<head><!-- BaNnErBlUrFlE-HeAdEr-start -->
<style>
  #pfptBanner344nqln { all: revert !important; display: block !important; 
    visibility: visible !important; opacity: 1 !important; 
    background-color: #D0D8DC !important; 
    max-width: none !important; max-height: none !important }
  .pfptPrimaryButton344nqln:hover, .pfptPrimaryButton344nqln:focus {
    background-color: #b4c1c7 !important; }
  .pfptPrimaryButton344nqln:active {
    background-color: #90a4ae !important; }
</style>

<!-- BaNnErBlUrFlE-HeAdEr-end -->
</head><!-- BaNnErBlUrFlE-BoDy-start -->
<!-- Preheader Text : BEGIN -->
<div style="display:none !important;display:none;visibility:hidden;mso-hide:all;font-size:1px;color:#ffffff;line-height:1px;height:0px;max-height:0px;opacity:0;overflow:hidden;">
 On Wed, May 1, 2024 at 3: 34 PM Ferrand, Jesus A. <FERRANJ2@ my. erau. edu> wrote: Dear PETSc team: For a project that I'm working on, I need to manually build a DMPlex. From studying the source code of the various APIs in which the plex
</div>
<!-- Preheader Text : END -->

<!-- Email Banner : BEGIN -->
<div style="display:none !important;display:none;visibility:hidden;mso-hide:all;font-size:1px;color:#ffffff;line-height:1px;height:0px;max-height:0px;opacity:0;overflow:hidden;">ZjQcmQRYFpfptBannerStart</div>

<!--[if ((ie)|(mso))]>
  <table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0" width="100%" style="padding: 16px 0px 16px 0px; direction: ltr" ><tr><td>
    <table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0" style="padding: 0px 10px 5px 6px; width: 100%; border-radius:4px; border-top:4px solid #90a4ae;background-color:#D0D8DC;"><tr><td valign="top">
      <table align="left" border="0" cellspacing="0" cellpadding="0" style="padding: 4px 8px 4px 8px">
        <tr><td style="color:#000000; font-family: 'Arial', sans-serif; font-weight:bold; font-size:14px; direction: ltr">
          This Message Is From an External Sender
        </td></tr>
        <tr><td style="color:#000000; font-weight:normal; font-family: 'Arial', sans-serif; font-size:12px; direction: ltr">
          This message came from outside your organization.
        </td></tr>

      </table>

    </td></tr></table>
  </td></tr></table>
<![endif]-->

<![if !((ie)|(mso))]>
  <div dir="ltr"  id="pfptBanner344nqln" style="all: revert !important; display:block !important; text-align: left !important; margin:16px 0px 16px 0px !important; padding:8px 16px 8px 16px !important; border-radius: 4px !important; min-width: 200px !important; background-color: #D0D8DC !important; background-color: #D0D8DC; border-top: 4px solid #90a4ae !important; border-top: 4px solid #90a4ae;">
    <div id="pfptBanner344nqln" style="all: unset !important; float:left !important; display:block !important; margin: 0px 0px 1px 0px !important; max-width: 600px !important;">
      <div id="pfptBanner344nqln" style="all: unset !important; display:block !important; visibility: visible !important; background-color: #D0D8DC !important; color:#000000 !important; color:#000000; font-family: 'Arial', sans-serif !important; font-family: 'Arial', sans-serif; font-weight:bold !important; font-weight:bold; font-size:14px !important; line-height:18px !important; line-height:18px">
        This Message Is From an External Sender
      </div>
      <div id="pfptBanner344nqln" style="all: unset !important; display:block !important; visibility: visible !important; background-color: #D0D8DC !important; color:#000000 !important; color:#000000; font-weight:normal; font-family: 'Arial', sans-serif !important; font-family: 'Arial', sans-serif; font-size:12px !important; line-height:18px !important; line-height:18px; margin-top:2px !important;">
This message came from outside your organization.
      </div>

    </div>

    <div style="clear: both !important; display: block !important; visibility: hidden !important; line-height: 0 !important; font-size: 0.01px !important; height: 0px"> </div>
  </div>
<![endif]>

<div style="display:none !important;display:none;visibility:hidden;mso-hide:all;font-size:1px;color:#ffffff;line-height:1px;height:0px;max-height:0px;opacity:0;overflow:hidden;">ZjQcmQRYFpfptBannerEnd</div>
<!-- Email Banner : END -->

<!-- BaNnErBlUrFlE-BoDy-end -->
<div dir="ltr"><div dir="ltr">On Wed, May 1, 2024 at 3:34 PM Ferrand, Jesus A. <<a href="mailto:FERRANJ2@my.erau.edu">FERRANJ2@my.erau.edu</a>> wrote:<br></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div class="msg-7999592094273355019">

<div style="font-size:1px;color:rgb(255,255,255);line-height:1px;height:0px;max-height:0px;opacity:0;overflow:hidden;display:none">
 Dear PETSc team: For a project that I'm working on, I need to manually build a DMPlex. From studying the source code of the various APIs in which the plex is built from some supported file format, I get that the workflow is this: DMPlexSetChart()
</div>



<div style="font-size:1px;color:rgb(255,255,255);line-height:1px;height:0px;max-height:0px;opacity:0;overflow:hidden;display:none">ZjQcmQRYFpfptBannerStart</div>



