<div dir="ltr"><div dir="ltr">On Tue, Dec 7, 2021 at 8:26 AM Quentin Chevalier <<a href="mailto:quentin.chevalier@polytechnique.edu">quentin.chevalier@polytechnique.edu</a>> wrote:<br></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Ok my bad, that log corresponded to a tentative --download-hdf5. This<br>
log corresponds to the commands given above and has --with-hdf5 in its<br>
options.<br></blockquote><div><br></div><div>Okay, this configure was successful and found HDF5</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
The whole process still results in the same error.<br></blockquote><div><br></div><div>Now send me the complete error output with this PETSc.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
Quentin<br>
<br>
<br>
<br>
Quentin CHEVALIER – IA parcours recherche<br>
<br>
LadHyX - Ecole polytechnique<br>
<br>
__________<br>
<br>
<br>
<br>
On Tue, 7 Dec 2021 at 13:59, Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
> On Tue, Dec 7, 2021 at 3:55 AM Quentin Chevalier <<a href="mailto:quentin.chevalier@polytechnique.edu" target="_blank">quentin.chevalier@polytechnique.edu</a>> wrote:<br>
>><br>
>> Hello Matthew,<br>
>><br>
>> That would indeed make sense.<br>
>><br>
>> Full log is attached, I grepped hdf5 in there and didn't find anything alarming.<br>
><br>
><br>
> At the top of this log:<br>
><br>
> Configure Options: --configModules=PETSc.Configure --optionsModule=config.compilerOptions PETSC_ARCH=linux-gnu-complex-64 --COPTFLAGS=-O2 --CXXOPTFLAGS=-O2 --FOPTFLAGS=-O2 --with-make-np=2 --with-64-bit-indices=yes --with-debugging=no --with-fortran-bindings=no --with-shared-libraries --download-hypre --download-mumps --download-ptscotch --download-scalapack --download-suitesparse --download-superlu_dist --with-scalar-type=complex<br>
><br>
><br>
> So the HDF5 option is not being specified.<br>
><br>
>   Thanks,<br>
><br>
>      Matt<br>
><br>
>> Cheers,<br>
>><br>
>> Quentin<br>
>><br>
>><br>
>><br>
>><br>
>> Quentin CHEVALIER – IA parcours recherche<br>
>><br>
>> LadHyX - Ecole polytechnique<br>
>><br>
>> __________<br>
>><br>
>><br>
>><br>
>> On Mon, 6 Dec 2021 at 21:39, Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>> wrote:<br>
>>><br>
>>> On Mon, Dec 6, 2021 at 3:27 PM Quentin Chevalier <<a href="mailto:quentin.chevalier@polytechnique.edu" target="_blank">quentin.chevalier@polytechnique.edu</a>> wrote:<br>
>>>><br>
>>>> Fine. MWE is unchanged :<br>
>>>> * Run this docker container<br>
>>>> * Do : python3 -c "from petsc4py import PETSc; PETSc.Viewer().createHDF5('dummy.h5')"<br>
>>>><br>
>>>> Updated attempt at a fix :<br>
>>>> * cd /usr/local/petsc/<br>
>>>> * ./configure PETSC_ARCH= linux-gnu-real-32  PETSC_DIR=/usr/local/petsc --with-hdf5 --force<br>
>>><br>
>>><br>
>>> Did it find HDF5? If not, it will shut it off. You need to send us<br>
>>><br>
>>>   $PETSC_DIR/configure.log<br>
>>><br>
>>> so we can see what happened in the configure run.<br>
>>><br>
>>>   Thanks,<br>
>>><br>
>>>       Matt<br>
>>><br>
>>>><br>
>>>> * make PETSC_DIR=/usr/local/petsc PETSC-ARCH= linux-gnu-real-32 all<br>
>>>><br>
>>>> Still no joy. The same error remains.<br>
>>>><br>
>>>> Quentin<br>
>>>><br>
>>>><br>
>>>><br>
>>>> On Mon, 6 Dec 2021 at 20:04, Pierre Jolivet <<a href="mailto:pierre@joliv.et" target="_blank">pierre@joliv.et</a>> wrote:<br>
>>>> ><br>
>>>> ><br>
>>>> ><br>
>>>> > On 6 Dec 2021, at 7:42 PM, Quentin Chevalier <<a href="mailto:quentin.chevalier@polytechnique.edu" target="_blank">quentin.chevalier@polytechnique.edu</a>> wrote:<br>
>>>> ><br>
>>>> > The PETSC_DIR exactly corresponds to the previous one, so I guess that rules option b) out, except if a specific option is required to overwrite a previous installation of PETSc. As for a), well I thought reconfiguring pretty direct, you're welcome to give me a hint as to what could be wrong in the following process.<br>
>>>> ><br>
>>>> > Steps to reproduce this behaviour are as follows :<br>
>>>> > * Run this docker container<br>
