<head><!-- BaNnErBlUrFlE-HeAdEr-start -->
<style>
  #pfptBannerg4sa0lq { all: revert !important; display: block !important; 
    visibility: visible !important; opacity: 1 !important; 
    background-color: #D0D8DC !important; 
    max-width: none !important; max-height: none !important }
  .pfptPrimaryButtong4sa0lq:hover, .pfptPrimaryButtong4sa0lq:focus {
    background-color: #b4c1c7 !important; }
  .pfptPrimaryButtong4sa0lq:active {
    background-color: #90a4ae !important; }
</style>

<!-- BaNnErBlUrFlE-HeAdEr-end -->
</head><!-- BaNnErBlUrFlE-BoDy-start -->
<!-- Preheader Text : BEGIN -->
<div style="display:none !important;display:none;visibility:hidden;mso-hide:all;font-size:1px;color:#ffffff;line-height:1px;height:0px;max-height:0px;opacity:0;overflow:hidden;">
 On Mon, Aug 5, 2024 at 1: 10 PM Sreeram R Venkat <srvenkat@ utexas. edu> wrote: I have a large dense matrix (size ranging from 5e4 to 1e5) that arises as a result of doing MatComputeOperator() on a MatShell. When the total number of nonzeros
</div>
<!-- Preheader Text : END -->

<!-- Email Banner : BEGIN -->
<div style="display:none !important;display:none;visibility:hidden;mso-hide:all;font-size:1px;color:#ffffff;line-height:1px;height:0px;max-height:0px;opacity:0;overflow:hidden;">ZjQcmQRYFpfptBannerStart</div>

<!--[if ((ie)|(mso))]>
  <table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0" width="100%" style="padding: 16px 0px 16px 0px; direction: ltr" ><tr><td>
    <table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0" style="padding: 0px 10px 5px 6px; width: 100%; border-radius:4px; border-top:4px solid #90a4ae;background-color:#D0D8DC;"><tr><td valign="top">
      <table align="left" border="0" cellspacing="0" cellpadding="0" style="padding: 4px 8px 4px 8px">
        <tr><td style="color:#000000; font-family: 'Arial', sans-serif; font-weight:bold; font-size:14px; direction: ltr">
          This Message Is From an External Sender
        </td></tr>
        <tr><td style="color:#000000; font-weight:normal; font-family: 'Arial', sans-serif; font-size:12px; direction: ltr">
          This message came from outside your organization.
        </td></tr>

      </table>

    </td></tr></table>
  </td></tr></table>
<![endif]-->

<![if !((ie)|(mso))]>
  <div dir="ltr"  id="pfptBannerg4sa0lq" style="all: revert !important; display:block !important; text-align: left !important; margin:16px 0px 16px 0px !important; padding:8px 16px 8px 16px !important; border-radius: 4px !important; min-width: 200px !important; background-color: #D0D8DC !important; background-color: #D0D8DC; border-top: 4px solid #90a4ae !important; border-top: 4px solid #90a4ae;">
    <div id="pfptBannerg4sa0lq" style="all: unset !important; float:left !important; display:block !important; margin: 0px 0px 1px 0px !important; max-width: 600px !important;">
      <div id="pfptBannerg4sa0lq" style="all: unset !important; display:block !important; visibility: visible !important; background-color: #D0D8DC !important; color:#000000 !important; color:#000000; font-family: 'Arial', sans-serif !important; font-family: 'Arial', sans-serif; font-weight:bold !important; font-weight:bold; font-size:14px !important; line-height:18px !important; line-height:18px">
        This Message Is From an External Sender
      </div>
      <div id="pfptBannerg4sa0lq" style="all: unset !important; display:block !important; visibility: visible !important; background-color: #D0D8DC !important; color:#000000 !important; color:#000000; font-weight:normal; font-family: 'Arial', sans-serif !important; font-family: 'Arial', sans-serif; font-size:12px !important; line-height:18px !important; line-height:18px; margin-top:2px !important;">
This message came from outside your organization.
      </div>

    </div>

    <div style="clear: both !important; display: block !important; visibility: hidden !important; line-height: 0 !important; font-size: 0.01px !important; height: 0px"> </div>
  </div>
<![endif]>

