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-chaco --download-fblaslapack --download-hypre --download-superlu_dist --download-hdf5=yes --download-ctetgen --download-zlib --download-pnetcdf --download-cmake --with-hdf5-fortran-bindings --with-debugging=1<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.5pt;font-family:Consolas;color:black'>[0]PETSC ERROR: #1 VecGetArrayRead() at /home/dsu/Soft/petsc/petsc-3.18.3/src/vec/vec/interface/rvector.c:1928<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.5pt;font-family:Consolas;color:black'>[0]PETSC ERROR: #2 DMGetLocalBoundingBox() at /home/dsu/Soft/petsc/petsc-3.18.3/src/dm/interface/dmcoordinates.c:897<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.5pt;font-family:Consolas;color:black'>[0]PETSC ERROR: #3 /home/dsu/Work/bug-check/petsc_bounding/src/solver_ddmethod.F90:1920<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.5pt;font-family:Consolas;color:black'>Total volume of simulation domain   0.20000000E+01<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.5pt;font-family:Consolas;color:black'>Total volume of simulation domain   0.20000000E+01<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.5pt;font-family:Consolas;color:black'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.5pt;font-family:Consolas;color:black'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.5pt;font-family:Consolas;color:black'>-> The output from PETSc 3.17 and earlier, no error<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.5pt;font-family:Consolas;color:black'>input file: stedvs.dat<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.5pt;font-family:Consolas;color:black'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.5pt;font-family:Consolas;color:black'>------------------------------------------------------------------------<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.5pt;font-family:Consolas;color:black'>global control parameters<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.5pt;font-family:Consolas;color:black'>------------------------------------------------------------------------<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.5pt;font-family:Consolas;color:black'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.5pt;font-family:Consolas;color:black'>Total volume of simulation domain   0.20000000E+01<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.5pt;font-family:Consolas;color:black'>Total volume of simulation domain   0.20000000E+01<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.5pt;font-family:Consolas;color:black'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal>Thanks,<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal>Danyang<o:p></o:p></p><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm'><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:12.0pt;color:black'>From: </span></b><span style='font-size:12.0pt;color:black'>Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com">knepley@gmail.com</a>><br><b>Date: </b>Friday, March 3, 2023 at 8:58 PM<br><b>To: </b><<a href="mailto:danyang.su@gmail.com">danyang.su@gmail.com</a>><br><b>Cc: </b><<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><br><b>Subject: </b>Re: [petsc-users] PETSC ERROR in DMGetLocalBoundingBox?<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div><div><div><p class=MsoNormal>On Sat, Mar 4, 2023 at 1:35 AM <<a href="mailto:danyang.su@gmail.com">danyang.su@gmail.com</a>> wrote:<o:p></o:p></p></div><div><blockquote style='border:none;border-left:solid #CCCCCC 1.0pt;padding:0cm 0cm 0cm 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-top:5.0pt;margin-right:0cm;margin-bottom:5.0pt'><div><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>Hi All,<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>I get a very strange error after upgrading PETSc version to 3.18.3, indicating some object is already free. The error is begin and does not crash the code. There is no error before PETSc 3.17.5 versions.<o:p></o:p></p></div></div></div></blockquote><div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>We have changed the way coordinates are handled in order to support higher order coordinate fields. Is it possible<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>to send something that we can run that has this error? It could be on our end, but it could also be that you are<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>destroying a coordinate vector accidentally.