<div dir="ltr"><div dir="ltr"><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Mar 18, 2022 at 11:03 AM Joauma Marichal <<a href="mailto:joauma.marichal@uclouvain.be">joauma.marichal@uclouvain.be</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div>Hello, </div>
<div style="color:black;font-size:12pt;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<div><br>
</div>
<div>I am writing to you as I am trying to implement a Lagrangian Particle Tracking method to my eulerian solver that relies on a 3D collocated DMDA.</div>
<div><br>
</div>
<span>I have been using examples to develop a first basic code. The latter creates particles on rank 0 with random coordinates on the whole domain and then migrates them to the rank corresponding to these coordinates. Unfortunately, as I migrate I am loosing
 some particles. I came to understand that when I create a DMDA with 6 grid points in each 3 directions and then set coordinates in between 0 and 1 using ,DMDASetUniformCoordinates and running on 2 processors, I obtain the following coordinates values on each
 proc:</span></div>
<div style="color:black;font-size:12pt;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<span>[Proc 0] X = 0.000000 0.200000 0.400000 0.600000 0.800000 1.000000
<div>[Proc 0] Y = 0.000000 0.200000 0.400000 0.600000 0.800000 1.000000 </div>
<div>[Proc 0] Z = 0.000000 0.200000 0.400000 </div>
<div>[Proc 1] X = 0.000000 0.200000 0.400000 0.600000 0.800000 1.000000 </div>
<div>[Proc 1] Y = 0.000000 0.200000 0.400000 0.600000 0.800000 1.000000 </div>
<span>[Proc 1] Z = 0.600000 0.800000 1.000000 </span>.</span></div></div></blockquote><div><br></div><div>I am not super familiar with DAs, but it looks like you have a non-overlapping set of points and Swarm is cell centered and it is getting confused.</div><div> <br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">
<div style="color:black;font-size:12pt;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<span>Furthermore, it appears that the particles that I am losing are (in the case of 2 processors) located in between z = 0.4 and z = 0.6. How can this be avoided?</span></div></div></blockquote><div><br></div><div>Yea, I can see that.</div><div><br></div><div>Swarm is only tested with Plex meshes. It looks like the abstraction for DAs does not work.</div><div>Swarm has been adding support for regular grids in Plex (not DA) and that is the direction being developed</div><div>You should start with one of the Swarm examples. src/dm/impls/swarm/tutorials/ex1.c is probably as good a place to start.</div><div>We recommend using command line arguments for specifying the grid size. See the example tests in the comment at the end of the test file.</div><div>(you can do this with code but it is cumbersome and we are moving toward command line arguments. If you really need to you can add the command line args to the database in the code.)</div><div><br></div><div>Sorry for the delay,</div><div>Mark</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div style="color:black;font-size:12pt;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif"><span>
<br>
</span></div>
<div style="color:black;font-size:12pt;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<span>I attach my code to this email (I run it using mpirun -np 2 ./cobpor).</span></div>
<div style="color:black;font-size:12pt;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<span><br>
</span></div>
<div style="color:black;font-size:12pt;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<span>Furthermore, my actual code relies on a collocated 3D DMDA, however the <span>
DMDASetUniformCoordinates</span> seems to be working for staggered grids only... How would you advice to deal with particles in this case?
<br>
</span></div>
<div style="color:black;font-size:12pt;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<span><br>
</span></div>
<div style="color:black;font-size:12pt;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<span>Thanks a lot for your help. <br>
</span></div>
<div style="color:black;font-size:12pt;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<span><br>
</span></div>
<div style="color:black;font-size:12pt;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<span>Best regards,
<div>Joauma</div>
<br>
</span></div>
<div style="color:black;font-size:12pt;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<span><br>
</span></div>
<div style="color:black;font-size:12pt;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<span><br>
</span></div>
</div>

</blockquote></div></div>