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<body lang="EN-US" link="blue" vlink="purple" style="word-wrap:break-word">

<div class="WordSection1">

<p class="MsoNormal">I am wondering is setting DM_BOUNDARY_PERIODIC in x direction and stencil width to be 3  in DMDACreate2d the reason for the segmentation error ? I just realized if I set stencil width to be 2, I do not get segmentation error. The reason

 I chose stencil width to be 3 is because I need information on i+1,i+2,i-1,i-2 for solving the equations on (i,j) node.

</p>

<p class="MsoNormal">Best,</p>

<p class="MsoNormal">Sepideh</p>

<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>

<p class="MsoNormal">Sent from <a href="https://go.microsoft.com/fwlink/?LinkId=550986">

Mail</a> for Windows</p>

<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>

<div style="mso-element:para-border-div;border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">

<p class="MsoNormal" style="border:none;padding:0in"><b>From: </b><a href="mailto:bsmith@petsc.dev">Barry Smith</a><br>

<b>Sent: </b>Thursday, November 3, 2022 12:18 PM<br>

<b>To: </b><a href="mailto:kavousi@mines.edu">Sepideh Kavousi</a><br>

<b>Cc: </b><a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov">petsc-users@mcs.anl.gov</a><br>

<b>Subject: </b>Re: [External] [petsc-users] Periodic boundary condition</p>

</div>

<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>

<div>

<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>

</div>

<p class="MsoNormal"> Can you send the code that just does what you indicate below in the FormFunction() and crashes? Then I can run it directly and track down the issue.<o:p></o:p></p>

<div>

<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">  Barry<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>

<div>

<p class="MsoNormal"><br>

<br>

<o:p></o:p></p>

<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">

<div>

<p class="MsoNormal">On Nov 3, 2022, at 10:56 AM, Sepideh Kavousi <kavousi@mines.edu> wrote:<o:p></o:p></p>

</div>

<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">Barry,<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">Even for the case that I am not solving any PDE equations in the FormFunction ( by setting :<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">                                                                aF[j][i].vx=aY[j][i].vx;<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">                                                                aF[j][i].vy=aY[j][i].vy;<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">                                                                aF[j][i].pp=aY[j][i].pp;<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">                                                                aF[j][i].U=aY[j][i].U<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">                                                                aF[j][i].p=aY[j][i].p; )<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">I will run into segmentation error.<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">Let me just follow what you suggested in the following link:<span class="apple-converted-space"> </span><a href="https://nam04.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Flists.mcs.anl.gov%2Fpipermail%2Fpetsc-users%2F2012-May%2F013476.html&data=05%7C01%7Ckavousi%40mines.edu%7Cbb8560a825c24c8dbde108dabdb702ff%7C997209e009b346239a4d76afa44a675c%7C0%7C0%7C638030891035013818%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C3000%7C%7C%7C&sdata=WUM5b5lV4%2B%2FSCm4Svrd0ILQbR1VVu58w6pWcOjk2pWw%3D&reserved=0"><span style="color:purple">https://lists.mcs.anl.gov/pipermail/petsc-users/2012-May/013476.html</span></a><o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">src/ksp/ksp/tutorials/ex45.c runs perfectly, but when I change bc along x direction from DM_BOUNDARY_NONE to DM_BOUNDARY_PERIODIC  and delete (i==0 || i==mx-1)             from     if (i==0 || j==0 || k==0 || i==mx-1 ||  j==my-1 || k==mz-1),

 I run to the following error.<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">I am not sure how else should I implement periodic bc in a problem.<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[0]PETSC ERROR: Object is in wrong state<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[0]PETSC ERROR: Matrix is missing diagonal entry 5<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[0]PETSC ERROR: See<span class="apple-converted-space"> </span><a href="https://nam04.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fwww.mcs.anl.gov%2Fpetsc%2Fdocumentation%2Ffaq.html&data=05%7C01%7Ckavousi%40mines.edu%7Cbb8560a825c24c8dbde108dabdb702ff%7C997209e009b346239a4d76afa44a675c%7C0%7C0%7C638030891035013818%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C3000%7C%7C%7C&sdata=2rS8YzpvsKcavMI8RRrNe1ts%2BIkb6abUJh3v2WAVQFk%3D&reserved=0"><span style="color:purple">https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</span></a><span class="apple-converted-space"> </span>for

 trouble shooting.<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[1]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[1]PETSC ERROR: Object is in wrong state<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[1]PETSC ERROR: Matrix is missing diagonal entry 5<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[1]PETSC ERROR: See<span class="apple-converted-space"> </span><a href="https://nam04.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fwww.mcs.anl.gov%2Fpetsc%2Fdocumentation%2Ffaq.html&data=05%7C01%7Ckavousi%40mines.edu%7Cbb8560a825c24c8dbde108dabdb702ff%7C997209e009b346239a4d76afa44a675c%7C0%7C0%7C638030891035013818%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C3000%7C%7C%7C&sdata=2rS8YzpvsKcavMI8RRrNe1ts%2BIkb6abUJh3v2WAVQFk%3D&reserved=0"><span style="color:purple">https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</span></a><span class="apple-converted-space"> </span>for

 trouble shooting.<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[1]PETSC ERROR: [2]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[2]PETSC ERROR: Object is in wrong state<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[2]PETSC ERROR: Matrix is missing diagonal entry 5<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[2]PETSC ERROR: See<span class="apple-converted-space"> </span><a href="https://nam04.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fwww.mcs.anl.gov%2Fpetsc%2Fdocumentation%2Ffaq.html&data=05%7C01%7Ckavousi%40mines.edu%7Cbb8560a825c24c8dbde108dabdb702ff%7C997209e009b346239a4d76afa44a675c%7C0%7C0%7C638030891035013818%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C3000%7C%7C%7C&sdata=2rS8YzpvsKcavMI8RRrNe1ts%2BIkb6abUJh3v2WAVQFk%3D&reserved=0"><span style="color:purple">https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</span></a><span class="apple-converted-space"> </span>for

 trouble shooting.<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[2]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.14.2, Dec 03, 2020<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[2]PETSC ERROR: /scratch/07065/tg863649/convection/periodic_test/one.out on a skylake named<span class="apple-converted-space"> </span><a href="https://nam04.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Fc402-092.stampede2.tacc.utexas.edu%2F&data=05%7C01%7Ckavousi%40mines.edu%7Cbb8560a825c24c8dbde108dabdb702ff%7C997209e009b346239a4d76afa44a675c%7C0%7C0%7C638030891035013818%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C3000%7C%7C%7C&sdata=SDa8XM%2BTJurxqs9VAUqanvuxe%2FKhUFTVrzS1jCpK79Y%3D&reserved=0"><span style="color:purple">c402-092.stampede2.tacc.utexas.edu</span></a><span class="apple-converted-space"> </span>by

