<div dir="ltr"><div dir="ltr">Thanks Matt,<div><br></div><div>I understand completely, the actual error should be </div><div><br></div><div>"</div><div>ln -s <a href="http://libHYPRE_parcsr_ls-2.20.0.so">libHYPRE_parcsr_ls-2.20.0.so</a> libHYPRE_parcsr_ls.so gmake[1]: Leaving directory `/beegfs1/home/anovak/cardinal/contrib/moose/petsc/arch-moose/externalpackages/git.hypre/src/parcsr_ls'           Error running make; make install on HYPRE: Could not execute "['/usr/bin/gmake install']":</div><div>"</div><div><br></div><div>The one you saw was that hypre automatically took the second try for parcsr_ls after the first failed gmake install. Because the first try already did  "ln -s <a href="http://libHYPRE_parcsr_ls-2.20.0.so">libHYPRE_parcsr_ls-2.20.0.so</a> libHYPRE_parcsr_ls.so", and then second try would see that ‘libHYPRE_parcsr_ls.so" already existed. </div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Fande</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Nov 11, 2021 at 1:29 PM Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com">knepley@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr">On Thu, Nov 11, 2021 at 3:25 PM Fande Kong <<a href="mailto:fdkong.jd@gmail.com" target="_blank">fdkong.jd@gmail.com</a>> wrote:<br></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Thanks, Satish <div><br></div><div>"--with-make-np=1"  did help us on MUMPS, but we had new trouble with hypre now.</div><div><br></div><div>It is hard to understand why "gmake install" even failed. </div></div></blockquote><div><br></div><div>Because HYPRE thinks it is better to use 'ln' than the 'install' script that handles things like the target existing:</div><div><br></div><div>gmake[1]: Leaving directory `/beegfs1/home/anovak/cardinal/contrib/moose/petsc/arch-moose/externalpackages/git.hypre/src/parcsr_ls'</div><div>ln: failed to create symbolic link ‘libHYPRE_parcsr_ls.so’: File exists<br>gmake[1]: *** [libHYPRE_parcsr_ls.so] Error 1<br>gmake: *** [all] Error 1<br></div><div><br></div><div>I think everything needs to be cleaned out for Hypre to reinstall.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Please see the attachment for the log file.</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div><br></div><div>Fande</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Nov 10, 2021 at 12:16 PM Satish Balay <<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov" target="_blank">balay@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex">You are using petsc-3.15.1 - and likely the mumps build change between then and current 3.16.<br>
<br>
Can you use latest PETSc release?<br>
<br>
If not - Suggest removing  --download-mumps=<a href="https://bitbucket.org/petsc/pkg-mumps.git" rel="noreferrer" target="_blank">https://bitbucket.org/petsc/pkg-mumps.git</a> --download-mumps-commit=v5.4.1-p1 options [and PETSC_ARCH] and going back to your old<br>
build.<br>
<br>
If it fails [as before] - retry with: --with-make-np=1<br>
<br>
Satish<br>
<br>
On Wed, 10 Nov 2021, Novak, April via petsc-users wrote:<br>
<br>
> Hi Barry,<br>
> <br>
> Thank you for your assistance - I’ve attached the latest configure.log. I still encounter issues building, though some of the MUMPS errors do seem to have been fixed with the --download-mumps-commit option. Do you have a recommendation for addressing these other errors?<br>
> <br>
> Thanks,<br>
> <br>
> -April<br>
> <br>
> From: Fande Kong <<a href="mailto:fdkong.jd@gmail.com" target="_blank">fdkong.jd@gmail.com</a>><br>
> Date: Wednesday, November 10, 2021 at 9:44 AM<br>
> To: Barry Smith <<a href="mailto:bsmith@petsc.dev" target="_blank">bsmith@petsc.dev</a>><br>
> Cc: PETSc users list <<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>, Novak, April <<a href="mailto:anovak@anl.gov" target="_blank">anovak@anl.gov</a>><br>
> Subject: Re: [petsc-users] Error running make on MUMPS<br>
> Thanks, Barry,<br>
> <br>
> We will try this, and report back<br>
> <br>
> <br>
> Fande<br>
> <br>
> On Tue, Nov 9, 2021 at 5:41 PM Barry Smith <<a href="mailto:bsmith@petsc.dev" target="_blank">bsmith@petsc.dev</a><mailto:<a href="mailto:bsmith@petsc.dev" target="_blank">bsmith@petsc.dev</a>>> wrote:<br>
> <br>
>    This version of MUMPS has a bug in its build system; it does not have all the dependencies on Fortran modules properly listed so Fortran files can get compiled too early causing "random" failures during some builds, especially on machines with lots of cores for compiling.<br>
> <br>
>    I think you should be able to use --download-mumps=<a href="https://bitbucket.org/petsc/pkg-mumps.git" rel="noreferrer" target="_blank">https://bitbucket.org/petsc/pkg-mumps.git</a> --download-mumps-commit=v5.4.1-p1 to get a patched version.<br>
> <br>
> Barry<br>
> <br>
> <br>
> <br>
> On Nov 9, 2021, at 6:10 PM, Fande Kong <<a href="mailto:fdkong.jd@gmail.com" target="_blank">fdkong.jd@gmail.com</a><mailto:<a href="mailto:fdkong.jd@gmail.com" target="_blank">fdkong.jd@gmail.com</a>>> wrote:<br>
> <br>
> Hi All,<br>
> <br>
> We encountered a configuration error when running the PETSc configuration on a HPC system.  Went through the log file, but could not find much. The log file was attached.<br>
> <br>
> Any thoughts?<br>
> <br>
> Thanks for your help, as always.<br>
> <br>
> Fande<br>
> <br>
> <br>
> <br>
> <br>
> <br>
> <br>
> <configure.log><br>
> <br>
> <br>
</blockquote></div>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>
</blockquote></div></div>