<div dir="ltr"><div dir="ltr">On Fri, Jan 6, 2023 at 11:32 AM Nicholas Arnold-Medabalimi <<a href="mailto:narnoldm@umich.edu">narnoldm@umich.edu</a>> wrote:<br></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Matt<br><br>This was generated using the DMPlexDistributeField which we discussed a while back. Everything seemed to be working fine when I only had cells dofs but I recently added face dofs, which seems to have caused some issues. Whats weird is that I'm feeding the same distribution SF and inputting a vector and section that are consistent to the DMPlexDistributeField so I'd expect the vectors and section output to be consistent. I'll take a closer look at that. <br></div></blockquote><div><br></div><div>The way I use DistributeField(), for example to distribute coordinates, is that I give it the migrationSF, the local coordinate section, and the local coordinate vector. It gives me back the new local coordinate section (which I set into the distributed DM), and the local coordinate vector. It seems like you are doing something else. Maybe the documentation is misleading.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>    Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Thanks<br>Nicholas</div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Jan 6, 2023 at 10:59 AM Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr">On Fri, Jan 6, 2023 at 10:41 AM Nicholas Arnold-Medabalimi <<a href="mailto:narnoldm@umich.edu" target="_blank">narnoldm@umich.edu</a>> wrote:<br></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Matt<br><br>I appreciate the help. The section view is quite extensive because each cell has 55 dofs located at the cells and on certain faces. I've appended the first of these which corresponds with the output in the first email, to save space. The following 54 are exactly the same but offset incremented by 1. (or negative 1 for negative offsets)<br></div></blockquote><div><br></div><div>Okay, from the output it is clear that this vector does not match your global section. Did you get stateVec by calling DMCreateGlobalVector()?</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Thanks for your time<br>Nicholas</div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Jan 6, 2023 at 10:23 AM Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr">On Fri, Jan 6, 2023 at 10:10 AM Nicholas Arnold-Medabalimi <<a href="mailto:narnoldm@umich.edu" target="_blank">narnoldm@umich.edu</a>> wrote:<br></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Matt <br><br>I apologize for any lack of clarity in the initial email.<br><br>looking at the initial output on rank 1 <br><span style="font-family:Consolas,"Courier New",monospace;font-size:14px;white-space:pre-wrap;background-color:rgb(0,36,81);color:rgb(235,187,255)">write</span><span style="color:rgb(255,255,255);font-family:Consolas,"Courier New",monospace;font-size:14px;white-space:pre-wrap;background-color:rgb(0,36,81)">(</span><span style="font-family:Consolas,"Courier New",monospace;font-size:14px;white-space:pre-wrap;background-color:rgb(0,36,81);color:rgb(153,255,255)">*</span><span style="color:rgb(255,255,255);font-family:Consolas,"Courier New",monospace;font-size:14px;white-space:pre-wrap;background-color:rgb(0,36,81)">,</span><span style="font-family:Consolas,"Courier New",monospace;font-size:14px;white-space:pre-wrap;background-color:rgb(0,36,81);color:rgb(153,255,255)">*</span><span style="color:rgb(255,255,255);font-family:Consolas,"Courier New",monospace;font-size:14px;white-space:pre-wrap;background-color:rgb(0,36,81)">) </span><span style="font-family:Consolas,"Courier New",monospace;font-size:14px;white-space:pre-wrap;background-color:rgb(0,36,81);color:rgb(209,241,169)">"cell"</span><span style="color:rgb(255,255,255);font-family:Consolas,"Courier New",monospace;font-size:14px;white-space:pre-wrap;background-color:rgb(0,36,81)">,i,</span><span style="font-family:Consolas,"Courier New",monospace;font-size:14px;white-space:pre-wrap;background-color:rgb(0,36,81);color:rgb(209,241,169)">"offset"</span><span style="color:rgb(255,255,255);font-family:Consolas,"Courier New",monospace;font-size:14px;white-space:pre-wrap;background-color:rgb(0,36,81)">,offset,</span><span style="font-family:Consolas,"Courier New",monospace;font-size:14px;white-space:pre-wrap;background-color:rgb(0,36,81);color:rgb(209,241,169)">'oStart'</span><span style="color:rgb(255,255,255);font-family:Consolas,"Courier New",monospace;font-size:14px;white-space:pre-wrap;background-color:rgb(0,36,81)">,oStart, offset</span><span style="font-family:Consolas,"Courier New",monospace;font-size:14px;white-space:pre-wrap;background-color:rgb(0,36,81);color:rgb(153,255,255)">-</span><span style="color:rgb(255,255,255);font-family:Consolas,"Courier New",monospace;font-size:14px;white-space:pre-wrap;background-color:rgb(0,36,81)">oStart</span><br>cell           0 offset        2475 oStart        2640        -165<br> cell           1 offset        2530 oStart        2640        -110<br> cell           2 offset        2585 oStart        2640         -55<br> cell           3 offset        2640 oStart        2640           0<br>.....