<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small">Hello Satish<br><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small">Thanks for your email! There was a minor discrepancy in the installation of a package which 
uses PETSc. I changed the version of python with which the package was 
configured and everything ran as expected.  <br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small">The package which I am using requires me to use a specific version of PETSc, so I am using an old version.</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small">Regards,<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small">Pavan.<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sun, Jun 19, 2022 at 9:59 PM Satish Balay <<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov" target="_blank">balay@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">As the below message indicates - you can try running this code via valgrind or gdb to determine the location of error.<br>
<br>
<a href="https://petsc.org/release/faq/#valgrind" rel="noreferrer" target="_blank">https://petsc.org/release/faq/#valgrind</a><br>
i.e<br>
mpirun -np 4 valgrind --tool=memcheck python test.py<br>
<br>
One way to specify option  -start_in_debugger is:<br>
<br>
PETSC_OPTION=-start_in_debugger mpirun -np 4 python test.py<br>
<br>
Also good to use latest petsc version - currently its 3.17<br>
<br>
Satish<br>
<br>
On Sun, 19 Jun 2022, Pavankumar Koratikere wrote:<br>
<br>
> Hello,<br>
> <br>
> I am trying to run a script that uses packages that depend on OpenMPI and<br>
> PETSC (as shown below).<br>
> <br>
> mpirun -np 4 python test.py<br>
> <br>
> I am getting following error:<br>
> <br>
> [1]PETSC ERROR:<br>
> ------------------------------------------------------------------------<br>
> [1]PETSC ERROR: Caught signal number 11 SEGV: Segmentation Violation,<br>
> probably memory access out of range<br>
> [1]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger<br>
> [1]PETSC ERROR: or see <a href="https://petsc.org/release/faq/#valgrind" rel="noreferrer" target="_blank">https://petsc.org/release/faq/#valgrind</a><br>
> [1]PETSC ERROR: or try <a href="http://valgrind.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://valgrind.org</a> on GNU/linux and Apple Mac<br>
> OS X to find memory corruption errors<br>
> [1]PETSC ERROR: likely location of problem given in stack below<br>
> [1]PETSC ERROR: ---------------------  Stack Frames<br>
> ------------------------------------<br>
> [1]PETSC ERROR: Note: The EXACT line numbers in the stack are not available,<br>
> [1]PETSC ERROR:       INSTEAD the line number of the start of the function<br>
> [1]PETSC ERROR:       is given.<br>
> [1]PETSC ERROR: --------------------- Error Message<br>
> --------------------------------------------------------------<br>
> [1]PETSC ERROR: Signal received<br>
> [1]PETSC ERROR: See <a href="https://petsc.org/release/faq/" rel="noreferrer" target="_blank">https://petsc.org/release/faq/</a> for trouble shooting.<br>
> [1]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.15.5, Sep 29, 2021<br>
> [1]PETSC ERROR: Unknown Name on a real-debug named skynet by pavan Sat<br>
> Jun 18 10:30:04 2022<br>
> [1]PETSC ERROR: Configure options --PETSC_ARCH=real-debug<br>
> --with-scalar-type=real --with-debugging=1<br>
> --with-mpi-dir=/home/pavan/packages/openmpi-4.0.7/opt-gfortran<br>
> --download-metis=yes --download-parmetis=yes<br>
> --download-superlu_dist=yes --with-shared-libraries=yes<br>
> --with-fortran-bindings=1 --with-cxx-dialect=C++11<br>
> [1]PETSC ERROR: #1 User provided function() at unknown file:0<br>
> [1]PETSC ERROR: Checking the memory for corruption.<br>
> [2]PETSC ERROR:<br>
> ------------------------------------------------------------------------<br>
> [2]PETSC ERROR: Caught signal number 11 SEGV: Segmentation Violation,<br>
> probably memory access out of range<br>
> [2]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger<br>
> [2]PETSC ERROR: or see <a href="https://petsc.org/release/faq/#valgrind" rel="noreferrer" target="_blank">https://petsc.org/release/faq/#valgrind</a><br>
> [2]PETSC ERROR: or try <a href="http://valgrind.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://valgrind.org</a> on GNU/linux and Apple Mac<br>
> OS X to find memory corruption errors<br>
> [2]PETSC ERROR: likely location of problem given in stack below<br>
> [2]PETSC ERROR: ---------------------  Stack Frames<br>
> ------------------------------------<br>
> [2]PETSC ERROR: Note: The EXACT line numbers in the stack are not available,<br>
> [2]PETSC ERROR:       INSTEAD the line number of the start of the function<br>
> [2]PETSC ERROR:       is given.<br>
> [2]PETSC ERROR: --------------------- Error Message<br>
> --------------------------------------------------------------<br>
> [2]PETSC ERROR: Signal received<br>
