<div dir="ltr"><div dir="ltr">On Tue, Nov 8, 2022 at 10:28 AM Jianbo Long <<a href="mailto:longtuteng249@gmail.com">longtuteng249@gmail.com</a>> wrote:<br></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div style="font-size:large">I am suspecting something else as well ...</div><div style="font-size:large"><br></div><div style="font-size:large">Could you elaborate more about "<span style="font-size:small">mixing c++ codes compiled with /usr/bin/g++ and compilers in /cluster/software/GCCcore/11.2</span><span style="font-size:small">.0</span>" ? My own Fortran code does not have any c++ codes, and for some reason, the compiled petsc library is dependent on this libstdc++.so.6. I am sure about this because without linking the petsc, I don't have this libstdc++ trouble.</div></div></blockquote><div><br></div><div>Are you sure it is not MPI that is bringing in C++? With --with-cxx=0, there should be no C++ in PETSc. However, we can test this.</div><div>Can you</div><div><br></div><div>  ldd ${PETSC_ARCH}/lib/libpetsc.so</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>    Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div style="font-size:large">Thanks,</div><div style="font-size:large">Jianbo</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Nov 7, 2022 at 7:10 PM Satish Balay <<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov" target="_blank">balay@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Likely due to mixing c++ codes compiled with /usr/bin/g++ and compilers in /cluster/software/GCCcore/11.2.0<br>
<br>
if you still get this with --with-cxx=0 - then the issue with some other [non-petsc library]<br>
<br>
Satish<br>
<br>
On Mon, 7 Nov 2022, Jianbo Long wrote:<br>
<br>
> Hi Satish,<br>
> <br>
> I wonder if you know anything about another issue: after compiling petsc on<br>
> a cluster, when I tried to link my Fortran code with compiled libpetsc.so,<br>
> the shared library, I got the following errors:<br>
> /cluster/software/binutils/2.37-GCCcore-11.2.0/bin/ld.gold:<br>
> /lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.9' not found (required by<br>
> /cluster/software/binutils/2.37-GCCcore-11.2.0/bin/ld.gold)<br>
> /cluster/software/binutils/2.37-GCCcore-11.2.0/bin/ld.gold:<br>
> /lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.21' not found (required by<br>
> /cluster/software/binutils/2.37-GCCcore-11.2.0/bin/ld.gold)<br>
> /cluster/software/binutils/2.37-GCCcore-11.2.0/bin/ld.gold:<br>
> /lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.29' not found (required by<br>
> /cluster/software/binutils/2.37-GCCcore-11.2.0/bin/ld.gold)<br>
> /cluster/software/binutils/2.37-GCCcore-11.2.0/bin/ld.gold:<br>
> /lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.20' not found (required by<br>
> /cluster/software/binutils/2.37-GCCcore-11.2.0/bin/ld.gold)<br>
> /cluster/software/binutils/2.37-GCCcore-11.2.0/bin/ld.gold:<br>
> /lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.8' not found (required by<br>
> /cluster/software/binutils/2.37-GCCcore-11.2.0/bin/ld.gold)<br>
> <br>
> Not sure if it is related to discussion in this post (<br>
> <a href="https://gitlab.com/petsc/petsc/-/issues/997" rel="noreferrer" target="_blank">https://gitlab.com/petsc/petsc/-/issues/997</a>), but after I tried the<br>
> configure option --with-cxx=0, I still got the same errors.<br>