 tg863649 Thu Nov  3 09:53:00 2022<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[2]PETSC ERROR: [3]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[3]PETSC ERROR: Object is in wrong state<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[3]PETSC ERROR: Matrix is missing diagonal entry 5<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[3]PETSC ERROR: See<span class="apple-converted-space"> </span><a href="https://nam04.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fwww.mcs.anl.gov%2Fpetsc%2Fdocumentation%2Ffaq.html&data=05%7C01%7Ckavousi%40mines.edu%7Cbb8560a825c24c8dbde108dabdb702ff%7C997209e009b346239a4d76afa44a675c%7C0%7C0%7C638030891035013818%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C3000%7C%7C%7C&sdata=2rS8YzpvsKcavMI8RRrNe1ts%2BIkb6abUJh3v2WAVQFk%3D&reserved=0"><span style="color:purple">https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</span></a><span class="apple-converted-space"> </span>for

 trouble shooting.<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[3]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.14.2, Dec 03, 2020<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[3]PETSC ERROR: /scratch/07065/tg863649/convection/periodic_test/one.out on a skylake named<span class="apple-converted-space"> </span><a href="https://nam04.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Fc402-092.stampede2.tacc.utexas.edu%2F&data=05%7C01%7Ckavousi%40mines.edu%7Cbb8560a825c24c8dbde108dabdb702ff%7C997209e009b346239a4d76afa44a675c%7C0%7C0%7C638030891035013818%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C3000%7C%7C%7C&sdata=SDa8XM%2BTJurxqs9VAUqanvuxe%2FKhUFTVrzS1jCpK79Y%3D&reserved=0"><span style="color:purple">c402-092.stampede2.tacc.utexas.edu</span></a><span class="apple-converted-space"> </span>by

 tg863649 Thu Nov  3 09:53:00 2022<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[3]PETSC ERROR: [0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.14.2, Dec 03, 2020<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[0]PETSC ERROR: /scratch/07065/tg863649/convection/periodic_test/one.out on a skylake named<span class="apple-converted-space"> </span><a href="https://nam04.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Fc402-092.stampede2.tacc.utexas.edu%2F&data=05%7C01%7Ckavousi%40mines.edu%7Cbb8560a825c24c8dbde108dabdb702ff%7C997209e009b346239a4d76afa44a675c%7C0%7C0%7C638030891035013818%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C3000%7C%7C%7C&sdata=SDa8XM%2BTJurxqs9VAUqanvuxe%2FKhUFTVrzS1jCpK79Y%3D&reserved=0"><span style="color:purple">c402-092.stampede2.tacc.utexas.edu</span></a><span class="apple-converted-space"> </span>by

 tg863649 Thu Nov  3 09:53:00 2022<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[0]PETSC ERROR: Configure options --with-x=0 -with-pic --with-make-np=12 --download-petsc4py=1 --with-python-exec=/opt/apps/intel18/python2/2.7.16/bin/python2 --with-packages-build-dir=/tmp/petsc-3.14/skylake --with-mpi=1 --with-mpi-dir=/opt/intel/compilers_and_libraries_2018.2.199/linux/mpi/intel64

 --with-scalar-type=real --with-shared-libraries=1 --with-precision=double --with-chaco=1 --download-chaco --with-hypre=1 --download-hypre --with-parmetis=1 --download-parmetis --with-metis=1 --download-metis --with-plapack=1 --download-plapack --with-spai=1

 --download-spai --with-sundials=1 --download-sundials --with-elemental=1 --download-elemental --with-cxx-dialect=C++11 --with-parmetis=1 --download-parmetis --with-metis=1 --download-metis --with-fftw=1 --with-fftw-dir=/opt/apps/intel18/impi18_0/fftw3/3.3.8

 --with-hdf5=1 --with-hdf5-dir=/opt/apps/intel18/impi18_0/phdf5/1.10.4/x86_64 --download-hpddm --download-slepc --with-mumps=1 --download-mumps --with-parmetis=1 --download-parmetis --with-metis=1 --download-metis --with-scalapack=1 --download-scalapack --with-blacs=1

 --download-blacs --with-spooles=1 --download-spooles --with-suitesparse=1 --download-suitesparse --with-superlu_dist=1 --download-superlu_dist --with-superlu=1 --download-superlu --with-parmetis=1 --download-parmetis --with-metis=1 --download-metis --with-zoltan=1

 --download-zoltan=1 --download-ptscotch=1 --with-debugging=no --LIBS= --with-blaslapack-dir=/opt/intel/compilers_and_libraries_2018.2.199/linux/mkl COPTFLAGS="-xCORE-AVX2 -axMIC-AVX512,CORE-AVX512 -O2 -g" FOPTFLAGS="-xCORE-AVX2 -axMIC-AVX512,CORE-AVX512 -O2

 -g" CXXOPTFLAGS="-xCORE-AVX2 -axMIC-AVX512,CORE-AVX512 -O2 -g"<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">Petsc Release Version 3.14.2, Dec 03, 2020<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[1]PETSC ERROR: /scratch/07065/tg863649/convection/periodic_test/one.out on a skylake named<span class="apple-converted-space"> </span><a href="https://nam04.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Fc402-092.stampede2.tacc.utexas.edu%2F&data=05%7C01%7Ckavousi%40mines.edu%7Cbb8560a825c24c8dbde108dabdb702ff%7C997209e009b346239a4d76afa44a675c%7C0%7C0%7C638030891035013818%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C3000%7C%7C%7C&sdata=SDa8XM%2BTJurxqs9VAUqanvuxe%2FKhUFTVrzS1jCpK79Y%3D&reserved=0"><span style="color:purple">c402-092.stampede2.tacc.utexas.edu</span></a><span class="apple-converted-space"> </span>by

 tg863649 Thu Nov  3 09:53:00 2022<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[1]PETSC ERROR: [0]PETSC ERROR: #1 MatILUFactorSymbolic_SeqAIJ() line 1686 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/mat/impls/aij/seq/aijfact.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">Configure options --with-x=0 -with-pic --with-make-np=12 --download-petsc4py=1 --with-python-exec=/opt/apps/intel18/python2/2.7.16/bin/python2 --with-packages-build-dir=/tmp/petsc-3.14/skylake --with-mpi=1 --with-mpi-dir=/opt/intel/compilers_and_libraries_2018.2.199/linux/mpi/intel64

