<div dir="ltr"><div dir="ltr">On Mon, Sep 9, 2024 at 10:17 AM Karthikeyan Chockalingam - STFC UKRI <<a href="mailto:karthikeyan.chockalingam@stfc.ac.uk">karthikeyan.chockalingam@stfc.ac.uk</a>> wrote:<br></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div class="msg690867627511261516">





<div lang="EN-GB" style="overflow-wrap: break-word;">
<div class="m_690867627511261516WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">Hi Matt,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">You mentioned it doesn’t hurt to set the smoothing flags<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"><a href="https://urldefense.us/v3/__https:/github.com/hypre-space/hypre/blob/3caa81955eb8d1b4e35d9b450e27cf6d07b50f6e/src/examples/ex15.c*L965__;Iw!!G_uCfscf7eWS!biuCOXkV-qD-e8iTXiwaD9XJ0EWuqr2PidZJdPqbnFzCshQFo-mclGSvGBOPuGSTkjPvMKnIfJzWos7QShcSitpwyrhL55yOMB-v$" target="_blank">https://github.com/hypre-space/hypre/blob/3caa81955eb8d1b4e35d9b450e27cf6d07b50f6e/src/examples/ex15.c#L965</a></span><span style="font-size:12pt"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">Do you know where I can look for the equivalent PETSc commands? Thank you.</span></p></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>Yes, this is described here: <a href="https://urldefense.us/v3/__https://petsc.org/main/manualpages/PC/PCHYPRE/__;!!G_uCfscf7eWS!dM_jKT_vX0NCVNcY9XOTTUaTSW-TF2CgOkB2UDeZ2ztYXapdmLlSBT4XhV7PknN3ewygGWDbKFEP9e0RfePC$">https://petsc.org/main/manualpages/PC/PCHYPRE/</a></div><div>The best way is to run with -help or look at the source.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div class="msg690867627511261516"><div lang="EN-GB" style="overflow-wrap: break-word;"><div class="m_690867627511261516WordSection1"><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">Kind regards,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">Karthik.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p>
<div id="m_690867627511261516mail-editor-reference-message-container">
<div>
<div>
<div style="border-right:none;border-bottom:none;border-left:none;border-top:1pt solid rgb(181,196,223);padding:3pt 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12pt"><b><span style="font-size:12pt;color:black">From:
</span></b><span style="font-size:12pt;color:black">Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>><br>
<b>Date: </b>Friday, 6 September 2024 at 17:57<br>
<b>To: </b>Chockalingam, Karthikeyan (STFC,DL,HC) <<a href="mailto:karthikeyan.chockalingam@stfc.ac.uk" target="_blank">karthikeyan.chockalingam@stfc.ac.uk</a>><br>
<b>Cc: </b><a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a> <<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><br>
<b>Subject: </b>Re: [petsc-users] Hypre AMS usage<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12pt">On Fri, Sep 6, 2024 at 11:37</span><span style="font-size:12pt;font-family:Arial,sans-serif"> </span><span style="font-size:12pt">AM Karthikeyan Chockalingam - STFC UKRI via petsc-users <<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>
 wrote:<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<blockquote style="border-top:none;border-right:none;border-bottom:none;border-left:1pt solid rgb(204,204,204);padding:0cm 0cm 0cm 6pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0cm">
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">Hello,</span><span style="font-size:12pt"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"> </span><span style="font-size:12pt"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">I am trying to use the Hypre AMS preconditioner for the first time.
</span><span style="font-size:12pt"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"> </span><span style="font-size:12pt"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">I am following the example problem from Hypre</span><span style="font-size:12pt"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"><a href="https://urldefense.us/v3/__https:/github.com/hypre-space/hypre/blob/3caa81955eb8d1b4e35d9b450e27cf6d07b50f6e/src/examples/ex15.c*L954__;Iw!!G_uCfscf7eWS!biuCOXkV-qD-e8iTXiwaD9XJ0EWuqr2PidZJdPqbnFzCshQFo-mclGSvGBOPuGSTkjPvMKnIfJzWos7QShcSitpwyrhL5ySgA0XM$" target="_blank">https://github.com/hypre-space/hypre/blob/3caa81955eb8d1b4e35d9b450e27cf6d07b50f6e/src/examples/ex15.c#L954</a></span><span style="font-size:12pt"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"> </span><span style="font-size:12pt"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">I have so far successfully set the discrete gradient operator and vertex co-ordinates,</span><span style="font-size:12pt"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"> </span><span style="font-size:12pt"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">// Set discrete gradient
</span><span style="font-size:12pt"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">  petscErr = PCHYPRESetDiscreteGradient(pc, par_G);</span><span style="font-size:12pt"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"> </span><span style="font-size:12pt"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">  // Set vertex coordinates</span><span style="font-size:12pt"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">  petscErr = PCHYPRESetEdgeConstantVectors(pc, par_xvec, par_yvec, par_zvec);</span><span style="font-size:12pt"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"> </span><span style="font-size:12pt"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">Do I need to set the following smoothing options?</span><span style="font-size:12pt"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"><a href="https://urldefense.us/v3/__https:/github.com/hypre-space/hypre/blob/3caa81955eb8d1b4e35d9b450e27cf6d07b50f6e/src/examples/ex15.c*L965__;Iw!!G_uCfscf7eWS!biuCOXkV-qD-e8iTXiwaD9XJ0EWuqr2PidZJdPqbnFzCshQFo-mclGSvGBOPuGSTkjPvMKnIfJzWos7QShcSitpwyrhL55yOMB-v$" target="_blank">https://github.com/hypre-space/hypre/blob/3caa81955eb8d1b4e35d9b450e27cf6d07b50f6e/src/examples/ex15.c#L965</a></span><span style="font-size:12pt"><u></u><u></u></span></p>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12pt"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12pt">It cannot hurt. I would set them to begin with.<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12pt"> <u></u><u></u></span></p>
