<div dir="ltr"><div dir="ltr">Good Morning,<div><br></div><div>I'm trying to verify that the CAD -> PETSc/DMPlex methods I've developed can be used for FEM analyses using PETSc. Attached is my current attempt where I import a CAD STEP file to create a volumetric tetrahedral discretization (DMPlex),  designate boundary condition points using DMLabels, and solve the Laplace problem (heat) with Dirichlet conditions on each end. At command line I indicate the STEP file with the -filename option and the dual space degree with -petscspace_degree 2. The run ends with either a SEGV Fault or a General MPI Communication Error. </div><div><br></div><div>Could you please look over the attached file to tell me if what I'm doing to set up the FEM problem is wrong?</div><div><br></div><div>Thank you in advance for your time and help.</div><div>-Brandon</div><div><br></div><div>TYPICAL ERROR MESSAGE</div><div><div><font face="monospace">[0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------</font></div><div><font face="monospace">[0]PETSC ERROR: General MPI error</font></div><div><font face="monospace">[0]PETSC ERROR: MPI error 605109765 Invalid communicator, error stack:</font></div><div><font face="monospace">                PMPI_Comm_get_attr(344): MPI_Comm_get_attr(comm=0x0, comm_keyval=-1539309568, attribute_val=0x7ffe75a58848, flag=0x7ffe75a58844) failed</font></div><div><font face="monospace">                MPII_Comm_get_attr(257): MPIR_Comm_get_attr(comm=0x0, comm_keyval=-1539309568, attribute_val=0x7ffe75a58848, flag=0x7ffe75a58844) failed</font></div><div><font face="monospace">                MPII_Comm_get_attr(53).: Invalid communicator</font></div><div><font face="monospace">[0]PETSC ERROR: WARNING! There are option(s) set that were not used! Could be the program crashed before they were used or a spelling mistake, etc!</font></div><div><font face="monospace">[0]PETSC ERROR:   Option left: name:-dm_plex_refine_without_snap_to_geom value: 0 source: command line</font></div><div><font face="monospace">[0]PETSC ERROR:   Option left: name:-dm_refine value: 1 source: command line</font></div><div><font face="monospace">[0]PETSC ERROR:   Option left: name:-snes_monitor (no value) source: command line</font></div><div><font face="monospace">[0]PETSC ERROR: See <a href="https://petsc.org/release/faq/">https://petsc.org/release/faq/</a> for trouble shooting.</font></div><div><font face="monospace">[0]PETSC ERROR: Petsc Development GIT revision: v3.18.5-1817-gd2497b8de4c  GIT Date: 2023-05-22 18:44:03 +0000</font></div><div><font face="monospace">[0]PETSC ERROR: ./thermal on a  named XPS. by bdenton Wed Jun  7 11:03:43 2023</font></div><div><font face="monospace">[0]PETSC ERROR: Configure options --with-make-np=16 --prefix=/mnt/c/Users/Brandon/software/libs/petsc/3.19.1-gitlab/gcc/11.2.0/mpich/3.4.2/openblas/0.3.17/opt --with-debugging=false --COPTFLAGS="-O3 -mavx" --CXXOPTFLAGS="-O3 -mavx" --FOPTFLAGS=-O3 --with-shared-libraries=1 --with-mpi-dir=/mnt/c/Users/Brandon/software/libs/mpich/3.4.2/gcc/11.2.0 --with-mumps=true --download-mumps=1 --with-metis=true --download-metis=1 --with-parmetis=true --download-parmetis=1 --with-superlu=true --download-superlu=1 --with-superludir=true --download-superlu_dist=1 --with-blacs=true --download-blacs=1 --with-scalapack=true --download-scalapack=1 --with-hypre=true --download-hypre=1 --with-hdf5-dir=/mnt/c/Users/Brandon/software/libs/hdf5/1.12.1/gcc/11.2.0 --with-valgrind-dir=/mnt/c/Users/Brandon/software/apps/valgrind/3.14.0 --with-blas-lib="[/mnt/c/Users/Brandon/software/libs/openblas/0.3.17/gcc/11.2.0/lib/libopenblas.so]" --with-lapack-lib="[/mnt/c/Users/Brandon/software/libs/openblas/0.3.17/gcc/11.2.0/lib/libopenblas.so]" --LDFLAGS= --with-tetgen=true --download-tetgen=1 --download-ctetgen=1 --download-opencascade=1 --download-egads</font></div><div><font face="monospace">[0]PETSC ERROR: #1 PetscObjectName() at /mnt/c/Users/Brandon/software/builddir/petsc-3.19.1-gitlab/src/sys/objects/pname.c:119</font></div><div><font face="monospace">[0]PETSC ERROR: #2 PetscObjectGetName() at /mnt/c/Users/Brandon/software/builddir/petsc-3.19.1-gitlab/src/sys/objects/pgname.c:27</font></div><div><font face="monospace">[0]PETSC ERROR: #3 PetscDSAddBoundary() at /mnt/c/Users/Brandon/software/builddir/petsc-3.19.1-gitlab/src/dm/dt/interface/dtds.c:3404</font></div><div><font face="monospace">[0]PETSC ERROR: #4 DMAddBoundary() at /mnt/c/Users/Brandon/software/builddir/petsc-3.19.1-gitlab/src/dm/interface/dm.c:7828</font></div><div><font face="monospace">[0]PETSC ERROR: #5 main() at /mnt/c/Users/Brandon/Documents/School/Dissertation/Software/EGADS-dev/thermal_v319/thermal_nozzle.c:173</font></div><div><font face="monospace">[0]PETSC ERROR: PETSc Option Table entries:</font></div><div><font face="monospace">[0]PETSC ERROR: -dm_plex_geom_print_model 1 (source: command line)</font></div><div><font face="monospace">[0]PETSC ERROR: -dm_plex_geom_shape_opt 0 (source: command line)</font></div><div><font face="monospace">[0]PETSC ERROR: -dm_plex_refine_without_snap_to_geom 0 (source: command line)</font></div><div><font face="monospace">[0]PETSC ERROR: -dm_refine 1 (source: command line)</font></div><div><font face="monospace">[0]PETSC ERROR: -filename ./examples/Nozzle_example.stp (source: command line)</font></div><div><font face="monospace">[0]PETSC ERROR: -petscspace_degree 2 (source: command line)</font></div><div><font face="monospace">[0]PETSC ERROR: -snes_monitor (source: command line)</font></div><div><font face="monospace">[0]PETSC ERROR: ----------------End of Error Message -------send entire error message to petsc-maint@mcs.anl.gov----------</font></div><div><font face="monospace">application called MPI_Abort(MPI_COMM_SELF, 98) - process 0</font></div><div><font face="monospace">[unset]: write_line error; fd=-1 buf=:cmd=abort exitcode=98</font></div><div><font face="monospace">:</font></div><div><font face="monospace">system msg for write_line failure : Bad file descriptor</font></div></div></div></div>