<div><br></div><div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue 14. Mar 2023 at 07:15, Pantelis Moschopoulos <<a href="mailto:pmoschopoulos@outlook.com">pmoschopoulos@outlook.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div><a></a></div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
Hi everyone, <br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
I am a new Petsc user that incorporates Petsc for FEM in a Fortran code. <br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
My question concerns the sudden increase of the memory that Petsc needs during the assembly of the jacobian matrix. After this point, memory is freed. It seems to me like Petsc performs memory allocations and the deallocations during assembly.
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
I have used the following commands with no success: <br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
CALL MatSetOption(petsc_A, MAT_NEW_NONZERO_LOCATIONS,PETSC_FALSE,ier)
<div>CALL MatSetOption(petsc_A, MAT_NEW_NONZERO_LOCATION_ERR,PETSC_TRUE,ier)</div>
CALL MatSetOption(petsc_A, MAT_NEW_NONZERO_ALLOCATION_ERR, PETSC_TRUE,ier).</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
CALL MatSetOption(petsc_A, MAT_KEEP_NONZERO_PATTERN,PETSC_TRUE,ier)</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
The structure of the matrix does not change during my simulation, just the values. I am expecting this behavior the first time that I create this matrix because the preallocation instructions that I use are not very accurate but this continues every time I
 assemble the matrix.</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
What I am missing here?</div></div></blockquote><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">I am guessing this observation is seen when you run a parallel job.</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">MatSetValues() will cache values in a temporary memory buffer if the values are to be sent to a different MPI rank.<br></div><div dir="auto">Hence if the parallel layout of your matrix doesn’t closely match the layout of the DOFs on each mesh sub-domain, then a huge number of values can potentially be cached. After you call MatAssemblyBegin(), MatAssemblyEnd() this cache will be freed.<br></div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Thanks,</div><div dir="auto">Dave</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto"><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)" dir="auto"></div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
Thank you very much, <br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
Pantelis <br>
</div>
</div>

</blockquote></div></div>