<div dir="ltr"><div dir="ltr">On Fri, Jun 30, 2023 at 1:13 AM Ng, Cho-Kuen via petsc-users <<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov">petsc-users@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div class="msg5514417947815199577">




<div dir="ltr">
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Mark,</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
The application code reads in parameters from an input file, where we can put the PETSc runtime options. Then we pass the options to PetscInitialize(...). Does that sounds right?</div></div></div></blockquote><div><br></div><div>PETSc will read command line argument automatically in PetscInitialize() unless you shut it off.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>    Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div class="msg5514417947815199577"><div dir="ltr">
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Cho<br>
</div>
<div id="m_5514417947815199577appendonsend"></div>
<hr style="display:inline-block;width:98%">
<div id="m_5514417947815199577divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" style="font-size:11pt" color="#000000"><b>From:</b> Ng, Cho-Kuen <<a href="mailto:cho@slac.stanford.edu" target="_blank">cho@slac.stanford.edu</a>><br>
<b>Sent:</b> Thursday, June 29, 2023 8:32 PM<br>
<b>To:</b> Mark Adams <<a href="mailto:mfadams@lbl.gov" target="_blank">mfadams@lbl.gov</a>><br>
<b>Cc:</b> <a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a> <<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><br>
<b>Subject:</b> Re: [petsc-users] Using PETSc GPU backend</font>
<div> </div>
</div>

<div dir="ltr">
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Mark,</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Thanks for the information. How do I put the runtime options for the executable, say, a.out, which does not have the provision to append arguments? Do I need to change the C++ main to read in the options?</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Cho<br>
</div>
<div id="m_5514417947815199577x_appendonsend"></div>
<hr style="display:inline-block;width:98%">
<div id="m_5514417947815199577x_divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" color="#000000" style="font-size:11pt"><b>From:</b> Mark Adams <<a href="mailto:mfadams@lbl.gov" target="_blank">mfadams@lbl.gov</a>><br>
<b>Sent:</b> Thursday, June 29, 2023 5:55 PM<br>
<b>To:</b> Ng, Cho-Kuen <<a href="mailto:cho@slac.stanford.edu" target="_blank">cho@slac.stanford.edu</a>><br>
<b>Cc:</b> <a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a> <<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><br>
<b>Subject:</b> Re: [petsc-users] Using PETSc GPU backend</font>
<div> </div>
</div>
<div>
<div dir="ltr">Run with options: -mat_type aijcusparse -vec_type cuda -log_view -options_left
<div><br>
</div>
<div>The last column of the performance data (from -log_view) will be the percent flops on the GPU. Check that that is > 0.</div>
<div><br>
</div>
<div>The end of the output will list the options that were used and options that were _not_ used (if any). Check that there are no options left.</div>
<div><br>
</div>
<div>Mark</div>
</div>
<br>
<div>
<div dir="ltr">On Thu, Jun 29, 2023 at 7:50 PM Ng, Cho-Kuen via petsc-users <<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br>
</div>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div>
<div dir="ltr">
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
I installed PETSc on Perlmutter using "spack install <span style="background:rgb(255,255,255)">
petsc+cuda+zoltan</span><span style="background-color:rgb(255,255,255)">" </span>
and used it by "<span style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;background:rgb(255,255,255);color:black">spack load petsc/fwge6pf</span>". Then I compiled the application code (purely CPU code) linking to the petsc package, hoping that
 I can get performance improvement using the petsc GPU backend. However, the timing was the same using the same number of MPI tasks with and without GPU accelerators. Have I missed something in the process, for example, setting up PETSc options at runtime to
 use the GPU backend?</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Thanks,</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Cho<br>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
</div>
</div>
</div>

</div></blockquote></div><br clear="all"><div><br></div><span class="gmail_signature_prefix">-- </span><br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>