<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr">Thanks a lot, David. That works.<div>Then I tried another example from Cubit. The script is defined as follows,</div><div><br></div><div><span style="color:rgb(221,221,221);font-family:Arial,sans-serif;font-size:15.008px;background-color:rgb(34,34,34)">reset</span><br style="color:rgb(221,221,221);font-family:Arial,sans-serif;font-size:15.008px;background-color:rgb(34,34,34)"><span style="color:rgb(221,221,221);font-family:Arial,sans-serif;font-size:15.008px;background-color:rgb(34,34,34)">brick x 1</span><br style="color:rgb(221,221,221);font-family:Arial,sans-serif;font-size:15.008px;background-color:rgb(34,34,34)"><span style="color:rgb(221,221,221);font-family:Arial,sans-serif;font-size:15.008px;background-color:rgb(34,34,34)">mesh vol 1</span><br style="color:rgb(221,221,221);font-family:Arial,sans-serif;font-size:15.008px;background-color:rgb(34,34,34)"><span style="color:rgb(221,221,221);font-family:Arial,sans-serif;font-size:15.008px;background-color:rgb(34,34,34)">block 1 volume 1</span><br style="color:rgb(221,221,221);font-family:Arial,sans-serif;font-size:15.008px;background-color:rgb(34,34,34)"><span style="color:rgb(221,221,221);font-family:Arial,sans-serif;font-size:15.008px;background-color:rgb(34,34,34)">sideset 1 surface 1</span><br style="color:rgb(221,221,221);font-family:Arial,sans-serif;font-size:15.008px;background-color:rgb(34,34,34)"><span style="color:rgb(221,221,221);font-family:Arial,sans-serif;font-size:15.008px;background-color:rgb(34,34,34)">block 2 surface 1 </span><span class="gmail-hashtag" style="color:rgb(221,221,221);font-family:Arial,sans-serif;font-size:15.008px;background-color:rgb(34,34,34)">#sides</span><span style="color:rgb(221,221,221);font-family:Arial,sans-serif;font-size:15.008px;background-color:rgb(34,34,34)"> of these elements can now be referenced in a sideset</span><br style="color:rgb(221,221,221);font-family:Arial,sans-serif;font-size:15.008px;background-color:rgb(34,34,34)"><span style="color:rgb(221,221,221);font-family:Arial,sans-serif;font-size:15.008px;background-color:rgb(34,34,34)">block 2 element type quad</span><br style="color:rgb(221,221,221);font-family:Arial,sans-serif;font-size:15.008px;background-color:rgb(34,34,34)"><span style="color:rgb(221,221,221);font-family:Arial,sans-serif;font-size:15.008px;background-color:rgb(34,34,34)">sideset 2 curve 1</span><br></div><div><br></div><div>Then the mesh was exported as a exodus file (attached), and imported into Petsc. </div><div>Here, the code was stuck by the function, <span style="color:rgb(34,40,50);font-family:-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI","Helvetica Neue",Arial,sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol"">DMPlexCreate</span><span class="gmail-highlighted" style="color:rgb(34,40,50);font-family:-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI","Helvetica Neue",Arial,sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol";box-sizing:border-box">Exodus().</span></div><div><span class="gmail-highlighted" style="color:rgb(34,40,50);font-family:-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI","Helvetica Neue",Arial,sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol";box-sizing:border-box">I think maybe this is due to block 1 is 3D while block 2 is 2D. </span></div><div><span class="gmail-highlighted" style="color:rgb(34,40,50);font-family:-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI","Helvetica Neue",Arial,sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol";box-sizing:border-box">But this seems necessary to define an edge using sideset. </span></div><div><span