a>>><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a>><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a>>>><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a>><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a>>><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a>><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a>>>>><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a>><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a>>><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a>><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a>>>><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a>><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a>>><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a>><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a>>>>>>><br>
Sent: Saturday, April 26, 2025 3:51 PM<br>
To: Klaij, Christiaan<br>
Cc: <a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>>>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>>>>>; Isaac, Toby<br>
Subject: Re: [petsc-users] problem with nested logging<br>
<br>
You don't often get email from <a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a>><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a>>><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a>><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a>>>><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a>><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a>>><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a>><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a>>>>><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a>><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a>>><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a>><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a>>>><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a>><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a>>><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a>><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:junchao.zhang@gmail.com" target="_blank">junchao.zhang@gmail.com</a>>>>>>. Learn why this is important<<a href="https://urldefense.us/v3/__https://aka.ms/LearnAboutSenderIdentification__;!!G_uCfscf7eWS!cmLENZvO_Uydoa8ciUmsyX-F-QiJt9a2ZfQRUvQnRibGm7VE6PED7S_BDsUgjOzvPZIJyiIoJ8bLJk6gVgt1dmE$" rel="noreferrer" target="_blank">https://urldefense.us/v3/__https://aka.ms/LearnAboutSenderIdentification__;!!G_uCfscf7eWS!cmLENZvO_Uydoa8ciUmsyX-F-QiJt9a2ZfQRUvQnRibGm7VE6PED7S_BDsUgjOzvPZIJyiIoJ8bLJk6gVgt1dmE$</a> ><br>
Toby (Cc'ed) might know it. Or could you provide an example?<br>
<br>
--Junchao Zhang<br>
<br>
<br>
On Fri, Apr 25, 2025 at 3:31 AM Klaij, Christiaan via petsc-users <<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>>>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>>>>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>>>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><mailto:<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>>>>>>> wrote:<br>
We recently upgraded from 3.19.4 to 3.22.4 but face the problem below with the nested logging. Any ideas?<br>
<br>
Chris<br>
<br>
<br>
[1]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------<br>
[1]PETSC ERROR: General MPI error<br>
[1]PETSC ERROR: MPI error 1 MPI_ERR_BUFFER: invalid buffer pointer<br>