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 -g" CXXOPTFLAGS="-xCORE-AVX2 -axMIC-AVX512,CORE-AVX512 -O2 -g"<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[2]PETSC ERROR: #1 MatILUFactorSymbolic_SeqAIJ() line 1686 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/mat/impls/aij/seq/aijfact.c<o:p></o:p></p>

</div>

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<p class="MsoNormal">Configure options --with-x=0 -with-pic --with-make-np=12 --download-petsc4py=1 --with-python-exec=/opt/apps/intel18/python2/2.7.16/bin/python2 --with-packages-build-dir=/tmp/petsc-3.14/skylake --with-mpi=1 --with-mpi-dir=/opt/intel/compilers_and_libraries_2018.2.199/linux/mpi/intel64

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 -g" CXXOPTFLAGS="-xCORE-AVX2 -axMIC-AVX512,CORE-AVX512 -O2 -g"<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[3]PETSC ERROR: #1 MatILUFactorSymbolic_SeqAIJ() line 1686 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/mat/impls/aij/seq/aijfact.c<o:p></o:p></p>

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<div>

<p class="MsoNormal">Configure options --with-x=0 -with-pic --with-make-np=12 --download-petsc4py=1 --with-python-exec=/opt/apps/intel18/python2/2.7.16/bin/python2 --with-packages-build-dir=/tmp/petsc-3.14/skylake --with-mpi=1 --with-mpi-dir=/opt/intel/compilers_and_libraries_2018.2.199/linux/mpi/intel64

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 -g" CXXOPTFLAGS="-xCORE-AVX2 -axMIC-AVX512,CORE-AVX512 -O2 -g"<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[1]PETSC ERROR: #1 MatILUFactorSymbolic_SeqAIJ() line 1686 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/mat/impls/aij/seq/aijfact.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[0]PETSC ERROR: #2 MatILUFactorSymbolic() line 6710 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/mat/interface/matrix.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[1]PETSC ERROR: #2 MatILUFactorSymbolic() line 6710 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/mat/interface/matrix.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[1]PETSC ERROR: #3 PCSetUp_ILU() line 141 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/ksp/pc/impls/factor/ilu/ilu.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[2]PETSC ERROR: #2 MatILUFactorSymbolic() line 6710 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/mat/interface/matrix.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[2]PETSC ERROR: #3 PCSetUp_ILU() line 141 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/ksp/pc/impls/factor/ilu/ilu.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[2]PETSC ERROR: [3]PETSC ERROR: #2 MatILUFactorSymbolic() line 6710 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/mat/interface/matrix.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[3]PETSC ERROR: #3 PCSetUp_ILU() line 141 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/ksp/pc/impls/factor/ilu/ilu.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[3]PETSC ERROR: #4 PCSetUp() line 1009 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/ksp/pc/interface/precon.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[3]PETSC ERROR: [0]PETSC ERROR: #3 PCSetUp_ILU() line 141 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/ksp/pc/impls/factor/ilu/ilu.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[0]PETSC ERROR: #4 PCSetUp() line 1009 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/ksp/pc/interface/precon.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[0]PETSC ERROR: #5 KSPSetUp() line 406 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[1]PETSC ERROR: #4 PCSetUp() line 1009 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/ksp/pc/interface/precon.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[1]PETSC ERROR: #5 KSPSetUp() line 406 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">#4 PCSetUp() line 1009 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/ksp/pc/interface/precon.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[2]PETSC ERROR: #5 KSPSetUp() line 406 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">#5 KSPSetUp() line 406 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[0]PETSC ERROR: [2]PETSC ERROR: #6 KSPSolve_Private() line 658 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[2]PETSC ERROR: [3]PETSC ERROR: #6 KSPSolve_Private() line 658 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[3]PETSC ERROR: #7 KSPSolve() line 889 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">#6 KSPSolve_Private() line 658 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[0]PETSC ERROR: #7 KSPSolve() line 889 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[1]PETSC ERROR: #6 KSPSolve_Private() line 658 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[1]PETSC ERROR: #7 KSPSolve() line 889 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">#7 KSPSolve() line 889 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[1]PETSC ERROR: [2]PETSC ERROR: #8 DMDAGetFaceInterpolation() line 493 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/ksp/pc/impls/wb/wb.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[2]PETSC ERROR: [0]PETSC ERROR: #8 DMDAGetFaceInterpolation() line 493 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/ksp/pc/impls/wb/wb.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">#8 DMDAGetFaceInterpolation() line 493 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/ksp/pc/impls/wb/wb.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[1]PETSC ERROR: #9 PCSetUp_Exotic() line 667 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/ksp/pc/impls/wb/wb.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[1]PETSC ERROR: #10 PCSetUp() line 1009 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/ksp/pc/interface/precon.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">#9 PCSetUp_Exotic() line 667 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/ksp/pc/impls/wb/wb.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[2]PETSC ERROR: #10 PCSetUp() line 1009 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/ksp/pc/interface/precon.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[2]PETSC ERROR: #11 KSPSetUp() line 406 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[0]PETSC ERROR: #9 PCSetUp_Exotic() line 667 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/ksp/pc/impls/wb/wb.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[0]PETSC ERROR: #10 PCSetUp() line 1009 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/ksp/pc/interface/precon.