<div style="display:none !important;display:none;visibility:hidden;mso-hide:all;font-size:1px;color:#ffffff;line-height:1px;height:0px;max-height:0px;opacity:0;overflow:hidden;">ZjQcmQRYFpfptBannerEnd</div>
<!-- Email Banner : END -->

<!-- BaNnErBlUrFlE-BoDy-end -->
<div dir="ltr"><div dir="ltr">On Mon, Aug 5, 2024 at 1:10 PM Sreeram R Venkat <<a href="mailto:srvenkat@utexas.edu">srvenkat@utexas.edu</a>> wrote:<br></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div class="msg123354422322395597">





<div style="font-size:1px;color:rgb(255,255,255);line-height:1px;height:0px;max-height:0px;opacity:0;overflow:hidden;display:none">
 I have a large dense matrix (size ranging from 5e4 to 1e5) that arises as a result of doing MatComputeOperator() on a MatShell. When the total number of nonzeros exceeds the 32 bit integer value, I get an error (MPI buffer size too big) when
</div>



<div style="font-size:1px;color:rgb(255,255,255);line-height:1px;height:0px;max-height:0px;opacity:0;overflow:hidden;display:none">ZjQcmQRYFpfptBannerStart</div>



<u></u>
  <div dir="ltr" id="m_123354422322395597pfptBanners2fszgy" style="display:block;text-align:left;margin:16px 0px;padding:8px 16px;border-radius:4px;min-width:200px;background-color:rgb(208,216,220);border-top:4px solid rgb(144,164,174)">
    <div id="m_123354422322395597pfptBanners2fszgy" style="float:left;display:block;margin:0px 0px 1px;max-width:600px">
      <div id="m_123354422322395597pfptBanners2fszgy" style="display:block;background-color:rgb(208,216,220);color:rgb(0,0,0);font-family:Arial,sans-serif;font-weight:bold;font-size:14px;line-height:18px">
        This Message Is From an External Sender
      </div>
      <div id="m_123354422322395597pfptBanners2fszgy" style="font-weight:normal;display:block;background-color:rgb(208,216,220);color:rgb(0,0,0);font-family:Arial,sans-serif;font-size:12px;line-height:18px;margin-top:2px">
This message came from outside your organization.
      </div>

    </div>

    <div style="height:0px;clear:both;display:block;line-height:0;font-size:0.01px"> </div>
  </div>
<u></u>

<div style="font-size:1px;color:rgb(255,255,255);line-height:1px;height:0px;max-height:0px;opacity:0;overflow:hidden;display:none">ZjQcmQRYFpfptBannerEnd</div>



<div dir="ltr"><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div style="color:rgb(34,34,34)">I have a large dense matrix (size ranging from 5e4 to 1e5) that arises as a result of doing MatComputeOperator() on a MatShell. When the total number of nonzeros exceeds the 32 bit integer value, I get an error (MPI buffer size too big) when trying to do MatView() on this to save to binary. Is there a way I can save this matrix to load again for later use? </div></div></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>I think you need to reconfigure with --with-64-bit-indices.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div class="msg123354422322395597"><div dir="ltr"><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div style="color:rgb(34,34,34)">The other thing I tried was to save each column as a separate dataset in an hdf5 file. Then, I tried to load this in python, combine them to an np array, and then create/save a dense matrix with petsc4py. I was able to create the dense Mat, but the MatView() once again resulted in an error (out of memory). </div><div style="color:rgb(34,34,34)"><br></div><div style="color:rgb(34,34,34)">Thanks,</div><div style="color:rgb(34,34,34)">Sreeram</div></div></div></div>
</div></blockquote></div><br clear="all"><div><br></div><span class="gmail_signature_prefix">-- </span><br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="https://urldefense.us/v3/__http://www.cse.buffalo.edu/*knepley/__;fg!!G_uCfscf7eWS!ZWJy1vnQRcamRkpD9AvtD6y9h9bvIfbWSTz0DllLxYWq7hwcAytyX_EC7cpuwneyYXURUCUm2lSCptfV0OFZ$" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>