<div dir="ltr"><div dir="ltr">On Wed, Oct 6, 2021 at 11:05 PM Adrian Croucher <<a href="mailto:a.croucher@auckland.ac.nz">a.croucher@auckland.ac.nz</a>> wrote:<br></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">hi,<br>
<br>
One of the users of my PETSc-based code has reported that HDF5 output <br>
files can be corrupted and unusable if e.g. the run is killed. I've just <br>
done a bit of reading about this and it appears to be a known issue with <br>
HDF5.<br>
<br>
Some people suggest flushing the HDF5 file periodically to help prevent <br>
data loss. I had a look at PetscViewerFlush() but it doesn't seem to be <br>
implemented for the HDF5 viewer- is that correct?<br>
<br>
I am currently calling PetscViewerHDF5Open() once at the start of the <br>
run and closing it at the end. Some other people suggest doing this <br>
before and after each write instead. Is there likely to be a significant <br>
performance penalty in doing that?<br></blockquote><div><br></div><div>I don't think so. This is what I did on another project to guard against the</div><div>HDF5 issue.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
I gather HDF5 journaling has been promised for a while to get around <br>
this problem but as far as I can see it hasn't materialised yet...<br></blockquote><div><br></div><div>Don't worry. It will happen right after fusion power and world peace :)</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>      Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
Regards, Adrian<br>
<br>
-- <br>
Dr Adrian Croucher<br>
Senior Research Fellow<br>
Department of Engineering Science<br>
University of Auckland, New Zealand<br>
email: <a href="mailto:a.croucher@auckland.ac.nz" target="_blank">a.croucher@auckland.ac.nz</a><br>
tel: +64 (0)9 923 4611<br>
<br>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>