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[0]PETSC ERROR: [1]PETSC ERROR: #11 KSPSetUp() line 406 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[1]PETSC ERROR: #12 KSPSolve_Private() line 658 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[1]PETSC ERROR: #13 KSPSolve() line 889 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[2]PETSC ERROR: #12 KSPSolve_Private() line 658 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[2]PETSC ERROR: #13 KSPSolve() line 889 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[3]PETSC ERROR: #8 DMDAGetFaceInterpolation() line 493 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/ksp/pc/impls/wb/wb.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[3]PETSC ERROR: #9 PCSetUp_Exotic() line 667 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/ksp/pc/impls/wb/wb.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[3]PETSC ERROR: #10 PCSetUp() line 1009 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/ksp/pc/interface/precon.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[3]PETSC ERROR: #11 KSPSetUp() line 406 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[3]PETSC ERROR: #12 KSPSolve_Private() line 658 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">#11 KSPSetUp() line 406 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[0]PETSC ERROR: #12 KSPSolve_Private() line 658 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[0]PETSC ERROR: #13 KSPSolve() line 889 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[3]PETSC ERROR: #13 KSPSolve() line 889 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[1]PETSC ERROR: [0]PETSC ERROR: #14 main() line 51 in /scratch/07065/tg863649/convection/periodic_test/one.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">#14 main() line 51 in /scratch/07065/tg863649/convection/periodic_test/one.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[1]PETSC ERROR: PETSc Option Table entries:<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[1]PETSC ERROR: -ksp_monitor_short<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[2]PETSC ERROR: #14 main() line 51 in /scratch/07065/tg863649/convection/periodic_test/one.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[2]PETSC ERROR: PETSc Option Table entries:<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[2]PETSC ERROR: -ksp_monitor_short<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[2]PETSC ERROR: [0]PETSC ERROR: PETSc Option Table entries:<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[0]PETSC ERROR: -ksp_monitor_short<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[0]PETSC ERROR: -ksp_type fgmres<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[0]PETSC ERROR: -mg_levels_ksp_max_it 1<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[0]PETSC ERROR: -mg_levels_ksp_type gmres<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[0]PETSC ERROR: -mg_levels_pc_type bjacobi<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[1]PETSC ERROR: -ksp_type fgmres<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[1]PETSC ERROR: -mg_levels_ksp_max_it 1<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[1]PETSC ERROR: -mg_levels_ksp_type gmres<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[1]PETSC ERROR: -mg_levels_pc_type bjacobi<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[1]PETSC ERROR: -pc_type exotic<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[1]PETSC ERROR: ----------------End of Error Message -------send entire error message to<span class="apple-converted-space"> </span><a href="mailto:petsc-maint@mcs.anl.gov"><span style="color:purple">petsc-maint@mcs.anl.gov</span></a>----------<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">-ksp_type fgmres<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[2]PETSC ERROR: -mg_levels_ksp_max_it 1<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[2]PETSC ERROR: -mg_levels_ksp_type gmres<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[2]PETSC ERROR: -mg_levels_pc_type bjacobi<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[2]PETSC ERROR: -pc_type exotic<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[2]PETSC ERROR: ----------------End of Error Message -------send entire error message to<span class="apple-converted-space"> </span><a href="mailto:petsc-maint@mcs.anl.gov"><span style="color:purple">petsc-maint@mcs.anl.gov</span></a>----------<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[3]PETSC ERROR: #14 main() line 51 in /scratch/07065/tg863649/convection/periodic_test/one.c<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[3]PETSC ERROR: PETSc Option Table entries:<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[3]PETSC ERROR: -ksp_monitor_short<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[3]PETSC ERROR: -ksp_type fgmres<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[3]PETSC ERROR: -mg_levels_ksp_max_it 1<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[3]PETSC ERROR: -mg_levels_ksp_type gmres<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[3]PETSC ERROR: -mg_levels_pc_type bjacobi<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[3]PETSC ERROR: -pc_type exotic<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[3]PETSC ERROR: ----------------End of Error Message -------send entire error message to<span class="apple-converted-space"> </span><a href="mailto:petsc-maint@mcs.anl.gov"><span style="color:purple">petsc-maint@mcs.anl.gov</span></a>----------<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[0]PETSC ERROR: -pc_type exotic<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">[0]PETSC ERROR: ----------------End of Error Message -------send entire error message to<span class="apple-converted-space"> </span><a href="mailto:petsc-maint@mcs.anl.gov"><span style="color:purple">petsc-maint@mcs.anl.gov</span></a>----------<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">application called MPI_Abort(MPI_COMM_SELF, 51073) - process 0<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">application called MPI_Abort(MPI_COMM_SELF, 51073) - process 0<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">application called MPI_Abort(MPI_COMM_SELF, 51073) - process 0<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">application called MPI_Abort(MPI_COMM_SELF, 51073) - process 0<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">TACC:  MPI job exited with code: 129<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">TACC:  Shutdown complete. Exiting.<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">Sent from<span class="apple-converted-space"> </span><a href="https://nam04.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fgo.microsoft.com%2Ffwlink%2F%3FLinkId%3D550986&data=05%7C01%7Ckavousi%40mines.edu%7Cbb8560a825c24c8dbde108dabdb702ff%7C997209e009b346239a4d76afa44a675c%7C0%7C0%7C638030891035170058%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C3000%7C%7C%7C&sdata=GDOXGHOmJ%2FlRO8BvTHmcd4jx7H%2Fsh10OuTJt4J%2BCCao%3D&reserved=0"><span style="color:purple">Mail</span></a><span class="apple-converted-space"> </span>for

