<div dir="ltr"><div dir="ltr">On Wed, Aug 9, 2023 at 11:09 AM Ilya Fursov <<a href="mailto:ilya.foursov.7bd@gmail.com">ilya.foursov.7bd@gmail.com</a>> wrote:<br></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>I have a problem running src/snes/tutorials/ex17.c in parallel,</div><div>given the specific runtime options (these options are actually taken from the test example ex17_3d_q3_trig_elas). </div><div><br></div><div><b>The serial version works fine:</b></div><div><font color="#0000ff">./ex17 -dm_plex_box_faces 1,1,1 -sol_type elas_trig -dm_plex_dim 3 -dm_plex_simplex 0 -displacement_petscspace_degree 3 -dm_refine 0 -convest_num_refine 1 -snes_convergence_estimate -snes_monitor</font><br></div><div><br></div><div><b>The parallel version fails:</b></div><div><font color="#0000ff">mpirun -n 2 ./ex17 -dm_plex_box_faces 1,1,1 -sol_type elas_trig -dm_plex_dim 3 -dm_plex_simplex 0 -displacement_petscspace_degree 3 -dm_refine 0 -convest_num_refine 1 -snes_convergence_estimate -snes_monitor</font><br></div><div><b>with the error message (--with-debugging=1):</b><font color="#0000ff"><br></font></div><div>[0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------<br>[0]PETSC ERROR: Argument out of range<br>[0]PETSC ERROR: Cell 0 has not been assigned a cell type<br></div></div></blockquote><div><br></div><div>Yes, I need to put some more checks for corner cases. You have a 1 element mesh on 2 processes, so there is no cell 0, but I am expecting at least one cell during setup. Give</div><div><br></div><div>  -dm_refine 1</div><div><br></div><div>or</div><div><br></div><div>  -dm_plex_box_faces 2,2,2</div><div><br></div><div>or something like that.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>[0]PETSC ERROR: WARNING! There are option(s) set that were not used! Could be the program crashed before they were used or a spelling mistake, etc!<br>[0]PETSC ERROR:   Option left: name:-convest_num_refine value: 1 source: command line<br>[0]PETSC ERROR:   Option left: name:-displacement_petscspace_degree value: 3 source: command line<br>[0]PETSC ERROR:   Option left: name:-snes_convergence_estimate (no value) source: command line<br>[0]PETSC ERROR:   Option left: name:-snes_monitor (no value) source: command line<br>[0]PETSC ERROR: See <a href="https://petsc.org/release/faq/" target="_blank">https://petsc.org/release/faq/</a> for trouble shooting.<br>[0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.19.4, unknown <br>[0]PETSC ERROR: ./ex17 on a DEBUG named ilya-HP-Notebook by ilya Wed Aug  9 19:23:02 2023<br>[0]PETSC ERROR: Configure options PETSC_ARCH=DEBUG PETSC_DIR=/home/ilya/build/petsc-09aug-debug/petsc --with-blaslapack-dir=/home/ilya/progs/OpenBLAS-0.3.21 --with-mpi-dir=/home/ilya/progs/openmpi-4.1.4 --with-debugging=1 --download-hdf5 --download-hypre --download-chaco --download-metis --download-parmetis --download-suitesparse --download-moab --download-mumps --download-scalapack --download-superlu --download-superlu_dist --download-triangle --download-ml --download-giflib --download-libjpeg --download-libpng --download-zlib --download-spai --download-tchem --download-party --download-cmake --download-hwloc --download-ptscotch --download-revolve --download-cams --download-spai<br>[0]PETSC ERROR: #1 DMPlexGetCellType() at /home/ilya/build/petsc-09aug-debug/petsc/src/dm/impls/plex/plex.c:5169<br>[0]PETSC ERROR: #2 SetupFE() at ex17.c:621<br>[0]PETSC ERROR: #3 main() at ex17.c:654<br>[0]PETSC ERROR: PETSc Option Table entries:<br>[0]PETSC ERROR: -convest_num_refine 1 (source: command line)<br>[0]PETSC ERROR: -displacement_petscspace_degree 3 (source: command line)<br>[0]PETSC ERROR: -dm_plex_box_faces 1,1,1 (source: command line)<br>[0]PETSC ERROR: -dm_plex_dim 3 (source: command line)<br>[0]PETSC ERROR: -dm_plex_simplex 0 (source: command line)<br>[0]PETSC ERROR: -dm_refine 0 (source: command line)<br>[0]PETSC ERROR: -snes_convergence_estimate (source: command line)<br>[0]PETSC ERROR: -snes_monitor (source: command line)<br>[0]PETSC ERROR: -sol_type elas_trig (source: command line)<br>[0]PETSC ERROR: ----------------End of Error Message -------send entire error message to petsc-maint@mcs.anl.gov----------<br></div><div><br></div><div><b>And when --with-debugging=0, it fails with segmentation violation:</b></div><div>[0]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------<br>[0]PETSC ERROR: Caught signal number 11 SEGV: Segmentation Violation, probably memory access out of range<br>[0]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger<br>[0]PETSC ERROR: or see <a href="https://petsc.org/release/faq/#valgrind" target="_blank">https://petsc.org/release/faq/#valgrind</a> and <a href="https://petsc.org/release/faq/" target="_blank">https://petsc.org/release/faq/</a><br>[0]PETSC ERROR: configure using --with-debugging=yes, recompile, link, and run <br>[0]PETSC ERROR: to get more information on the crash.<br>[0]PETSC ERROR: Run with -malloc_debug to check if memory corruption is causing the crash.<br></div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Ilya</div></div>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div><span class="gmail_signature_prefix">-- </span><br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>