<div dir="ltr"><div dir="ltr">On Sun, Dec 12, 2021 at 4:36 PM TARDIEU Nicolas <<a href="mailto:nicolas.tardieu@edf.fr">nicolas.tardieu@edf.fr</a>> wrote:<br></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Dear Patrick and Matthew,</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Thank you very much for your answers. I am gonna try to set up such a test by assigning cell types.</div>
<div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Shall I open a MR in order to contribute this example ? </div></div></div></blockquote><div><br></div><div>Yes, that would be great.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>    Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div id="gmail-m_7488754759771732607Signature"><div><div name="divtagdefaultwrapper">
<font size="3"></font>
<div style="margin:0px"><font size="3" face="Calibri,sans-serif">Regards, </font>
</div>
<font size="3"></font>
<div style="margin:0px"><font face="Calibri,sans-serif"><font size="3">Nicolas<br>
</font></font>
<div dir="ltr" style="margin:0px"><font size="2" face="Calibri,sans-serif"><span style="font-size:11pt"><font size="1" face="Arial,sans-serif" color="#0062e1"><span lang="en-US" style="font-size:8pt"><br>
</span></font></span></font></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div id="gmail-m_7488754759771732607appendonsend"></div>
<hr style="display:inline-block;width:98%">
<div id="gmail-m_7488754759771732607divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" style="font-size:11pt" color="#000000"><b>De :</b> <a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a> <<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>><br>
<b>Envoyé :</b> dimanche 12 décembre 2021 12:17<br>
<b>À :</b> Patrick Sanan <<a href="mailto:patrick.sanan@gmail.com" target="_blank">patrick.sanan@gmail.com</a>><br>
<b>Cc :</b> TARDIEU Nicolas <<a href="mailto:nicolas.tardieu@edf.fr" target="_blank">nicolas.tardieu@edf.fr</a>>; <a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a> <<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><br>
<b>Objet :</b> Re: [petsc-users] non-manifold DMPLEX</font>
<div> </div>
</div>
<div>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">On Sun, Dec 12, 2021 at 6:11 AM Patrick Sanan <<a href="mailto:patrick.sanan@gmail.com" target="_blank">patrick.sanan@gmail.com</a>> wrote:<br>
</div>
<div>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div dir="ltr">
<div>Here you have the following "points":<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>- 1 3-cell (the cube volume)<br>
</div>
<div>- 7 2-cells (the 6 faces of the cube plus the extra one)</div>
<div>- 16 1-cells  (the 12 edges of the cube, plus 3 extra ones from the extra face, plus the extra edge)</div>
<div>- 11 0-cells (the 8 vertices of the cube, pus 2 extra ones from the extra face, plus the extra vertex)</div>
<div><br>
</div>
<div>You could encode your mesh as here, by directly specifying relationships between these points in the Hasse diagram:<br>
</div>
<div><a href="https://eur01.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fpetsc.org%2Frelease%2Fdocs%2Fmanual%2Fdmplex%2F%23representing-unstructured-grids&data=04%7C01%7Cnicolas.tardieu%40edf.fr%7Cb7faa53e924149df02bb08d9bd610c10%7Ce242425b70fc44dc9ddfc21e304e6c80%7C1%7C0%7C637749046784571371%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C3000&sdata=NX0gPHyjCX3kU%2BZIAZwZQ4951FpJCdri36OzDfRoLbk%3D&reserved=0" target="_blank">https://petsc.org/release/docs/manual/dmplex/#representing-unstructured-grids</a></div>
<div><br>
</div>
<div>Then, maybe the special relation is captured because you've defined the "cone" or "support" for each "point", which tells you about the local topology everywhere. E.g. to take the simpler case, three of the faces have the yellow edge in their "cone", or
 equivalently the yellow edge has those three faces in its "support". </div>
</div>
</blockquote>
<div><br>
</div>
<div>This is correct. I can help you make this if you want. I think if you assign cell types, you can even get Plex to automatically interpolate.</div>
<div><br>
</div>
<div>Note that with this kind of mesh, algorithms which assume a uniform cell dimension will break, but I am guessing you would not</div>
<div>be interested in those anyway.</div>
<div><br>
</div>
<div>  Thanks,</div>
<div><br>
</div>
<div>    Matt</div>
<div> </div>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div>
<div dir="ltr">Am Fr., 10. Dez. 2021 um 17:04 Uhr schrieb TARDIEU Nicolas via petsc-users <<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>:<br>