 Windows<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>

</div>

<div style="border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">

<div>

<p class="MsoNormal"><b>From:<span class="apple-converted-space"> </span></b><a href="mailto:bsmith@petsc.dev"><span style="color:purple">Barry Smith</span></a><br>

<b>Sent:<span class="apple-converted-space"> </span></b>Tuesday, October 25, 2022 7:24 PM<br>

<b>To:<span class="apple-converted-space"> </span></b><a href="mailto:kavousi@mines.edu"><span style="color:purple">Sepideh Kavousi</span></a><br>

<b>Cc:<span class="apple-converted-space"> </span></b><a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov"><span style="color:purple">petsc-users@mcs.anl.gov</span></a><br>

<b>Subject:<span class="apple-converted-space"> </span></b>Re: [External] [petsc-users] Periodic boundary condition<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>

</div>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">  Sorry I was not clear, at this point you  need to type c for continue and then when it crashes in the debugger type bt<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">  Barry<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal"><br>

<br>

<br>

<o:p></o:p></p>

</div>

<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">On Oct 25, 2022, at 6:37 PM, Sepideh Kavousi <<a href="mailto:kavousi@mines.edu"><span style="color:purple">kavousi@mines.edu</span></a>> wrote:<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">Hello Barry,<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">When I ran with , the error is about PetscInitialize line (Line 333). When I write bt multiple times, it just continues referring to this line.<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">#0  0x00002b701cfed9fd in nanosleep () from /lib64/libc.so.6<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">#1  0x00002b701cfed894 in sleep () from /lib64/libc.so.6<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">#2  0x00002b70035fb4ae in PetscSleep (s=1) at /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/sys/utils/psleep.c:46<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">#3  0x00002b700364b8bb in PetscAttachDebugger () at /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/sys/error/adebug.c:405<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">#4  0x00002b700366cfcd in PetscOptionsCheckInitial_Private (help=0x7ffec24c7940 "\t") at /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/sys/objects/init.c:608<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">#5  0x00002b7003674cd6 in PetscInitialize (argc=0x7ffec24c7940, args=0x7ffec24c7940, file=0x0, help=0xffffffffffffffff <Address 0xffffffffffffffff out of bounds>)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">    at /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/sys/objects/pinit.c:1025<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">#6  0x00000000004021ce in main (argc=24, argv=0x7ffec24d14e8) at /scratch/07065/tg863649/convection/test-a9-3-options_small_MAC_pressure_old/one.c:333<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">Best,<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">Sepideh<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">Sent from<span class="apple-converted-space"> </span><a href="https://nam04.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fgo.microsoft.com%2Ffwlink%2F%3FLinkId%3D550986&data=05%7C01%7Ckavousi%40mines.edu%7Cbb8560a825c24c8dbde108dabdb702ff%7C997209e009b346239a4d76afa44a675c%7C0%7C0%7C638030891035170058%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C3000%7C%7C%7C&sdata=GDOXGHOmJ%2FlRO8BvTHmcd4jx7H%2Fsh10OuTJt4J%2BCCao%3D&reserved=0"><span style="color:purple">Mail</span></a><span class="apple-converted-space"> </span>for

 Windows<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>

</div>

</div>

<div style="border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">

<div>

<div>

<p class="MsoNormal"><b>From:<span class="apple-converted-space"> </span></b><a href="mailto:bsmith@petsc.dev"><span style="color:purple">Barry Smith</span></a><br>

<b>Sent:<span class="apple-converted-space"> </span></b>Friday, October 21, 2022 10:54 AM<br>

<b>To:<span class="apple-converted-space"> </span></b><a href="mailto:kavousi@mines.edu"><span style="color:purple">Sepideh Kavousi</span></a><br>

<b>Cc:<span class="apple-converted-space"> </span></b><a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov"><span style="color:purple">petsc-users@mcs.anl.gov</span></a><br>

<b>Subject:<span class="apple-converted-space"> </span></b>Re: [External] [petsc-users] Periodic boundary condition<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal"> The problem with the output below is it is not giving a clear indication where the crash occurred.<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal"> #1 User provided function() line 0 in  unknown file<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">  <o:p></o:p></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">  Run with the exact same options but also -start_in_debugger noxterm   It should then crash in the debugger and you can type bt to see the backtrace of where it crashed, send that output.<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">  Barry<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">  Background: MatFDColoringSetUpBlocked_AIJ_Private() allocates the space that is used when evaluating the function multiple times to get the Jacobian entries. If the FormFunction writes into incorrect locations, then it will corrupt this

 memory that was allocated in MatFDColoringSetUpBlocked_AIJ_Private() . It does not mean necessarily that there is anything wrong in MatFDColoringSetUpBlocked_AIJ_Private() <o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal"><br>

<br>

<br>

<br>

<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">On Oct 21, 2022, at 12:32 AM, Sepideh Kavousi <<a href="mailto:kavousi@mines.edu"><span style="color:purple">kavousi@mines.edu</span></a>> wrote:<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">Barry,<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">I ran the code with -malloc_debug and added CHKMEMQ for all the lines inside formfunction. Following is the detail of error.<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">Best,<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">Sepideh<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">[0]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">[0]PETSC ERROR: Caught signal number 11 SEGV: Segmentation Violation, probably memory access out of range<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">[0]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">[0]PETSC ERROR: or see<span class="apple-converted-space"> </span><a href="https://nam04.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fwww.mcs.anl.gov%2Fpetsc%2Fdocumentation%2Ffaq.html%23valgrind&data=05%7C01%7Ckavousi%40mines.edu%7Cbb8560a825c24c8dbde108dabdb702ff%7C997209e009b346239a4d76afa44a675c%7C0%7C0%7C638030891035170058%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C3000%7C%7C%7C&sdata=AUgXOp%2BAo4nAoPAOXGDyz%2BqSsfdfHmLELkbNZnoXmKo%3D&reserved=0"><span style="color:purple">https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind</span></a><o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">[0]PETSC ERROR: or try<span class="apple-converted-space"> </span><a href="https://nam04.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Fvalgrind.org%2F&data=05%7C01%7Ckavousi%40mines.edu%7Cbb8560a825c24c8dbde108dabdb702ff%7C997209e009b346239a4d76afa44a675c%7C0%7C0%7C638030891035170058%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C3000%7C%7C%7C&sdata=79ekJfe9Q4nmBEOfFRzFxIWZxwem7mUWXWkjeoGgHA0%3D&reserved=0"><span style="color:purple">http://valgrind.org</span></a><span class="apple-converted-space"> </span>on

 GNU/linux and Apple Mac OS X to find memory corruption errors<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">[0]PETSC ERROR: configure using --with-debugging=yes, recompile, link, and run<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">[0]PETSC ERROR: to get more information on the crash.<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">[0]PETSC ERROR: PetscMallocValidate: error detected at PetscError() line 401 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/sys/error/err.c<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">[0]PETSC ERROR: Memory [id=0(73960000)] at address 0x2b5aed6ab050 is corrupted (probably write past end of array)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">[0]PETSC ERROR: Memory originally allocated in MatFDColoringSetUpBlocked_AIJ_Private() line 125 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/mat/impls/aij/seq/fdaij.c<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">[0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">[0]PETSC ERROR: Signal received<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">[0]PETSC ERROR: See<span class="apple-converted-space"> </span><a href="https://nam04.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fwww.mcs.anl.gov%2Fpetsc%2Fdocumentation%2Ffaq.html&data=05%7C01%7Ckavousi%40mines.edu%7Cbb8560a825c24c8dbde108dabdb702ff%7C997209e009b346239a4d76afa44a675c%7C0%7C0%7C638030891035170058%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C3000%7C%7C%7C&sdata=Y4gwIKlusEbhOg%2BeNXspfWXfRZP71j1sjYWpgFUtMbY%3D&reserved=0"><span style="color:purple">https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</span></a><span class="apple-converted-space"> </span>for

 trouble shooting.<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">[0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.14.2, Dec 03, 2020<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">[0]PETSC ERROR: ./one.out on a skylake named<span class="apple-converted-space"> </span><a href="https://nam04.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Fc415-063.stampede2.tacc.utexas.edu%2F&data=05%7C01%7Ckavousi%40mines.edu%7Cbb8560a825c24c8dbde108dabdb702ff%7C997209e009b346239a4d76afa44a675c%7C0%7C0%7C638030891035170058%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C3000%7C%7C%7C&sdata=cpbmYHjQUu5VQBU2jKx4e2VqzfTyOMciGEb4G2hyy68%3D&reserved=0"><span style="color:purple">c415-063.stampede2.tacc.utexas.edu</span></a><span class="apple-converted-space"> </span>by

 tg863649 Thu Oct 20 23:30:05 2022<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">[0]PETSC ERROR: Configure options --with-x=0 -with-pic --with-make-np=12 --download-petsc4py=1 --with-python-exec=/opt/apps/intel18/python2/2.7.16/bin/python2 --with-packages-build-dir=/tmp/petsc-3.14/skylake --with-mpi=1 --with-mpi-dir=/opt/intel/compilers_and_libraries_2018.2.199/linux/mpi/intel64

