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<div style="display:none !important;display:none;visibility:hidden;mso-hide:all;font-size:1px;color:#ffffff;line-height:1px;height:0px;max-height:0px;opacity:0;overflow:hidden;">
 On Wed, May 1, 2024 at 11: 03 PM Adrian Croucher <a. croucher@ auckland. ac. nz> wrote: hi Matt & all, I just had a query from one of my users which prompted me to see if any progress had been made on the issue below - using PETSc to get
</div>
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<!--[if ((ie)|(mso))]>
  <table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0" width="100%" style="padding: 16px 0px 16px 0px; direction: ltr" ><tr><td>
    <table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0" style="padding: 0px 10px 5px 6px; width: 100%; border-radius:4px; border-top:4px solid #90a4ae;background-color:#D0D8DC;"><tr><td valign="top">
      <table align="left" border="0" cellspacing="0" cellpadding="0" style="padding: 4px 8px 4px 8px">
        <tr><td style="color:#000000; font-family: 'Arial', sans-serif; font-weight:bold; font-size:14px; direction: ltr">
          This Message Is From an External Sender
        </td></tr>
        <tr><td style="color:#000000; font-weight:normal; font-family: 'Arial', sans-serif; font-size:12px; direction: ltr">
          This message came from outside your organization.
        </td></tr>

      </table>

    </td></tr></table>
  </td></tr></table>
<![endif]-->

<![if !((ie)|(mso))]>
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      <div id="pfptBannerf1999l8" style="all: unset !important; display:block !important; visibility: visible !important; background-color: #D0D8DC !important; color:#000000 !important; color:#000000; font-family: 'Arial', sans-serif !important; font-family: 'Arial', sans-serif; font-weight:bold !important; font-weight:bold; font-size:14px !important; line-height:18px !important; line-height:18px">
        This Message Is From an External Sender
      </div>
      <div id="pfptBannerf1999l8" style="all: unset !important; display:block !important; visibility: visible !important; background-color: #D0D8DC !important; color:#000000 !important; color:#000000; font-weight:normal; font-family: 'Arial', sans-serif !important; font-family: 'Arial', sans-serif; font-size:12px !important; line-height:18px !important; line-height:18px; margin-top:2px !important;">
This message came from outside your organization.
      </div>

    </div>

    <div style="clear: both !important; display: block !important; visibility: hidden !important; line-height: 0 !important; font-size: 0.01px !important; height: 0px"> </div>
  </div>
<![endif]>

<div style="display:none !important;display:none;visibility:hidden;mso-hide:all;font-size:1px;color:#ffffff;line-height:1px;height:0px;max-height:0px;opacity:0;overflow:hidden;">ZjQcmQRYFpfptBannerEnd</div>
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<div dir="ltr"><div dir="ltr">On Wed, May 1, 2024 at 11:03 PM Adrian Croucher <<a href="mailto:a.croucher@auckland.ac.nz">a.croucher@auckland.ac.nz</a>> wrote:<br></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><u></u>

  
  <div>
    <p>hi Matt & all,</p>
    <p>I just had a query from one of my users which prompted me to see
      if any progress had been made on the issue below - using PETSc to
      get the number of time steps in an HDF5 file.</p>
    <p>I can't see anything new in PETSc on this - I did try using
      PetscViewerHDF5ReadSizes() to see if that would do it, but it
      seems it doesn't. If I use that on the "time" dataset it just
      returns 1.</p>
    <p></p></div></blockquote><div>Sorry about the delay. I had lost track of this. Can you look at branch</div><div><br></div><div>  knepley/feature-hdf5-seq-len</div><div><br></div><div>I have not made a test yet, but if this works for you, I will make a test and merge it in.</div><div><br></div><div>  Thanks!</div><div><br></div><div>     Matt <br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div><p>Regards, Adrian<br>
    </p>
    <div>On 11/10/21 2:08 pm, Adrian Croucher
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite">
      
      <div>On 10/11/21 11:59 AM, Matthew Knepley
        wrote:<br>
      </div>
      <blockquote type="cite">
        <div dir="ltr">
          <div dir="ltr">On Sun, Oct 10, 2021 at 6:51 PM Adrian Croucher
            <<a href="mailto:a.croucher@auckland.ac.nz" target="_blank">a.croucher@auckland.ac.nz</a>>
            wrote:<br>
          </div>
          <div class="gmail_quote">
            <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">hi<br>
              <br>
              Is there any way to query the PETSc HDF5 viewer to find
              the number of <br>
              time steps in the file?<br>
              <br>
              A common use case I have is that an HDF5 file from a
              previous simulation <br>
              is used to get initial conditions for a subsequent run.
              The most common <br>
              thing you want to do is restart from the last set of
              results in the <br>
              previous output. To do that you need to know how many time
              steps there <br>
              are, so you can set the output index to be the last one.<br>
              <br>
              I thought maybe I could just query the size of the "time"
              dataset, but I <br>
              can't even see any obvious way to do that using the viewer
              functions.<br>
            </blockquote>
            <div><br>
            </div>
            <div>There is nothing in there that does it right now. Do
              you know how to do it in HDF5?</div>
            <div>If so, I can put it in. Otherwise, I will have to learn
              more HDF5 :)</div>
          </div>
        </div>
      </blockquote>
      <br>
      <p>I haven't actually tried this myself but it looks like what you
        do is:</p>
      <p>1) get the dataspace for the dataset (in our case the "time"
        dataset):</p>
      <p>hid_t dspace = H5Dget_space(dset);</p>
      <p>2) Get the dimensions of the dataspace:<br>
      </p>
      <p>const int ndims = 1;<br>
      </p>
      <p>hsize_t dims[ndims];<br>
        H5Sget_simple_extent_dims(dspace, dims, NULL);</p>
      <p>The first element of dims should be the number of time steps.
        Here I've assumed the number of dimensions of the time dataset
        is 1. In general you can instead query the rank of the dataspace
        using H5Sget_simple_extent_ndims() to get the rank ndims.</p>
      <p>Regards, Adrian<br>
      </p>
    </blockquote>
    <pre cols="72">-- 
Dr Adrian Croucher
Senior Research Fellow
Department of Engineering Science
Waipapa Taumata Rau / University of Auckland, New Zealand
email: <a href="mailto:a.croucher@auckland.ac.nz" target="_blank">a.croucher@auckland.ac.nz</a>
tel: +64 (0)9 923 4611</pre>
  </div>

</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div><span class="gmail_signature_prefix">-- </span><br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="https://urldefense.us/v3/__http://www.cse.buffalo.edu/*knepley/__;fg!!G_uCfscf7eWS!eWw8ZyC03JCY81KS4nuvF6OwPoyRvldIwdZsw_6BlM1OLpJ4cucgOSJ6wetJu-YCCDUSYq0ZI_4rgriZqJYl$" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>