
<!DOCTYPE html><html><head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">

  </head>

  <body>

    <p>Dear petsc-users,<br>

    </p>

    <p>    I am having issues with output of parallel data attached to a

      DMPlex (or maybe more fundamental ones about DMPlex...).</p>

    <p>So I currently</p>

    <ol>

      <li>create a DMPlex (DMPlexCreateGmshFromFile or

        DMPlexCreateBoxMesh)</li>

      <li>partition it</li>

      <li>and create a section for my data layout with

        DMPlexCreateSection(ctx.dmMesh, NULL, numComp, numDof, numBC,

        NULL, NULL, NULL, NULL, &sUavg)</li>

      <li>DMSetLocalSection(ctx.dmMesh, sUavg)</li>

      <li>create solLoc and solGlob vectors with DMCreateGlobalVector

        and DMCreateLocalVector</li>

      <li>solve ....</li>

      <li>VecView(ctx.solGlob, vtkViewer) on a .vtu file<br>

      </li>

    </ol>

    <p>but when I load data in ParaView I get more cells than expected

      and it is as if the cells in the halo are put twice in output. (I

      could create a MWE if the above is not clear)<br>

    </p>

    <p>I guess that the culprit is point (4), but if I replace it with

      DMSetGlobalSection then I cannot create the local vector at point

      (5).<br>

    </p>

    <p>How should I handle this properly? In my code I need to create

      both local and global vectors, to perform at least GlobalToLocal

      and to save the global data.<br>

    </p>

    <p>(On a side note, I tried also HDF5 but then it complains about

      the DM not having a DS...; really, any working solution that

      allows data to be explored with Paraview is fine)<br>

    </p>

    <p>Thanks for any advice!<br>

    </p>

    <p>Matteo Semplice</p>

  </body>

</html>