 --with-scalar-type=real --with-shared-libraries=1 --with-precision=double --with-chaco=1 --download-chaco --with-hypre=1 --download-hypre --with-parmetis=1 --download-parmetis --with-metis=1 --download-metis --with-plapack=1 --download-plapack --with-spai=1

 --download-spai --with-sundials=1 --download-sundials --with-elemental=1 --download-elemental --with-cxx-dialect=C++11 --with-parmetis=1 --download-parmetis --with-metis=1 --download-metis --with-fftw=1 --with-fftw-dir=/opt/apps/intel18/impi18_0/fftw3/3.3.8

 --with-hdf5=1 --with-hdf5-dir=/opt/apps/intel18/impi18_0/phdf5/1.10.4/x86_64 --download-hpddm --download-slepc --with-mumps=1 --download-mumps --with-parmetis=1 --download-parmetis --with-metis=1 --download-metis --with-scalapack=1 --download-scalapack --with-blacs=1

 --download-blacs --with-spooles=1 --download-spooles --with-suitesparse=1 --download-suitesparse --with-superlu_dist=1 --download-superlu_dist --with-superlu=1 --download-superlu --with-parmetis=1 --download-parmetis --with-metis=1 --download-metis --with-zoltan=1

 --download-zoltan=1 --download-ptscotch=1 --with-debugging=no --LIBS= --with-blaslapack-dir=/opt/intel/compilers_and_libraries_2018.2.199/linux/mkl COPTFLAGS="-xCORE-AVX2 -axMIC-AVX512,CORE-AVX512 -O2 -g" FOPTFLAGS="-xCORE-AVX2 -axMIC-AVX512,CORE-AVX512 -O2

 -g" CXXOPTFLAGS="-xCORE-AVX2 -axMIC-AVX512,CORE-AVX512 -O2 -g"<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">[0]PETSC ERROR: #1 User provided function() line 0 in  unknown file<o:p></o:p></p>

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</div>

</div>

<div>

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<div>

<p class="MsoNormal">[0]PETSC ERROR: Checking the memory for corruption.<o:p></o:p></p>

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<div>

<p class="MsoNormal">[0]PETSC ERROR: PetscMallocValidate: error detected at PetscSignalHandlerDefault() line 170 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/sys/error/signal.c<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">[0]PETSC ERROR: Memory [id=0(73960000)] at address 0x2b5aed6ab050 is corrupted (probably write past end of array)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">[0]PETSC ERROR: Memory originally allocated in MatFDColoringSetUpBlocked_AIJ_Private() line 125 in /home1/apps/intel18/impi18_0/petsc/3.14/src/mat/impls/aij/seq/fdaij.c<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 50176059) - process 0<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">[unset]: readline failed<o:p></o:p></p>

</div>

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<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>

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<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>

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<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>

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<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>

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<div>

<p class="MsoNormal">Sent from<span class="apple-converted-space"> </span><a href="https://nam04.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fgo.microsoft.com%2Ffwlink%2F%3FLinkId%3D550986&data=05%7C01%7Ckavousi%40mines.edu%7Cbb8560a825c24c8dbde108dabdb702ff%7C997209e009b346239a4d76afa44a675c%7C0%7C0%7C638030891035170058%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C3000%7C%7C%7C&sdata=GDOXGHOmJ%2FlRO8BvTHmcd4jx7H%2Fsh10OuTJt4J%2BCCao%3D&reserved=0"><span style="color:purple">Mail</span></a><span class="apple-converted-space"> </span>for

 Windows<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

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<div>

<div>

<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>

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<div style="border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal"><b>From:<span class="apple-converted-space"> </span></b><a href="mailto:bsmith@petsc.dev"><span style="color:purple">Barry Smith</span></a><br>

<b>Sent:<span class="apple-converted-space"> </span></b>Thursday, October 20, 2022 10:27 PM<br>

<b>To:<span class="apple-converted-space"> </span></b><a href="mailto:kavousi@mines.edu"><span style="color:purple">Sepideh Kavousi</span></a><br>

<b>Cc:<span class="apple-converted-space"> </span></b><a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov"><span style="color:purple">petsc-users@mcs.anl.gov</span></a><br>

<b>Subject:<span class="apple-converted-space"> </span></b>[External] Re: [petsc-users] Periodic boundary condition<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

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</div>

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<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>

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<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>

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<div>

<p class="MsoNormal">  Some of the valgrind information does not appear to make sense<o:p></o:p></p>

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<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>

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<div>

<div>

<p class="MsoNormal">PetscMemcpy() is not calling SNESSolve() so I suspect there must be some serious corruption of something to this impossible stack trace<o:p></o:p></p>

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<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>

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</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x6FD160F: SNESSolve (snes.c:4569)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x711917E: PetscMemcpy (bdf.c:223)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

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<div>

<div>

<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>

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<p class="MsoNormal">From<o:p></o:p></p>

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<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>

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<div>

<p class="MsoNormal">==236074== Conditional jump or move depends on uninitialised value(s)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    at 0x5F10977: MatFDColoringSetUpBlocked_AIJ_Private (fdaij.c:146)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x5F10977: MatFDColoringSetUp_SeqXAIJ.A (fdaij.c:284)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x585892A: MatFDColoringSetUp (fdmatrix.c:242)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x6FE5037: SNESComputeJacobianDefaultColor (snesj2.c:79)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x6FC8E4E: SNESComputeJacobian (snes.c:2717)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x70236E7: SNESSolve_NEWTONTR (tr.c:324)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x6FD160F: SNESSolve (snes.c:4569)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x711917E: PetscMemcpy (bdf.c:223)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x711917E: PetscCitationsRegister (petscsys.h:2689)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x711917E: TSStep_BDF.A (bdf.c:265)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x70C363A: TSStep (ts.c:3757)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x70C1999: TSSolve (ts.c:4154)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x402594: main (one.c:391)<o:p></o:p></p>

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</div>

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<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>

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<div>

<p class="MsoNormal">I suggest you run with -malloc_debug instead of valgrind and see if any errors are reported. If so you can add the macro CHKMEMQ; inside your function evaluation where you write to memory to see if anything is writing to the wrong location.