[1]PETSC ERROR: See <a href="https://urldefense.us/v3/__https://petsc.org/release/faq/__;!!G_uCfscf7eWS!cmLENZvO_Uydoa8ciUmsyX-F-QiJt9a2ZfQRUvQnRibGm7VE6PED7S_BDsUgjOzvPZIJyiIoJ8bLJk6gIT68pbk$" rel="noreferrer" target="_blank">https://urldefense.us/v3/__https://petsc.org/release/faq/__;!!G_uCfscf7eWS!cmLENZvO_Uydoa8ciUmsyX-F-QiJt9a2ZfQRUvQnRibGm7VE6PED7S_BDsUgjOzvPZIJyiIoJ8bLJk6gIT68pbk$</a> <<a href="https://urldefense.us/v3/__https://petsc.org/release/faq/__;!!G_uCfscf7eWS!biVlk6PKXoJvq5oVlmWdVJfW9tXv-JlwuWr3zg3jI5u1_jo8rvtZpEYnHO5RjdBqQEoqpqlJ3nusrFGM3UaqHzc$" rel="noreferrer" target="_blank">https://urldefense.us/v3/__https://petsc.org/release/faq/__;!!G_uCfscf7eWS!biVlk6PKXoJvq5oVlmWdVJfW9tXv-JlwuWr3zg3jI5u1_jo8rvtZpEYnHO5RjdBqQEoqpqlJ3nusrFGM3UaqHzc$</a>> for trouble shooting.<br>
[1]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.22.4, Mar 01, 2025<br>
[1]PETSC ERROR: refresco with 2 MPI process(es) and PETSC_ARCH on marclus3login2 by jwindt Fri Apr 25 08:52:30 2025<br>
[1]PETSC ERROR: Configure options: --prefix=/home/jwindt/cmake_builds/refresco/install-libs-gnu --with-mpi-dir=/cm/shared/apps/openmpi/gcc/4.0.2 --with-x=0 --with-mpe=0 --with-debugging=0 --download-superlu_dist=<a href="https://urldefense.us/v3/__https://updates.marin.nl/refresco/libs/superlu_dist-8.1.2.tar.gz__;!!G_uCfscf7eWS!cmLENZvO_Uydoa8ciUmsyX-F-QiJt9a2ZfQRUvQnRibGm7VE6PED7S_BDsUgjOzvPZIJyiIoJ8bLJk6grH5BbeU$" rel="noreferrer" target="_blank">https://urldefense.us/v3/__https://updates.marin.nl/refresco/libs/superlu_dist-8.1.2.tar.gz__;!!G_uCfscf7eWS!cmLENZvO_Uydoa8ciUmsyX-F-QiJt9a2ZfQRUvQnRibGm7VE6PED7S_BDsUgjOzvPZIJyiIoJ8bLJk6grH5BbeU$</a> <<a href="https://urldefense.us/v3/__https://updates.marin.nl/refresco/libs/superlu_dist-8.1.2.tar.gz__;!!G_uCfscf7eWS!biVlk6PKXoJvq5oVlmWdVJfW9tXv-JlwuWr3zg3jI5u1_jo8rvtZpEYnHO5RjdBqQEoqpqlJ3nusrFGM21-2D-o$" rel="noreferrer" target="_blank">https://urldefense.us/v3/__https://updates.marin.nl/refresco/libs/superlu_dist-8.1.2.tar.gz__;!!G_uCfscf7eWS!biVlk6PKXoJvq5oVlmWdVJfW9tXv-JlwuWr3zg3jI5u1_jo8rvtZpEYnHO5RjdBqQEoqpqlJ3nusrFGM21-2D-o$</a>> --with-blaslapack-dir=/cm/shared/apps/intel/oneapi/mkl/2021.4.0 --download-parmetis=<a href="https://urldefense.us/v3/__https://updates.marin.nl/refresco/libs/parmetis-4.0.3-p9.tar.gz__;!!G_uCfscf7eWS!cmLENZvO_Uydoa8ciUmsyX-F-QiJt9a2ZfQRUvQnRibGm7VE6PED7S_BDsUgjOzvPZIJyiIoJ8bLJk6gw4-tEtY$" rel="noreferrer" target="_blank">https://urldefense.us/v3/__https://updates.marin.nl/refresco/libs/parmetis-4.0.3-p9.tar.gz__;!!G_uCfscf7eWS!cmLENZvO_Uydoa8ciUmsyX-F-QiJt9a2ZfQRUvQnRibGm7VE6PED7S_BDsUgjOzvPZIJyiIoJ8bLJk6gw4-tEtY$</a> <<a href="https://urldefense.us/v3/__https://updates.marin.nl/refresco/libs/parmetis-4.0.3-p9.tar.gz__;!!G_uCfscf7eWS!biVlk6PKXoJvq5oVlmWdVJfW9tXv-JlwuWr3zg3jI5u1_jo8rvtZpEYnHO5RjdBqQEoqpqlJ3nusrFGMW0lYHko$" rel="noreferrer" target="_blank">https://urldefense.us/v3/__https://updates.marin.nl/refresco/libs/parmetis-4.0.3-p9.tar.gz__;!!G_uCfscf7eWS!biVlk6PKXoJvq5oVlmWdVJfW9tXv-JlwuWr3zg3jI5u1_jo8rvtZpEYnHO5RjdBqQEoqpqlJ3nusrFGMW0lYHko$</a>> --download-metis=<a href="https://urldefense.us/v3/__https://updates.marin.nl/refresco/libs/metis-5.1.0-p11.tar.gz__;!!G_uCfscf7eWS!cmLENZvO_Uydoa8ciUmsyX-F-QiJt9a2ZfQRUvQnRibGm7VE6PED7S_BDsUgjOzvPZIJyiIoJ8bLJk6gHq4uYiY$" rel="noreferrer" target="_blank">https://urldefense.us/v3/__https://updates.marin.nl/refresco/libs/metis-5.1.0-p11.tar.gz__;!!G_uCfscf7eWS!cmLENZvO_Uydoa8ciUmsyX-F-QiJt9a2ZfQRUvQnRibGm7VE6PED7S_BDsUgjOzvPZIJyiIoJ8bLJk6gHq4uYiY$</a> <<a