> My make.log file for compiling petsc is attached here. Also, the<br>
> dependencies of the compiled petsc is:<br>
> <br>
> >>: ldd arch-linux-c-debug/lib/libpetsc.so<br>
> linux-vdso.so.1 =>  (0x00007ffd80348000)<br>
> libflexiblas.so.3 =><br>
> /cluster/software/FlexiBLAS/3.0.4-GCC-11.2.0/lib/libflexiblas.so.3<br>
> (0x00007f6e8b93f000)<br>
> libpthread.so.0 => /usr/lib64/libpthread.so.0 (0x00007f6e8b723000)<br>
> libm.so.6 => /usr/lib64/libm.so.6 (0x00007f6e8b421000)<br>
> libdl.so.2 => /usr/lib64/libdl.so.2 (0x00007f6e8b21d000)<br>
> libmpi_usempif08.so.40 =><br>
> /cluster/software/OpenMPI/4.1.1-GCC-11.2.0/lib/libmpi_usempif08.so.40<br>
> (0x00007f6e8fd92000)<br>
> libmpi_usempi_ignore_tkr.so.40 =><br>
> /cluster/software/OpenMPI/4.1.1-GCC-11.2.0/lib/libmpi_usempi_ignore_tkr.so.40<br>
> (0x00007f6e8fd84000)<br>
> libmpi_mpifh.so.40 =><br>
> /cluster/software/OpenMPI/4.1.1-GCC-11.2.0/lib/libmpi_mpifh.so.40<br>
> (0x00007f6e8fd0c000)<br>
> libmpi.so.40 => /cluster/software/OpenMPI/4.1.1-GCC-11.2.0/lib/libmpi.so.40<br>
> (0x00007f6e8fbfa000)<br>
> libgfortran.so.5 => /cluster/software/GCCcore/11.2.0/lib64/libgfortran.so.5<br>
> (0x00007f6e8af70000)<br>
> libgcc_s.so.1 => /cluster/software/GCCcore/11.2.0/lib64/libgcc_s.so.1<br>
> (0x00007f6e8fbe0000)<br>
> libquadmath.so.0 => /cluster/software/GCCcore/11.2.0/lib64/libquadmath.so.0<br>
> (0x00007f6e8af28000)<br>
> libc.so.6 => /usr/lib64/libc.so.6 (0x00007f6e8ab5a000)<br>
> /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007f6e8fbb3000)<br>
> libopen-rte.so.40 =><br>
> /cluster/software/OpenMPI/4.1.1-GCC-11.2.0/lib/libopen-rte.so.40<br>
> (0x00007f6e8aa9e000)<br>
> libopen-orted-mpir.so =><br>
> /cluster/software/OpenMPI/4.1.1-GCC-11.2.0/lib/libopen-orted-mpir.so<br>
> (0x00007f6e8fbdb000)<br>
> libopen-pal.so.40 =><br>
> /cluster/software/OpenMPI/4.1.1-GCC-11.2.0/lib/libopen-pal.so.40<br>
> (0x00007f6e8a9ea000)<br>
> librt.so.1 => /lib64/librt.so.1 (0x00007f6e8a7d5000)<br>
> libutil.so.1 => /lib64/libutil.so.1 (0x00007f6e8a5d2000)<br>
> libhwloc.so.15 =><br>
> /cluster/software/hwloc/2.5.0-GCCcore-11.2.0/lib/libhwloc.so.15<br>
> (0x00007f6e8a575000)<br>
> libpciaccess.so.0 =><br>
> /cluster/software/libpciaccess/0.16-GCCcore-11.2.0/lib/libpciaccess.so.0<br>
> (0x00007f6e8a56a000)<br>
> libxml2.so.2 =><br>
> /cluster/software/libxml2/2.9.10-GCCcore-11.2.0/lib/libxml2.so.2<br>
> (0x00007f6e8a3f6000)<br>
> libz.so.1 => /cluster/software/zlib/1.2.11-GCCcore-11.2.0/lib/libz.so.1<br>
> (0x00007f6e8a3dd000)<br>
> liblzma.so.5 => /cluster/software/XZ/5.2.5-GCCcore-11.2.0/lib/liblzma.so.5<br>
> (0x00007f6e8a3b5000)<br>
> libevent_core-2.0.so.5 => /lib64/libevent_core-2.0.so.5 (0x00007f6e8a18a000)<br>
> libevent_pthreads-2.0.so.5 => /lib64/libevent_pthreads-2.0.so.5<br>
> (0x00007f6e89f87000)<br>
> <br>
> Thanks very much,<br>
> Jianbo<br>
> <br>
> On Mon, Nov 7, 2022 at 6:01 PM Satish Balay <<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov" target="_blank">balay@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br>
> <br>
> > Glad you have it working. Thanks for the update.<br>
> ><br>
> > Satish<br>
> ><br>
> > On Mon, 7 Nov 2022, Jianbo Long wrote:<br>
> ><br>
> > > Hi Satish and Barry,<br>
> > ><br>
> > > Thanks very much for the feedback !<br>
> > ><br>
> > > It looks like my include file path was not correct !<br>
> > ><br>
> > > Bests,<br>
> > > Jianbo<br>
> > ><br>
> > ><br>
