<div dir="ltr"><div dir="ltr">On Wed, Apr 21, 2021 at 3:07 PM Fabian Jakub <<a href="mailto:Fabian.Jakub@physik.uni-muenchen.de">Fabian.Jakub@physik.uni-muenchen.de</a>> wrote:<br></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Dear Petsc team,<br>
<br>
I would like to play with the ordering of a DMDA application.<br>
<br>
To be exact, I would like to change the order in which a forward<br>
SOR/Gauss Seidel preconditioner iterates over the domain.<br>
<br>
e.g. change from [x,y,z,dof] to [z, yend->ystart, xend->xstart, dof]<br>
<br>
As I see it, I could<br>
<br>
 a) reorder the application, i.e. how data is stored in the DMDA<br>
<br>
 b) apply a mat reordering (happy to have the reordering only happening<br>
locally)<br>
<br>
 c) or implement a custom PC (or using a PCShell?)<br>
<br>
I don't like a) because it would be very laborious and intrusive and I<br>
don't even know if it is worth it.<br>
<br>
Implementing a custom PC might give the most freedom but reduces solver<br>
configurability that I like.<br>
<br>
And how bad would a SOR be if it were to jump around in memory compared<br>
to the performance and memory needs of a mat reordering?<br>
<br>
I wanted to ask if you have any other suggestions and which approach you<br>
would recommend.<br></blockquote><div><br></div><div>1) I would do the reordering in serial to check that it is effective</div><div><br></div><div>2) If the reodering is process local, then everything is simple. You just alter the global-to-local mapping</div><div>    for the matrix. If not, things would get more complicated.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
Many thanks,<br>
<br>
Fabian<br>
<br>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>