<br>cell          15 offset        -771 oStart        2640       -3411<br><br><br>cell 15 provides a negative offset because it is the overlap cell (that is unowned) <br>The remained of cells are all owned. However, the first 3 cells (0,1,2) return an offset that is less than the starting ownership range. I would expect cell 0 to start at offset 2640 at minimum. <br></div></blockquote><div><br></div><div>Send the output for this section</div><div><br></div><div>  call PetscSectionView(section, PETSC_VIEWER_STDOUT_WORLD);</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Sincerely<br>Nicholas<br><br><br><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Jan 6, 2023 at 10:05 AM Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr">On Fri, Jan 6, 2023 at 9:56 AM Nicholas Arnold-Medabalimi <<a href="mailto:narnoldm@umich.edu" target="_blank">narnoldm@umich.edu</a>> wrote:<br></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Apologies. If it helps, there is one cell of overlap in this small test case for a 2D mesh that is 1 cell in height and a number of cells in length. .<br><br>process 0<br> Petsc VecGetLocalSize        2750<br> size(stateVecV)        2750<br><br>process 1<br> Petsc VecGetLocalSize        2640<br> size(stateVecV)        2640</div></blockquote><div><br></div><div>The offsets shown below are well-within these sizes. I do not understand the problem.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Jan 6, 2023 at 9:51 AM Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr">On Fri, Jan 6, 2023 at 9:37 AM Nicholas Arnold-Medabalimi <<a href="mailto:narnoldm@umich.edu" target="_blank">narnoldm@umich.edu</a>> wrote:<br></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Matt<br><br>I made a typo on the line statVecV(offset) = <set to something> in my example, I agree. (I wrote that offhand since the actual assignment is much larger) I should be statVecV(offset+1) = <assignment> so I'm confident it's not a 1 0 indexing thing. <br><br>My question is more related to what is happening in the offsets. c0 and c1 are pulled using DMplexgetheight stratum, so they are zero-indexed (which is why I loop from c0 to (c1-1)).<br><br>For the size inquiries. on processor 0 <br> Petsc VecGetSize(stateVec)        5390<br></div></blockquote><div><br></div><div>I need to see VecGetLocalSize()</div><div><br></div><div>  Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"> size(stateVecV)           2640<br><br>on processor 1<br>Petsc VecGetSize 5390 <br>size(stateVecV)    2750 <br><br>It's quite weird to me that processor one can have a positive offset that is less than its starting ownership index (in the initial email output). <br><br>Thanks for the assistance<br>Nicholas  <br><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Jan 6, 2023 at 9:20 AM Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr">On Fri, Jan 6, 2023 at 2:28 AM Nicholas Arnold-Medabalimi <<a href="mailto:narnoldm@umich.edu" target="_blank">narnoldm@umich.edu</a>> wrote:<br></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Petsc Users, <br clear="all"><div><br>I'm working with a dmplex system with a subsampled mesh distributed with an overlap of 1. <br><br>I'm encountering unusual situations when using VecGetOwnershipRange to adjust the offset received from a global section. The logic of the following code is first to get the offset needed to index a global vector while still being able to check if it is an overlapped cell and skip if needed while counting the owned cells. <br></div></div></blockquote><div> <br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><br><div style="color:rgb(255,255,255);background-color:rgb(0,36,81);font-family:Consolas,"Courier New",monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre-wrap"><div>
<div style="line-height:19px"><div><span style="color:rgb(235,187,255)">call</span> DMGetGlobalSection(dmplex,section,ierr)</div></div>
<div style="line-height:19px"><div><span style="color:rgb(235,187,255)">call</span> VecGetArrayF90(stateVec,stateVecV,ierr)</div><div><span style="color:rgb(235,187,255)">call</span> VecGetOwnershipRange(stateVec,oStart,oEnd,ierr)</div></div><span style="color:rgb(235,187,255)">do</span> i <span style="color:rgb(153,255,255)">=</span> c0, (c1<span style="color:rgb(255,197,143)">-1</span>)</div><div>    </div><div>    <span style="color:rgb(235,187,255)">call</span> PetscSectionGetOffset(section,i,offset,ierr)</div><div>    <span style="color:rgb(235,187,255)">write</span>(<span style="color:rgb(153,255,255)">*</span>,<span style="color:rgb(153,255,255)">*</span>) <span style="color:rgb(209,241,169)">"cell"</span>,i,<span style="color:rgb(209,241,169)">"offset"</span>,offset,<span style="color:rgb(209,241,169)">'oStart'</span>,oStart, offset<span style="color:rgb(153,255,255)">-</span>oStart</div><div>    </div><div>    <span style="color:rgb(235,187,255)">if</span>(offset<span style="color:rgb(153,255,255)"><</span><span style="color:rgb(255,197,143)">0</span>) <span style="color:rgb(235,187,255)">then</span></div><div>        <span style="color:rgb(235,187,255)">cycle</span></div><div>    <span style="color:rgb(235,187,255)">endif</span></div><div>    offset<span style="color:rgb(153,255,255)">=</span>offset<span style="color:rgb(153,255,255)">-</span>oStart
</div><div style="line-height:19px"><div>    plexcells<span style="color:rgb(153,255,255)">=</span>plexcells<span style="color:rgb(255,197,143)">+1</span></div></div>    stateVecV(offset)= <set to something> 
enddo
