<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
</head>
<body>
<style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>
<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;" dir="ltr">
<p>Thank you for your quick reply.</p>
<p><br>
</p>
<p>I've had to change away from HDF5 to Binary format at an earlier stage in my work due to the former not working well with what I needed, so I would prefer to stick with the binary format.</p>
<p><span style="font-size: 12pt;">I had a quick view at the code for some of the Viewer-routines, but </span><span style="font-size: 12pt;">I'm not well versed in
</span><span style="font-size: 12pt;">gleaning </span><span style="font-size: 12pt;">information about header sizes
</span><span style="font-size: 12pt;">from that. H</span><span style="font-size: 12pt;">ints about what I'm looking for there would be appreciated.</span><span style="font-size: 12pt;"> </span><br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>Best regards</p>
<p>Peder</p>
</div>
<hr style="display:inline-block;width:98%" tabindex="-1">
<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" style="font-size:11pt" color="#000000"><b>Fra:</b> Matthew Knepley <knepley@gmail.com><br>
<b>Sendt:</b> 4. oktober 2021 15:37:08<br>
<b>Til:</b> Peder Jørgensgaard Olesen<br>
<b>Cc:</b> petsc-users@mcs.anl.gov<br>
<b>Emne:</b> Re: [petsc-users] Skipping data when reading from binary file</font>
<div> </div>
</div>
<div>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">On Mon, Oct 4, 2021 at 9:26 AM Peder Jørgensgaard Olesen via petsc-users <<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov">petsc-users@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br>
</div>
<div class="gmail_quote">
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div dir="ltr">
<div id="gmail-m_9165503901133771575divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols">
<p>Hello</p>
<p>I have a binary file in which a mix of different objects is stored (Vecs, Mats, PetscInts). I can read each element just fine using VecLoad, MatLoad, and PetscIntView, provided they're read in the order in which they were put in the binary. What I would
 like to do is to skip the reading of any unneeded element, instead proceeding directly to the next one. I tried using PetscBinarySeek() for this, as shown in the attached code. This produces segmentation faults, suggesting that the file pointer isn't going
 where I want it to.</p>
</div>
</div>
</blockquote>
<div>There is header information you also have to skip for each object.</div>
<div><br>
</div>
<div>We can go over the sizes  for that (it is best just to look at the code), but that is fragile. A more robust way to achieve this random</div>
<div>access is to use HDF5 and name the objects.</div>
<div><br>
</div>
<div>  Thanks,</div>
<div><br>
</div>
<div>     Matt</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div dir="ltr">
<div id="gmail-m_9165503901133771575divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols">
<p>Any suggestions as to what I'm doing wrong here?</p>
<p><br>
</p>
<p>Best regards,</p>
<p>Peder</p>
<div id="gmail-m_9165503901133771575Signature">
<div id="gmail-m_9165503901133771575divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols">
<p><br>
</p>
<p></p>
<table style="font-family:"Times New Roman";padding:0px;width:400px" cellspacing="0" cellpadding="0" border="0">
<tbody>
<tr>
<td style="width:400px">
<table style="width:400px;font-family:Arial;font-size:11.5px;border-collapse:collapse" cellspacing="0" cellpadding="0" border="0">
<tbody>
<tr>
<td style="width:50px;vertical-align:top" valign="top">
<table style="width:50px;padding-top:4px" cellspacing="0" cellpadding="0">
<tbody>
<tr>
<td style="width:50px;vertical-align:top" align="left"><img width="36" height="53" src="http://www.dtu.dk/-/media/DTU_Generelt/Andet/mail-signature-logo.png"></td>
</tr>
</tbody>
</table>
</td>
<td style="width:350px;vertical-align:top" valign="top">
<table style="width:350px;border-collapse:collapse" cellspacing="0" cellpadding="0" border="0">
<tbody>
<tr>
<td style="width:350px;font-size:16px;margin:0px;font-weight:bold;line-height:19.2px">
Peder Jørgensgaard Olesen</td>
</tr>
<tr>
<td style="width:350px;margin:0px;line-height:17px">PhD student<br>
Department of Mechanical Engineering</td>
</tr>
<tr>
<td style="width:350px;margin:0px;line-height:17px"> </td>
</tr>
<tr>
<td style="width:350px;line-height:17px"><a href="mailto:pjool@mek.dtu.dk" id="gmail-m_9165503901133771575LPNoLP" style="margin:0px;line-height:17px;color:black" target="_blank">pjool@mek.dtu.dk</a></td>
</tr>
<tr>
<td style="width:350px;margin:0px;line-height:17px">Koppels Allé</td>
</tr>
<tr>
<td style="width:350px;margin:0px;line-height:17px">Building 403, room 105</td>
</tr>
<tr>
<td style="width:350px;margin:0px;line-height:17px">2800 Kgs. Lyngby</td>
</tr>
<tr>
<td style="width:350px;line-height:17px"><a href="https://www.dtu.dk/english" id="gmail-m_9165503901133771575LPNoLP" style="margin:0px;line-height:17px;color:black" target="_blank">www.dtu.dk/english</a></td>
</tr>
</tbody>
</table>
</td>
</tr>
</tbody>
</table>
</td>
</tr>
</tbody>
</table>
<p><span style="font-size:10pt;color:rgb(117,123,128)"></span></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br clear="all">
<div><br>
</div>
-- <br>
<div dir="ltr" class="gmail_signature">
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
-- Norbert Wiener</div>
<div><br>
</div>
<div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>