<div dir="ltr"><div dir="ltr">On Mon, Jan 16, 2023 at 6:15 PM Jed Brown <<a href="mailto:jed@jedbrown.org">jed@jedbrown.org</a>> wrote:<br></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">How soon do you need this? I understand the grumbling about CGNS, but it's easy to build, uses HDF5 parallel IO in a friendly way, supports high order elements, and is generally pretty expressive. I wrote a parallel writer (with some limitations that I'll remove) and plan to replace the current reader with a parallel reader because I have need to read big CGNS meshes. Alas, my semester is starting so it's hard to make promises, but this is a high priority for my research group and if you share your mesh file, I hope to be able to make the parallel reader work in the next couple weeks.<br></blockquote><div><br></div><div>The biggest hurdle for me is understanding the CGNS format. If you can tell me what is going on, I can help write the Plex code that</div><div>interprets it.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>    Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
"Ferrand, Jesus A." <<a href="mailto:FERRANJ2@my.erau.edu" target="_blank">FERRANJ2@my.erau.edu</a>> writes:<br>
<br>
> Dear PETSc team:<br>
><br>
> I would like to use DMPlex to partition a mesh stored as a CGNS file. I configured my installation with --download_cgns = 1, got me a .cgns file and called DMPlexCreateCGNSFromFile() on it. Doing so got me this error:<br>
><br>
> [0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------<br>
> [0]PETSC ERROR: Error in external library<br>
> [0]PETSC ERROR: CGNS file must have a single section, not 4<br>
> [0]PETSC ERROR: See <a href="https://petsc.org/release/faq/" rel="noreferrer" target="_blank">https://petsc.org/release/faq/</a> for trouble shooting.<br>
> [0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.18.3, unknown<br>
> [0]PETSC ERROR: ./program.exe on a arch-linux-c-debug named F86 by jesus Mon Jan 16 17:25:11 2023<br>
> [0]PETSC ERROR: Configure options --download-mpich=yes --download-hdf5=yes --download-cgns=yes --download-metis=yes --download-parmetis=yes --download-ptscotch=yes --download-chaco=yes --with-32bits-pci-domain=1<br>
> [0]PETSC ERROR: #1 DMPlexCreateCGNS_Internal() at /home/jesus/Desktop/JAF_NML/3rd_Party/PETSc/petsc/src/dm/impls/plex/cgns/plexcgns2.c:104<br>
> [0]PETSC ERROR: #2 DMPlexCreateCGNS() at /home/jesus/Desktop/JAF_NML/3rd_Party/PETSc/petsc/src/dm/impls/plex/plexcgns.c:60<br>
> [0]PETSC ERROR: #3 DMPlexCreateCGNSFromFile_Internal() at /home/jesus/Desktop/JAF_NML/3rd_Party/PETSc/petsc/src/dm/impls/plex/cgns/plexcgns2.c:27<br>
> [0]PETSC ERROR: #4 DMPlexCreateCGNSFromFile() at /home/jesus/Desktop/JAF_NML/3rd_Party/PETSc/petsc/src/dm/impls/plex/plexcgns.c:29<br>
><br>
> I looked around mail archives for clused and found this one (<a href="https://lists.mcs.anl.gov/pipermail/petsc-users/2018-June/035544.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.mcs.anl.gov/pipermail/petsc-users/2018-June/035544.html</a>). There, Matt provides a link to the source code for DMPlexCreateCGNSFromFile() and another (seemingly broken) link to CGNS files that can be opened with the former.  After reading the source code I now understand that it is hardcoded for CGNS files that feature a single "base" and a single "section", whatever those are.<br>
><br>
> After navigating the CGNS documentation, I can sympathize with the comments in the source code.<br>
><br>
> Anyhow, I wanted to ask if I could be furnished with one such CGNS file that is compatible with DMPlexCreateCGNSFromFile() to see if I can modify my CGNS files to conform to it. If not, I will look into building the DAG myself using DMPlex APIs.<br>
><br>
><br>
> Sincerely:<br>
><br>
> J.A. Ferrand<br>
><br>
> Embry-Riddle Aeronautical University - Daytona Beach FL<br>
><br>
> M.Sc. Aerospace Engineering<br>
><br>
> B.Sc. Aerospace Engineering<br>
><br>
> B.Sc. Computational Mathematics<br>
><br>
><br>
> Phone: (386)-843-1829<br>
><br>
> Email(s): <a href="mailto:ferranj2@my.erau.edu" target="_blank">ferranj2@my.erau.edu</a><br>
><br>
>     <a href="mailto:jesus.ferrand@gmail.com" target="_blank">jesus.ferrand@gmail.com</a><br>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>