> > > On Fri, Nov 4, 2022 at 6:08 AM Satish Balay <<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov" target="_blank">balay@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br>
> > ><br>
> > > > For ex83f.F90:<br>
> > > ><br>
> > > > >>>>><br>
> > > > balay@p1 /home/balay/test<br>
> > > > $ ls<br>
> > > > ex83f.F90<br>
> > > > balay@p1 /home/balay/test<br>
> > > > $ ls<br>
> > > > ex83f.F90<br>
> > > > balay@p1 /home/balay/test<br>
> > > > $ export PETSC_DIR=$HOME/petsc<br>
> > > > balay@p1 /home/balay/test<br>
> > > > $ cp $PETSC_DIR/src/ksp/ksp/tests/makefile .<br>
> > > > balay@p1 /home/balay/test<br>
> > > > $ make ex83f<br>
> > > > mpif90 -fPIC -Wall -ffree-line-length-none -ffree-line-length-0<br>
> > > > -Wno-lto-type-mismatch -Wno-unused-dummy-argument -g -O0<br>
> > > >  -I/home/balay/petsc/include<br>
> > > > -I/home/balay/petsc/arch-linux-c-debug/include     ex83f.F90<br>
> > > > -Wl,-rpath,/home/balay/petsc/arch-linux-c-debug/lib<br>
> > > > -L/home/balay/petsc/arch-linux-c-debug/lib<br>
> > > > -Wl,-rpath,/home/balay/soft/mpich-4.0.1/lib<br>
> > > > -L/home/balay/soft/mpich-4.0.1/lib<br>
> > > > -Wl,-rpath,/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/12<br>
> > > > -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/12 -lpetsc -llapack -lblas -lm -lX11<br>
> > > > -lstdc++ -ldl -lmpifort -lmpi -lgfortran -lm -lgfortran -lm -lgcc_s<br>
> > > > -lquadmath -lstdc++ -ldl -o ex83f<br>
> > > > balay@p1 /home/balay/test<br>
> > > > $<br>
> > > > <<<<<<<br>
> > > ><br>
> > > > Also when you are adding PETSc to your current project - are you using<br>
> > > > source files with .f or .f90 suffix? If so rename them to .F or .F90<br>
> > suffix.<br>
> > > ><br>
> > > > If you still have issues send more details - As Barry indicated - the<br>
> > > > makefile [with the sources compiled by this makefile] - and the<br>
> > compile log<br>
> > > > when you attempt to build these sources with this makefile.<br>
> > > ><br>
> > > > Satish<br>
> > > ><br>
> > > > On Thu, 3 Nov 2022, Barry Smith wrote:<br>
> > > ><br>
> > > > ><br>
> > > > >  Please send your attempted makefile and we'll see if we can get it<br>
> > > > working.<br>
> > > > ><br>
> > > > >   I am not sure if we can organize the include files as Fortran<br>
> > compiler<br>
> > > > include files easily. We've always used the preprocessor approach. The<br>
> > > > Intel compiler docs indicate the procedure for finding the Fortran<br>
> > compiler<br>
> > > > include files<br>
> > > ><br>
> > <a href="https://www.intel.com/content/www/us/en/develop/documentation/fortran-compiler-oneapi-dev-guide-and-reference/top/program-structure/use-include-files.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.intel.com/content/www/us/en/develop/documentation/fortran-compiler-oneapi-dev-guide-and-reference/top/program-structure/use-include-files.html</a><br>
> > > > is the same as for the preprocessor include files so I don't<br>
> > understand how<br>
> > > > the using the Fortran compiler include file approach would make the<br>
> > > > makefiles any simpler for users?<br>
> > > > ><br>
> > > > ><br>
> > > > >   Barry<br>
> > > > ><br>
> > > > ><br>
> > > > > > On Nov 3, 2022, at 8:58 PM, Jianbo Long <<a href="mailto:longtuteng249@gmail.com" target="_blank">longtuteng249@gmail.com</a>><br>
> > > > wrote:<br>
> > > > > ><br>
> > > > > > Hello,<br>
> > > > > ><br>
