<div dir="ltr"><div dir="ltr">On Tue, Mar 14, 2023 at 12:01 PM Dave May <<a href="mailto:dave.mayhem23@gmail.com">dave.mayhem23@gmail.com</a>> wrote:<br></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, 14 Mar 2023 at 07:59, Pantelis Moschopoulos <<a href="mailto:pmoschopoulos@outlook.com" target="_blank">pmoschopoulos@outlook.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div>




<div dir="ltr">
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
Dear Dave, <br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
Yes, I observe this in parallel runs. How I can change the parallel layout of the matrix? In my implementation, I read the mesh file, and the I split the domain where the first rank gets the first N elements, the second rank gets the next N elements etc. Should
 I use metis to distribute elements? </div></div></div></blockquote><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div><div dir="ltr"><div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">Note that I use continuous finite elements, which means that some values will be cached in a temporary buffer.</div></div></div></blockquote><div><br></div><div>Sure. With CG FE you will always have some DOFs which need to be cached, however the number of cached values will be minimized if you follow Barry's advice. If you do what Barry suggests, only the DOFs which live on the boundary of your element-wise defined sub-domains would need to cached.</div></div></div></blockquote><div><br></div><div>Note that we have direct support for unstructured meshes (Plex) with partitioning and redistribution, rather than translating them to purely algebraic language.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><div>Thanks,</div><div>Dave</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div><div dir="ltr">
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
Thank you very much, <br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
Pantelis<br>
</div>
<div id="m_-2679966022701297380m_-5795988154624161652appendonsend"></div>
<hr style="display:inline-block;width:98%">
<div id="m_-2679966022701297380m_-5795988154624161652divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" style="font-size:11pt" color="#000000"><b>From:</b> Dave May <<a href="mailto:dave.mayhem23@gmail.com" target="_blank">dave.mayhem23@gmail.com</a>><br>
<b>Sent:</b> Tuesday, March 14, 2023 4:40 PM<br>
<b>To:</b> Pantelis Moschopoulos <<a href="mailto:pmoschopoulos@outlook.com" target="_blank">pmoschopoulos@outlook.com</a>><br>
<b>Cc:</b> <a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a> <<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><br>
<b>Subject:</b> Re: [petsc-users] Memory Usage in Matrix Assembly.</font>
<div> </div>
</div>
<div>
<div><br>
</div>
<div><br>
<div>
<div dir="ltr">On Tue 14. Mar 2023 at 07:15, Pantelis Moschopoulos <<a href="mailto:pmoschopoulos@outlook.com" target="_blank">pmoschopoulos@outlook.com</a>> wrote:<br>
</div>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div dir="ltr">
<div><a></a></div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
Hi everyone, <br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
I am a new Petsc user that incorporates Petsc for FEM in a Fortran code. <br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
My question concerns the sudden increase of the memory that Petsc needs during the assembly of the jacobian matrix. After this point, memory is freed. It seems to me like Petsc performs memory allocations and the deallocations during assembly.
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
I have used the following commands with no success: <br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
CALL MatSetOption(petsc_A, MAT_NEW_NONZERO_LOCATIONS,PETSC_FALSE,ier)
<div>CALL MatSetOption(petsc_A, MAT_NEW_NONZERO_LOCATION_ERR,PETSC_TRUE,ier)</div>
CALL MatSetOption(petsc_A, MAT_NEW_NONZERO_ALLOCATION_ERR, PETSC_TRUE,ier).</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
CALL MatSetOption(petsc_A, MAT_KEEP_NONZERO_PATTERN,PETSC_TRUE,ier)</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
The structure of the matrix does not change during my simulation, just the values. I am expecting this behavior the first time that I create this matrix because the preallocation instructions that I use are not very accurate but this continues every time I
 assemble the matrix.</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
What I am missing here?</div>
</div>
</blockquote>
<div dir="auto"><br>
</div>
<div dir="auto">I am guessing this observation is seen when you run a parallel job.</div>
<div dir="auto"><br>
</div>
<div dir="auto">MatSetValues() will cache values in a temporary memory buffer if the values are to be sent to a different MPI rank.<br>
</div>
<div dir="auto">Hence if the parallel layout of your matrix doesn’t closely match the layout of the DOFs on each mesh sub-domain, then a huge number of values can potentially be cached. After you call MatAssemblyBegin(), MatAssemblyEnd() this cache will be
 freed.<br>
</div>
<div dir="auto"><br>
</div>
<div dir="auto">Thanks,</div>
<div dir="auto">Dave</div>
<div dir="auto"><br>
</div>
<div dir="auto"><br>
</div>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div dir="ltr">
<div dir="auto" style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
Thank you very much, <br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
Pantelis <br>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
</div>
</div>
</div>

</div></blockquote></div></div>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div><span class="gmail_signature_prefix">-- </span><br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>