<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>On Wed, May 17, 2023 at 10:21 AM Berend van Wachem <<a href="mailto:berend.vanwachem@ovgu.de">berend.vanwachem@ovgu.de</a>> wrote:<br></div></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Dear Matt,<br>
<br>
Thanks for getting back to me so quickly.<br>
<br>
If I scale each of the coordinates of the mesh (say, I want to cube each <br>
co-ordinate), and I do this for both:<br>
<br>
DMGetCoordinatesLocal();<br>
DMGetCellCoordinatesLocal();<br>
<br>
How do I know I am not cubing one coordinate multiple times?<br></blockquote><div><br></div><div>Good question. Right now, the only connection between the two sets of coordinates is DMLocalizeCoordinates(). Since sometimes people want to do non-trivial things to</div><div>coordinates, I prefer not to push in an API for "just" scaling, but I could be convinced</div><div>the other way.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
Thanks, Berend.<br><br>
On 5/17/23 16:10, Matthew Knepley wrote:<br>
> On Wed, May 17, 2023 at 10:02 AM Berend van Wachem <br>
> <<a href="mailto:berend.vanwachem@ovgu.de" target="_blank">berend.vanwachem@ovgu.de</a> <mailto:<a href="mailto:berend.vanwachem@ovgu.de" target="_blank">berend.vanwachem@ovgu.de</a>>> wrote:<br>
> <br>
>     Dear PETSc Team,<br>
> <br>
>     We are using DMPlex, and we create a mesh using<br>
> <br>
>     DMPlexCreateBoxMesh (.... );<br>
> <br>
>     and get a uniform mesh. The mesh is periodic.<br>
> <br>
>     We typically want to "scale" the coordinates (vertices) of the mesh,<br>
>     and<br>
>     to achieve this, we call<br>
> <br>
>     DMGetCoordinatesLocal(dm, &coordinates);<br>
> <br>
>     and scale the entries in the Vector coordinates appropriately.<br>
> <br>
>     and then<br>
> <br>
>     DMSetCoordinatesLocal(dm, coordinates);<br>
> <br>
> <br>
>     After this, we localise the coordinates by calling<br>
> <br>
>     DMLocalizeCoordinates(dm);<br>
> <br>
>     This worked fine up to PETSc 3.18, but with versions after this, the<br>
>     coordinates we get from the call<br>
> <br>
>     DMPlexGetCellCoordinates(dm, CellID, &isDG, &CoordSize,<br>
>     &ArrayCoordinates, &Coordinates);<br>
> <br>
>     are no longer correct if the mesh is periodic. A number of the<br>
>     coordinates returned from calling DMPlexGetCellCoordinates are wrong.<br>
> <br>
>     I think, this is because DMLocalizeCoordinates is now automatically<br>
>     called within the routine DMPlexCreateBoxMesh.<br>
> <br>
>     So, my question is: How should we scale the coordinates from a periodic<br>
>     DMPlex mesh so that they are reflected correctly when calling both<br>
>     DMGetCoordinatesLocal and DMPlexGetCellCoordinates, with PETSc versions<br>
>       >= 3.18?<br>
> <br>
> <br>
> I think we might have to add an API function. For now, when you scale <br>
> the coordinates,<br>
> can you scale both copies?<br>
> <br>
>    DMGetCoordinatesLocal()<br>
>    DMGetCellCoordinatesLocal();<br>
> <br>
> and then set them back.<br>
> <br>
>    Thanks,<br>
> <br>
>       Matt<br>
> <br>
>     Many thanks, Berend.<br>
> <br>
> -- <br>
> What most experimenters take for granted before they begin their <br>
> experiments is infinitely more interesting than any results to which <br>
> their experiments lead.<br>
> -- Norbert Wiener<br>
> <br>
> <a href="https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a> <<a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a>><br>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div><span class="gmail_signature_prefix">-- </span><br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>