<div dir="ltr"><div>Hi,</div><div>I need some help with getting the file output working right.<br></div><div><br></div><div></div><div>
I am using a DMDACreate3D to initialize my DM. 
This is my write function

</div><div><br></div><div>
<div>void write(){</div><div>PetscViewer viewer;<br>PetscViewerHDF5Open(PETSC_COMM_WORLD,filename.c_str(),FILE_MODE_WRITE,&viewer);</div><div>
DMDAVecRestoreArray(dm,global_vector,global_array)</div><div>VecView(global_vec, viewer);</div><div>
DMDAVecGetArray(dm,global_vector,global_array);</div><div>PetscViewerDestroy(&viewer);</div><div>}</div>

</div><div><br></div><div>1) I have 2 PDE's to solve. Still, I went ahead creating a single DM with dof=1 and creating two vectors using the DMCreateGlobalVector(). I want to write the file out periodically.  Should I perform DMDAVecRestoreArray and DMDAVecGetArray every time is write out the global_vector? (I know that it is just indexing the pointers and there is no copying of values. But I am not sure)<br></div><div><br></div><div>2) I am writing out to HDF5 format. I see that the vecview is supposed to reorder the global_vector based on the DM. However, when I read the H5 files, I get an error on ViSIT and my output image becomes a 1D image rather than a 2D/3D. What might be the reason for this ?.<br></div><div>Error Msg : "In domain 0, your zonal variable "avtGhostZones" has 25600 values, but it should have 160.  Some values were removed to ensure VisIt runs smoothly"</div><div>I was using a 160x160x1 DM</div><div><br></div><div>3) I tried using the "petsc_gen_xdmf.py" to generate the xdmf files for use in Paraview. Here the key ["viz/geometry"] is missing. The keys present in the output H5 file are just the two vectors I am writing and has no info about mesh. Isn't this supposed to come automatically since the vector is attached to the DM? How do I sort this out?</div><div><br></div><div>4) Can I have multiple vectors attached to the DM by 
 DMCreateGlobalVector() even though I created the DMDA using dof=1. <br></div><div><br></div><div>thanks,<br></div><div>Abhishek<br></div></div>