<div dir="ltr"><div dir="ltr">On Wed, Dec 14, 2022 at 5:43 PM Guglielmo, Tyler Hardy <<a href="mailto:guglielmo2@llnl.gov">guglielmo2@llnl.gov</a>> wrote:<br></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div class="msg5290770659039045921">





<div lang="EN-US" style="overflow-wrap: break-word;">
<div class="m_3371680480641918907WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">Ah beautiful, thanks for showing me these.  Apologies for bugging you all with these questions.  Having to learn a ton of subroutines…<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">Btw is there a matrix addition function for M = a*M_1 + b*M_2, or one similar to MatAXPY that does not overwrite the Y matrix, i.e. M = a*X + Y ?</span></p></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>We do not have that. You might MatCopy(Y, M) and then MatAXPY()</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div class="msg5290770659039045921"><div lang="EN-US" style="overflow-wrap: break-word;"><div class="m_3371680480641918907WordSection1"><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">All the best,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">Tyler<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p>
<div style="border-right:none;border-bottom:none;border-left:none;border-top:1pt solid rgb(181,196,223);padding:3pt 0in 0in">
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12pt"><b><span style="font-size:12pt;color:black">From:
</span></b><span style="font-size:12pt;color:black">Barry Smith <<a href="mailto:bsmith@petsc.dev" target="_blank">bsmith@petsc.dev</a>><br>
<b>Date: </b>Wednesday, December 14, 2022 at 12:51 PM<br>
<b>To: </b>Guglielmo, Tyler Hardy <<a href="mailto:guglielmo2@llnl.gov" target="_blank">guglielmo2@llnl.gov</a>><br>
<b>Cc: </b>Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>>, <a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a> <<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><br>
<b>Subject: </b>Re: [petsc-users] Saving solution with monitor function<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">  See, for example </span><a href="https://urldefense.us/v3/__https:/petsc.org/release/docs/manualpages/TS/TSTrajectoryGetVecs/__;!!G2kpM7uM-TzIFchu!g_m1lKCrhOfOZS5ADCQjmV_Ma8U7ZZJpCFHg6T7Lu10M0jl8pC_5yXYCyQIH7-4dIko$" target="_blank"><span style="font-size:11pt">https://petsc.org/release/docs/manualpages/TS/TSTrajectoryGetVecs/</span></a><span style="font-size:11pt"> and </span><a href="https://urldefense.us/v3/__https:/petsc.org/release/docs/manualpages/TS/TSTrajectoryGetUpdatedHistoryVecs/__;!!G2kpM7uM-TzIFchu!g_m1lKCrhOfOZS5ADCQjmV_Ma8U7ZZJpCFHg6T7Lu10M0jl8pC_5yXYCyQIHEECbTaM$" target="_blank"><span style="font-size:11pt">https://petsc.org/release/docs/manualpages/TS/TSTrajectoryGetUpdatedHistoryVecs/</span></a><span style="font-size:11pt"> <u></u><u></u></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">  One does not directly access the data inside the trajectory; one calls functions in the API to obtained desired information.  If you need specific information that it does not currently provide we can attempt
 to provide additional functionality.<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">  Barry<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"><br>
<br>
<u></u><u></u></span></p>
<blockquote style="margin-top:5pt;margin-bottom:5pt">
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">On Dec 14, 2022, at 1:07 PM, Guglielmo, Tyler Hardy via petsc-users <<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>> wrote:<u></u><u></u></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">Thanks Matt,</span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"> </span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">I’m a bit confused on where the trajectory is being stored in the TSTrajectory object.</span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"> </span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">Basically I have run<span class="m_3371680480641918907apple-converted-space"> </span></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"> </span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">TSSetSaveTrajectory(ts);</span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">…</span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">TSSolve(ts, x);</span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">TSTrajectory tj;</span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">TSGetTrajectory(ts, &tj);</span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">TSTrajectorySetType(tj, ts, TSTRAJECTORYMEMORY);</span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"> </span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">How is the object supposed to be accessed to find the entire trajectory?  I couldn’t find a clear example of where this is laid out in the documentation.</span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"> </span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">The TSTrajectory object looks like some complicated struct, but parsing which pointer is pointing to the solution has alluded me.</span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"> </span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">Thanks for your time!</span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"> </span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">Best,</span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">Tyler</span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"> </span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"> </span></p>
</div>
<div style="border-right:none;border-bottom:none;border-left:none;border-top:1pt solid rgb(181,196,223);padding:3pt 0in 0in">
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12pt"><b><span style="font-size:12pt">From:<span class="m_3371680480641918907apple-converted-space"> </span></span></b><span style="font-size:12pt">Matthew Knepley <</span><a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank"><span style="font-size:12pt">knepley@gmail.com</span></a><span style="font-size:12pt">><br>