class="gmail-highlighted" style="color:rgb(34,40,50);font-family:-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI","Helvetica Neue",Arial,sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol";box-sizing:border-box"><br></span></div><div><font color="#222832" face="-apple-system, BlinkMacSystemFont, Segoe UI, Helvetica Neue, Arial, sans-serif, Apple Color Emoji, Segoe UI Emoji, Segoe UI Symbol">Thanks,</font></div><div><font color="#222832" face="-apple-system, BlinkMacSystemFont, Segoe UI, Helvetica Neue, Arial, sans-serif, Apple Color Emoji, Segoe UI Emoji, Segoe UI Symbol"><br></font></div><div><font color="#222832" face="-apple-system, BlinkMacSystemFont, Segoe UI, Helvetica Neue, Arial, sans-serif, Apple Color Emoji, Segoe UI Emoji, Segoe UI Symbol">Xiaodong </font></div></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Sep 20, 2024 at 3:15 PM David Andrs <<a href="mailto:andrsd@gmail.com">andrsd@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Before you export the mesh from Cubit, change the element type to something like QUAD4. PETSc does not automatically remap SHELL elements to QUADs.</div><div><br></div><div>--</div><div>David</div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Sep 20, 2024 at 8:05 AM neil liu <<a href="mailto:liufield@gmail.com" target="_blank">liufield@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr">Dear Petsc developers and users, <div><br></div><div>I am trying to read an exodus II file from coreform cubit, but without success,</div><div>Then I used petsc's built-in exodus file, /share/petsc/datafiles/meshes/sevenside.exo.</div><div>This file can be read by petsc successfully. </div><div><br></div><div>And I did a test. This file, sevenside.exo, is imported into coreform Cubit, and then is saved as a new exodus file. This new exodus file can not be read by petsc successfully. </div><div><br></div><div><div style="min-height:100%"><div style="width:1540px"><div><div><div><div><div><div><div><div id="m_9133974286637224946m_4954793584285953066gmail-:3" style="height:625px"><div id="m_9133974286637224946m_4954793584285953066gmail-:1" style="min-height:434.521px"><div><div role="main"><div><div><div><div><div role="list"><div role="listitem" aria-expanded="true"><div style="border-top-color:rgb(239,239,239);width:1196.2px"><div style="border-top:1px solid rgba(100,121,143,0.12)"><div id="m_9133974286637224946m_4954793584285953066gmail-:2rd"><div><div><div><div id="m_9133974286637224946m_4954793584285953066gmail-:2rg"><div id="m_9133974286637224946m_4954793584285953066gmail-:2rf"><div dir="ltr">[0]PETSC ERROR: Invalid argument<br>[0]PETSC ERROR: Unrecognized element type SHELL<br>[0]PETSC ERROR: See <a href="https://urldefense.us/v3/__https://petsc.org/release/faq/__;!!G_uCfscf7eWS!fcN-KL0rs3WRHNRfT47zioS4djjyXM7OCr32LT2olmZHm3X1NIk-WMdU9-UR3rNotQSpINEm8NrcMtWTCFqKEg$" target="_blank">https://petsc.org/release/faq/</a> for trouble shooting.<br>[0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.21.1, Apr 26, 2024<br>[0]PETSC ERROR: ./app on a arch-linux-c-opt named localhost.localdomain by xiaodongliu Fri Sep 20 09:36:16 2024<br>[0]PETSC ERROR: Configure options -download-mumps -download-scalapack --with-cc=gcc --with-fc=gfortran --with-cxx=g++ --download-fblaslapack --download-mpich --with-scalar-type=complex --download-triangle --with-debugging=no --download-parmetis --download-metis -download-ptscotch --download-bison --download-hdf5 -download-mmg=/home/xiaodongliu/Documents/3rdPartyLib/d5c43d1bcefe598d51428f6a7fee10ec29478b79.tar.gz --download-ctetgen --download-pragmatic --download-eigen --download-netcdf=/home/xiaodongliu/Documents/3rdPartyLib/netcdf-c-4.9.2-p1.tar.gz --download-zlib --download-pnetcdf --download-exodusii<br>[0]PETSC ERROR: #1 ExodusGetCellType_Internal() at /home/xiaodongliu/Documents/petsc-with-docs-3.21.1/petsc-3.21.1/src/dm/impls/plex/plexexodusii.c:1470<br>[0]PETSC ERROR: #2 DMPlexCreateExodus() at /home/xiaodongliu/Documents/petsc-with-docs-3.21.1/petsc-3.21.1/src/dm/impls/plex/plexexodusii.c:1551<br>[0]PETSC ERROR: #3 DMPlexCreateExodusFromFile() at /home/xiaodongliu/Documents/petsc-with-docs-3.21.1/petsc-3.21.1/src/dm/impls/plex/plexexodusii.c:1390</div><div><div id="m_9133974286637224946m_4954793584285953066gmail-:2ru" role="button" aria-label="Show trimmed content" aria-expanded="false"><br></div><div id="m_9133974286637224946m_4954793584285953066gmail-:2ru" role="button" aria-label="Show trimmed content" aria-expanded="false">Thanks a lot.</div><div id="m_9133974286637224946m_4954793584285953066gmail-:2ru" role="button" aria-label="Show trimmed content" aria-expanded="false"><br></div><div id="m_9133974286637224946m_4954793584285953066gmail-:2ru" role="button" aria-label="Show trimmed content" aria-expanded="false">Xiaodong </div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div><div><div style="height:672.516px"><div style="height:672.513px"><div role="complementary" aria-label="Side panel" style="height:672.513px"><div><div role="tablist"><div id="m_9133974286637224946m_4954793584285953066gmail-gsc-gab-6" role="tab" aria-label="Calendar" aria-disabled="false" aria-selected="false"><div></div><div></div><div style="background-image:url("https://www.gstatic.com/companion/icon_assets/calendar_2020q4_2x.png")"></div></div><div id="m_9133974286637224946m_4954793584285953066gmail-gsc-gab-2" role="tab" aria-label="Keep" aria-disabled="false" aria-selected="false"><div></div><div></div><div style="background-image:url("https://www.gstatic.com/companion/icon_assets/keep_2020q4v3_2x.png")"></div></div><div id="m_9133974286637224946m_4954793584285953066gmail-gsc-gab-4" role="tab" aria-label="Tasks" aria-disabled="false" aria-selected="false"><div></div><div></div><div style="background-image:url("https://www.gstatic.com/companion/icon_assets/tasks_2021_2x.png")"></div></div><div id="m_9133974286637224946m_4954793584285953066gmail-gsc-gab-9" role="tab" aria-label="Contacts" aria-disabled="false" aria-selected="false"><div></div><div></div><div style="background-image:url("https://www.gstatic.com/companion/icon_assets/contacts_2022_2x.png")"></div></div><div role="separator" aria-hidden="false" aria-disabled="true" id="m_9133974286637224946m_4954793584285953066gmail-:nz"></div><div role="tab" aria-label="Get Add-ons" aria-selected="false" id="m_9133974286637224946m_4954793584285953066gmail-qJTzr"><div></div><div></div><div style="background-image:url("https://www.gstatic.com/images/icons/material/system/1x/add_white_24dp.png")"></div></div></div></div></div><div><div role="button" aria-label="Hide side panel"><div></div><div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div><div style="width:1540px;height:752.5px"></div><div><div></div></div><div role="tooltip"><div></div></div><div style="width:1540px;height:752.5px"><div style="width:1540px"><div style="height:752.5px"><div style="float:right"><div style="width:56px"></div><div style="width:583px;height:752.5px"><div><div style="width:578px;height:752.5px"><div style="width:577.995px"><div><div role="dialog" aria-labelledby=":2ey"><div><div style="background-color:transparent"></div></div><div><div><div style="width:577.995px"><div style="margin-left:3px"><div style="padding-bottom:4px;margin-right:3px"><div><div><table cellpadding="0" style="width:577.995px"><tbody><tr id="m_9133974286637224946m_4954793584285953066gmail-:2f0"><td><div