href="https://urldefense.us/v3/__https://updates.marin.nl/refresco/libs/metis-5.1.0-p11.tar.gz__;!!G_uCfscf7eWS!biVlk6PKXoJvq5oVlmWdVJfW9tXv-JlwuWr3zg3jI5u1_jo8rvtZpEYnHO5RjdBqQEoqpqlJ3nusrFGMbSrIiUg$" rel="noreferrer" target="_blank">https://urldefense.us/v3/__https://updates.marin.nl/refresco/libs/metis-5.1.0-p11.tar.gz__;!!G_uCfscf7eWS!biVlk6PKXoJvq5oVlmWdVJfW9tXv-JlwuWr3zg3jI5u1_jo8rvtZpEYnHO5RjdBqQEoqpqlJ3nusrFGMbSrIiUg$</a>> --with-packages-build-dir=/home/jwindt/cmake_builds/refresco/build-libs-gnu/superbuild --with-ssl=0 --with-shared-libraries=1 CFLAGS="-std=gnu11 -Wall -funroll-all-loops -O3 -DNDEBUG" CXXFLAGS="-std=gnu++14 -Wall -funroll-all-loops -O3 -DNDEBUG " COPTFLAGS="-std=gnu11 -Wall -funroll-all-loops -O3 -DNDEBUG" CXXOPTFLAGS="-std=gnu++14 -Wall -funroll-all-loops -O3 -DNDEBUG " FCFLAGS="-Wall -funroll-all-loops -ffree-line-length-0 -Wno-maybe-uninitialized -Wno-target-lifetime -Wno-unused-function -O3 -DNDEBUG" F90FLAGS="-Wall -funroll-all-loops -ffree-line-length-0 -Wno-maybe-uninitialized -Wno-target-lifetime -Wno-unused-function -O3 -DNDEBUG" FOPTFLAGS="-Wall -funroll-all-loops -ffree-line-length-0 -Wno-maybe-uninitialized -Wno-target-lifetime -Wno-unused-function -O3 -DNDEBUG"<br>
[1]PETSC ERROR: #1 PetscLogNestedTreePrint() at /home/jwindt/cmake_builds/refresco/build-libs-gnu/superbuild/petsc/src/src/sys/logging/handler/impls/nested/xmlviewer.c:330<br>
[1]PETSC ERROR: #2 PetscLogNestedTreePrint() at /home/jwindt/cmake_builds/refresco/build-libs-gnu/superbuild/petsc/src/src/sys/logging/handler/impls/nested/xmlviewer.c:384<br>
[1]PETSC ERROR: #3 PetscLogNestedTreePrint() at /home/jwindt/cmake_builds/refresco/build-libs-gnu/superbuild/petsc/src/src/sys/logging/handler/impls/nested/xmlviewer.c:384<br>
[1]PETSC ERROR: #4 PetscLogNestedTreePrintTop() at /home/jwindt/cmake_builds/refresco/build-libs-gnu/superbuild/petsc/src/src/sys/logging/handler/impls/nested/xmlviewer.c:420<br>
[1]PETSC ERROR: #5 PetscLogHandlerView_Nested_XML() at /home/jwindt/cmake_builds/refresco/build-libs-gnu/superbuild/petsc/src/src/sys/logging/handler/impls/nested/xmlviewer.c:443<br>
[1]PETSC ERROR: #6 PetscLogHandlerView_Nested() at /home/jwindt/cmake_builds/refresco/build-libs-gnu/superbuild/petsc/src/src/sys/logging/handler/impls/nested/lognested.c:405<br>
[1]PETSC ERROR: #7 PetscLogHandlerView() at /home/jwindt/cmake_builds/refresco/build-libs-gnu/superbuild/petsc/src/src/sys/logging/handler/interface/loghandler.c:342<br>
[1]PETSC ERROR: #8 PetscLogView() at /home/jwindt/cmake_builds/refresco/build-libs-gnu/superbuild/petsc/src/src/sys/logging/plog.c:2040<br>
--------------------------------------------------------------------------<br>
MPI_ABORT was invoked on rank 1 in communicator MPI_COMM_WORLD<br>
with errorcode 98.<br>
<br>
NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.<br>
You may or may not see output from other processes, depending on<br>
exactly when Open MPI kills them.<br>
--------------------------------------------------------------------------<br>
[cid:ii_196725d1e2a809852191]<br>
dr. ir. Christiaan Klaij<br>
| senior researcher | Research & Development | CFD Development<br>