> [2]PETSC ERROR: See <a href="https://petsc.org/release/faq/" rel="noreferrer" target="_blank">https://petsc.org/release/faq/</a> for trouble shooting.<br>
> [2]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.15.5, Sep 29, 2021<br>
> [2]PETSC ERROR: Unknown Name on a real-debug named skynet by pavan Sat<br>
> Jun 18 10:30:04 2022<br>
> [2]PETSC ERROR: Configure options --PETSC_ARCH=real-debug<br>
> --with-scalar-type=real --with-debugging=1<br>
> --with-mpi-dir=/home/pavan/packages/openmpi-4.0.7/opt-gfortran<br>
> --download-metis=yes --download-parmetis=yes<br>
> --download-superlu_dist=yes --with-shared-libraries=yes<br>
> --with-fortran-bindings=1 --with-cxx-dialect=C++11<br>
> [2]PETSC ERROR: #1 User provided function() at unknown file:0<br>
> [2]PETSC ERROR: Checking the memory for corruption.<br>
> [3]PETSC ERROR:<br>
> ------------------------------------------------------------------------<br>
> [3]PETSC ERROR: Caught signal number 11 SEGV: Segmentation Violation,<br>
> probably memory access out of range<br>
> [3]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger<br>
> [3]PETSC ERROR: or see <a href="https://petsc.org/release/faq/#valgrind" rel="noreferrer" target="_blank">https://petsc.org/release/faq/#valgrind</a><br>
> [3]PETSC ERROR: or try <a href="http://valgrind.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://valgrind.org</a> on GNU/linux and Apple Mac<br>
> OS X to find memory corruption errors<br>
> [3]PETSC ERROR: likely location of problem given in stack below<br>
> [3]PETSC ERROR: ---------------------  Stack Frames<br>
> ------------------------------------<br>
> [3]PETSC ERROR: Note: The EXACT line numbers in the stack are not available,<br>
> [3]PETSC ERROR:       INSTEAD the line number of the start of the function<br>
> [3]PETSC ERROR:       is given.<br>
> [3]PETSC ERROR: --------------------- Error Message<br>
> --------------------------------------------------------------<br>
> [3]PETSC ERROR: Signal received<br>
> [3]PETSC ERROR: See <a href="https://petsc.org/release/faq/" rel="noreferrer" target="_blank">https://petsc.org/release/faq/</a> for trouble shooting.<br>
> [3]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.15.5, Sep 29, 2021<br>
> [3]PETSC ERROR: Unknown Name on a real-debug named skynet by pavan Sat<br>
> Jun 18 10:30:04 2022<br>
> [3]PETSC ERROR: Configure options --PETSC_ARCH=real-debug<br>
> --with-scalar-type=real --with-debugging=1<br>
> --with-mpi-dir=/home/pavan/packages/openmpi-4.0.7/opt-gfortran<br>
> --download-metis=yes --download-parmetis=yes<br>
> --download-superlu_dist=yes --with-shared-libraries=yes<br>
> --with-fortran-bindings=1 --with-cxx-dialect=C++11<br>
> [3]PETSC ERROR: #1 User provided function() at unknown file:0<br>
> [3]PETSC ERROR: Checking the memory for corruption.<br>
> [0]PETSC ERROR:<br>
> ------------------------------------------------------------------------<br>
> [0]PETSC ERROR: Caught signal number 11 SEGV: Segmentation Violation,<br>
> probably memory access out of range<br>
> [0]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger<br>
> [0]PETSC ERROR: or see <a href="https://petsc.org/release/faq/#valgrind" rel="noreferrer" target="_blank">https://petsc.org/release/faq/#valgrind</a><br>
> [0]PETSC ERROR: or try <a href="http://valgrind.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://valgrind.org</a> on GNU/linux and Apple Mac<br>
> OS X to find memory corruption errors<br>
> [0]PETSC ERROR: likely location of problem given in stack below<br>
> [0]PETSC ERROR: ---------------------  Stack Frames<br>
> ------------------------------------<br>
> [0]PETSC ERROR: Note: The EXACT line numbers in the stack are not available,<br>
> [0]PETSC ERROR:       INSTEAD the line number of the start of the function<br>
> [0]PETSC ERROR:       is given.<br>
> [0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message<br>
> --------------------------------------------------------------<br>
> [0]PETSC ERROR: Signal received<br>
> [0]PETSC ERROR: See <a href="https://petsc.org/release/faq/" rel="noreferrer" target="_blank">https://petsc.org/release/faq/</a> for trouble shooting.<br>
> [0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.15.5, Sep 29, 2021<br>
> [0]PETSC ERROR: Unknown Name on a real-debug named skynet by pavan Sat<br>
> Jun 18 10:30:04 2022<br>
> [0]PETSC ERROR: Configure options --PETSC_ARCH=real-debug<br>
> --with-scalar-type=real --with-debugging=1<br>
> --with-mpi-dir=/home/pavan/packages/openmpi-4.0.7/opt-gfortran<br>
> --download-metis=yes --download-parmetis=yes<br>
> --download-superlu_dist=yes --with-shared-libraries=yes<br>
> --with-fortran-bindings=1 --with-cxx-dialect=C++11<br>
> [0]PETSC ERROR: #1 User provided function() at unknown file:0<br>
> [0]PETSC ERROR: Checking the memory for corruption.<br>
> <br>
> I am new to PETSc and I don't really know how to debug this. Any help<br>
> will be much appreciated!<br>
> <br>
> Regards,<br>
> <br>
> Pavan.<br>
> <br>
<br>
</blockquote></div>