<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>Good morning,</div><div><br></div><div>We are currently developing a PETSC application on a structured grid, however, we are applying a curvilinear transformation so that the physical domain is not a rectangle (the computational domain is).</div><div><br></div><div>As a result we are trying to load in a mesh into the PETSC dmda object to create easy visualizations. I have successfully done this through the following code:</div><div><br></div><div>     ierr=VecCreateMPI(PETSC_COMM_WORLD,PETSC_DECIDE,6400,&co);CHKERRQ(ierr);<br>     ierr=PetscObjectSetName((PetscObject) co, "coordinates");CHKERRQ(ierr);<br>  ierr=PetscViewerHDF5Open(PETSC_COMM_WORLD,"coord2d.h5",FILE_MODE_READ,&viewer);CHKERRQ(ierr);<br>     ierr=VecLoad(co,viewer);CHKERRQ(ierr);<br>     ierr=PetscViewerDestroy(&viewer);CHKERRQ(ierr);<br>     ierr=DMSetCoordinates(da,co);CHKERRQ(ierr);</div><div><br></div><div>Where my coordinate vector in HDF5 format is a single column vector in the order x1,y1,x2,y2,...xN,yN,etc. where 1 is the lower left corner and N. However this seems like a rather crude way of doing it, it seems like using the DMGetCoordinateDM() and DMCreateGlobalVector() is a more sophisticated way of leveraging the dmda object, however when I use:</div><div><br></div><div>DMGetCoordinateDM(da, &cda);<br>DMCreateGlobalVector(cda, &co);<br>ierr=PetscObjectSetName((PetscObject) co, "coordinates");CHKERRQ(ierr);<br>ierr=PetscViewerHDF5Open(PETSC_COMM_WORLD,"coord2d.h5",FILE_MODE_READ,&viewer);CHKERRQ(ierr);<br>ierr=VecLoad(co,viewer);CHKERRQ(ierr);<br>ierr=PetscViewerDestroy(&viewer);CHKERRQ(ierr);<br>ierr=DMSetCoordinates(da,co);CHKERRQ(ierr);</div><div><br></div><div>The loading function complains about the structure/format of my data. I haven't been able to find the format that this coordinate dmda expects from an HDF5 file in any of the documentation. Is there anywhere I could find this information?</div><div><br></div><div>Thank you,</div><div><br></div><div>-Alfredo <br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><font face="arial, sans-serif">Alfredo Duarte</font><div><font face="arial, sans-serif">Graduate Research Assistant</font></div><div><font face="arial, sans-serif">The University of Texas at Austin</font></div></div></div></div></div></div></div></div></div>