<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>  Thanks,<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>     Matt<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div><blockquote style='border:none;border-left:solid #CCCCCC 1.0pt;padding:0cm 0cm 0cm 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-top:5.0pt;margin-right:0cm;margin-bottom:5.0pt'><div><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;line-height:14.25pt;background:#1E1E1E'><span style='font-size:10.5pt;font-family:Consolas;color:#D4D4D4'>        </span><span style='font-size:10.5pt;font-family:Consolas;color:#6A9955'>!Check coordinates</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;line-height:14.25pt;background:#1E1E1E'><span style='font-size:10.5pt;font-family:Consolas;color:#D4D4D4'>        </span><span style='font-size:10.5pt;font-family:Consolas;color:#C586C0'>call</span><span style='font-size:10.5pt;font-family:Consolas;color:#D4D4D4'> DMGetCoordinateDM(dmda_flow%da,cda,ierr)</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;line-height:14.25pt;background:#1E1E1E'><span style='font-size:10.5pt;font-family:Consolas;color:#D4D4D4'>        CHKERRQ(ierr)</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;line-height:14.25pt;background:#1E1E1E'><span style='font-size:10.5pt;font-family:Consolas;color:#D4D4D4'>        </span><span style='font-size:10.5pt;font-family:Consolas;color:#C586C0'>call</span><span style='font-size:10.5pt;font-family:Consolas;color:#D4D4D4'> DMGetCoordinates(dmda_flow%da,gc,ierr)</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;line-height:14.25pt;background:#1E1E1E'><span style='font-size:10.5pt;font-family:Consolas;color:#D4D4D4'>        CHKERRQ(ierr)</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;line-height:14.25pt;background:#1E1E1E'><span style='font-size:10.5pt;font-family:Consolas;color:#D4D4D4'>        </span><span style='font-size:10.5pt;font-family:Consolas;color:#C586C0'>call</span><span style='font-size:10.5pt;font-family:Consolas;color:#D4D4D4'> DMGetLocalBoundingBox(dmda_flow%da,lmin,lmax,ierr)</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;line-height:14.25pt;background:#1E1E1E'><span style='font-size:10.5pt;font-family:Consolas;color:#D4D4D4'>        CHKERRQ(ierr)</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;line-height:14.25pt;background:#1E1E1E'><span style='font-size:10.5pt;font-family:Consolas;color:#D4D4D4'>        </span><span style='font-size:10.5pt;font-family:Consolas;color:#C586C0'>call</span><span style='font-size:10.5pt;font-family:Consolas;color:#D4D4D4'> DMGetBoundingBox(dmda_flow%da,gmin,gmax,ierr)</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;line-height:14.25pt;background:#1E1E1E'><span style='font-size:10.5pt;font-family:Consolas;color:#D4D4D4'>        CHKERRQ(ierr)</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>[0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>[0]PETSC ERROR: Corrupt argument: <a href="https://petsc.org/release/faq/#valgrind" target="_blank">https://petsc.org/release/faq/#valgrind</a><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>[0]PETSC ERROR: Object already free: Parameter # 1<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>[0]PETSC ERROR: See <a href="https://petsc.org/release/faq/" target="_blank">https://petsc.org/release/faq/</a> for trouble shooting.<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>[0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.18.3, Dec 28, 2022<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>[0]PETSC ERROR: ../min3p-hpc-mpi-petsc-3.18.3 on a linux-gnu-dbg named starblazer by dsu Fri Mar  3 16:26:03 2023<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>[0]PETSC ERROR: Configure options --with-cc=gcc --with-cxx=g++ --with-fc=gfortran --download-mpich --download-scalapack --download-parmetis --download-metis --download-mumps --download-ptscotch --download-chaco --download-fblaslapack --download-hypre --download-superlu_dist --download-hdf5=yes --download-ctetgen --download-zlib --download-pnetcdf --download-cmake --with-hdf5-fortran-bindings --with-debugging=1<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>[0]PETSC ERROR: #1 VecGetArrayRead() at /home/dsu/Soft/petsc/petsc-3.18.3/src/vec/vec/interface/rvector.c:1928<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>[0]PETSC ERROR: #2 DMGetLocalBoundingBox() at /home/dsu/Soft/petsc/petsc-3.18.3/src/dm/interface/dmcoordinates.c:897<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>[0]PETSC ERROR: #3 /home/dsu/Work/min3p-dbs-backup/src/project/makefile_p/../../solver/solver_ddmethod.F90:2140<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>Any suggestion on this?<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>Thanks,<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>Danyang<o:p></o:p></p></div></div></div></blockquote></div><p class=MsoNormal><br clear=all><o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div><p class=MsoNormal>-- <o:p></o:p></p><div><div><div><div><div><div><div><p class=MsoNormal>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><o:p></o:p></p></div></div></div></div></div></div></div></div></div></body></html>