<html><head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">

  </head>

  <body>

    Hi Philip,<br>

    <br>

    Sorry to be a bit late in my reply. Jed has explained the gist of

    what's involved with using the Kokkos/Kokkos-kernels back-end for

    the PETSc solves, though, depending on exactly how Xolotl creates

    its vectors, there may be a bit of work required to ensure that the

    command-line options specifying the matrix and GPU types get applied

    to the right objects, and that non-GPU types are not being hardcoded

    somewhere (by a call like "DMSetMatType(dm,MATAIJ)").<br>

    <br>

    In addition to looking at the -log_view output, since Xolotl uses TS

    you can specify "-ts_view" and look at the output that describes the

    solver hierarchy that Xolotl sets up. If matrix types are being set

    correctly, you'll see things like<br>

    <br>

          Mat Object: 1 MPI processes<br>

            type: seqaijkokkos<br>

    <br>

    (I note that I've also sent a related message about getting Xolotl

    working with Kokkos back-ends on Summit to you, Sophie, and Phil in

    reply to old thread about this.)<br>

    <br>

    Were you also asking about how to use Kokkos for PETSc matrix

    assembly, or is that a question for later?<br>

    <br>

    Cheers,<br>

    Richard<br>

    <br>

    <div class="moz-cite-prefix">On 2/15/22 09:07, Satish Balay via

      petsc-users wrote:<br>

    </div>

    <blockquote type="cite" cite="mid:a3e39b12-718f-606-8525-4cf1c3684fb5@mcs.anl.gov">

      <pre class="moz-quote-pre" wrap="">Also - perhaps the following info might be useful

Satish

----

balay@sb /home/balay/petsc (main=)

$ git grep -l download-kokkos-kernels config/examples

config/examples/arch-ci-freebsd-cxx-cmplx-pkgs-dbg.py

config/examples/arch-ci-linux-cuda-double.py

config/examples/arch-ci-linux-gcc-ifc-cmplx.py

config/examples/arch-ci-linux-hip-double.py

config/examples/arch-ci-linux-pkgs-dbg-ftn-interfaces.py

config/examples/arch-ci-linux-pkgs-valgrind.py

config/examples/arch-ci-osx-cxx-pkgs-opt.py

config/examples/arch-nvhpc.py

config/examples/arch-olcf-crusher.py

config/examples/arch-olcf-spock.py

balay@sb /home/balay/petsc (main=)

$ git grep -l "requires:.*kokkos_kernels"

src/ksp/ksp/tests/ex3.c

src/ksp/ksp/tests/ex43.c

src/ksp/ksp/tests/ex60.c

src/ksp/ksp/tutorials/ex7.c

src/mat/tests/ex123.c

src/mat/tests/ex132.c

src/mat/tests/ex2.c

src/mat/tests/ex250.c

src/mat/tests/ex251.c

src/mat/tests/ex252.c

src/mat/tests/ex254.c

src/mat/tests/ex5.c

src/mat/tests/ex62.c

src/mat/tutorials/ex5k.kokkos.cxx

src/snes/tests/ex13.c

src/snes/tutorials/ex13.c

src/snes/tutorials/ex3k.kokkos.cxx

src/snes/tutorials/ex56.c

src/ts/utils/dmplexlandau/tutorials/ex1.c

src/ts/utils/dmplexlandau/tutorials/ex1f90.F90

src/ts/utils/dmplexlandau/tutorials/ex2.c

src/vec/vec/tests/ex21.c

src/vec/vec/tests/ex22.c

src/vec/vec/tests/ex23.c

src/vec/vec/tests/ex28.c

src/vec/vec/tests/ex34.c

src/vec/vec/tests/ex37.c

src/vec/vec/tests/ex38.c

src/vec/vec/tests/ex4.c

src/vec/vec/tests/ex43.c

src/vec/vec/tests/ex60.c

src/vec/vec/tutorials/ex1.c

balay@sb /home/balay/petsc (main=)

$ 

On Tue, 15 Feb 2022, Satish Balay via petsc-users wrote:

</pre>

      <blockquote type="cite">

        <pre class="moz-quote-pre" wrap="">Also - best to use petsc repo - 'main' branch.

And for install on crusher - check config/examples/arch-olcf-crusher.py

Satish

On Tue, 15 Feb 2022, Jed Brown wrote:

</pre>

        <blockquote type="cite">

          <pre class="moz-quote-pre" wrap="">We need to make these docs more explicit, but the short answer is configure with --download-kokkos --download-kokkos-kernels and run almost any example with -dm_mat_type aijkokkos -dm_vec_type kokkos. If you run with -log_view, you should see that all the flops take place on the device and there are few host->device transfers. Message packing is done on the device and it'll use GPU-aware MPI. There are a few examples of residual evaluation and matrix assembly on the device using Kokkos. You can also see libCEED examples for assembly on the device into Kokkos matrices and vectors without touching host memory.

"Fackler, Philip via petsc-users" <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov"><petsc-users@mcs.anl.gov></a> writes:

</pre>

          <blockquote type="cite">

            <pre class="moz-quote-pre" wrap="">We're intending to transitioning the Xolotl interfaces with PETSc.

I am hoping someone (can) point us to some documentation (and examples) for using PETSc's Kokkos-based interface. If this does not yet exist, then perhaps some slides (like the ones Richard Mills showed at the NE-SciDAC all-hands meeting) showing some examples could get us started.

Thanks for any help that can be provided,

Philip Fackler

Research Software Engineer, Application Engineering Group

Advanced Computing Systems Research Section

Computer Science and Mathematics Division

Oak Ridge National Laboratory

</pre>

          </blockquote>

          <pre class="moz-quote-pre" wrap="">

</pre>

        </blockquote>

        <pre class="moz-quote-pre" wrap="">

</pre>

      </blockquote>

      <pre class="moz-quote-pre" wrap="">

</pre>

    </blockquote>

    <br>

  </body>

</html>