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</head>

<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">

<br class="">

<div><br class="">

<blockquote type="cite" class="">

<div class="">On 12 Oct 2021, at 11:56, Hapla Vaclav <<a href="mailto:vaclav.hapla@erdw.ethz.ch" class="">vaclav.hapla@erdw.ethz.ch</a>> wrote:</div>

<br class="Apple-interchange-newline">

<div class="">

<div class=""><br class="">

<br class="">

<blockquote type="cite" class="">On 8 Oct 2021, at 00:48, Jed Brown <<a href="mailto:jed@jedbrown.org" class="">jed@jedbrown.org</a>> wrote:<br class="">

<br class="">

Adrian Croucher <<a href="mailto:a.croucher@auckland.ac.nz" class="">a.croucher@auckland.ac.nz</a>> writes:<br class="">

<br class="">

<blockquote type="cite" class="">hi Jed,<br class="">

<br class="">

It looked to me like a call to h5f_flush() is all that is required.<br class="">

<br class="">

Some people said there would be a performance hit (maybe ~ 10% slower), <br class="">

which would be the trade-off for increased reliability. So if this were <br class="">

made available via PetscViewerFlush(), I'd probably make it optional in <br class="">

my code so the user could decide for themselves if it was worth it for them.<br class="">

<br class="">

Do you think flushing would be a better option than closing/opening the <br class="">

file between writes?<br class="">

</blockquote>

<br class="">

Yes, less costly at scale (metadata like opening files can be expensive on parallel file systems), and simpler to manage from your code.<br class="">

</blockquote>

<br class="">

I have just come across this a couple of days ago. I think PetscViewerFlush() [no-op for HDF5 currently] should call H5Fflush() for sure. I can do it now.<br class="">

</div>

</div>

</blockquote>

<div><br class="">

</div>

<div><a href="https://gitlab.com/petsc/petsc/-/merge_requests/4445" class="">https://gitlab.com/petsc/petsc/-/merge_requests/4445</a></div>

<br class="">

<blockquote type="cite" class="">

<div class="">

<div class=""><br class="">

I agree with Jed that closing/opening can have significant overhead on large number of processes due to metadata processing.<br class="">

<br class="">

Thanks,<br class="">

<br class="">

Vaclav</div>

</div>

</blockquote>

</div>

<br class="">

</body>

</html>