> > > > > > I'm struggling to make my FORTRAN code work with petsc as I cannot<br>
> > > > link the required header files (e.g., petscksp.h) and compiled library<br>
> > > > files to my FORTRAN code.<br>
> > > > > ><br>
> > > > > > Compiling petsc was not a problem. However, even with the fortran<br>
> > > > examples (see those on <a href="https://petsc.org/main/docs/manual/fortran/" rel="noreferrer" target="_blank">https://petsc.org/main/docs/manual/fortran/</a>)<br>
> > and<br>
> > > > the guide on using petsc in c++ and fortran codes (see Section "Writing<br>
> > > > C/C++ or Fortran Applications" at<br>
> > > > <a href="https://petsc.org/main/docs/manual/getting_started/" rel="noreferrer" target="_blank">https://petsc.org/main/docs/manual/getting_started/</a>), I still cannot<br>
> > make<br>
> > > > my FORTRAN code work.<br>
> > > > > ><br>
> > > > > > The Fortran test code is exactly the example code ex83f.F90 (see<br>
> > > > attached files). Aftering following the 2nd method in the Guide (see<br>
> > the<br>
> > > > picture below), I still get errors:<br>
> > > > > ><br>
> > > > > > petsc/finclude/petscksp.h: No such file or directory<br>
> > > > > ><br>
> > > > > > Even if I set up the path of the header file correctly in my own<br>
> > > > makefile without using environment variables, I still can only find the<br>
> > > > file "petscksp.h" for my code. Of course, the trouble is that all other<br>
> > > > headers files required by KSP are recursively included in this<br>
> > petscksp.h<br>
> > > > file, and I have no way to link them together for my Fortran code.<br>
> > > > > ><br>
> > > > > > So, here are my questions:<br>
> > > > > > 1) in the Guide, how exactly are we supposed to set up the<br>
> > environment<br>
> > > > variables  PETSC_DIR  and PETSC_ARCH ? More details and examples would<br>
> > be<br>
> > > > extremely helpful !<br>
> > > > > > 2) Is there a way to get rid of the preprocessor statement<br>
> > > > > >  #include <petsc/finclude/petscvec.h><br>
> > > > > > when using c++/Fortran codes ?<br>
> > > > > ><br>
> > > > > > For example, when using MUMPS package in a Fortran code, we can<br>
> > simply<br>
> > > > use compiler 'include', rather than a preprocessor, to extract all<br>
> > required<br>
> > > > variables for the user's codes :<br>
> > > > > >   INCLUDE 'zmumps_struc.h'<br>
> > > > > > where the header file zmumps_struc.h is already provided in the<br>
> > > > package. Similarly, I think it's much more portable and easier when<br>
> > using<br>
> > > > petsc in other codes if we can make it work to use petsc.<br>
> > > > > ><br>
> > > > > > (Note: similar issues were discussed before, see<br>
> > > ><br>
> > <a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/htdig/petsc-users/2019-January/037499.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.mcs.anl.gov/mailman/htdig/petsc-users/2019-January/037499.html</a><br>
> > .<br>
> > > > Unfortunately, I have no clue about the solution archived there ...)<br>
> > > > > ><br>
> > > > > > Any thoughts and solutions would be much appreciated !<br>
> > > > > ><br>
> > > > > > Thanks,<br>
> > > > > > Jianbo Long<br>
> > > > > ><br>
> > > > > > <image.png><br>
> > > > > > <ex83f.F90><br>
> > > > ><br>
> > > > ><br>
> > > ><br>
> > > ><br>
> > ><br>
> ><br>
> ><br>
> <br>
<br>
</blockquote></div>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>