 For example wherever you assign aF such as<o:p></o:p></p>

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<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>

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<p class="MsoNormal">aF[j][i].vx=(x3+x4+x5+x6+x7+x8+x9-x1-x2)*user->hx;<o:p></o:p></p>

</div>

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<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>

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<div>

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<div>

<div>

<p class="MsoNormal">this can help you determine the exact line number where you are writing to the wrong location and determine what might be the cause.<o:p></o:p></p>

</div>

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<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>

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<p class="MsoNormal"><br>

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<o:p></o:p></p>

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</div>

<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">

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<div>

<p class="MsoNormal">On Oct 20, 2022, at 6:45 PM, Sepideh Kavousi <<a href="mailto:kavousi@mines.edu"><span style="color:purple">kavousi@mines.edu</span></a>> wrote:<o:p></o:p></p>

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<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>

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<p class="MsoNormal">Hello,<o:p></o:p></p>

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<p class="MsoNormal">I want to solve my 5 PDEs based on finite  difference method using periodic BC in x-direction and non-periodic in y-direction but I run into error (Segmentation Violation, probably memory access out of range).<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

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</div>

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<div>

<p class="MsoNormal">For this, I discretize my equation in FormFunction function. My PDE discretization in (i,j) node needs data on (i+1,j), (i+2,j), (i-1,j), (i-2,j), (i,j+1), (i,j+2), (i,j-1), (i,j-2) points.<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

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</div>

<div>

<div>

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<div>

<p class="MsoNormal">In my previous codes that the x-direction was non-periodic (no flux) boundary condition, I:<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div style="margin-left:.75in">

<div>

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<div>

<p class="MsoNormal" style="text-indent:-.5in">i)<span style="font-size:7.0pt;font-family:"Times New Roman",serif">                   <span class="apple-converted-space"> </span></span>implemented the no flux BC for i=0 and i=Nx-1,<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div style="margin-left:.75in">

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal" style="text-indent:-.5in">ii)<span style="font-size:7.0pt;font-family:"Times New Roman",serif">                  <span class="apple-converted-space"> </span></span>set i+2= Nx-1 in discretizing (Nx-2,j) and i+2= 0 in discretizing (1,j)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div style="margin-left:.75in">

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal" style="text-indent:-.5in">iii)<span style="font-size:7.0pt;font-family:"Times New Roman",serif">                <span class="apple-converted-space"> </span></span>discretized my equation for i=1..Nx-2.<o:p></o:p></p>

</div>

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</div>

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<div>

<div>

<p class="MsoNormal">I am not sure how I should do the periodic BC. From the following discussions (<a href="https://nam04.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Flists.mcs.anl.gov%2Fpipermail%2Fpetsc-users%2F2012-May%2F013476.html&data=05%7C01%7Ckavousi%40mines.edu%7Cbb8560a825c24c8dbde108dabdb702ff%7C997209e009b346239a4d76afa44a675c%7C0%7C0%7C638030891035170058%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C3000%7C%7C%7C&sdata=z7IthTiIKiUOmDg0HjYlOJ59KQIfmpRlX%2FrVtI1KK4U%3D&reserved=0"><span style="color:purple">https://lists.mcs.anl.gov/pipermail/petsc-users/2012-May/013476.html</span></a><span class="apple-converted-space"> </span> and<a href="https://nam04.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Flists.mcs.anl.gov%2Fpipermail%2Fpetsc-users%2F2016-May%2F029273.html&data=05%7C01%7Ckavousi%40mines.edu%7Cbb8560a825c24c8dbde108dabdb702ff%7C997209e009b346239a4d76afa44a675c%7C0%7C0%7C638030891035170058%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C3000%7C%7C%7C&sdata=6JB7uCuc4q%2FhH2vfY4%2BwfTbnhO%2BcTm9lgLE9cRQRj88%3D&reserved=0"><span style="color:purple">https://lists.mcs.anl.gov/pipermail/petsc-users/2016-May/029273.html</span></a>),

 I guess I should not do step (i) (stated above) for the x-boundaries and just do step (iii) for i=0..Nx-1. If I just focus on solving 2 of the PDEs which does need data on (i+2,j), (i-2,j), (i,j+2), (i,j-2) points for discretizing equation in (i,j) node, I

 still run into error:<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">Running with Valgrind (just 1 processor) gave the following file. I did not find any information which gives me hint on the error source.<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">Can you please help me to find the error?<span class="apple-converted-space"> </span><o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

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<div>

<div>

<p class="MsoNormal">Best,<o:p></o:p></p>

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<div>

<p class="MsoNormal">Sepideh<o:p></o:p></p>

</div>

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<div>

<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074== Conditional jump or move depends on uninitialised value(s)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    at 0x4C29E39: malloc (vg_replace_malloc.c:309)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x1B79E59B: MPID_Init (mpid_init.c:1649)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x1B73FAEA: MPIR_Init_thread (initthread.c:717)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x1B73D795: PMPI_Init_thread (initthread.c:1061)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x5264A94: PetscInitialize (pinit.c:907)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x40219D: main (one.c:335)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==<span class="apple-converted-space"> </span><o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074== Conditional jump or move depends on uninitialised value(s)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    at 0x2183B805: ??? (in /usr/lib64/libpsm2.so.2.2)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x218323C1: ??? (in /usr/lib64/libpsm2.so.2.2)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x218341C7: ??? (in /usr/lib64/libpsm2.so.2.2)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x400F9C2: _dl_init (in /usr/lib64/ld-2.17.so)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x401459D: dl_open_worker (in /usr/lib64/ld-2.17.so)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x400F7D3: _dl_catch_error (in /usr/lib64/ld-2.17.so)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x4013B8A: _dl_open (in /usr/lib64/ld-2.17.so)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x1AEA4FAA: dlopen_doit (in /usr/lib64/libdl-2.17.so)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x400F7D3: _dl_catch_error (in /usr/lib64/ld-2.17.so)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x1AEA55AC: _dlerror_run (in /usr/lib64/libdl-2.17.so)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x1AEA5040: dlopen@@GLIBC_2.2.5 (in /usr/lib64/libdl-2.17.so)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x1B8198DC: MPID_nem_ofi_init (ofi_init.c:158)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x1B7B5C55: ??? (mpid_nem_init.c:231)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x1B7B3F92: MPID_nem_init_ckpt (mpid_nem_init.c:954)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x1B580640: MPIDI_CH3_Init (ch3_init.c:125)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x1B79F02D: MPID_Init (mpid_init.c:1857)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x1B73FAEA: MPIR_Init_thread (initthread.c:717)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x1B73D795: PMPI_Init_thread (initthread.c:1061)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x5264A94: PetscInitialize (pinit.c:907)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x40219D: main (one.c:335)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

