<div dir="ltr"><div dir="ltr"><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, 13 Dec 2021 at 20:13, Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com">knepley@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr">On Mon, Dec 13, 2021 at 1:52 PM Dave May <<a href="mailto:dave.mayhem23@gmail.com" target="_blank">dave.mayhem23@gmail.com</a>> wrote:<br></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr">On Mon, 13 Dec 2021 at 19:29, Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>> wrote:<br></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr">On Mon, Dec 13, 2021 at 1:16 PM Dave May <<a href="mailto:dave.mayhem23@gmail.com" target="_blank">dave.mayhem23@gmail.com</a>> wrote:<br></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div><br></div><div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Sat 11. Dec 2021 at 22:28, Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr">On Sat, Dec 11, 2021 at 1:58 PM Tang, Qi <<a href="mailto:tangqi@msu.edu" target="_blank">tangqi@msu.edu</a>> wrote:<br></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">



<div>
<div>
<div>Hi,</div>
<div>Does anyone have comment on finite difference coloring with DMStag? We are using DMStag and TS to evolve some nonlinear equations implicitly. It would be helpful to have the coloring Jacobian option with that.</div></div></div></blockquote><div><br></div><div>Since DMStag produces the Jacobian connectivity, </div></div></div></blockquote><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">This is incorrect.</div><div dir="auto">The DMCreateMatrix implementation for DMSTAG only sets the number of nonzeros (very inaccurately). It does not insert any zero values and thus the nonzero structure is actually not defined. </div><div dir="auto">That is why coloring doesn’t work.</div></div></div></blockquote><div><br></div><div>Ah, thanks Dave.</div><div><br></div><div>Okay, we should fix that.It is perfectly possible to compute the nonzero pattern from the DMStag information.</div></div></div></blockquote><div><br></div><div>Agreed. The API for DMSTAG is complete enough to enable one to<br></div><div>loop over the cells, and for all quantities defined on the cell (centre, face, vertex), <br></div><div>insert values into the appropriate slot in the matrix. <br></div><div>Combined with MATPREALLOCATOR, I believe a compact and readable</div><div>code should be possible to write for the preallocation (cf DMDA).</div><div><br></div><div>I think the only caveat with the approach of using all quantities defined on the cell is <br></div><div>It may slightly over allocate depending on how the user wishes to impose the boundary condition,</div><div>or slightly over allocate for says Stokes where there is no pressure-pressure coupling term.</div></div></div></blockquote><div><br></div><div>Yes, and would not handle higher order stencils.I think the overallocating is livable for the first imeplementation.</div><div><br></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>Sure, but neither does DMDA. <br></div><div><br></div><div>The user always has to know what they are doing and set the stencil width accordingly.</div><div>I actually had this point listed in my initial email (and the stencil growth issue when using FD for nonlinear problems),</div><div>however I deleted it as all the same issue exist in DMDA and no one complains (at least not loudly) :D<br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><div></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><div>Thanks,</div><div>Dave<br></div><div> <br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><div><br></div><div>Paging Patrick :)</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>    Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div><div class="gmail_quote"><div dir="auto">Thanks,</div><div dir="auto">Dave</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto"><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><div>you can use -snes_fd_color_use_mat. It has many options. Here is an example of us using that:</div><div><br></div><div>  <a href="https://gitlab.com/petsc/petsc/-/blob/main/src/snes/tutorials/ex19.c#L898" target="_blank">https://gitlab.com/petsc/petsc/-/blob/main/src/snes/tutorials/ex19.c#L898</a></div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div></div></div><div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div><div>
<div>Thanks,</div>
<div>Qi</div>
<br>
</div>
<div><br>
<blockquote type="cite">
<div>On Oct 15, 2021, at 3:07 PM, Jorti, Zakariae via petsc-users <<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>> wrote:</div>
<br>
<div>
<div id="gmail-m_-6694778252223332158gmail-m_4827672515456806403gmail-m_7696459302862227828gmail-m_-9165402783976890343m_-4991657993501344730gmail-m_5615423000566682887divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif">
<div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px">Hello,</div>
<div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px"><br>
</div>
<div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px">Does the Jacobian approximation <span style="font-size:12pt">using coloring and finite differencing of the function evaluation work in DMStag? </span><span style="font-size:12pt">  </span></div>
<div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px">Thank you.</div>
<div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px">Best regards,</div>
<div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px"><br>
</div>
<div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px">Zakariae </div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>

</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>
</blockquote></div></div>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>
</blockquote></div></div>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>
</blockquote></div></div>