<b>Date:<span class="m_3371680480641918907apple-converted-space"> </span></b>Tuesday, December 13, 2022 at 6:41 AM<br>
<b>To:<span class="m_3371680480641918907apple-converted-space"> </span></b>Guglielmo, Tyler Hardy <</span><a href="mailto:guglielmo2@llnl.gov" target="_blank"><span style="font-size:12pt">guglielmo2@llnl.gov</span></a><span style="font-size:12pt">><br>
<b>Cc:<span class="m_3371680480641918907apple-converted-space"> </span></b></span><a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank"><span style="font-size:12pt">petsc-users@mcs.anl.gov</span></a><span class="m_3371680480641918907apple-converted-space"><span style="font-size:12pt"> </span></span><span style="font-size:12pt"><</span><a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank"><span style="font-size:12pt">petsc-users@mcs.anl.gov</span></a><span style="font-size:12pt">><br>
<b>Subject:<span class="m_3371680480641918907apple-converted-space"> </span></b>Re: [petsc-users] Saving solution with monitor function</span><u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">On Tue, Dec 13, 2022 at 8:40 AM Guglielmo, Tyler Hardy via petsc-users <</span><a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank"><span style="font-size:11pt">petsc-users@mcs.anl.gov</span></a><span style="font-size:11pt">>
 wrote:</span></p>
</div>
</div>
<div>
<blockquote style="border-top:none;border-right:none;border-bottom:none;border-left:1pt solid rgb(204,204,204);padding:0in 0in 0in 6pt;margin:5pt 0in 5pt 4.8pt">
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">Hi all,</span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"> </span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">I am a new PETSc user (and new to MPI in general), and was wondering if someone could help me out with what I am sure is a basic question (if this is not the appropriate email list or there is a better place
 please let me know!).</span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"> </span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">Basically, I am writing a code that requires a solution to an ODE that will be used later on during runtime.  I have written the basic ODE solver using TSRK, however I haven’t thought of a good way to store
 the actual solution at all time steps throughout the time evolution.  I would like to avoid writing each time step to a file through the monitor function, and instead just plug each time step into an array.</span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"> </span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">How is this usually done?  I suppose the user defined struct that gets passed into the monitor function could contain a pointer to an array in main?  This is how I would do this if the program wasn’t of the
 MPI variety, but I am not sure how to properly declare a pointer to an array declared as Vec and built through the usual PETSc process.  Any tips are greatly appreciated</span></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"> </span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">I think this is what TSTrajectory is for. I believe you want </span><a href="https://urldefense.us/v3/__https:/petsc.org/main/docs/manualpages/TS/TSTRAJECTORYMEMORY/__;!!G2kpM7uM-TzIFchu!irkbXWpYDosRslumKjVGCqxHkKyU-riye4i1dWe58HYH_sFxImRj33gOkhB2sgd_duk$" target="_blank"><span style="font-size:11pt">https://petsc.org/main/docs/manualpages/TS/TSTRAJECTORYMEMORY/</span></a></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"> </span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">  Thanks,</span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"> </span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">      Matt</span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"> </span></p>
</div>
</div>
<blockquote style="border-top:none;border-right:none;border-bottom:none;border-left:1pt solid rgb(204,204,204);padding:0in 0in 0in 6pt;margin:5pt 0in 5pt 4.8pt">
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">Thanks for your time,</span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">Tyler</span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"> </span></p>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">+++++++++++++++++++++++++++++</span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">Tyler Guglielmo</span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">Postdoctoral Researcher</span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">Lawrence Livermore National Lab</span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">Office: 925-423-6186</span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">Cell: 210-480-8000</span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">+++++++++++++++++++++++++++++</span></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"><br clear="all">
</span></p>
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<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"> </span></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">--<span class="m_3371680480641918907apple-converted-space"> </span></span></p>
</div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
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<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
-- Norbert Wiener</span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"> </span></p>
</div>
</div>
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<p class="MsoNormal"><a href="https://urldefense.us/v3/__http:/www.cse.buffalo.edu/*knepley/__;fg!!G2kpM7uM-TzIFchu!irkbXWpYDosRslumKjVGCqxHkKyU-riye4i1dWe58HYH_sFxImRj33gOkhB27-uscIw$" target="_blank"><span style="font-size:11pt">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</span></a></p>
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</div>
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</blockquote>
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<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p>
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</div></blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>