<div dir="ltr"><div dir="ltr">On Mon, Dec 13, 2021 at 1:16 PM Dave May <<a href="mailto:dave.mayhem23@gmail.com">dave.mayhem23@gmail.com</a>> wrote:<br></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div><br></div><div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Sat 11. Dec 2021 at 22:28, Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr">On Sat, Dec 11, 2021 at 1:58 PM Tang, Qi <<a href="mailto:tangqi@msu.edu" target="_blank">tangqi@msu.edu</a>> wrote:<br></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">



<div>
<div>
<div>Hi,</div>
<div>Does anyone have comment on finite difference coloring with DMStag? We are using DMStag and TS to evolve some nonlinear equations implicitly. It would be helpful to have the coloring Jacobian option with that.</div></div></div></blockquote><div><br></div><div>Since DMStag produces the Jacobian connectivity, </div></div></div></blockquote><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">This is incorrect.</div><div dir="auto">The DMCreateMatrix implementation for DMSTAG only sets the number of nonzeros (very inaccurately). It does not insert any zero values and thus the nonzero structure is actually not defined. </div><div dir="auto">That is why coloring doesn’t work.</div></div></div></blockquote><div><br></div><div>Ah, thanks Dave.</div><div><br></div><div>Okay, we should fix that.It is perfectly possible to compute the nonzero pattern from the DMStag information.</div><div><br></div><div>Paging Patrick :)</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>    Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div><div class="gmail_quote"><div dir="auto">Thanks,</div><div dir="auto">Dave</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto"><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><div>you can use -snes_fd_color_use_mat. It has many options. Here is an example of us using that:</div><div><br></div><div>  <a href="https://gitlab.com/petsc/petsc/-/blob/main/src/snes/tutorials/ex19.c#L898" target="_blank">https://gitlab.com/petsc/petsc/-/blob/main/src/snes/tutorials/ex19.c#L898</a></div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div></div></div><div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div><div>
<div>Thanks,</div>
<div>Qi</div>
<br>
</div>
<div><br>
<blockquote type="cite">
<div>On Oct 15, 2021, at 3:07 PM, Jorti, Zakariae via petsc-users <<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>> wrote:</div>
<br>
<div>
<div id="gmail-m_-9165402783976890343m_-4991657993501344730gmail-m_5615423000566682887divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif">
<div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px">Hello,</div>
<div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px"><br>
</div>
<div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px">Does the Jacobian approximation <span style="font-size:12pt">using coloring and finite differencing of the function evaluation work in DMStag? </span><span style="font-size:12pt">  </span></div>
<div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px">Thank you.</div>
<div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px">Best regards,</div>
<div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px"><br>
</div>
<div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px">Zakariae </div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>

</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>
</blockquote></div></div>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>