<u></u>
  <div dir="ltr" id="m_-2907562466910451345pfptBanner5674lmf" style="display:block;text-align:left;margin:16px 0px;padding:8px 16px;border-radius:4px;min-width:200px;background-color:rgb(208,216,220);border-top:4px solid rgb(144,164,174)">
    <div id="m_-2907562466910451345pfptBanner5674lmf" style="float:left;display:block;margin:0px 0px 1px;max-width:600px">
      <div id="m_-2907562466910451345pfptBanner5674lmf" style="display:block;background-color:rgb(208,216,220);color:rgb(0,0,0);font-family:Arial,sans-serif;font-weight:bold;font-size:14px;line-height:18px">
        This Message Is From an External Sender
      </div>
      <div id="m_-2907562466910451345pfptBanner5674lmf" style="font-weight:normal;display:block;background-color:rgb(208,216,220);color:rgb(0,0,0);font-family:Arial,sans-serif;font-size:12px;line-height:18px;margin-top:2px">
This message came from outside your organization.
      </div>

    </div>

    <div style="height:0px;clear:both;display:block;line-height:0;font-size:0.01px"> </div>
  </div>
<u></u>

<div style="font-size:1px;color:rgb(255,255,255);line-height:1px;height:0px;max-height:0px;opacity:0;overflow:hidden;display:none">ZjQcmQRYFpfptBannerEnd</div>












<div dir="ltr">
<div style="font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Dear PETSc team:<br>
<br>
For a project that I'm working on, I need to manually build a DMPlex.</div>
<div style="font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
>From studying the source code of the various APIs in which the plex is built from some supported file format, I get that the workflow is this:</div>
<div style="font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<ol style="margin-top:0px;margin-bottom:0px" start="1">
<li style="font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);list-style-type:"1) "">
<div style="font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
DMPlexSetChart() <-- Input nCells + nVerts</div>
</li><li style="font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);list-style-type:"2) "">
<div style="font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
DMPlexSetConeSize() <-- Input ConeSize for each point in [0,nCells)</div>
</li><li style="font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);list-style-type:"3) "">
<div style="font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
DMSetUp() – Allocates memory internally.</div>
</li><li style="font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);list-style-type:"4) "">
<div style="font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
DMPlexGetCones() --> Gives you the memory onto which to write the cell connectivity.</div>
</li><li style="font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);list-style-type:"5) "">
<div style="font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
*Write connectivity*</div>
</li><li style="font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);list-style-type:"6) "">
<div style="font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
DMPlexReorderCell() <-- For each point in [0,nCells)</div>
</li></ol>
<div style="font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
I'm in a situation where the memory given by step (4) is available a-priori.</div>
<div style="font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
I was hoping to skip steps 2, 3 , and 4 with something like a "DMPlexSetCones()", but such an API does not exist.</div>
<div style="font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
My current workaround is to implement steps 2 through 4 as always and have double the memory allocated in the interim (my instance + DM's internal instance).</div>
<div style="font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
I was thinking of looking for the name of the struct member and = it to my memory, but I can't overcome the flag check in DMSetUp() during later calls to DMPlexGetCones() or DMPlexGetTransitiveClosure().</div></div></div></blockquote><div><br></div><div>I do not understand the "flag check". What is that?</div><div><br></div><div>We could make a DMPlexSetCones(), but as you point out, the workflow for DMSetUp() would have to change. Where does the memory come from for your connectivity?</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>    Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div class="msg-7999592094273355019"><div dir="ltr">
<div id="m_-2907562466910451345Signature" style="color:inherit;background-color:inherit">
<div style="background-color:rgb(255,255,255);font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;background-color:inherit" dir="ltr" id="m_-2907562466910451345divtagdefaultwrapper">
<p style="line-height:normal;background-color:white;margin:0px 0px 11px"><span style="font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:12pt;color:black">Sincerely:</span></p>
<p style="line-height:normal;background-color:white;margin:0px"><span style="font-family:"Courier New",monospace;font-size:14pt;color:red"><b><u>J.A. Ferrand</u></b></span></p>
<p style="line-height:normal;background-color:white;margin:0px"><span style="font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:12pt;color:black">Embry-Riddle Aeronautical University - Daytona Beach - FL<br>
Ph.D. Candidate, Aerospace Engineering</span></p>
<p style="line-height:normal;background-color:white;margin:0px"><span style="font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:12pt;color:black">M.Sc. Aerospace Engineering</span></p>
<p style="line-height:normal;background-color:white;margin:0px"><span style="font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:12pt;color:black">B.Sc. Aerospace Engineering</span></p>
<p style="line-height:normal;background-color:white;margin:0px"><span style="font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:12pt;color:black">B.Sc. Computational Mathematics</span></p>
<p style="line-height:normal;background-color:white;margin:0px"><span style="font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)"><br>
</span></p>
<p style="line-height:normal;background-color:white;margin:0px"><span style="font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:12pt;color:black"><u>Phone:</u> (386)-843-1829</span></p>
<p style="line-height:normal;background-color:white;margin:0px"><span style="font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:12pt;color:black"><u>Email(s):</u> <a href="mailto:ferranj2@my.erau.edu" target="_blank">ferranj2@my.erau.edu</a></span></p>
<p style="text-indent:0.5in;line-height:normal;background-color:white;margin:0px">
<span style="font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:12pt;color:black">    <a href="mailto:jesus.ferrand@gmail.com" target="_blank">jesus.ferrand@gmail.com</a></span></p>
</div>
</div>
</div>

</div></blockquote></div><br clear="all"><div><br></div><span class="gmail_signature_prefix">-- </span><br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="https://urldefense.us/v3/__http://www.cse.buffalo.edu/*knepley/__;fg!!G_uCfscf7eWS!ZR1_fNBzyO9hgjbXCkFEbX3CMsLXVmoeah8FCeMOb9AMhbszC-gLvEU6mbq67TLMx9kDRY2b--nt1nRnavyF$" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>