>>>> > * Do : python3 -c "from petsc4py import PETSc; PETSc.Viewer().createHDF5('dummy.h5')"<br>
>>>> ><br>
>>>> > After you get the error Unknown PetscViewer type, feel free to try :<br>
>>>> ><br>
>>>> > * cd /usr/local/petsc/<br>
>>>> > * ./configure --with-hfd5<br>
>>>> ><br>
>>>> ><br>
>>>> > It’s hdf5, not hfd5.<br>
>>>> > It’s PETSC_ARCH, not PETSC-ARCH.<br>
>>>> > PETSC_ARCH is missing from your configure line.<br>
>>>> ><br>
>>>> > Thanks,<br>
>>>> > Pierre<br>
>>>> ><br>
>>>> > * make PETSC_DIR=/usr/local/petsc PETSC-ARCH=linux-gnu-real-32 all<br>
>>>> ><br>
>>>> > Then repeat the MWE and observe absolutely no behavioural change whatsoever. I'm afraid I don't know PETSc well enough to be surprised by that.<br>
>>>> ><br>
>>>> > Quentin<br>
>>>> ><br>
>>>> ><br>
>>>> ><br>
>>>> > Quentin CHEVALIER – IA parcours recherche<br>
>>>> ><br>
>>>> > LadHyX - Ecole polytechnique<br>
>>>> ><br>
>>>> > __________<br>
>>>> ><br>
>>>> ><br>
>>>> ><br>
>>>> > On Mon, 6 Dec 2021 at 19:24, Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>> wrote:<br>
>>>> >><br>
>>>> >> On Mon, Dec 6, 2021 at 1:22 PM Quentin Chevalier <<a href="mailto:quentin.chevalier@polytechnique.edu" target="_blank">quentin.chevalier@polytechnique.edu</a>> wrote:<br>
>>>> >>><br>
>>>> >>> It failed all of the tests included in `make<br>
>>>> >>> PETSC_DIR=/usr/local/petsc PETSC-ARCH=linux-gnu-real-32 check`, with<br>
>>>> >>> the error `/usr/bin/bash: line 1: cd: src/snes/tutorials: No such file<br>
>>>> >>> or directory`<br>
>>>> >>><br>
>>>> >>> I am therefore fairly confident this a "file absence" problem, and not<br>
>>>> >>> a compilation problem.<br>
>>>> >>><br>
>>>> >>> I repeat that there was no error at compilation stage. The final stage<br>
>>>> >>> did present `gmake[3]: Nothing to be done for 'libs'.` but that's all.<br>
>>>> >>><br>
>>>> >>> Again, running `./configure --with-hdf5` followed by a `make<br>
>>>> >>> PETSC_DIR=/usr/local/petsc PETSC-ARCH=linux-gnu-real-32 all` does not<br>
>>>> >>> change the problem. I get the same error at the same position as<br>
>>>> >>> before.<br>
>>>> >><br>
>>>> >><br>
>>>> >> If you reconfigured and rebuilt, it is impossible to get the same error, so<br>
>>>> >><br>
>>>> >>   a) You did not reconfigure<br>
>>>> >><br>
>>>> >>   b) Your new build is somewhere else on the machine<br>
>>>> >><br>
>>>> >>   Thanks,<br>
>>>> >><br>
>>>> >>      Matt<br>
>>>> >><br>
>>>> >>><br>
>>>> >>> I will comment I am running on OpenSUSE.<br>
>>>> >>><br>
>>>> >>> Quentin<br>
>>>> >>><br>
>>>> >>> On Mon, 6 Dec 2021 at 19:09, Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>> wrote:<br>
>>>> >>> ><br>
>>>> >>> > On Mon, Dec 6, 2021 at 1:08 PM Quentin Chevalier <<a href="mailto:quentin.chevalier@polytechnique.edu" target="_blank">quentin.chevalier@polytechnique.edu</a>> wrote:<br>
>>>> >>> >><br>
>>>> >>> >> Hello Matthew and thanks for your quick response.<br>
>>>> >>> >><br>
>>>> >>> >> I'm afraid I did try to snoop around the container and rerun PETSc's<br>
>>>> >>> >> configure with the --with-hdf5 option, to absolutely no avail.<br>
>>>> >>> >><br>
>>>> >>> >> I didn't see any errors during config or make, but it failed the tests<br>
>>>> >>> >> (which aren't included in the minimal container I suppose)<br>
>>>> >>> ><br>
>>>> >>> ><br>
>>>> >>> > Failed which tests? What was the error?<br>
>>>> >>> ><br>
>>>> >>> >   Thanks,<br>
>>>> >>> ><br>
>>>> >>> >     Matt<br>
>>>> >>> ><br>
>>>> >>> >><br>
>>>> >>> >> Quentin<br>
>>>> >>> >><br>
>>>> >>> >><br>
>>>> >>> >><br>
>>>> >>> >> Quentin CHEVALIER – IA parcours recherche<br>
>>>> >>> >><br>
>>>> >>> >> LadHyX - Ecole polytechnique<br>
>>>> >>> >><br>
>>>> >>> >> __________<br>
>>>> >>> >><br>
>>>> >>> >><br>
>>>> >>> >><br>
>>>> >>> >> On Mon, 6 Dec 2021 at 19:02, Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>> wrote:<br>
>>>> >>> >> ><br>
>>>> >>> >> > On Mon, Dec 6, 2021 at 11:28 AM Quentin Chevalier <<a href="mailto:quentin.chevalier@polytechnique.edu" target="_blank">quentin.chevalier@polytechnique.edu</a>> wrote:<br>