<div> </div></div><br>I'm noticing some very weird results that I've appended below. The GetOffset documentation notes that a negative offset indicates an unowned point (which I use to cycle). However, the offset subtraction with oStart will yield an illegal index for the Vector access. I see that on the documentation for GetOwnershipRange, it notes that this may be "ill-defined"  but I wanted to see if this is type of ill-defined I can expect or there is just something terribly wrong with my PetscSection.(both the Vec and Section were produced from DMPlexDistributeField so should by definition have synchronized section information) I was wondering if there is a possible output and/or the best way to index the vector. I'm thinking of subtracting the offset of cell 0 perhaps?</div></div></blockquote><div><br></div><div>Can you show your vector sizes? Are you sure it is not the fact that F90 arrays use 1-based indices, but these are 0-based offsets?</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>on rank 0<br><br> cell           0 offset           0 oStart           0           0<br> cell           1 offset          55 oStart           0          55<br> cell           2 offset         110 oStart           0         110<br> cell           3 offset         165 oStart           0         165<br> cell           4 offset         220 oStart           0         220<br> cell           5 offset         275 oStart           0         275<br> cell           6 offset         330 oStart           0         330<br> cell           7 offset         385 oStart           0         385<br> cell           8 offset         440 oStart           0         440<br> cell           9 offset         495 oStart           0         495<br> cell          10 offset         550 oStart           0         550<br> cell          11 offset         605 oStart           0         605<br> cell          12 offset         660 oStart           0         660<br> cell          13 offset         715 oStart           0         715<br><br>and on rank one <br>cell           0 offset        2475 oStart        2640        -165<br> cell           1 offset        2530 oStart        2640        -110<br> cell           2 offset        2585 oStart        2640         -55<br> cell           3 offset        2640 oStart        2640           0<br> cell           4 offset        2695 oStart        2640          55<br> cell           5 offset        2750 oStart        2640         110<br> cell           6 offset        2805 oStart        2640         165<br></div> cell           7 offset        2860 oStart        2640         220<br> cell           8 offset        2915 oStart        2640         275<br> cell           9 offset        2970 oStart        2640         330<br> cell          10 offset        3025 oStart        2640         385<br> cell          11 offset        3080 oStart        2640         440<br> cell          12 offset        3135 oStart        2640         495<br> cell          13 offset        3190 oStart        2640         550<br> cell          14 offset        3245 oStart        2640         605<br> cell          15 offset        -771 oStart        2640       -3411<br><br><br>Sincerely<br>Nicholas<br><br>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div style="font-family:arial;font-size:small"><font color="#000000">Nicholas Arnold-Medabalimi<br><br></font><span style="font-family:sans-serif;font-size:14px">Ph.D. Candidate</span><font color="#000000"><br>Computational Aeroscience Lab<br>University of Michigan</font></div></div></div></div></div></div>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div style="font-family:arial;font-size:small"><font color="#000000">Nicholas Arnold-Medabalimi<br><br></font><span style="font-family:sans-serif;font-size:14px">Ph.D. Candidate</span><font color="#000000"><br>Computational Aeroscience Lab<br>University of Michigan</font></div></div></div></div></div>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div style="font-family:arial;font-size:small"><font color="#000000">Nicholas Arnold-Medabalimi<br><br></font><span style="font-family:sans-serif;font-size:14px">Ph.D. Candidate</span><font color="#000000"><br>Computational Aeroscience Lab<br>University of Michigan</font></div></div></div></div></div>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div style="font-family:arial;font-size:small"><font color="#000000">Nicholas Arnold-Medabalimi<br><br></font><span style="font-family:sans-serif;font-size:14px">Ph.D. Candidate</span><font color="#000000"><br>Computational Aeroscience Lab<br>University of Michigan</font></div></div></div></div></div>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div style="font-family:arial;font-size:small"><font color="#000000">Nicholas Arnold-Medabalimi<br><br></font><span style="font-family:sans-serif;font-size:14px">Ph.D. Candidate</span><font color="#000000"><br>Computational Aeroscience Lab<br>University of Michigan</font></div></div></div></div></div>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div style="font-family:arial;font-size:small"><font color="#000000">Nicholas Arnold-Medabalimi<br><br></font><span style="font-family:sans-serif;font-size:14px">Ph.D. Candidate</span><font color="#000000"><br>Computational Aeroscience Lab<br>University of Michigan</font></div></div></div></div></div>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>