<div dir="ltr"><div dir="ltr">On Tue, Feb 8, 2022 at 9:29 AM Nadimy, Amin <<a href="mailto:amin.nadimy19@imperial.ac.uk">amin.nadimy19@imperial.ac.uk</a>> wrote:<br></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div style="font-family:"Lucida Sans Unicode","Lucida Grande",sans-serif;font-size:11pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%">Dear Sir/Madam,</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%"><br>
</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%">We are developing a semi-structured code based on a triangular mesh. It has similarities to Adaptive Mesh refinement (AMR) in which from an initial mesh (in our case unstructured) a structured mesh is generated
 based on a refine-by-splitting strategy, ending up, like in AMR, with a semi-structured mesh.</p></div></div></blockquote><div><br></div><div>I need to ask  some questions to make sure I understand.</div><div><br></div><div>First, the above sounds like a regular refinement of a triangular mesh. We support that, in parallel, to any level of refinement. Is that correct?</div><div><br></div><div>Second, if instead you want a different level of regular refinement in each cell, that is harder. If you obey the 2:1 balance constraint between</div><div>cells, then I think our current infrastructure (written by Toby Isaac) can handle it. There is a new version of p4est that handles simplices in this</div><div>way, but we have not yet integrated it. If we need that, it might take a little doing.</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div style="font-family:"Lucida Sans Unicode","Lucida Grande",sans-serif;font-size:11pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
<ul>
<li>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%">Effectively we need a CSR type storage for the coarse initial mesh and a stencil-based storage for the internal, structured mesh. We have noticed that you have some routines to deal with semi-structured meshes but
 they specifically target AMR type meshes, which may not be useful in our case as the stencil and neighbouring are different to that of a structured grid-based mesh. Do you think these approaches could be used directly for our case or with minor modifications?</p></li></ul></div></div></blockquote><div>This should be automatic once we have the topology that you want. </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div style="font-family:"Lucida Sans Unicode","Lucida Grande",sans-serif;font-size:11pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)"><ul><li>
</li></ul>
<ul>
<li>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%">Other possibilities that we have considered are the use of block-structured solvers, however, in our case, the blocks are not dense and therefore this approach will be worse.</p></li></ul></div></div></blockquote><div>Yes, Rich Vuduc did a study of densifying blocks during his Phd, but my memory of the results was that it did not often win. </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div style="font-family:"Lucida Sans Unicode","Lucida Grande",sans-serif;font-size:11pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)"><ul><li>
</li></ul>
<ul>
<li>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%">Another alternative would be to develop our own multigrid based on PETSc ensuring that there is communication between the different blocks during the smoothing operation, could this also easily be done or would
 effectively require applying the smoothers independently to the different structured sections and us performing the communication and extra-smoothing steps at the interface?</p></li></ul></div></div></blockquote><div>My plan would be to keep track of the refinements. Smooth in a structured way on the refinements, and then turn the original unstructured grid over to GAMG.</div><div><br></div><div>What kind of physics is this for?</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div id="gmail-m_-1321525866623759670Signature"><div>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%"><span style="font-size:14.6667px">Kind regards,</span></p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%"><span style="color:rgb(0,0,0)"><span style="font-size:14.6667px;text-align:start;background-color:rgb(255,255,255);display:inline"><span style="background-color:rgb(255,255,255);display:inline">--</span><br>
Amin Nadimy</span></span></p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%">Applied Modelling and Computation Group (AMCG),</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%"><span style="color:rgb(0,0,0)"><span style="font-size:14.6667px;text-align:start;background-color:rgb(255,255,255);display:inline"><span style="background-color:rgb(255,255,255);display:inline">Imperial
 College London</span></span></span></p>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>

</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>