T +31 317 49 33 44<tel:+31%20317%2049%2033%2044> | <a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>>>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>>>>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>>>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>>>>>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>>>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>>>>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>>>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a><mailto:<a href="mailto:C.Klaij@marin.nl" target="_blank">C.Klaij@marin.nl</a>>>>>>> | <a href="https://urldefense.us/v3/__http://www.marin.nl__;!!G_uCfscf7eWS!cmLENZvO_Uydoa8ciUmsyX-F-QiJt9a2ZfQRUvQnRibGm7VE6PED7S_BDsUgjOzvPZIJyiIoJ8bLJk6g8TwMMcw$" rel="noreferrer" target="_blank">https://urldefense.us/v3/__http://www.marin.nl__;!!G_uCfscf7eWS!cmLENZvO_Uydoa8ciUmsyX-F-QiJt9a2ZfQRUvQnRibGm7VE6PED7S_BDsUgjOzvPZIJyiIoJ8bLJk6g8TwMMcw$</a> <<a href="https://urldefense.us/v3/__https://www.marin.nl/__;!!G_uCfscf7eWS!biVlk6PKXoJvq5oVlmWdVJfW9tXv-JlwuWr3zg3jI5u1_jo8rvtZpEYnHO5RjdBqQEoqpqlJ3nusrFGM8tSNH1g$" rel="noreferrer" target="_blank">https://urldefense.us/v3/__https://www.marin.nl/__;!!G_uCfscf7eWS!biVlk6PKXoJvq5oVlmWdVJfW9tXv-JlwuWr3zg3jI5u1_jo8rvtZpEYnHO5RjdBqQEoqpqlJ3nusrFGM8tSNH1g$</a>><br>
[Facebook]<<a href="https://urldefense.us/v3/__https://www.facebook.com/marin.wageningen__;!!G_uCfscf7eWS!biVlk6PKXoJvq5oVlmWdVJfW9tXv-JlwuWr3zg3jI5u1_jo8rvtZpEYnHO5RjdBqQEoqpqlJ3nusrFGMcVCZ9hk$" rel="noreferrer" target="_blank">https://urldefense.us/v3/__https://www.facebook.com/marin.wageningen__;!!G_uCfscf7eWS!biVlk6PKXoJvq5oVlmWdVJfW9tXv-JlwuWr3zg3jI5u1_jo8rvtZpEYnHO5RjdBqQEoqpqlJ3nusrFGMcVCZ9hk$</a>><br>
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--<br>
What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
-- Norbert Wiener<br>
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<a href="https://urldefense.us/v3/__https://www.cse.buffalo.edu/*knepley/__;fg!!G_uCfscf7eWS!fFq1daAFFpKhBA_NWU3sd2QJe_S44rklqeRi0TB57XI0nQsh9jgy8iw3JNGpBbd21zqvO3QlGTLa7kjg539kFLg$" rel="noreferrer" target="_blank">https://urldefense.us/v3/__https://www.cse.buffalo.edu/*knepley/__;fg!!G_uCfscf7eWS!fFq1daAFFpKhBA_NWU3sd2QJe_S44rklqeRi0TB57XI0nQsh9jgy8iw3JNGpBbd21zqvO3QlGTLa7kjg539kFLg$</a> <<a href="https://urldefense.us/v3/__http://www.cse.buffalo.edu/*knepley/__;fg!!G_uCfscf7eWS!fFq1daAFFpKhBA_NWU3sd2QJe_S44rklqeRi0TB57XI0nQsh9jgy8iw3JNGpBbd21zqvO3QlGTLa7kjgMsu6hhA$" rel="noreferrer" target="_blank">https://urldefense.us/v3/__http://www.cse.buffalo.edu/*knepley/__;fg!!G_uCfscf7eWS!fFq1daAFFpKhBA_NWU3sd2QJe_S44rklqeRi0TB57XI0nQsh9jgy8iw3JNGpBbd21zqvO3QlGTLa7kjgMsu6hhA$</a> ><br>
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What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
-- Norbert Wiener<br>
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<a href="https://urldefense.us/v3/__https://www.cse.buffalo.edu/*knepley/__;fg!!G_uCfscf7eWS!fFq1daAFFpKhBA_NWU3sd2QJe_S44rklqeRi0TB57XI0nQsh9jgy8iw3JNGpBbd21zqvO3QlGTLa7kjg539kFLg$" rel="noreferrer" target="_blank">https://urldefense.us/v3/__https://www.cse.buffalo.edu/*knepley/__;fg!!G_uCfscf7eWS!fFq1daAFFpKhBA_NWU3sd2QJe_S44rklqeRi0TB57XI0nQsh9jgy8iw3JNGpBbd21zqvO3QlGTLa7kjg539kFLg$</a> <<a href="https://urldefense.us/v3/__http://www.cse.buffalo.edu/*knepley/__;fg!!G_uCfscf7eWS!fFq1daAFFpKhBA_NWU3sd2QJe_S44rklqeRi0TB57XI0nQsh9jgy8iw3JNGpBbd21zqvO3QlGTLa7kjgMsu6hhA$" rel="noreferrer" target="_blank">https://urldefense.us/v3/__http://www.cse.buffalo.edu/*knepley/__;fg!!G_uCfscf7eWS!fFq1daAFFpKhBA_NWU3sd2QJe_S44rklqeRi0TB57XI0nQsh9jgy8iw3JNGpBbd21zqvO3QlGTLa7kjgMsu6hhA$</a> ><br>
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--<br>
Stefano<br>
</blockquote></div><div><br clear="all"></div><br><span class="gmail_signature_prefix">-- </span><br><div dir="ltr" class="gmail_signature">Stefano</div></div>