id="m_9133974286637224946m_4954793584285953066gmail-:2ey"><h2><div>Compose:</div><div style="width:486px">Inquiry about reading an exodus II file from coreform Cubit</div></h2></div></td><td><img id="m_9133974286637224946m_4954793584285953066gmail-:2ev" src="https://mail.google.com/mail/u/0/images/cleardot.gif" alt="Minimize" aria-label="Minimize"><img id="m_9133974286637224946m_4954793584285953066gmail-:2ew" src="https://mail.google.com/mail/u/0/images/cleardot.gif" alt="Pop-out" aria-label="Full screen (Shift for pop-out)"><img id="m_9133974286637224946m_4954793584285953066gmail-:2ex" src="https://mail.google.com/mail/u/0/images/cleardot.gif" alt="Close" aria-label="Save & close"></td></tr></tbody></table></div></div></div></div></div><div></div></div></div><div><div><div><div id="m_9133974286637224946m_4954793584285953066gmail-:2h8"></div><div id="m_9133974286637224946m_4954793584285953066gmail-:2iv"></div><div id="m_9133974286637224946m_4954793584285953066gmail-:2gj"></div><div id="m_9133974286637224946m_4954793584285953066gmail-:2hd" role="region" aria-label="Inquiry about reading an exodus II file from coreform Cubit"><div style="background-color:transparent;width:1px;height:1px"></div><table id="m_9133974286637224946m_4954793584285953066gmail-:2hc" role="presentation" style="width:546.016px"><tbody><tr><td></td><td id="m_9133974286637224946m_4954793584285953066gmail-:2g5"><form id="m_9133974286637224946m_4954793584285953066gmail-:2g2" action="https://mail.google.com/mail/u/0/" method="POST" enctype="multipart/form-data"><div id="m_9133974286637224946m_4954793584285953066gmail-:2g6"><div id="m_9133974286637224946m_4954793584285953066gmail-:2hj"><span>PETSc users list</span></div><div id="m_9133974286637224946m_4954793584285953066gmail-:2g3"></div></div><div id="m_9133974286637224946m_4954793584285953066gmail-:2gg"><div style="background-color:transparent;width:1px;height:1px"></div><div style="background-color:transparent;width:1px;height:1px"></div><input name="subjectbox" id="m_9133974286637224946m_4954793584285953066gmail-:2gh" aria-label="Subject" dir="ltr" style="width:546.016px"></div></form><table style="font-size:16.8px;width:546.016px"><tbody><tr><td id="m_9133974286637224946m_4954793584285953066gmail-:2io" style="width:546.016px"><div id="m_9133974286637224946m_4954793584285953066gmail-:2il" style="max-height:467px;min-height:362px;height:362px"><div id="m_9133974286637224946m_4954793584285953066gmail-:2im" style="max-height:362px"><div id="m_9133974286637224946m_4954793584285953066gmail-:2ik"><div style="font-family:"Google Sans",Roboto,RobotoDraft,Helvetica,Arial,sans-serif;background-color:transparent;width:1px;height:1px"></div><div style="font-family:"Google Sans",Roboto,RobotoDraft,Helvetica,Arial,sans-serif;background-color:transparent;width:1px;height:1px"></div><div id="m_9133974286637224946m_4954793584285953066gmail-:2h6" style="font-family:"Google Sans",Roboto,RobotoDraft,Helvetica,Arial,sans-serif"><table cellpadding="0" id="m_9133974286637224946m_4954793584285953066gmail-undefined" style="width:546.016px"><tbody><tr><td style="width:546.016px"><div id="m_9133974286637224946m_4954793584285953066gmail-:2f3" style="display:block"><div><div id="m_9133974286637224946m_4954793584285953066gmail-:2f7" aria-label="Message Body" role="textbox" aria-multiline="true" aria-controls=":2nq" aria-expanded="false" style="width:546.016px;direction:ltr;min-height:302px"></div></div></div></td></tr></tbody></table></div></div></div></div></td></tr></tbody></table></td></tr></tbody></table></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</blockquote></div></div>
</blockquote></div>