<div dir="ltr"><div dir="ltr">On Mon, Dec 6, 2021 at 1:08 PM Quentin Chevalier <<a href="mailto:quentin.chevalier@polytechnique.edu">quentin.chevalier@polytechnique.edu</a>> wrote:<br></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hello Matthew and thanks for your quick response.<br>
<br>
I'm afraid I did try to snoop around the container and rerun PETSc's<br>
configure with the --with-hdf5 option, to absolutely no avail.<br>
<br>
I didn't see any errors during config or make, but it failed the tests<br>
(which aren't included in the minimal container I suppose)<br></blockquote><div><br></div><div>Failed which tests? What was the error?</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>    Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
Quentin<br>
<br>
<br>
<br>
Quentin CHEVALIER – IA parcours recherche<br>
<br>
LadHyX - Ecole polytechnique<br>
<br>
__________<br>
<br>
<br>
<br>
On Mon, 6 Dec 2021 at 19:02, Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
> On Mon, Dec 6, 2021 at 11:28 AM Quentin Chevalier <<a href="mailto:quentin.chevalier@polytechnique.edu" target="_blank">quentin.chevalier@polytechnique.edu</a>> wrote:<br>
>><br>
>> Hello PETSc users,<br>
>><br>
>> This email is a duplicata of this gitlab issue, sorry for any inconvenience caused.<br>
>><br>
>> I want to compute a PETSc vector in real mode, than perform calculations with it in complex mode. I want as much of this process to be parallel as possible. Right now, I compile PETSc in real mode, compute my vector and save it to a file, then switch to complex mode, read it, and move on.<br>
>><br>
>> This creates unexpected behaviour using MPIIO, so on Lisandro Dalcinl's advice I'm moving to HDF5 format. My code is as follows (taking inspiration from petsc4py doc, a bitbucket example and another one, all top Google results for 'petsc hdf5') :<br>
>>><br>
>>> viewer = PETSc.Viewer().createHDF5(file_name, 'r', COMM_WORLD)<br>
>>> q.load(viewer)<br>
>>> q.ghostUpdate(addv=PETSc.InsertMode.INSERT, mode=PETSc.ScatterMode.FORWARD)<br>
>><br>
>><br>
>> This crashes my code. I obtain traceback :<br>
>>><br>
>>>   File "/home/shared/code.py", line 121, in Load<br>
>>>     viewer = PETSc.Viewer().createHDF5(file_name, 'r', COMM_WORLD)<br>
>>>   File "PETSc/Viewer.pyx", line 182, in petsc4py.PETSc.Viewer.createHDF5<br>
>>> petsc4py.PETSc.Error: error code 86<br>
>>> [0] PetscViewerSetType() at /usr/local/petsc/src/sys/classes/viewer/interface/viewreg.c:442<br>
>>> [0] Unknown type. Check for miss-spelling or missing package: <a href="https://petsc.org/release/install/install/#external-packages" rel="noreferrer" target="_blank">https://petsc.org/release/install/install/#external-packages</a><br>
>>> [0] Unknown PetscViewer type given: hdf5<br>
><br>
> This means that PETSc has not been configured with HDF5 (--with-hdf5 or --download-hdf5), so the container should be updated.<br>
><br>
>   THanks,<br>
><br>
>     Matt<br>
><br>
>><br>
>> I have petsc4py 3.16 from this docker container (list of dependencies include PETSc and petsc4py).<br>
>><br>
>> I'm pretty sure this is not intended behaviour. Any insight as to how to fix this issue (I tried running ./configure --with-hdf5 to no avail) or more generally to perform this jiggling between real and complex would be much appreciated,<br>
>><br>
>> Kind regards.<br>
>><br>
>> Quentin<br>
><br>
><br>
><br>
> --<br>
> What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
> -- Norbert Wiener<br>
><br>
> <a href="https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>