>>>> >>> >> >><br>
>>>> >>> >> >> Hello PETSc users,<br>
>>>> >>> >> >><br>
>>>> >>> >> >> This email is a duplicata of this gitlab issue, sorry for any inconvenience caused.<br>
>>>> >>> >> >><br>
>>>> >>> >> >> I want to compute a PETSc vector in real mode, than perform calculations with it in complex mode. I want as much of this process to be parallel as possible. Right now, I compile PETSc in real mode, compute my vector and save it to a file, then switch to complex mode, read it, and move on.<br>
>>>> >>> >> >><br>
>>>> >>> >> >> This creates unexpected behaviour using MPIIO, so on Lisandro Dalcinl's advice I'm moving to HDF5 format. My code is as follows (taking inspiration from petsc4py doc, a bitbucket example and another one, all top Google results for 'petsc hdf5') :<br>
>>>> >>> >> >>><br>
>>>> >>> >> >>> viewer = PETSc.Viewer().createHDF5(file_name, 'r', COMM_WORLD)<br>
>>>> >>> >> >>> q.load(viewer)<br>
>>>> >>> >> >>> q.ghostUpdate(addv=PETSc.InsertMode.INSERT, mode=PETSc.ScatterMode.FORWARD)<br>
>>>> >>> >> >><br>
>>>> >>> >> >><br>
>>>> >>> >> >> This crashes my code. I obtain traceback :<br>
>>>> >>> >> >>><br>
>>>> >>> >> >>>   File "/home/shared/code.py", line 121, in Load<br>
>>>> >>> >> >>>     viewer = PETSc.Viewer().createHDF5(file_name, 'r', COMM_WORLD)<br>
>>>> >>> >> >>>   File "PETSc/Viewer.pyx", line 182, in petsc4py.PETSc.Viewer.createHDF5<br>
>>>> >>> >> >>> petsc4py.PETSc.Error: error code 86<br>
>>>> >>> >> >>> [0] PetscViewerSetType() at /usr/local/petsc/src/sys/classes/viewer/interface/viewreg.c:442<br>
>>>> >>> >> >>> [0] Unknown type. Check for miss-spelling or missing package: <a href="https://petsc.org/release/install/install/#external-packages" rel="noreferrer" target="_blank">https://petsc.org/release/install/install/#external-packages</a><br>
>>>> >>> >> >>> [0] Unknown PetscViewer type given: hdf5<br>
>>>> >>> >> ><br>
>>>> >>> >> > This means that PETSc has not been configured with HDF5 (--with-hdf5 or --download-hdf5), so the container should be updated.<br>
>>>> >>> >> ><br>
>>>> >>> >> >   THanks,<br>
>>>> >>> >> ><br>
>>>> >>> >> >     Matt<br>
>>>> >>> >> ><br>
>>>> >>> >> >><br>
>>>> >>> >> >> I have petsc4py 3.16 from this docker container (list of dependencies include PETSc and petsc4py).<br>
>>>> >>> >> >><br>
>>>> >>> >> >> I'm pretty sure this is not intended behaviour. Any insight as to how to fix this issue (I tried running ./configure --with-hdf5 to no avail) or more generally to perform this jiggling between real and complex would be much appreciated,<br>
>>>> >>> >> >><br>
>>>> >>> >> >> Kind regards.<br>
>>>> >>> >> >><br>
>>>> >>> >> >> Quentin<br>
>>>> >>> >> ><br>
>>>> >>> >> ><br>
>>>> >>> >> ><br>
>>>> >>> >> > --<br>
>>>> >>> >> > What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
>>>> >>> >> > -- Norbert Wiener<br>
>>>> >>> >> ><br>
>>>> >>> >> > <a href="https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br>
>>>> >>> ><br>
>>>> >>> ><br>
>>>> >>> ><br>
>>>> >>> > --<br>
>>>> >>> > What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
>>>> >>> > -- Norbert Wiener<br>
>>>> >>> ><br>
>>>> >>> > <a href="https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br>
>>>> >><br>
>>>> >><br>
>>>> >><br>
>>>> >> --<br>
>>>> >> What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
>>>> >> -- Norbert Wiener<br>
>>>> >><br>
>>>> >> <a href="https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br>
>>>> ><br>
>>>> > <image003.jpg><br>
>>>> ><br>
>>>> ><br>
>>><br>
>>><br>
>>><br>
>>> --<br>
>>> What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
>>> -- Norbert Wiener<br>
>>><br>
>>> <a href="https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br>
><br>
><br>
><br>
> --<br>
> What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
> -- Norbert Wiener<br>
><br>
> <a href="https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>