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<div>

<p class="MsoNormal">==236074==<span class="apple-converted-space"> </span><o:p></o:p></p>

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</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074== Conditional jump or move depends on uninitialised value(s)<o:p></o:p></p>

</div>

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<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    at 0x2183B810: ??? (in /usr/lib64/libpsm2.so.2.2)<o:p></o:p></p>

</div>

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</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x218323C1: ??? (in /usr/lib64/libpsm2.so.2.2)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x218341C7: ??? (in /usr/lib64/libpsm2.so.2.2)<o:p></o:p></p>

</div>

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</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x400F9C2: _dl_init (in /usr/lib64/ld-2.17.so)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x401459D: dl_open_worker (in /usr/lib64/ld-2.17.so)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x400F7D3: _dl_catch_error (in /usr/lib64/ld-2.17.so)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x4013B8A: _dl_open (in /usr/lib64/ld-2.17.so)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x1AEA4FAA: dlopen_doit (in /usr/lib64/libdl-2.17.so)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

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<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x400F7D3: _dl_catch_error (in /usr/lib64/ld-2.17.so)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

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<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x1AEA55AC: _dlerror_run (in /usr/lib64/libdl-2.17.so)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

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<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x1AEA5040: dlopen@@GLIBC_2.2.5 (in /usr/lib64/libdl-2.17.so)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

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</div>

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<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x1B8198DC: MPID_nem_ofi_init (ofi_init.c:158)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

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<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x1B7B5C55: ??? (mpid_nem_init.c:231)<o:p></o:p></p>

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<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x1B7B3F92: MPID_nem_init_ckpt (mpid_nem_init.c:954)<o:p></o:p></p>

</div>

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<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x1B580640: MPIDI_CH3_Init (ch3_init.c:125)<o:p></o:p></p>

</div>

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<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x1B79F02D: MPID_Init (mpid_init.c:1857)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

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<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x1B73FAEA: MPIR_Init_thread (initthread.c:717)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

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<div>

<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x1B73D795: PMPI_Init_thread (initthread.c:1061)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

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</div>

<div>

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<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x5264A94: PetscInitialize (pinit.c:907)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

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<div>

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<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x40219D: main (one.c:335)<o:p></o:p></p>

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<p class="MsoNormal">==236074==<span class="apple-converted-space"> </span><o:p></o:p></p>

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<div>

<p class="MsoNormal">==236074== Conditional jump or move depends on uninitialised value(s)<o:p></o:p></p>

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<p class="MsoNormal">==236074==    at 0x218323C8: ??? (in /usr/lib64/libpsm2.so.2.2)<o:p></o:p></p>

</div>

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</div>

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<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x218341C7: ??? (in /usr/lib64/libpsm2.so.2.2)<o:p></o:p></p>

</div>

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</div>

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<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x400F9C2: _dl_init (in /usr/lib64/ld-2.17.so)<o:p></o:p></p>

</div>

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</div>

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<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x401459D: dl_open_worker (in /usr/lib64/ld-2.17.so)<o:p></o:p></p>

</div>

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<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x400F7D3: _dl_catch_error (in /usr/lib64/ld-2.17.so)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

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<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x4013B8A: _dl_open (in /usr/lib64/ld-2.17.so)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

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<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x1AEA4FAA: dlopen_doit (in /usr/lib64/libdl-2.17.so)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

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</div>

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<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x400F7D3: _dl_catch_error (in /usr/lib64/ld-2.17.so)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

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<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x1AEA55AC: _dlerror_run (in /usr/lib64/libdl-2.17.so)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

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<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x1AEA5040: dlopen@@GLIBC_2.2.5 (in /usr/lib64/libdl-2.17.so)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

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<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x1B8198DC: MPID_nem_ofi_init (ofi_init.c:158)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

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</div>

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<div>

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<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x1B7B5C55: ??? (mpid_nem_init.c:231)<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

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<div>

<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x1B7B3F92: MPID_nem_init_ckpt (mpid_nem_init.c:954)<o:p></o:p></p>

</div>

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<p class="MsoNormal">==236074== Conditional jump or move depends on uninitialised value(s)<o:p></o:p></p>

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<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x1B73D795: PMPI_Init_thread (initthread.c:1061)<o:p></o:p></p>

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<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x21836F9A: ??? (in /usr/lib64/libpsm2.so.2.2)<o:p></o:p></p>

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<p class="MsoNormal">==236074==    at 0x2183B7B8: ??? (in /usr/lib64/libpsm2.so.2.2)<o:p></o:p></p>

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<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x218371EC: ??? (in /usr/lib64/libpsm2.so.2.2)<o:p></o:p></p>

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<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x21837077: hfi_get_port_lid (in /usr/lib64/libpsm2.so.2.2)<o:p></o:p></p>

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<p class="MsoNormal">==236074== Conditional jump or move depends on uninitialised value(s)<o:p></o:p></p>

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<p class="MsoNormal">==236074== Conditional jump or move depends on uninitialised value(s)<o:p></o:p></p>

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<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x70236E7: SNESSolve_NEWTONTR (tr.c:324)<o:p></o:p></p>

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<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x6FD160F: SNESSolve (snes.c:4569)<o:p></o:p></p>

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<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x711917E: PetscMemcpy (bdf.c:223)<o:p></o:p></p>

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<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x711917E: PetscCitationsRegister (petscsys.h:2689)<o:p></o:p></p>

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<p class="MsoNormal">==236074==    by 0x70C363A: TSStep (ts.c:3757)<o:p></o:p></p>

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<p class="MsoNormal">==236074==  Address 0x3a94fa88 is 8 bytes after a block of size 73,960,000 alloc'd<o:p></o:p></p>

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