</div>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div dir="ltr">
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Dear PETSc Team,</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Following a previous discussion on the mailing list, I'd like to experiment with DMPLEX with a very simple non-manifold mesh as shown in the attached picture : a cube connected to a square by an edge and to an edge by a point.</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
I have read some of the papers that Matthew et al. have written, but I must admit that I do not see how to start...</div>
<div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
I see how the define the different elements but I do not see how to specify the special relationship between the cube and the square and between the cube and the edge.</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Once it will have been set correctly, what I am hoping is to be able to use all the nice features of the DMPLEX object.</div>
<div id="gmail-m_7488754759771732607x_gmail-m_-1471300522864083621gmail-m_-3017333470027177023Signature">
<div name="x_divtagdefaultwrapper">
<div style="margin:0px"><font size="3" face="Calibri,sans-serif"><br>
</font></div>
<font size="3"></font>
<div style="margin:0px"><font size="3" face="Calibri,sans-serif">Best regards, </font>
</div>
<font size="3"></font>
<div style="margin:0px"><font face="Calibri,sans-serif"><font size="3">Nicolas</font></font></div>
</div>
</div>
</div>
<p></p>
<p><br>
Ce message et toutes les pièces jointes (ci-après le 'Message') sont établis à l'intention exclusive des destinataires et les informations qui y figurent sont strictement confidentielles. Toute utilisation de ce Message non conforme à sa destination, toute
 diffusion ou toute publication totale ou partielle, est interdite sauf autorisation expresse.</p>
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 copies, et de n'en garder aucune trace sur quelque support que ce soit. Nous vous remercions également d'en avertir immédiatement l'expéditeur par retour du message.</p>
<p>Il est impossible de garantir que les communications par messagerie électronique arrivent en temps utile, sont sécurisées ou dénuées de toute erreur ou virus.<br>
____________________________________________________</p>
<p>This message and any attachments (the 'Message') are intended solely for the addressees. The information contained in this Message is confidential. Any use of information contained in this Message not in accord with its purpose, any dissemination or disclosure,
 either whole or partial, is prohibited except formal approval.</p>
<p>If you are not the addressee, you may not copy, forward, disclose or use any part of it. If you have received this message in error, please delete it and all copies from your system and notify the sender immediately by return message.</p>
<p>E-mail communication cannot be guaranteed to be timely secure, error or virus-free.</p>
</div>
</blockquote>
</div>
</blockquote>
</div>
<br clear="all">
<div><br>
</div>
-- <br>
<div dir="ltr">
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<div>
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<div>
<div dir="ltr">
<div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
-- Norbert Wiener</div>
<div><br>
</div>
<div><a href="https://eur01.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Fwww.cse.buffalo.edu%2F~knepley%2F&data=04%7C01%7Cnicolas.tardieu%40edf.fr%7Cb7faa53e924149df02bb08d9bd610c10%7Ce242425b70fc44dc9ddfc21e304e6c80%7C1%7C0%7C637749046784571371%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C3000&sdata=4MLthiWkfhugmu%2BQJ2%2BHxTUR8JbsgEZvlK1b7fUehvo%3D&reserved=0" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
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Ce message et toutes les pièces jointes (ci-après le 'Message') sont établis à l'intention exclusive des destinataires et les informations qui y figurent sont strictement confidentielles. Toute utilisation de ce Message non conforme à sa destination, toute diffusion ou toute publication totale ou partielle, est interdite sauf autorisation expresse.</p>

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____________________________________________________</p>

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<p>E-mail communication cannot be guaranteed to be timely secure, error or virus-free.</p></div>

</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>