</div>
<blockquote style="border-top:none;border-right:none;border-bottom:none;border-left:1pt solid rgb(204,204,204);padding:0cm 0cm 0cm 6pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0cm">
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">Also, do I need to convert from MATMPIAIJ to CSR?</span><span style="font-size:12pt"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"><a href="https://urldefense.us/v3/__https:/github.com/hypre-space/hypre/blob/3caa81955eb8d1b4e35d9b450e27cf6d07b50f6e/src/examples/ex15.c*L984__;Iw!!G_uCfscf7eWS!biuCOXkV-qD-e8iTXiwaD9XJ0EWuqr2PidZJdPqbnFzCshQFo-mclGSvGBOPuGSTkjPvMKnIfJzWos7QShcSitpwyrhL53Trv1si$" target="_blank">https://github.com/hypre-space/hypre/blob/3caa81955eb8d1b4e35d9b450e27cf6d07b50f6e/src/examples/ex15.c#L984</a></span><span style="font-size:12pt"><u></u><u></u></span></p>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12pt"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12pt">No.<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12pt"> <u></u><u></u></span></p>
</div>
<blockquote style="border-top:none;border-right:none;border-bottom:none;border-left:1pt solid rgb(204,204,204);padding:0cm 0cm 0cm 6pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0cm">
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">What are the other PETSc calls to invoke AMS? Is there an example problem I can look at?</span><span style="font-size:12pt"><u></u><u></u></span></p>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12pt"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12pt">I do not know. I don't think we have an example.<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12pt"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12pt">  Thanks,<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12pt"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12pt">    Matt<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12pt"> <u></u><u></u></span></p>
</div>
<blockquote style="border-top:none;border-right:none;border-bottom:none;border-left:1pt solid rgb(204,204,204);padding:0cm 0cm 0cm 6pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0cm">
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">Thank you.</span><span style="font-size:12pt"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"> </span><span style="font-size:12pt"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">Karthik.</span><span style="font-size:12pt"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"> </span><span style="font-size:12pt"><u></u><u></u></span></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">-- </span><span style="font-size:12pt"><u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.5pt;font-family:Arial,sans-serif;color:rgb(45,45,98)">Karthik Chockalingam, Ph.D.</span></b><span style="font-size:12pt"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:Arial,sans-serif;color:black">Senior Research Software Engineer</span><span style="font-size:12pt"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:Arial,sans-serif;color:black">High Performance Systems Engineering Group</span><span style="font-size:12pt"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:Arial,sans-serif;color:black">Hartree Centre | Science and Technology Facilities Council</span><span style="font-size:12pt"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:Arial,sans-serif;color:rgb(33,33,33)"><a href="mailto:karthikeyan.chockalingam@stfc.ac.uk" target="_blank"><span style="color:rgb(5,99,193)">karthikeyan.chockalingam@stfc.ac.uk</span></a></span><span style="font-size:12pt"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:black"> </span><span style="font-size:10.5pt;font-family:Arial,sans-serif;color:rgb(65,65,65)"> </span><span style="font-size:12pt"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.5pt;font-family:Arial,sans-serif;color:rgb(65,65,65)"> </span></b><span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:rgb(31,73,125)"><img border="0" width="254" height="116" style="width: 2.6458in; height: 1.2083in;" id="m_690867627511261516m_-9159410701733724734Picture_x0020_1" src="cid:ii_191d779a7da4cff311" alt="signature_3970890138"></span><span style="font-size:12pt"><u></u><u></u></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12pt"> <u></u><u></u></span></p>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12pt"><br clear="all">
<u></u><u></u></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12pt"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span class="m_690867627511261516gmailsignatureprefix"><span style="font-size:12pt">--
</span></span><span style="font-size:12pt"><u></u><u></u></span></p>
<div>
<div>
<div>
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<div>
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<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12pt">What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
-- Norbert Wiener<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12pt"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12pt"><a href="https://urldefense.us/v3/__http://www.cse.buffalo.edu/*knepley/__;fg!!G_uCfscf7eWS!dM_jKT_vX0NCVNcY9XOTTUaTSW-TF2CgOkB2UDeZ2ztYXapdmLlSBT4XhV7PknN3ewygGWDbKFEP9ZyhqOzc$" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><u></u><u></u></span></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
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</div>
</div>
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</div></blockquote></div><br clear="all"><div><br></div><span class="gmail_signature_prefix">-- </span><br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="https://urldefense.us/v3/__http://www.cse.buffalo.edu/*knepley/__;fg!!G_uCfscf7eWS!dM_jKT_vX0NCVNcY9XOTTUaTSW-TF2CgOkB2UDeZ2ztYXapdmLlSBT4XhV7PknN3ewygGWDbKFEP9ZyhqOzc$" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>